선의의 거래당사자로 보여지므로 매입세액을 불공제한 처분은 부당함

○○세무서장이 2004.10.11. 청구인에게 경정·고지한 1999년 제1기 과세기간 귀속 부가가치세 85,400,000원의 부과처분은 이를 취소합니다.

내용 청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동○가 ○○번지에서 ○○(000-00-00000)이라는 상호의 여관 숙박업을 1998.10.14.에 개업하여 현재까지 운영하는 사업자로 1999년 제1기 과세기간에 여관 신축공사와 관련하여 청구외법인 ○○종합건설(주)(000-00-00000)로부터 세금계산서 2매(공급가액 합계: 400,000,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 공급가액에 해당하는 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하여 1999년 제1기분 부가가치세 85,400,000원을 2004.10.11.에 청구인에게 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.11.30. 이 건 심사청구를 하였다.

처분청은 청구외법인이 건설업 면허의 명의를 대여하고 쟁점세금계산서와 같은 사실과 다른 세금계산서를 발행했다는 의견이지만, 청구인은 여관 건물의 신축(이하 “쟁점신축공사”라 한다)과 관련하여 청구외법인을 직접 방문하여 계약을 체결하고 청구외법인의 사업자등록증과 건설업 면허증의 사본을 교부받는 것과 같이 선량한 관리자의 주의 의무를 다하여 선의의 거래당사자에 해당하고, 거래상대방이 명의 위장사업자로 판정되었더라도 사업자등록증을 확인하고 세금계산서를 교부받은 선의의 거래당사자는 경정 등의 불이익한 처분을 받지 않으므로(부가가치세기본통칙 21-0-1), 이 건 과세처분은 부당하다.

○○세무서장이 청구외법인의 대표자인 백○○을 세금계산서 교부의무 위반 혐의로 고발하였고, 조사과정에서 백○○은 쟁점신축공사 사실을 모른다고 하였고, 쟁점신축공사의 전기 공사를 담당했던 ○○엔지니어링(000-00-00000)의 실질적인 대표자인 진국현(사업자등록상의 대표자인 고해정의 남편)이 청구외법인을 건설업 면허의 대여업체로 확인하고 있으며, 청구인이 쟁점신축공사 과정에서 청구외법인의 현장사무소장으로 알고 접촉했다고 주장하는 오○○도 청구외법인과는 관련이 없으므로, 쟁점세금계산서를 실물거래가 없는 사실과 다른 세금계산서로 본 이 건 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 건설업 면허의 대여업체인 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받은 사업자를 선의의 거래당사자로 보아 매입세액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제14조 【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (이하 생략)

○ 부가가치세법기본통칙 21-0-1【명의 위장사업자와 거래한 선의의 사업자에 대한 경정】 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부하거나 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는 조세범처벌법에 의한 처벌 등 불이익한 처분을 받지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 국세통합전산망에 의하면 파주세무서장이 2000.06.29.에 2000.06.27.자로 직권폐업된 청구외법인의 폐업일 당시의 대표이사인 김○○을 2002.06.24.에 1998년 제2기 과세기간부터 2000년 제2기 과세기간까지의 세금계산서 교부의무 위반 혐의로 ○○경찰서장에게 고발한 사실이 확인된다.

(2) 청구인의 개업일이 속하고 쟁점신축공사의 착공일이 속한다고 청구인이 주장하는 1998년 제2기 과세기간이 시작되는 1998.07.01.부터 청구외법인의 폐업일까지의 청구외법인의 주주 구성을 국세통합전산망을 통해 조회하면 소액주주 지분으로 보이는 5%를 제외한 나머지 지분을 청구외 백○○ 외 6명이 분산하여 보유하고 있는데 지분비율의 변동은 없는 것으로 확인된다. 또한, 등기부를 통해 위 기간 동안의 청구외법인의 임원 구성을 조회하면 청구외 이○○ 외 15명이 시차를 두면서 임원으로 기재되어 있는데, 일정한 날짜에 동시에 기재되어 있는 임원의 수는 5~10명 사이이다. 다음 쪽의 표는 위 기간 동안의 청구외법인의 대표이사 또는 주주로 기재되어 있는 사람들을 일자별로 구분하여 표시한 것이다. 98.06.11 98.12.04 99.04.23 99.06.14 99.07.14 99.09.09 99.10.20 지분 ~ ~ ~ ~ ~ ~ ~ 비율 98.12.03 99.04.22 99.06.13 99.07.13 99.09.08 99.10.19 00.06.27 (%) 백○○ 20 김○○ 김○○ 이○○ 20 백○○ 20 윤○○ 10 고○○ 10 조○○ 10 송○○ 5 (cf) 짙은 음영은 대표이사, 옅은 음영은 대표이사가 아닌 일반 임원을 표시함.

