사실과 다른 세금계산서인지 여부

○○세무서장이 2004.11.1. 청구법인에게 한 2004년 1기분 부가가치세 47,697,640원의 부과처분은 청구법인이 진흥종합건설(주)로부터 2004년 1기에 교부받은 공급가액 986,363,636원의 세금계산서(4매)에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

내용 청구법인은 2004.2.18. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(이하 “쟁점사업장”이라 한다) 소재에서 서비스 주차장 관리업을 사업목적으로 하여 설립되어 2004.2.23. 처분청에 사업자등록(000-00-00000)을 하고, 채○○외 3인 소유인 쟁점사업장 소재지 토지 662.8㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)에 지하1층~지상 5층 임대용 건물연면적 2,153.42㎡(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 1,350,000,000원(부가세별도)에 신축하기로 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 ○○종합건설(주)(이하 “청구외법인”이라 한다)와 건축공사도급계약을 2004.2.24. 체결하고 건물신축과 관련하여 청구외법인으로부터 2004년 1기에 공급가액 986,363,636원(2004년 1기 예정신고분 공급가액 270,000,000원 포함)의 세금계산서(4매)(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 관련매입세액을 매출세액에서 공제하여 2004년 1기분 부가가치세를 환급신고하였다. 처분청은 청구법인의 2004년 1기 확정신고분 부가가치세 조기환급세액에 대하여 부가가치세 현지확인조사를 실시하여 당초 청구법인의 대표자 채○○외 3인 명의로 건축허가되었다가 2004.7.23. 청구법인 명의로 건축주가 변경된 사실을 확인하고 쟁점세금계산서를 공급받는자가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보아 2004년 1기 확정분 부가가치세는 환급부인하고 기환급한 2004년 1기 예정분 신축관련 매입세액에 대하여는 매입세액불공제하여 2004.11.1. 청구법인에게 부가가치세 47,697,630원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.1.25. 이건 심사청구를 하였다.

개인의 토지위에 법인이 건물을 신축하여 이를 임대하고자 하였으나, 신축자금의 차입이 불가피하여 ○○은행 ○○지점에서 대출을 상담하였던바 건물주의 부실화가 발생할 경우 건설회사의 유치권이 대지 근저당권설정자보다 선순위이며, 은행에서 대지에만 근저당설정등기한 경우 건물이 존재하는 상태에서 대지를 따로 경매하면 경락이 원활하지 못하여 금융기관에서 정식담보로 인정하지 않고 있으므로 신축건물 임대업으로 사업자등록시 대출이 불가능하나 대지만 사용하는 주차장업종은 향후 지상권 침해의 우려가 없으므로 대지의 정식담보 인정이 가능하다고 하여 청구법인의 사업자등록을 부동산임대업이 아닌 주차장관리업으로 하였으며, 청구법인이 임대목적 건물을 신축하면서도 개인명의로 냈던 건축허가를 청구법인 명의로 바꾸지 못하였던 것이며, 청구법인 명의로 ○○은행○○지점에서 10억원을 대출받아 건물신축자금으로 사용하였으며, 2004.2.24. 청구법인이 건축주로서 청구외법인과 건물신축에 따른 도급계약을 체결하였고, 2004.7.23. 건축주를 청구법인 명의로 변경하였으며, 2004.9.4. 구로구청장으로부터 사용승인을 받아 2004.9.16. 쟁점건물을 청구법인 명의로 소유권보존등기를 경료하였는바, 청구법인이 부동산임대업이 아닌 주차장관리업으로 사업자등록을 한 상태에서 2004.2.24. 쟁점건물을 신축하기로 도급계약을 체결하고, 2004.3.25. 공사를 착공하였고, 2004.4.26. 부동산임대업으로 사업자등록을 정정하였으며, 개인명의(채○○외 3인)로 받은 건축허가를 다소 시일이 경과하여 2004.7.23. 에야 청구법인 명의로 건축주를 변경하였으나, 사업자등록과 건축허가만으로 실질귀속을 가리는 것은 부당하고, 신축자금을 부담하고 청구외법인과 건물신축계약을 체결한 자가 누구인지, 소유권보존이 누구에게 이루어졌는지 여부를 확인하여 실질귀속여부에 따라 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부를 판정하여야 함에도 건축주만을 기준으로 쟁점건물의 실질귀속자가 청구법인이 아니라고 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 과세한 이 건 처분은 부당하다.

