반증자료를 제출하지 않았다는 이유로 처분청이 사실조사를 소홀히 하는 등 근거과세원칙을 위반한 잘못이 있다 할 것이므로 관련 자료에 대하여 거래 상대방 확인 등을 통하여 청구법인에게 잘못이 있는 것으로 확인된 금액에 한하여 과세하는 것이 타당한 것으로 판단됨
반증자료를 제출하지 않았다는 이유로 처분청이 사실조사를 소홀히 하는 등 근거과세원칙을 위반한 잘못이 있다 할 것이므로 관련 자료에 대하여 거래 상대방 확인 등을 통하여 청구법인에게 잘못이 있는 것으로 확인된 금액에 한하여 과세하는 것이 타당한 것으로 판단됨
○○세무서장이 2004.05.01. 청구인에게 경정ㆍ고지한 1999년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 128,207원 및 1999년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 21,123,402원의 부과처분은, 청구법인의 1999년 세금계산서불부합자료 중 청구법인의 매출누락 (제1기 436,000원, 제2기 6,900,000원, 합계 7,336,000원) 및 매입세액 부당공제액 (제1기 15,500원, 제2기 9,470,400원, 합계 9,485,900원)으로 본 금액에 대하여 거래처 확인 등을 통하여 청구법인에게 잘못이 있는 것으로 확인된 금액에 한하여 과세표준과 세액을 경정합니다.
청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 제조 도서출판 및 서비스 부동산임대 사업을 영위하고 있는 법인사업자로서, 1999년 제1기~2000년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 매출누락 320,942,000원 및 과대매입세액공제 119,392,300원의 세금계산서불부합자료(이하 “쟁점과세자료”라 한다)가 발생하였으나 이에 대한 소명자료를 제출하지 아니하였다. 이에 대하여 처분청은 쟁점과세자료를 청구법인의 매출누락 및 가공매입으로 보아 2004.05.01. 청구법인에게 1999년 제1기~2000년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 315,975,830원(1999년 제1기 157,794,910원, 1999년 제2기 67,994,040원, 2000년 제1기 60,173,580원, 2000년 제2기 30,013,300원)을 경정ㆍ고지하였다. 이후 처분청은 위 과세금액 중 212,756,138원(1999년 제1기 107,430,415원, 1999년 제2기 31,180,010원, 2000년 제1기 44,675,926원, 2000년 제2기 29,469,787원)에 대하여서는 청구법인이 이의신청시 제출한 소명자료 등을 근거로 결정취소 하였다. 따라서, 이 건 청구당시 고지된 세액은 103,219,702원(1999년 제1기 50364,495원, 1999년 제2기 36,814,030원, 2000년 제1기 15,497,654원, 2000년 제2기 543,513원)이다. 청구인은 이에 불복하여 2004.07.15. 이의신청을 거쳐 2004.11.17. 이 건 심사청구를 제기하였으며, 이후 처분청이 이 건 청구시 청구법인이 제출한 심리자료를 근거로 추가로 81,968,083원(1999년 제1기 50,236,288원, 1999년 제2기 15,690,628원, 2000년 제1기 15,497,654원, 2000년 제2기 543,513원)을 결정 취소함에 따라 청구법인은 2004.12.23. 이 건에 대한 청구취지를 1999년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 128,207원 및 1999년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 21,123,402원, 합계 21,251,609원(이하 “쟁점세액”이라 한다)의 취소를 구하는 것으로 변경하였다.
청구법인은 1999년부터 2000년에는 법정관리 상태였으므로 고의적인 신고누락이나 허위 신고는 있을 수 없으며, 전산오류나 담당자의 일부 착오로 쟁점과세자료가 발생한 것으로 추정되나, 부도발생과 회사임직원의 회계장부 및 컴퓨터외부 반출 등으로 인하여 더 이상 소명자료를 제출할 수 없으므로 처분청에서 거래상대방 조사 등 사실확인을 통하여 당초 처분을 취소하여야 한다.