(3) 등기부에 의하면 1992.06.18.에 개업한 청구외법인은 폐업일까지 상호와 본점 소재지를 자주 변경하였는데 그 내용을 정리하면 아래의 표와 같다. 일자 상호 본점 소재지(번지 생략) 1992.06.18.

○○금속(주)

○○시 ○○구 ○○동 1992.09.24.

○○신영(주)

○○시 ○○구 ○○동 1993.01.29.

○○금속개발(주)

○○시 ○○구 ○○동 1993.05.13.

○○건영(주)

○○시 ○○구 ○○동 1996.05.31.

○○건영(주)

○○시 ○○구 ○○동 1997.06.20.

○○건설(주)

○○시 ○○구 ○○동 1997.09.09.

○○종합건설(주)

○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 1998.06.11.

○○종합건설(주)

○○도 ○○시 ○○동

(4) 국세통합전산망, 등기부 및 파주세무서장이 작성한 청구외법인에 대한 법인세 조사 복명서에 의하면, 1998년 제2기 과세기간 이후 청구외법인의 등기부에 임원인 감사로 기재되어 있는 고○○의 남편이자 청구인이 청구외법인의 부회장으로 소개받았다고 하는 구○○의 형인 구○○는 (구○○과 구○○ 간의 관계는 심리과정에서 구○○와 통화하여 확인함) ① 청구외법인의 직전 상호와 유사한 상호로 1994.06.01.에 개업하여 1995.02.10.에 폐업한 (등기부에 의하면 폐업일 이후에도 2001.12.04.자의 해산일 및 2004.12.04.자의 청산종결일까지 법인으로 존속하였으며, 1995.01.25.에 본점을 ○○도 ○○시 ○○동에서 ○○시 ○○구 ○○동으로 이전한 사실이 확인됨) ○○종합건설(주)(000-00-00000)의 임원이었으며 (재직기간: 1994.04.16.~1995.08.28., 그 중 1994.04.16.~1994.10.01.의 기간 동안에는 대표이사로 기재되어 있음) ② ○○세무서장이 2002.08.19.자로 2000년 제1기 과세기간의 세금계산서 교부의무 위반으로 ○○지방검찰청 ○○지청장에게 고발하였고 청구외법인과 유사한 상호로 1998.02.16.에 개업하여 2000.03.18.에 폐업한 (등기부에 의하면 폐업일 이후에도 별도의 해산이나 청산 절차 없이 현재까지 ○○시 ○○구 ○○동에 본점을 두고 존속하고 있는 사실이 확인됨) ○○건설(주)(000-00-00000)의 대표이사였으며 (재직기간: 1999.08.06.~1999.12.06.) ③ 청구외법인의 세금계산서 교부의무 위반과 관련된 소명자료를 제출하라는 파주세무서장의 요청에 대하여 불응하고 있으므로, ○○세무서장은 구○○를 청구외법인의 실질적인 사주(社主) 및 세금계산서 교부의무 위반 혐의자로 보고 있다.

(5) 위 복명서에 의하면 (i) 청구외법인의 등기부에는 1998.06.11.자로 본점 소재지를 ○○도 ○○시 ○○동으로 이전하였지만 청구외법인의 실제 본사 사무실은 ○○건설(주)의 등기부상 1998.04.21.부터 1999.10.07.까지의 본점 소재지로 기재되어 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 ○○호이었으며 (ii) 이후 ○○건설(주)가 본점 소재지를 등기부상 2000.12.01. 이후의 본점 소재지로 기재되어 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 이전할 때 청구외법인도 같이 이전하여, 1998년 하반기 이후로는 청구외법인과 ○○건설(주)가 같은 본점 사무실을 사용한 것으로 보고 있다.