청구법인은 단순히 자금차입문제 때문에 불가피하게 주차장관리업으로 법인사업자등록을 하였을 뿐 실제 건축주는 법인이라고 주장하나, 채○○외 3인은 본인소유 토지위에 임대사업용 건물신축을 목적으로 2003.1.8. 토지소유자 명의로 건축허가를 신청하여 2004.2.16. 건축허가를 받아 2004.2.19. 임대업으로 사업자등록후 2004.2.25. 부터 건물신축공사에 착수하였고, 다만, 자금차입을 위해 형식상 법인을 설립하여 건축허가 신청일로부터 1년 후인 2004.2.27. 채○○외 3인 소유인 쟁점토지를 담보로 제공하고 대출을 받아 공사대금을 지급하였을 뿐이므로 실제 건축주는 채○○외 3인임이 명확하고 또한 2004.2.24. 청구외법인과 공사계약체결당시 청구법인은 주차장관리업 만을 영위할 목적으로 설립된 상태였고, 2004.7.23. 채○○외 3인으로부터 건축허가 및 모든 권리를 양수하고 대지 사용승락을 받아 건축주 변경신고를 하였으므로 실제 건축주가 개인임에도 건물신축과 관련하여 청구법인 명의로 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 공급받은자가 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 매입세액 불공제한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 신축에 따른 쟁점세금계산서의 공급 받는 자가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보아 매입세액불공제하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 다음 각호의 세액을 공제한 금액으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 신설) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 개정)

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제53조 【세금계산서】

① 법 제16조 제1항 제5호의 규정에 의하여 세금계산서에 기재할 사항은 다음 각호와 같다.

2. 공급받는 자의 상호ㆍ성명ㆍ주소 2의 2. 공급하는 자와 공급받는 자의 업태와 종목

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

③ 법 제17조 제2항 제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법시행령 제78조 또는 법인세법시행령 제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 의한다.

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저 사실관계에 대하여 살펴본다.】

(1) 청구법인은 2004년 1기에 쟁점건물의 신축과 관련하여 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 2004년 1기 부가가치세를 아래와 같이 환급신고하였음이 확인된다. < 부가가치세 예정 및 확정신고 현황> (단위: 원) 구분

2004. 1기 예정

2004. 1기 확정 계 매입액 270,000,000 720,834,976 990,834,976 환급세액 27,000,000 72,083,497 99,083,497

(2) 처분청은 쟁점세금계산서의 공급받는자가 사실과 다른 것으로 보아 2004년 1기 확정분 부가가치세 환급세액 72,636,363원은 환급부인하고, 기환급한 2004년 1기 예정분 매입세액은 불공제하여 이건 과세하였음이 조사복명서 부가가치세 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인의 대표이사인 채○○외 3인은 쟁점토지를 2002.11.15. 취득하여 ○○구청장으로부터 건물연면적 2,206.77㎡를 신축하는 것으로 2003.1.8 건축허가를 득하였다가 2003.5.29. 설계변경(제1회)에 따른 건축허가를 교부받고, 또다시 2004.2.16. 2회 설계변경으로 건축허가를 변경하였으며, 2004.2.19. 부동산임대업으로 사업자등록(000-00-00000)을 필한 후 2004.7.23. 건축주를 채○○외 3인에서 청구법인 명의로 변경하였음이 등기부등본, 건축허가서, 국세청 통합전산망 개인사업자조회서, 건축관계자변경신고필증 등에 의하여 확인된다.

(4) 청구법인은 자본금 5000만원으로 하여 2004.2.18 주차장관리업을 사업목적으로 설립등기하고, 2004.2.23. 사업자등록(000-00-00000)을 경료하였으며, 2004.4.10 부동산임대사업과 부대사업을 사업목적에 추가등기하였고, 2004.4.26. 부동산임대업을 추가하여 사업자등록을 정정한 사실이 법인등기부등본, 사업자등록증사본 등에 의하여 확인된다.

(5) 청구법인이 제시하고 있는 건축공사 표준도급계약서에 의하면, 공사금액이 1,485,000,000원(부가세포함), 선급금 297,000,000원으로, 기성금의 지급은 매월 기성고에 따라, 잔금 150,000,000원은 준공후 지급하는 것으로, 공사기간이 2004.2.25~2004.8.31으로, 건축주는 청구법인, 시공자는 청구외법인으로 기재되어 있다.

