세금계산서를 늦게 교부받아 쌍방 어떠한 이익도 없으므로 매입세액공제가 가능

○○세무서장이 2004.12.10. 청구인에게 통지한 2003년 2기 부가가치세 과세기간에 대한 경정청구거부처분은 청구외 주식회사○○가 2003.12.10. 자로 청구인에게 발행한 세금계산서의 부가가치세 41,741,279원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 과세표준 및 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 및 건물(이하 건물을 “쟁점건물”이라 한다)을 2003.11.10. 청구외 주식회사○○(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 구입하여 2003.11.11.을 개업일로 하여 2003.12.2. 처분청에 부동산 임대 업종으로 일반사업자로 사업자등록신청을 하였으나, 청구인은 2003년 2기 부가가치세 신고시 쟁점건물에 대한 매입세액을 공제받지 아니하였다. 청구인은 2004.11.15. 청구외법인이 작성년월일 난에 2003.12.10.을 기재하고 공급받는 자에 청구인의 성명 및 주민등록번호를 기재한 공급가액 417,412,798원, 세액 41,741,279원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 제출하여 쟁점세금계산서의 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 추가로 공제하여 줄 것을 내용으로 하는 2003년 2기 부가가치세 경정청구를 하였으나 처분청은 2004.12.10. 청구인에게 청구인의 경정청구에 대하여 경정할 수 없음을 통지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2005.1.18. 이 건 심사청구를 하였다.

청구외법인은 쟁점건물 양도 후 휴업상태로 업무연락이 잘 되지 아니하여 청구인이 쟁점건물에 대하여 사업자등록을 신청하여 사업자등록번호가 발급된 사실을 모르고 청구인의 주민등록번호를 기재하여 쟁점세금계산서를 교부하였는 바, 청구인은 세금계산서가 사업자등록번호가 기재되어야 매입세액 공제가 가능한 줄 알고 청구외법인에 쟁점세금계산서 수정을 요구하였으나, 청구외법인은 회계담당자가 퇴사하였다는 사유로 차일피일 미루어 청구인은 쟁점세금계산서의 매입세액을 공제하지 아니한 채 부가가치세를 신고하였다. 청구인은 2004.8.3. 처분청을 방문하여 이 사실에 대하여 문의하니 사업자등록 전의 거래내용이 사실과 부합할 경우 공급 받는 자에 주민등록번호를 기재하여 교부받은 세금계산서라도 매입세액 공제가 가능함을 알고 고충을 신청하였으나, 공급시기가 속하는 과세기간을 넘겨 교부받은 세금계산서의 매입세액은 공제받을 수 없다는 회신을 받고, 2004.11.15. 처분청에 국세기본법 제45조 의 2 규정에 따른 경정청구를 하였으나 같은 이유로 경정할 수 없다는 통지를 받았다. 처분청은 청구인이 고충신청시 제출한 고충신청서(이하 “쟁점고충신청서”라 한다)에 『청구외법인이 다른 사람에게 넘어가는 바람에 세금계산서 발행여부 및 내용을 모르고 지내며……』라는 문구가 있어 이를 근거로 쟁점세금계산서가 2004년 8월 이후에 발행하였다고 판단한 것으로 보이나, 쟁점고충신청서에 기재된 내용은 주민등록번호로 발행된 쟁점세금계산서의 정정교부를 요구하는 과정에서 청구외법인의 담당자와 연락이 되지 아니하여 업무처리가 제대로 되지 아니하였다는 내용을 세법지식이 부족한 청구인이 잘못 작성하여 청구인의 진의가 잘못 전달된 것이고 청구인은 쟁점세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받았으므로 쟁점매입세액은 공제되어야 하고, 설사, 처분청의 주장대로 청구인이 쟁점세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받지 아니하고 경정청구기한 내에 교부받았다 하더라도 쟁점건물의 거래사실이 존재하였고, 공급자인 청구외법인이 공급시기가 속하는 과세기간 내에 쟁점세금계산서를 발행하여 부가가치세를 정상적으로 신고한 사실에 비추어 쟁점매입세액은 공제되어야 하므로 처분청이 청구인의 경정청구에 대하여 경정을 거부하는 것은 부당하다.

