도료 등의 매출액에 대하여 부가가치세 신고시 누락되었는지 여부

1. ○○세무서장이 2004.07.13. 청구법인에게 결정고지한 1999년 제1기분 부가가치세 13,209,450원은 부가가치세 과세표준에서 11,264,800원을 차감하여 부가가치세 과세표준과 세액을 경정합니다.

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

○○지방국세청장은 청구법인이 1999년 1기에 청구외 ○○공영(주) (이하 “○○공영(주)”라 한다)을 신고누락하였다고 2004.06.24. 처분청에 통보하였고,

○○세무서장은 청구법인이 1999년 1기에 청구외 (주)○○공업(이하 “(주)○○공업”이라 한다)에 대한 매출액 23,274,000원(공급가액으로 이하 “쟁점금액②”이라 한다)을 신고누락하였다고 이를 2004.01.05. 처분청에 통보하였다. 이에 따라 처분청은 2004.07.13. 청구법인에게 1999년 1기분 부가가치세 13,209,450원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.09.13. 이의신청을 거쳐 2005.01.14. 심사청구하였다.

• 가. 쟁점금액①은 1998.12.31. 도료를 ○○공영(주)에 매출하였으나 1999.01.04. 전량 반품되었기에, 1999.1기분 부가가치세 신고시 그 금액을 차감하여 신고 납부한 것임으로 매출누락이 아니다.
• 나. 쟁점금액②는 청구법인의 영업담당 직원이 임의로 (주)○○공업에게 실물거래없이 허위로 세금계산서 23,274,000원(공급가액으로 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 발행ㆍ교부하여, (주)○○공업이 이를 1999.1기 부가가치세 매입신고함으로써 (주)○○공업이 부당하게 매입세액공제를 받은 것임에도, 청구법인이 매출누락한 것으로 보아 부가가치세를 부과함은 부당하다.

쟁점금액①은 ○○지방국세청장이 ○○공영(주)의 세무조사시, 1999년 1기 확정 부가가치세 신고를 ○○공영(주)는 2,880,000원으로 정당하게 신고하였으나, 청구법인은 △33,685,000원으로 매출신고하여 차액 36,565,000원을 매출과소신고하였다하여 파생한 자료금액이고, 쟁점금액②는 ○○세무서장의 1999년 1기 불부합자료처리시, (주)○○공업은 청구법인으로부터 재화 23,274,000원을 매입하여 정당하게 신고하였으나, 청구법인은 이를 신고하지 않아 23,274,000원을 매출과소 신고하였다하여 파생된 자료금액이므로, 위와 같이 파생된 쟁점금액에 의하여 매출 56,959,000원을 누락한 것으로 보아 1999년 1기 부가가치세 13,209,450원을 부과결정한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점금액①과 쟁점금액②가 1999년 제1기 부가가치세 신고시 누락되었는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 1) 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때

3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때

③ (이하 생략) 2) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

② (이하 생략) 3) 부가가치세법 제20조 【세금계산서합계표의 제출】

① 사업자는 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하였거나 교부받은 때에는 다음 각호의 세액을 기재한 매출처별세금계산서합계표와 매입처별세금계산서합계표(이하 “매출ㆍ매입처별 세금계산서합계표”라 한다)를 당해 예정신고 또는 확정신고와 함께 제출하여야 한다. 다만, 제18조 제2항 본문의 규정이 적용되는 경우에는 당해 과세기간의 확정신고와 함께 제출하여야 한다.

1. 공급하는 사업자 및 공급받는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

4. 거래기간 동안의 공급가액의 합계액 및 세액의 합계액

5. 제1호 내지 제4호 외에 대통령령이 정하는 사항

② (이하 생략) 4) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

② (이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점금액①에 대하여

• 가) 청구법인과 ○○공영(주) 사이의 거래분에 대한 1998년 2기분 및 1999년 1기분 세금계산서합계표 제출내역은 아래의 [표1]과 같으며, 이에 대하여 처분청과 청구법인간의 다툼은 없다. [표1] 세금계산서 합계표 매출내역(불부합 내역) (단위: 천원) 구분 1998년 2기 1999년 1기 비고 청구법인 (매출처) 133,254 △16,321 △세금계산서 36,565 세금계산서 20,244

○○공영(주) (매입처) 96,689 20,244 차액 36,565 △26,565

• 나) 청구법인은 쟁점금액① 상당의 도료를 1998.12.31. ○○공영(주)에 외상매출하고 1998년 2기 부가가치세 신고하였으나, 1999.01.04. 반품되었기에 1999년 1기 부가가치세 신고시 그 금액을 차감한 것일 뿐 매출누락은 아니라고 주장한다.
• 다) 그러나 ○○공영(주)에서 당심에 제출한 거래원장인 “거래처별(세금)계산서 현황”에 의하면, 청구외 ○○공영(주)가 청구법인으로부터 1998년 2기 공급가액 96,689,400원과 1999년 1기 공급가액 20,244,000원을 매입한 것으로 되어 있고, 청구법인의 주장처럼 1998년 2기에 쟁점금액① 상당의 도료를 구입한 사실이 없다는 것이다.
• 라) 따라서 청구법인이 쟁점금액①을 1998년 2기 부가가치세 매출로 신고한 것은 당초부터 재화의 공급이 없었음에도 재화의 공급이 있는 것으로 잘못 알고 신고한 것이므로 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하여 1998년 2기 부가가치세를 경정청구하여야 할 것임에도 1999년 1기분 매출에서 차감하여 신고하였으므로, 처분청이 36,565,000원을 매출누락으로 보아 부가가치세를 부과한 당초처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