(6) 또한, 위 복명서에 의하면 청구외법인은 1998년 제2기 과세기간부터 2000년 제2기 과세기간까지 ○○산업(주)(000-00-00000) 외의 다수의 건설업 면허가 없는 건설회사 및 개인 건설업자들에게 건설업 면허를 대여하고 부가가치세 과세표준으로 쟁점신축공사의 공사대금을 포함한 총 8,942,578,000원의 가공매출을 신고한 것으로 보고 있다.

(7) 위 복명서 및 등기부에서 청구외법인의 대표이사를 역임한 3명에 대하여 백○○은 대표이사로 재직하는 동안 세금계산서 교부의무 위반 혐의가 없으나, 김○○와 김○○은 세금계산서 교부의무 위반 혐의가 있으며, 특히 김○○은 청구외법인과는 별도로 1999.12.06. 이후 ○○건설(주)의 대표이사로 재직하는 동안에도 세금계산서 교부의무 위반 혐의가 있는 것으로 보고 있다.

(8) 청구인이 제시한 쟁점신축공사와 관련한 청구외법인의 “건설공사 도급 계약서”의 주요한 내용은 아래와 같다.

① 공사기간: 1998.10.16. ~ 1999.03.19.

② 도급금액: 400,000,000원 (부가가치세 별도)

③ 건축주: 청구인 (도장 및 주민등록번호 표시)

④ 시공자: ○○종합건설(주)(청구외법인) 대표이사 백○○

⑤ 1998.06.26.자로 ○○세무서장이 발급한 청구외법인의 사업자등록증이 첨부되어 있음

⑥ 1997.09.11.자로 청구외법인의 전 상호인 ○○건설(주)가 1997.09.11.부터 2002.09.10.까지 건설산업기본법 제9조 의 규정에 의하여 건설사업자임을 증명하는 건설교통부장관이 내용으로 발급한 건설업면허증이 첨부되어 있음

⑦ 위 건설업면허증과 같은 내용과 함께 청구외법인이 ○○건설(주)에서 ○○종합건설(주) 및 현재의 ○○종합건설(주)로 상호가 변경되고, 영업소재지도 청구외법인의 등기부의 본점소재지와 같이 변경된 것으로 기재되어 있는 건설업면허수첩이 첨부되어 있음

(9) 청구인은 청구외법인에 쟁점신축공사의 공사대금 400,000,000원을 지급한 사실에 대한 증빙으로 청구인이 청구외법인의 대표이사인 백○○에게 지급한 4매의 입금표(입금일자: 1998.10.12., 1998.11.04., 1998.12.08. 및 1999.02.03.)를 제시하였는데, 각각의 입금표에는 백○○의 명판과 직인이 찍혀 있다.

(10) 청구인은 ○○을 설계하고 쟁점신축공사를 감리한 ○○건축사무소(000-00-00000)의 대표자인 김○○가 청구외법인을 추천하면서 청구외법인의 건설현장소장이라 하는 오○○를 소개하였으며, 오○○는 청구외법인이 쟁점신축공사를 계기로 호남 지방에 진출하기 위해 쟁점신축공사를 실비로 수행하겠다고 제안했다고 한다. 청구인은 1998.10.19.에 청구외법인의 본사인 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 ○○호를 직접 방문하여 청구외법인의 부회장이라 하는 구○○ 및 오○○와 쟁점신축공사의 계약서를 작성하였으며, 당시 구○○은 자신들이 본사 건물에서 청구외법인과 함께 ○○건설(주)와 ○○종합건설(주)도 함께 운영한다고 하면서 ○○종합건설(주)의 관리부장인 청구외 김○○를 소개했다고 한다. 또한, 청구인은 청구외법인의 “건설공사 도급 계약서”에 첨부된 사업자등록증 및 건설업면허증은 청구인이 적극적으로 요청하여 사본들을 받은 것이라고 한다.

(11) 청구인이 청구외법인의 본사를 방문하면서 받았다고 제시하는 구○○ 및 오○○의 명함에는 청구외법인과 ○○건설(주)의 명칭이 다 기재되어 있으며, 본사의 주소가 청구외법인의 등기부상 본점 소재지와 달리 ○○건설(주)의 등기부상 1998.04.21.부터 1999.10.07.까지의 본점 소재지로 기재되어 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 ○○호로 기재되어 있으나, 부회장으로 표시된 구○○과 달리 오○○는 이름 앞에 별도의 직함이 표시되어 있지 않다. 김○○의 명함에는 청구외법인이 ○○종합건설(주)의 상호를 사용할 때의 본점 소재지의 주소인 ○○ ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지가 본사의 주소로 기재되어 있고, ○○건설(주)의 등기부상 1998.04.06.부터 1998.04.20.까지의 본점 소재지로 기재되어 있는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 ○층이 ○○종합건설(주)의 ○○사무소의 주소로 기재되어 있다.