청구인은 2003.8.3. 『청구인이 2003.11.20. 쟁점건물 및 부속토지의 잔금을 완납하였으나, 공급자인 청구외법인의 대표자가 바뀌는 바람에 쟁점건물에 대한 세금계산서 발행 여부 및 내용을 모르고 지내다가 2004.7.25.경 청구외법인의 세무를 관리하는 세무회계사무소에 연락하여 세금계산서를 보내 줄 것을 요구하였다. 청구인은 위 세무회계사무소로부터 청구외법인 대표자의 날인이 없어 날인을 받아 우편으로 보내준다는 연락을 받았으나 우선 그 내용을 팩스로 받아 환급신청을 하니 비록 환급기간이 지났지만 환급하여 달라』는 요지의 쟁점고충신청서를 제출하였는 바, 쟁점고충신청서에 적시된 대로 청구인은 쟁점건물의 거래가 이루어진 과세기간이 지나서 쟁점세금계산서를 교부받아 쟁점매입세액은 공제받을 수 없으므로 처분청이 쟁점매입세액을 공제하여 줄 것을 요구하는 경정처분을 거부한 것은 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점

① 청구인이 쟁점세금계산서를 공급시기의 과세기간 내에 교부받아 쟁점매입세액이 공제가능한지 여부와 ② 청구외법인이 쟁점세금계산서를 공급시기가 속한 과세기간 내에 발행하고 경정청구기간 내에 교부한 경우 쟁점매입세액 공제가 가능한지 여부를 가리는 데 있다.

• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 󰡒납부세액󰡓이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 󰡒매출세액󰡓이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 󰡒매입세액󰡓이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 󰡒환급세액󰡓이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29 개정)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 신설) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 󰡒필요적 기재사항󰡓이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (1994. 12. 22 개정)

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

3. 비영업용 소형승용자동차의 구입과 유지에 관한 매입세액 3의 2. 접대비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령이 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액 (1980. 12. 13 신설)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31 개정)

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. (1999. 12. 28 개정) (이하 생략)

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① 생략

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다. (1994. 12. 31 개정)

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우 (1994. 12. 31 개정)

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우 (1994. 12. 31 개정)

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우 (1999. 12. 31 신설) (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점①에 대하여 국세청전산조회 결과 청구외법인은 2003년 2기 부가가치세 신고에서 쟁점세금계산서를 주민등록번호 기재 분으로 정상적으로 신고하였음이 확인된다. 국세청전산조회 결과 청구인은 2003.12.2. 처분청에 쟁점건물의 부동산 임대에 대한 사업자등록을 일반사업자로 신청하였으나, 2003년 2기 부가가치세 신고에서 쟁점매입세액은 공제받지 아니한 사실이 확인되고, 이에 대해서는 처분청도 다툼이 없다. 다만, 청구인은 쟁점건물의 거래사실이 존재하였고, 청구인이 공급시기가 속하는 기간에 쟁점세금계산서를 교부받았으며, 청구외법인이 쟁점세금계산서의 공급가액과 매출세액을 정상적으로 신고하였는데도 처분청이 쟁점매입세액을 추가 공제하여 청구한 경정청구에 대하여 이를 거부하는 것은 부당하다는 주장이고, 처분청은 청구인이 쟁점건물의 거래가 이루어진 과세기간이 지나서 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 쟁점매입세액은 공제대상 매입세액이 아니라고 주장하고 있는바, 이에 대하여 살펴본다. 청구인이 2003.8.3. 처분청에 제출한 청구인의 자필로 작성된 쟁점고충신청서의 고충내용을 보면, 『본인이 2003.11.20. ○○구 ○○동 ○○번지 소재 건물 및 토지를 매입하고 잔금을 완납하였습니다. 그런데 얼마 지나지 않아 (주)○○ 법인이 다른 사람에게 넘어가는 바람에 세금계산서 발행 여부 및 내용을 모르고 지내며 수소문한 결과 법인의 세무를 관리하는 세무회계사무소의 전화번호를 알게 되어(7월 25일경) 세무회계사무소에 연락하여 세금계산서를 보내 줄 것을 요구했으나, 법인대표자의 날인이 없어 날인을 받아 우편으로 보내준다는 연락을 받았고 우선 그 내용을 팩스로 보내달라고 요구하여 확인하고 환급신청을 하오니 비록 환급기간이 지났지만 본인의 사정을 헤아려 환급해 주시길 바랍니다.』라고 기재되어 있다. 청구인은 청구인이 관련 세법을 잘 몰라 위 쟁점고충신청서의 내용이 사실과 다르게 작성되었다고 주장하면서 쟁점세금계산서는 2003.12.10자에 청구인의 주민등록번호를 기재하여 교부되었으나, 세법지식이 부족한 청구인이 주민등록번호로 발행된 쟁점세금계산서의 정정교부를 요구하는 과정에서 청구외법인의 담당자와 연락이 되지 아니하여 업무처리가 제대로 되지 아니하다가 2003년 7월 25일경에야 청구외법인의 세무를 관리하는 회계사무소에 연락이 되어 사업자등록번호로 정정교부를 요구하였다는 내용을 잘못 작성한 것이라고 주장하고 있다. 살피건대, 청구인은 약국을 20여년간 경영하였고 현재도 병원에서 약사로 재직하고 있는 지식층으로 사리를 분명히 구별할 능력이 있는 점에서 청구인이 쟁점고충신청서 제출시 사실을 잘못 기술하였다는 주장은 신빙성이 없다고 보여진다. 청구인은 청구인이 관련 세법은 잘 몰라 쟁점고충신청서에 쟁점세금계산서에 대한 사실관계를 잘못 기술하였다고 하나 오히려 세법을 모르기 때문에 자신에게 불리한 사실관계를 제대로 진술하였다고 볼 수도 있기 때문이다. 따라서 쟁점세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받았다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

