직권 폐업된 자로부터 수취한 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부

○○세무서장이 2004. 10. 05. 청구법인에게 경정ㆍ고지한 2003년 제1기분 부가가치세 5,611,088원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○공단(2004. 12. 22. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 사업장을 이전하였다)에서 2001.03.10.부터 감속기를 제조하는 법인으로, 청구외 ○○상사(이하 “쟁점매입처” 라 한다)로부터 2003년 제1기에 매입세금계산서 5매 39,200,000원(공급가액, 이하 “쟁점세금계산서” 라 한다)을 수취하여 관련 매입세액 3,920,000원을 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하고 신고하였다. 처분청은 국세청 전산실로부터 쟁점세금계산서가 폐업후 거래라는 ‘매입세액 부당공제 혐의자료’를 통보받고, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 부아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2004. 10. 05. 청구법인에게 2003년 제1기분 부가가치세 5,611,088원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 12. 30. 심사청구하였다.

청구법인은 쟁점매입처의 정상 영업사실을 확인하고 2002년부터 2003년 상반기까지 감속기 부품을 납품 받은 사실이 별첨 거래명세서와 같이 확인되며, 대금도 정상적으로 결제하여 실제로 거래를 하였는데도, 처분청은 쟁점거래처가 2000. 12. 31. 직권폐업된 이후 쟁점세금계산서를 수취한 것이라 하여 선의의 제3자를 보호하지 아니하고 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

1. 청구법인은 쟁점매입처와 2002. 01. 01.부터 2003. 03. 24.까지의 매입분에 대하여 선의의 사업자로서 정상매입임을 주장하지만, 쟁점거래처의 사업장인 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 임대인인 청구외 고○○(000000-0000000)에 전화 문의한바, 2002년 초까지만 위 사업장에 존재하였음이 확인되므로 2003년 상반기 거래분인 쟁점세금계산서는 정상사업자와의 거래라고 볼 수 없으며,

2. 쟁점매입처는 청구법인과 거래가 시작되기 이전인 2001. 01. 31.(폐업일자: 2000. 12. 31) 직권폐업처리되어 청구법인이 쟁점거래처의 폐업사실을 충분히 인지할 수 있는 상황이었으므로, 청구인이 선량한 관리자로서 주의의무를 다한 선의의 피해자라고 볼 수 없어 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 직권폐업된 자로부터 수취한 매입세금계산서를 매입세액 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. (단서 생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외의 대통령령이 정하는 사항 <이하 생략> 2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액” 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액 (이하 “매출세액” 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액” 이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액.

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. <이하 생략> 3) 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다. (2003.12.30. 개정전)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 <중략>

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. <이하 생략> 4) 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 규정하는 경우로 한다. <중략> 1-4. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우 <이하 생략>

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구법인이 2003년 제1기에 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서 5매 공급가액 39,200,000원을 매입세액으로 공제받은데 대해, 처분청은 쟁점세금계산서를 폐업자로부터 수취한 것으로 보아 매입세액을 불공제한 사실이 부가가치세경정결의서에 의하여 확인된다.

2. 쟁점매입처는 1997. 09. 01. 개업하여 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재에서 동력전달장치 제조업을 영위하던 사업자로, ○○세무서장은 2001. 01. 31. 폐업일자를 2000. 12. 31.로 소급하여 직권폐업시킨 것으로 국세통합전산망에서 확인된다.

3. 청구인은 쟁점매입처와의 사실거래를 주장하면서, 거래명세표, 입금표 등을 제시하고 있으므로 이에 대해서 살펴본다.

• 가) 청구인이 쟁점매입처로부터 수취한 쟁점세금계산서와 대금을 지불한 내역은 다음과 같다. 쟁점세금계산서 대금 지급 일자 품명 공급가액 세액 합계 일자 구분 금액 증빙 2003.01.08 부품 외 3,000,000 300,000 3,300,000 2003.01.08 송금 3,168,000 통장 사본 송금 1,820,000 통장 사본 2003.01.30 2003.01.30 부품 외 3,250,000 325,000 3,575,000 현금 5,700,000 입금표 2003.03.24 2003.02.05 부품 외 1,950,000 195,000 2,145,000 어음 5,280,000 어음 사본 2003.05.02 어음 8,300,000 어음 사본 2003.02.24 부품 외 13,000,000 1,300,000 14,300,000 2003.07.31 현금 9,369,950 입금표 2003.03.21 부품 외 18,000,000 1,800,000 19,800,000 2003.08.13 송금 1,500,000 통장 사본 합계 39,200,000 3,920,000 43,120,000 35,137,950
• 나) 처분청은 쟁점매입처의 임대인인 청구외 고○○에게 전화로 문의하여 2002년 초 폐업한 사실을 확인하였다고 하였으나, 청구외 고○○가 2003년 1기 부가가치세 확정신고시 제출한 부동산임대공급가액명세서에 임차인이 쟁점매입처의 대표인 유○○로 기재된 사실이 확인되고, 쟁점매입처의 대표인 유○○의 예금통장으로 대금이 송금된 사실 등으로 보아, 쟁점매입처는 직권폐업된 이후, 적어도 2003년 제1기 과세기간까지는 사업을 계속해서 영위하였다고 보여진다.
• 다) 청구법인이 쟁점매입처로부터 매입한 부품을 ○○기업, (주)○○, ○○ 등에 판매하였음이 확인되는바, 실제 거래하였다는 청구주장은 인정할 만하다.
• 라) 위 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점세금계산서상의 거래대금전액을 모두 입증하지는 못하지만 일부 금액이 외상매입금으로 남아있고, 2002년부터 6회에 걸쳐 12,808,000원을 쟁점매입처의 대표 유○○의 예금계좌에 송금하였고, 청구인이 수령한 약속어음을 배서하여 쟁점매입처에 양도한 사실 및 쟁점매입처로부터 매입한 부품을 매출한 사실이 확인되는 점 등 여러 가지 정황을 감안할 때 쟁점매입처를 2000. 12. 31.을 폐업일로 직권폐업한 조치는 사실조사를 소홀이 한 것으로 인정되는바, 쟁점세금계산서의 교부시기인 2003년 제1기 과세기간 중에 쟁점매입처가 부품 제조업을 실지로 영위한 것으로 보여지고, 직권폐업된 자라 하더라도 사실상 계속사업자로서 인정되는 경우에는 실지거래로 인정된다 할 것이고, 직권폐업된 사실을 인지하지 못한데에 대하여 청구법인을 탓하기 어려울 것으로 인정되므로, 쟁점매입처를 매출누락으로 과세하는 것을 별론으로 하고, 쟁점세금계산서의 매입세액은 이를 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.