사실과 다른 거래로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부

○○세무서장이 2004.10.18 청구법인에게 한 경정청구거부처분은 이를 취소하고, 청구법인이 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 청구외 (주)○○글로벌부터 교부받은 2004.05.20자 공급가액 40,000,000원, 세액 4,000,000원 및 같은해 06.10자 공급가액 15,000,000원, 세액 1,500,000원의 매입세금계산서의 매입세액 합계 5,500,000원은 공제되는 매입세액으로 하여 청구법인의 2004년 제1기분 부가가치세를 경정합니다.

청구법인은 생활용품 도ㆍ소매업을 영위하는 업체로서, ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 청구외 (주)○○글로벌(이하 “청구외법인”이라 한다)부터 2004.04.15 공급가액 35,000,000원, 같은해 05.20 공급가액 40,000,000원 및 같은해 06.10 공급가액 15,000,000원의 매입세금계산서(이하 2004.04.15자 세금계산서를 “쟁점세금계산서①”이라 하고, 같은해 05.20자 및 06.10자 세금계산서를 “쟁점세금계산서②”라 하며, 쟁점세금계산서①, ② 모두를 “쟁점세금계산서”라 한다)를 각 교부받아 그 중 쟁점세금계산서①에 대하여는 2004.1기 부가가치세신고시 매입세액으로 공제하여 신고하고, 쟁점세금계산서②에 대한 매입세액은 2004.08.30경정청구를 하였다. 처분청은 2004.10.18 청구외법인이 쟁점세금계산서에 대한 거래사실을 부인하고 있다 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 청구법인이 신고한 쟁점세금계산서①에 대하여는 불공제등의 조치없이 쟁점세금계산서②의 매입세액 공제에 대한 경정청구를 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2005.01.21. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 2004.01.16경 청구외법인의 연구소장인 청구외 최○○과 이사인 김○○을 만나 청구외법인으로부터 피부마사지 미용기구인 ‘○○’를 독점공급 받기로 하면서 1차로 쟁점세금계산서의 공급대가 상당액인 99,000,000원을 최○○에게 선불로 지급하고 추후 실제 물품생산시점에 독점계약서등을 작성하기로 하고, 그 후 청구외법인이 생산부로 개설한 ○○동의 공구상가에 수 차례 방문하여 ‘○○’ 1,000세트를 공급받고 김○○로부터 쟁점세금계산서를 교부받았는데, 2004.07월 부가가치세 신고를 앞두고 위 최○○과 김○○이 여러 번 청구법인에게 전화로 회사사정이라고 하면서 세금계산서를 다시 발행해 줄 것이니 부가가치세를 다음기(2004.2기)로 신고하여 줄 것을 통사정함에 따라 쟁점세금계산서①에 대하여만 신고하였으나, 다시 발행해 주기로 한 날로부터 1주일이 지나도록 연락이 되지 아니하여 쟁점세금계산서②에 대하여 경정청구를 하게 되었던 것인 바, 당시 최○○은 ○○ 공학박사에 전직교수로 소개를 받았기에 그의 인품을 믿고 선불을 주고 거래하였는데 작성해 주기로 한 독점계약서도 부당한 이유를 내세워 약속을 지키지 아니하고 현재는 청구외법인이 폐업까지 하여 A/S도 불가능하여 공급받은 물품을 판매하지 못하고 청구법인의 창고에 보관하고 있으나, 당시 김○○은 청구외법인의 등기부상 이사로 등재되어 있었고, 최○○은 청구외법인의 홈페이지에 다른 기술진과 함께 연구소장으로 소개되어 있었으며, 동 홈페이지에는 ‘○○’에 대하여 자세히 소개한 바 있고, 최○○이 실용신안으로 등록한 것을 청구외법인이 ○○평가원에 그 시험성적을 의뢰한 바 있을 뿐만 아니라 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인이 공급받은 제품포장박스에도 제조업자가 청구외법인으로 되어 있는 점으로 보아도 최○○이 청구법인으로부터 받은 대금을 청구외법인에 입금하지 아니한 사정은 그의 잘못이지 청구법인의 책임이 아닌데도 청구외법인이 그 돈을 입금받지 아니하였다고 거래사실을 부인한다고 하나, 청구외법인은 김○○을 공금횡령혐의로 고발한 것으로 보아도 쟁점세금계산서의 거래를 청구외법인도 자신과의 거래인 것으로 인정하고 있다 할 것이므로 쟁점세금계산서는 정당한 것으로 보아 그 매입세액은 공제되어야 한다.