(12) 청구인이 제시한 오○○의 도장이 찍힌 2004.11.16.자 확인서에는 오○○가 (i) 청구외법인이 수행한 쟁점신축공사의 건설 현장소장으로 근무하였고 (ii) 쟁점신축공사의 대금으로 청구인으로부터 400,000,000원을 4회에 걸쳐 현금으로 수령하였고, 부가가치세 40,000,000원은 1999.03.11.에 청구인과 함께 ○○시 ○○은행 ○○지점을 방문하여 청구인이 쟁점신축공사와 관련하여 같은 날짜에 국세환급금으로 수령한 42,378,207원 중에서 현금 13,000,000원과 1,000,000권 수표 27매로 나누어 수령하였으며 (iii) 쟁점신축공사의 현장이 청구외법인의 본사인 ○○시와 멀리 떨어져 있어서 본사에서 직접 재료비 및 노무비를 지급하는 대신 청구인으로부터 받은 대금을 본사의 지시에 따라 재료비와 노무비를 지급하고 나머지 금액을 본사에 전달하였다고 기재되어 있다.

(13) 청구인이 제시한 청구외법인의 “건설공사 도급 계약서”에는 공사대금의 구체적인 지급방법에 대한 약정은 기재되어 있지 않지만, 청구인은 지급일자를 사전에 정하지 않고 기성에 준하여 수시로 합의하여 지급하기로 하였는데 쟁점신축공사의 공사 기간 당시에 외환위기 이후의 어려운 경제 사정 때문에 청구외법인이 현금 없이 건설자재를 구입할 수 없는 형편임을 고려하여 공사대금을 현금으로 지급하였다고 주장한다.

(14) 처분청은 ○○을 설계한 김○○에게 확인한 결과 쟁점신축공사의 공사단가가 평당 2,000,000원 정도라고 진술하고 있으므로 ○○의 총건축면적이 1,156.87m 2 (349.95평)인 점을 고려할 때 총공사금액이 700,000,000원 정도일 것으로 추정되는데, 청구인이 주장하는 쟁점신축공사의 총공사대금(즉, 쟁점세금계산서의 공급가액)이 400,000,000원으로 그 차이가 너무 커서 쟁점신축공사를 사실과 다른 거래로 판단하고 있다. 이에 대하여 청구인은 쟁점신축공사의 착공 당시의 어려운 경제 사정 때문에 다수의 건축설계업자들로부터 공사단가가 평당 1,700,000원이면 충분할 것이라는 (즉, 총공사금액이 600,000,000원 정도일 것이라는) 견적을 받았으며, 실제로도 청구외법인에게 지급한 400,000,000원 외에 여관업에서 중요한 인테리어 공사를 위해 약 200,000,000원을 장○○에게 지급하고 별도의 공사를 수행하게 했다고 주장하면서 그 근거로 장○○의 자필 확인서를 제시하고 있다.

(15) 청구인이 제시한 쟁점신축공사의 작업반장이라 하는 장○○의 도장이 찍힌 자필 확인서에서 장○○이 쟁점신축공사 현장에서 인테리어 목수 반장으로 작업반원들과 함께 1998년 12월부터 1999년 1월까지 인테리어 공사를 하고 노무비는 청구인으로부터 지급받았다고 기재되어 있다.

(16) 처분청은 파주세무서장의 청구외법인에 대한 조사과정에서 쟁점신축공사 당시 등기부상 대표이사였던 백○○이 쟁점신축공사가 수행된 사실을 모른다고 답변했으며, 1998년 제2기 및 1999년 제1기 과세기간에 청구외법인이 ○○ 지역에서 쟁점신축공사 외의 공사를 수행하지 않은 반면 쟁점신축공사 현장 인근에서 매입한 건축 원재료의 공급가액인 416,439,000원이 쟁점공사의 총공사금액보다 크기 때문에 쟁점신축공사를 사실과 다른 거래로 판단하고 있다.