(6) 청구법인은 쟁점건물 신축공사와 관련하여 2004.2.24. 대표이사 가수금(247,000,000원)과 예금(50,000,000원)을 인출하여 선급금으로 297,000,000원을 지급하였고, 2004.2.27. ○○은행○○지점으로부터 10억원을 대출받아 아래와 같이 공사대금을 지급하였다고 가수금원장과 현금출납부, 입금의뢰인이 청구법인으로 기재된 무통장입금증 7매 등을 제시하고 있다. < 청구법인의 무통장입금증 > (단위: 천원) 입금일 수령인 입금계좌 금액 매수 구분 자금원천 04.02.25 청구외법인 000-00-0000-000 147,000 1 계약금 가수금 및 자본금 150,000 1 계약금 04.04.02 〃 〃 100,000 1 기성고 대출금 04.04.06 〃 〃 230,000 2 〃 〃 04.05.10 〃 〃 220,000 1 〃 〃 04.06.10 〃 〃 238,000 1 〃 〃 합계 1,085,000 7

(7) 청구법인은 채○○외 3인 소유인 쟁점토지를 담보로 제공하고 2004.2.27. ○○은행○○지점으로부터 10억원을 대출받아 2002.2.27. 청구법인의 예금계좌(000-00-00000-0)에 10억원을 입금한 사실이 ○○은행의 차입신청서, 예금통장사본에 의하여 확인되고, 외환은행 2004.2.26. 청구법인을 채무자로 하여 쟁점토지에 채권최고액 13억원의 근저당권을 설정한 사실이 등기부등본에 의하여 확인된다.

(8) 청구법인이 제시한 쟁점건물의 건축물관리대장에 의하면, 근린생활시설 지하 1층 ~ 지상 5층 건물연면적 2,153.42㎡가 2003.1.8. 건축허가되어, 2004.3.25. 착공되고 2004.9.4. 사용승인되어 건축주가 청구법인 명의로 등재되어 있음이 확인된다.

(9) 쟁점건물의 등기부등본에 의하면, 철근콘크리트조 5층 근린생활시설 지1층 531.03㎡, 1층 393.76㎡, 2층 393.76㎡, 3층 310.96㎡, 4층 310.96㎡, 5층 212.95㎡, 옥탑 93.48㎡가 2004.9.16. 청구법인 명의로 소유권보존등기되었음이 확인된다. 【다음으로 청구주장에 대하여 살펴본다.】 처분청은 쟁점건물을 신축하는데 형식상은 청구법인이 자금을 대출받아 지급한 것으로 확인되나 당초 건축허가를 토지소유자들 개인명의로 득하였으며, 외환은행으로부터 개인소유의 토지를 담보로 제공하고 청구법인 명의로 대출받아 지급한 사실에 비추어 볼 때 실질적인 건축주는 채○○외 3인이라고 판단하여 청구법인명의로 교부받은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보아 이 건 과세하였으나 쟁점건물을 신축함에 있어서 건물신축에 따른 공사도급계약체결, 외환은행으로부터 신축자금 대출, 건축공사대금의 지급, 준공검사, 건물의 소유권보존등기 등이 모두 청구법인 명의로 이행되었다는 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없는 바, 2004.2.24. 실제 청구법인이 쟁점건물신축에 대한 신축공사 도급계약을 청구외법인과 체결하고 신축자금(10억원)을 외환은행으로부터 차입하여 지급하는 등 청구법인의 계산과 책임하에 쟁점건물을 신축한 사실이 인정되는 이상 비록 건축허가서상 건축주 명의변경이 뒤늦게 이루어 졌다 하더라도 쟁점건물의 소유권이 청구법인에게 귀속되었으므로 쟁점세금계산서는 공급 받는 자를 청구법인으로 하여 발행하는 것이 사실과 일치한다고 할 것이므로(국심2003서966, 2003.05.29 같은 뜻) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보기는 어려운 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 2004.3.24. 착공신고후 4개월이 경과한 2004.7.23. 건축허가가 청구법인명의로 변경되었고, 주차장관리업을 사업목적으로 한 상태에서 쟁점건물의 신축이 이루어 졌다는 사실에 집착하여 건축허가서상 건축주인 채○○외 3인이 실질적인 건축주라고 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 이건 처분은 쟁점건물을 신축함에 있어서 신축공사계약의 체결, 신축자금의 지급, 소유권보존등기 등 거래의 실질내용을 오인한 잘못이 있다 하겠다.

이건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.