청구법인의 1999년 제1기~2000년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 매출누락 320,942,000원 및 과대매입세액공제 119,392,300원의 세금계산서 불부합자료가 발생하여 2003년 09월과 2004년 03월에 과세자료 해명안내문을 발송하였으나, 이후 청구법인이 제출한 소명자료 검토한바, 1999년 제1기 및 제2기 과세기간에 대한 매출누락 7,336,000원(이하 “쟁점매출누락”이라 한다) 및 매입세액 부당공제액 9,485,900원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 제외한 금액은 청구법인의 소명자료에 의하여 정당하게 신고하였음이 확인되어 결정취소 하였으며, 쟁점매출누락 및 쟁점매입세액에 대하여는 일부 청구법인의 매출누락 및 과다매입으로 확인되거나 반증자료 제출이 없으므로 쟁점세액에 대한 당초처분은 잘못이 없다.
○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액 (이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
○ 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】
① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.
2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때
3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때
4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때
② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.
1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때
2. 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모ㆍ종업원수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때
3. 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량ㆍ동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때
③ 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 직시 이를 다시 경정한다.
1. 처분청은 청구법인의 1999년 제1기~2000년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 매출누락 320,942,000원 및 과대매입세액공제 119,392,300원의 세금계산서불부합자료(이하 “쟁점과세자료”라 한다)에 대하여 청구법인의 매출누락 및 가공매입으로 보아 2004.05.01. 청구법인에게 1999년 제1기~2000년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 315,975,830원(1999년 제1기 157,794,910원, 1999년 제2기 67,994,040원, 2000년 제1기 60,173,580원, 2000년 제2기 30,013,300원)을 경정ㆍ고지한 이후 위 과세금액 중 212,756,138원(1999년 제1기 107,430,415원, 1999년 제2기 31,180,010원, 2000년 제1기 44,675,926원, 2000년 제2기 29,469,787원)에 대하여서는 청구법인이 이의신청시 제출한 소명자료 등을 근거로 결정 취소하고, 이건 청구이후 청구법인이 이 건 청구시 제출한 소명자료 등을 근거로 추가로 81,968,083원(1999년 제1기 50,236,288원, 1999년 제2기 15,690,628원, 2000년 제1기 15,497,654원, 2000년 제2기 543,513원)을 결정 취소하였다. 따라서, 이 건 심리대상세액은 청구법인이 청구취지변경에서 주장한 1999년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 128,207원 및 1999년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 21,123,402원, 합계 21,251,609원으로 처분청이 제출한 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.
2. 쟁점세액은 청구법인의 1999년 세금계산서불부합자료 중 청구법인이 제출한 소명자료에 의하여 정상신고로 확인되지 아니한 금액에 대하여 청구법인의 매출누락 7,336,000원(제1기 436,000원, 제2기 6,900,000원) 및 매입세액 부당공제액 9,485,900원(제1기 15,500원, 제2기 9,470,400원)으로 보아 경정ㆍ고지한 세액으로 경정결의서 등에 의하여 확인된다.
3. 청구법인은 법정관리 이후 대표이사의구속, 부도발생, 임금체불 등의 경영상의 어려움과 회사임직원의 회계장부 및 컴퓨터외부 반출로 인하여 당초 처분시에는 자료소명을 할 수 없었으나, 이후 최근까지 전표 및 세금계산서사본 등 남아 있는 서류를 토대로 쟁점과세자료에 대하여 소명한 결과 쟁점매출누락 및 매입세액을 제외하고는 청구법인의 잘못이 없는 것으로 확인되어 처분청이 직권 시정하였음이 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하여 확인된다.
4. 위 사실관계를 종합하여 보면, 처분청이 쟁점과세자료에 대하여 거래상대방확인 등 사실관계파악 없이 청구법인에 잘못이 있는 것으로 추정하여 315,975,830원을 과세한 후, 부도발생 등으로 정상적으로 운영되고 있지 않은 청구법인의 소명자료에만 의존하여 청구법인의 잘못이 없는 것으로 확인된 294,724,221원(최초 고지금액의 93%해당)에 대하여 직권 취소한 점등으로 보아 고의적인 신고누락이나 허위 신고는 있을 수 없다는 청구주장은 신빙성이 있는 반면, 처분청은 사실조사를 소홀히 하는 등 근거과세원칙을 위반한 잘못이 있다 할 것이므로 쟁점매출누락 및 쟁점매입세액 관련 자료에 대하여 거래 상대방 확인 등을 통하여 청구법인에게 잘못이 있는 것으로 확인된 금액에 한하여 과세하는 것이 타당한 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.