(17) 처분청에서는 쟁점신축공사의 전기 공사를 담당했던 일화엔지니어링의 실질적인 대표자인 진○○이 청구외법인을 건설업 면허의 대여업체로 확인하고 있다고 주장하고 있는데, 이와 관련하여 진○○이 작성한 소명서에는 일화엔지니어링의 직원인 정진경과 오○○가 전기공사의 구두계약을 체결하였고 본인은 대금결제가 확실하다는 오○○의 말을 믿고 계약의 상대방이 누구인지 크게 신경 쓰지 않고 1998년 9월부터 1999년 1월까지 전기공사를 마친 후 오○○의 요청으로 청구외법인에게 공급가액 18,500,000원의 세금계산서를 교부했다고 진술하고 있다.

(18) 처분청에서는 청구인이 쟁점신축공사의 과정에서 청구외법인의 현장사무소장으로 알고 접촉했다고 주장하는 오○○가 청구외법인과는 관련이 없다고 (즉, 청구외법인의 직원이 아니라고) 주장하고 있고 이러한 사실이 국세통합전산망을 통해서도 확인되는데, 심리과정에서 통화한 바에 의하면 오○○는 청구외법인의 직원이었고 쟁점신축공사를 담당하는 현장사무소장으로 근무했으며 쟁점신축공사에 관한 업무 지시는 구○○으로부터 받았다고 한다.

(19) 이상의 사실관계를 종합하면, 쟁점신축공사의 실제 여부에 대해서는 청구인과 처분청 간에 이견이 없는 것으로 보인다. 다만, 처분청에서는 쟁점신축공사가 실제 수행된 것이라 하더라도 쟁점세금계산서의 공급가액이 합리적인 추정금액에 비해 적은 금액이기 때문에 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 있는데, 이에 대하여 각각의 경우를 구분하여 검토하면 아래와 같다.

① 청구인의 주장과 같이 인테리어 공사를 제외한 총공사금액이 400,000,000원이고 인테리어 공사금액이 200,000,000원이라면, 인테리어 공사를 수행한 장○○이 세금계산서를 교부하지 않고 공사금액을 부가가치세 과세표준으로 신고하지 않은 것은 별론으로 하더라도 쟁점세금계산서의 공급가액에는 쟁점신축공사의 총공사금액이 기재되었으므로 쟁점세금계산서는 정상적인 세금계산서인 것으로 보인다.

② 처분청의 주장과 같이 (인테리어 공사를 포함하거나 포함하지 않은) 총공사금액이 700,000,000원이라면 쟁점세금계산서의 공급가액이 실제와 다르게 적은 금액으로 기재된 것으로 볼 수 있다. 그러나, 이런 경우에도 청구외법인이 공급가액을 과소계상한 세금계산서를 교부하고 부가가치세 과세표준을 과소신고한 것은 별론으로 하더라도 청구인이 공급가액이 과소계상된 세금계산서를 근거로 매입세액 공제를 신고한 것은 총공사금액이 정확하게 기재된 세금계산서를 교부받았을 경우에 비하여 단순히 그 차액에 해당하는 매입세액 공제를 받을 수 있는 권리를 포기한 것으로 볼 수 있고, 청구인이 공급가액이 과소계상된 세금계산서를 교부받음으로써 부당한 이익을 얻은 것으로 볼 수 없으며, 쟁점신축공사와 관련하여 청구인과 청구외법인 간에 공사금액을 낮추기 위한 담합이 있었다는 의견도 파주세무서장의 조사복명서와 처분청의 의견에서 발견할 수 없으므로, 위의 경우와 마찬가지로 쟁점세금계산서는 정상적인 세금계산서인 것으로 보인다.

(20) 위 문단에서 쟁점세금계산서의 공급가액의 과소계상 여부는 쟁점세금계산서가 정상적인 세금계산서인지 여부와 관계가 없는 것으로 판단하였으므로, 아래에서는 청구인이 쟁점신축공사와 관련하여 선의의 거래당사자에 해당하는지 여부에 대하여 검토하기로 한다.