2. 쟁점금액②에 대하여

• 가) ○○세무서장은 (주)○○공업의 2001.01.01.~12.31.사업년도 법인세 일반통합조사시, 1999년 1기 세금계산서불부합자료 공급가액 23,274,000원에 대하여, (주)○○공업은 정상 매입신고하였으나 청구법인이 매출신고 누락하였다며 2004.01.05. 처분청에 통보하였고, 이에 근거하여 처분청은 청구법인에게 23,274,000원을 매출누락으로 부가가치세를 과세하였음이 국세통합시스템, 자료처리보고서, 과세자료, 결의서에 의하여 확인된다.
• 나) 청구법인과 (주)○○공업간의 세금계산서 합계표 제출내역을 청구법인 및 (주)○○공업이 제출한 부가가치세신고서와 국세통합시스템에 확인한 바, 아래 [표2]와 같으며, [표2] 세금계산서 합계표 제출내역 (단위: 원) 구분 합계 1998년 2기 1999년 1기 1999년 2기 청구법인(매출처) 16,873,300 11,264,800

• 5,608,500 (주)○○공업 (매입처) 23,274,000

• 23,274,000

• 차액 △6,400,700 11,264,800 △23,274,000 5,608,500 청구법인이 1998.09.15. (주)○○공업에게 최초로 도료를 공급한 것으로 장부에 계상되었고, 청구법인은 세금계산서를 전산발행하고 있었음에도 (주)○○공업이 제시한 세금계산서는 수동작성된 것으로 당시 청구법인의 영업직원이었던 청구외 노○○(2000.06.30 퇴사)가 발행하였다며 청구법인은 거래장, 세금계산서 등을 제출하였다.

• 다) 위 거래와 관련한 대금수수에 대하여 청구법인은 아래의 [표3]에서와 같이 외상매출금 18,561,280원을 수수한 것으로 장부계상하였고, (주)○○공업은 외상매입금 25,601,400원(1999.04.30. 6,000,000원, 1999.06.28. 19,601,400원)을 지급한 것으로 장부계상하였으나, 당심에서 거래당사자인 청구법인과 (주)○○공업에 확인한 바, 아래 [표3]와 같이 실질적으로 거래대금 25,601,400원을 수수하였다고 인정하고 있다. [표3] 대금수수 현황 (단위: 원) 장부 실지 대금수수현황 비고 일자 적요 금액 일자 적요 금액 1999.04.30 현금회수 6,000,000 1999.04.30 현금지급 6,000,000 1999.06.29 어음회수 통장이체 3,000,000 3,391,280 1999.06.28 어음지급 통장이체 현금지급 3,000,000 4,327,400 3,659,500 2000.01.20 어음회수 현금회수 6,000,000 170,000 2000.01.20 어음지급 현금지급 6,000,000 2,614,500 합계 18,561,280 25,601,400 차액 7,040,120
• 라) (주)○○공업은 1998년 03월 “○○우편집중국청사” ALC판넬공사를 청구외 ○○종합건설(주)로부터 175,000,000원(부가가치세 별도)에 도급받아서 이 중 외부도장공사를 1998.09.20. 공사대금 23,274,000원(부가가치세 별도), 공사기간 1998.09.20.부터 1999.05.20.까지로 계약하여 청구법인에게 하도급을 주었다며 건설공사 하도급계약서를 제출하였는 바, 당심에서 (주)○○공업의 대표자인 청구외 공○○과 청구외 노○○에게 확인한 바에 따르면, 청구법인의 직원인 청구외 정○○, 청구외 노○○가 실질적으로 공사를 하였음에도 공사하도급계약서가 없으면 공사대금 23,274,000원에 대한 세금계산서를 교부할 수 없다고 하여 1999.05월 또는 06월경에 소급하여 하도급계약서를 작성한 것이며, 청구외 노○○가 도료대금은 청구법인에게 입금하였으나 공사현장 비용인 노무비 등은 현금수수하여 현장에서 노무자 등에게 지급하였다고 진술하고 있다.
• 마) (주)○○공업의 요청에 의하여 청구법인과 하도급계약서를 소급하여 작성되었더라도 계약서상의 공사대금 25,601,400원(공급대가)의 수수사실이 확인된 점과 계약서상의 공사기간이 1998.09.20.부터 1999.05.20.까지로 되어 있고 청구법인이 도료를 1998.09월부터 공급한 것으로 장부에 계상되어 있는 점 및 최초 공사대금이 1999.04.30. 수수된 점 등으로 보아, 하도급공사관련 세금계산서는 1998년 2기 11,264,800원, 1999년 1기 12,009,200원으로 발행ㆍ교부 및 부가가치세 과세표준을 신고하여야 한다고 판단되므로, 처분청은 1999년 1기 부가가치세 과세표준 12,009,200원을 매출누락한 것으로 경정결정하여야 함에도 23,274,000원을 매출누락으로 보아 부가가치세를 과세한 당초처분은 잘못이 있다고 할 것이다.
• 바) 매출처인 (주)○○공업에게 쟁점 세금계산서 1999년 1기분 매입세액 2,327,400원 중 1,126,480원을 매입세액불공제하는 것은 별론으로 한다.
• 라. 결론 상기와 같이 청구인의 주장은 일부 이유 있으므로, 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.