2. 쟁점②에 대하여 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호에서는 부가가치세법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 공제받지 못하도록 규정되어 있으나, 같은법시행령 제60조 제2항 제3호에는 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서라도 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액을 공제하도록 규정한 취지는 세금계산서 교부를 조기에 확정하여 공급자와 공급 받는 자가 담합하여 거래시기 등을 조작하여 부가가치세 등을 탈루하는 것을 방지하되 세금계산서 교부시기를 거래시기에 한정함으로써 세금계산서 교부에 대하여 납세자에게 주는 경직성을 어느 정도 완화하여 편의를 제공함에 있다고 보여진다. 이 건의 경우에는 쟁점건물의 거래사실이 존재하였고, 공급자인 청구외법인이 쟁점매입세액을 거래징수하였으며, 공급시기가 속하는 과세기간 내에 쟁점세금계산서를 발행하여 부가가치세를 정상적으로 신고하였고, 청구인도 쟁점건물에 대한 임대사업장에 대하여 법령에 정해진 기한 내에 일반과세자로 사업자등록을 신청한 사실이 확인되는 점에 비추어 청구외법인이나 청구인이 담합하여 부가가치세 탈루를 획책하였다고 볼 수 없다고 보여진다. 다만, 청구인은 주민등록번호를 기재한 쟁점세금계산서의 매입세액이 공제가 가능하다는 사실을 모르고 세금계산서 교부를 요구하지 아니하였고, 청구외법인도 쟁점건물 거래당시 청구인이 사업자가 아닌 관계로 세금계산서 발행은 하였으나 교부하는 것에 대하여 주의를 해태한 것으로 판단된다. 위 사실관계에 비추어 청구인이 쟁점세금계산서를 뒤늦게 경정청구기한 내에 교부받은 것은 청구인이 관계법령을 잘 알지 못하여 발생한 실수로 보여지고, 세금계산서를 뒤늦게 교부받음으로써 공급 받는 자인 청구인이나 공급자인 청구외법인에게 어떠한 이익도 없으며, 부가가치세 등의 탈루도 획책하지 않은 사실과 위 부가가치세법시행령 제60조 제2항 제3호 의 입법취지에 비추어 쟁점매입세액은 공제 가능한 매입세액으로 해석함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.