(21) 위 사실관계들을 종합하면, 청구외법인(○○종합건설(주))과 ○○종합건설(주) 및 ○○건설(주)는 법률적인 실체는 별개인 법인들이지만 실제로는 각자의 상호를 구분 없이 사용하면서 (경우에 따라서는 변경 전, 후의 상호를 구분 없이 사용하면서) 동일한 사업 활동을 한 것이며, 구○○와 구○○ 형제가 실질적인 지배권을 행사한 것으로 보인다. 즉, 위 법인들은 유사한 상호를 사용하면서 동일한 본사 건물을 사용하였고 회사의 명함에도 위 상호들을 중복해서 사용하였으며, 등기부상 대표자인 백○○은 청구외법인의 복잡한 건설업 면허 대여 사실 및 쟁점신축공사를 수행한 사실을 몰랐던 것으로 볼 수 있다. 또한, 청구외법인이 쟁점신축공사를 실제로 수행했는지 여부와는 관계없이 오○○와 같은 하도급 개인사업자들을 공사의 필요에 따라 청구외법인의 명의를 사용하는 현장사무소장들로 활동하게 한 것으로 볼 수 있다.

(22) 청구인은 쟁점신축공사와 관련하여 청구외법인을 직접 방문하여 구○○ 등과 계약을 체결하면서 청구외법인의 사업자등록증과 건설업 면허증의 사본을 교부받았다고 하면서 이를 제시하는데, 심리과정에서 확인한 바에 의하면 사업자등록증 등에 기재된 내용은 사실인 것으로 나타난다. 청구인이 청구외법인을 직접 방문한 사실 여부는 확인할 수는 없지만, 사업자등록증에 기재된 발급일자가 청구외법인의 사업장 관할 세무서가 국세청의 조직 개편으로 1999.09.01.자로 ○○세무서에서 고양세무서로 변경되기 이전인 1998.06.26.로 기재되어 있으므로 적어도 청구외법인의 사업자등록증의 사본은 청구인이 이 건 심사청구를 제기하면서 첨부한 것이 아니라 쟁점신축공사의 계약서 작성 당시부터 첨부되어 있었던 사실을 알 수 있다.

(23) 따라서, 청구인과 청구외법인 간에 담합이 있었다고 볼 수 없는 상황에서 청구외법인이 건설업 면허증 등과 함께 제시한 사업자등록증의 내용을 청구인이 그대로 신뢰한 것은 청구외법인이 건설업의 면허를 대여하여 실제로는 다른 사업자가 쟁점신축공사를 수행한 것인지 여부와는 관계없이 잘못이 없는 것으로 보인다. 즉, 처분청에서 주장하는 바와 같이 거래상대방인 청구외법인이 쟁점신축공사가 끝난 후에 비록 명의 위장사업자로 판정되었더라도 공사 전에 청구외법인의 사업자등록증을 확인하고 세금계산서를 교부받은 선의의 거래당사자인 청구인은 사후적으로 쟁점세금계산서에 근거한 매입세액 공제를 부인당하는 불이익한 처분을 받지 않는 것으로 보아야 할 것이다.

(24) 또한, 처분청에서는 청구외법인이 다수의 건설회사 등에게 건설업 면허를 대여하였으므로 거래의 여러 정황들이 의심스러운 쟁점신축공사의 경우에도 청구외법인은 건설업 면허만을 대여하고 실제의 공사는 다른 사업자가 수행한 것으로 보고 그 결과 청구인이 신고한 매입세액 공제도 부인해야 한다고 주장하지만, ○○세무서장의 조사 과정 등에서 실제로 공사를 수행한 다른 사업자가 누구인지를 확인하지 못한 상황에서 공사가 실제로 수행된 사실이 비교적 분명함에도 불구하고 추정에 의해서 선의의 거래당사자인 청구인의 매입세액 공제를 부인하는 것은 부당한 것으로 판단된다.

(25) 이상의 내용을 종합하면, 실제 발생한 사실이 분명한 쟁점신축공사와 관련하여 쟁점세금계산서의 공급가액이 과소계상된 것인지 여부와 관계없이 쟁점세금계산서는 정상적인 세금계산서에 해당하고, 쟁점신축공사의 계약 당시 청구외법인이 제시한 공적인 증빙인 사업자등록증의 내용을 신뢰한 청구인은 청구외법인이 건설업의 면허를 대여하여 실제로는 다른 사업자가 쟁점신축공사를 수행한 것인지 여부와는 관계 없이 선의의 거래당사자에 해당한다고 볼 수 있으므로, 청구외법인이 건설업의 면허를 대여한 사실의 추정과 쟁점신축공사와 관련한 의심스러운 여러 정황들에만 근거한 이 건 과세처분은 부당한 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.