청구외법인이 거래사실을 부인하는 내용의 사실확인서를 관할세무서인 ○○세무서에 제출한 바 있고, 청구법인이 매입하였다고 하는 제품제조와 관련한 청구외법인의 매입액이 14백만원으로 청구외법인이 동제품을 제조하였다고 볼 수 없으며, 제품제조 책임자인 최○○이 사업자등록을 하지 아니한 상태에서 청구외법인의 이사인 김○○로 하여금 청구외법인의 명의로 쟁점세금계산서를 발행하도록 하였으며, 청구법인이 지급한 대금은 최○○이 수취하여 제품개발을 위하여 자재구입대금으로 사용하고 청구외법인의 통장에 입금한 바 없는 점으로 볼 때, 쟁점세금계산서와 관련한 거래는 청구외법인과의 거래가 아닌 최○○ 개인과의 거래인 것으로 판단되므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서②를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제할 것인지의 여부
• 나. 관련법령 이 건 부과처분의 납세의무성립일 현재 시행된 관련법령은 다음과 같다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 먼저, 청구법인이 제시하는 증거자료를 본다.

(1) 쟁점세금계산서의 대금으로 2004.01.16 선불로 최○○에게 지급한 돈은 청구외 (주)○○로부터 수표로 조달한 185백만원 중 액면가 10백만원짜리 수표 10매(수표번호 00000000-0000)를 지급하였다고 하면서 (주)○○가 입금의뢰인으로 되어 있는 관련 무통장입금증을 제시하고 있다.

(2) 쟁점세금계산서와 관련한 거래당시 교부받았다는 김○○과 최○○의 명함을 제시하고 있는 바, 김○○은 청구외법인의 전무로 되어 있고, 최○○은 청구외법인의 기술고문으로 되어 있으며, 청구외법인의 등기부에 의하면, 청구외 장○○는 대표이사로, 김○○은 이사로 등재되어 있으며, 청구외법인의 홈페이지에 의하면, 최○○은 청구외법인의 연구소장으로 소개하면서 한편으로는 ‘○○’제품의 개발배경 및 특징을 설명하고 동제품은 실용신안으로 등록(제0000000호)되고, ○○평가에 통과된 것으로서 그 가격은 231,000원이며, 연락처는 청구외법인 마케팅본부(0000-0000)인 것으로 나타난다.

(3) 2003.01.16자 특허청장 발급의 실용신안등록증에 의하면, 위 홈페이지에 소개된 실용신안등록증은 최○○가 실용신안권자이면서 고안자로 되어 있으나, 2004.02.25자 ○○평가원장 발급의 시험성적서에 의하면, 동 ‘○○’ 시험을 의뢰한 사람은 청구외법인의 대표이사 장○○로 되어 있으며, 청구법인이 쟁점세금계산서와 관련하여 공급받았다는 ‘○○’의 포장박스 사진에도 청구외법인이 기술ㆍ제조연구원으로 되어 있다.

• 나) 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로서 보게된 2004.11.23자 청구외법인의 대표이사인 청구외 장○○의 사실확인서에 의하면, 장○○ 자신은 김○○의 소개로 최○○이 갖고 있는 마사지미용기기 2,000개를 판매하기 위하여 2003.12경 김○○과 함께 청구외법인을 설립하여 제품판매를 대비해 홈페이지를 제작하였고, ○○구 소재 공구상가 근처에 최○○을 연구소장으로 하여 연구소 겸 개발실을 마련(임차보증금 500만원 및 월세 약 60만원과, 약 300만원의 지원금 및 수행직원 1명의 급여 지원)해 주었으나, 최○○은 부품조립등의 핑계로 청구외법인에 미용기기를 인도하지 아니하고 계속 미루고 있어 2004.06.30 최○○에게 연구소를 운영할 수 없으니 2004.08.30까지 연구소를 철수하겠다고 통보하였으나 최○○은 2004.08.30 현재까지도 철수하지 않고 있는 바, 박사학위도 갖고 있지 아니한 최○○에게 사기를 당하였다는 내용이며, 한편, 쟁점세금계산서와 관련한 거래에 대하여는 2004.04.05경 김○○과 최○○이 어디에선가 1억원의 자금이 들어와서 매출을 발생시켜야 하므로 매출세금계산서를 발급해야 한다고 한 바 있으나 그 돈이 법인통장에도 입금되지 아니하였고 그에 상응하는 매입자료도 없으므로 당초 말한대로 실제 재고 2,000개가 들어오면 최○○에게 원가상당액을 주고 매입세금계산서를 받고, 매출이 발생하면 법인통장에 돈을 입금받고 매출세금계산서를 발행해야 될 것이 아니냐고 하고 넘어 갔으나, 2004.07.23경 김○○과 최○○은 매출세금계산서를 발급하였다고 하길래 이를 취소하라고 하고 그 거래를 인정할 수 없다는 뜻의 내용증명을 청구법인과 청구외법인의 관할세무서에 통보하고, 세금계산서를 발급해준 청구외법인의 전무인 김○○을 공금횡령죄로 고소중에 있다는 뜻의 내용이다.
• 다) 청구법인은 위 장○○가 거래사실을 인정할 수 없다는 뜻으로 청구법인에게 통보하였다는 내용증명은 이를 받은 바 없다고 하며, 한편, 처분청은 청구외법인이 쟁점세금계산서에 대하여 부가가치세등을 신고하지 아니하고 이와 같이 쟁점세금계산서와 관련한 거래를 부인하고 있고, 청구법인은 청구외법인과 실제 거래하였다고 주장하면서 이 건 불복청구중에 있어 청구법인이 신고한 쟁점세금계산서①에 대하여 현재까지 아무런 조치를 하지 아니하였을 뿐만 아니라 쟁점세금계산서와 관련하여 청구외법인이나 최○○에게 과세하도록 자료를 통보한 바도 없다고 한다.

2. 판단

• 가) 이와 같은 사실관계를 종합하여 보면, 처분청의 주장과 같이 최○○이 청구외법인과는 관계없이 독립적으로 쟁점세금계산서와 관련한 거래의 주체라고 하더라도 청구법인이 청구외법인의 임직원들인 것으로 믿고 거래하였다는 최○○은 당시 외형적으로 청구외법인의 연구소장으로 있었던 점, 세금계산서를 건네 준 김○○ 역시 청구외법인의 이사인 점, 쟁점세금계산서와 관련한 거래물품인 ‘○○’제품이 청구외법인에서 제조ㆍ판매하는 것으로 청구외법인의 홈페이지에서 소개되었고, 또한 청구법인이 공급받은 제품의 포장박스에도 청구외법인이 기술ㆍ제조연구원으로 되어 있는 점 등으로 볼 때, 청구법인으로서는 쟁점세금계산서와 관련한 거래는 최○○ 개인과의 거래가 아닌 청구외법인과의 거래라고 믿은 데 잘못이 없는 선의의 거래당사자로 보인다 하겠다.
• 나) 그렇다면, 실제 공급자와 명의자가 다른 세금계산서라 할지라도 선의의 거래당사자로서 교부받은 것으로 인정된다면 그 매입세액은 공제되어야 할 것(국심2003서154, 2003.05.12 외 다수 같은 뜻임)인 바, 쟁점세금계산서와 관련한 실물을 공급한 주체가 청구외법인인지 아니면 최○○인지를 확정하여 그 공급주체에게 부가가치세등을 과세하는 것은 별론으로 하고, 이 건 경정청구거부처분과 관련한 쟁점세금계산서②의 매입세액은 공제되어야 할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.