직권폐업처리 전 발생한 거래에 대해 소급하여 과세처분하는 것은 부당함

○○세무서장이 2004.07.01. 청구인에게 고지한 2003년 제1기 부가가치세 12,811,070원의 부과처분은 이를 취소합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 ○○라는 상호로 골재 도매업을 영위한 사업자로서, 청구외 ○○산업산업개발(이하 “쟁점사업장” 이라 한다)로부터 2003.01.31 공급가액 48,000,000원, 2003.02.28 공급가액 50,828,000원, 합계 공급가액 98,828,000원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2003년 제1기 부가가치세를 신고하면서 매입세액을 공제하여 신고하였다. 처분청은 청구인의 2003년 제1기 매입세액 부당공제 혐의자료를 처리하면서, 쟁점사업장은 2002.12.31에 이미 폐업된 사업장이므로, 쟁점사업장 명의로 교부받은 쟁점세금계산서는 거래사실이 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하여 2004.07.01 청구인에게 2003년 제1기 부가가치세 12,811,070원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.07.28 이의신청을 거쳐 2004.09.13 심사청구하였다.

쟁점세금계산서는 쟁점사업장에서 정당하게 골재를 구입하고 수취한 것이며, 거래대금 도한 쟁점사업장의 금융계좌로 송금한 사실이 확인되는데도, 쟁점사업장을 2003.02.24 직권폐업 처리하면서 폐업일을 소급하여 2002.12.31로 한 것을 근거로 쟁점세금계산서가 폐업일 이후에 거래된 것으로 보아 과세한 것은 부당하다.

청구인은 2002.12.31자로 폐업된 쟁점사업장 명의의 쟁점세금계산서를 수취하였는바, 이는 거래사실에 없는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 매입세액불공제하여 과세한 것은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 실제거래하고 정당하게 교부받은 세금계산서인지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 부과처분의 납세의무성립일 현재 시행된 부가가치세법령은 다음과 같다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 처분청이 쟁점사업장은 2002.12.31자로 이미 폐업된 것ㅇ로 보아 매입세액을 불공제한데 대하여, 청구인은 쟁점세금계산서는 쟁점사업장의 폐업일자를 2002.12.31로 소급하여 2003.02.24자로 직권폐업처리하기 이전의 거래이며, 실제 쟁점사업장과 거래하고 거래대금을 쟁점사업장의 예금계좌로 송금하였다고 주장하면서, 청구인과 청구외사업자의 예금통장사본 및 인수증 사본 등을 제시하므로 이에 대하여 본다.
• 나) 먼저, 청구인이 2002.12.31자로 이미 폐업된 쟁점사업장으로부터 쟁점세금계산서를 교부받았는지에 대하여 본다.

(1) 국세청 전산자료에 의하여 쟁점사업장의 사업자등록기본사항을 조회한 결과에 의하면, 쟁점사업장은 청구외 김○○를 사업자로 하고 골재 도매업을 영위하는 것으로 하여 2001.12.18 개업하였고, 2002.12.31자로 직권폐업(처리일자 2003.02.24)되었다가, ○○지방국세청장의 “명의자 결정취소 및 실사업자 부가가치세 경정 통보” 공문(조사2과-723, 2004.08.31)에 의거 위 직권폐업처리 한 것을 2004.09.08자로 취소하는 한편, 사업자를 위 김○○에서 박○○으로 변경한 것으로 나타난다.

(2) 한편, 2004.08월 ○○지방국세청장이 쟁점사업장에 대한 유통과정 추적조사를 실시하고 그 결과를 보고한 보고서에 의하면, 쟁점사업장을 실제로 책임지고 운영한 자는 위 김○○가 아닌 박○○으로 조사되고, 쟁점사업장은 ○○강 하천부지내에 위치한 모래 야적장에서 2003.06.30까지 사업을 영위하였으나, 부가가치세를 신고한 사실은 없으며, 쟁점사업장이 수수한 세금계산서에 대한 거래사실을 확인하기 위하여 거래증빙 및 장부 제시를 요구하였으나, 2003년 태풍 매미에 따른 침수로 서류일체가 분실 및 훼손되었다하며 제시하지 못하고 있어, 주요매출처인 청구외 ○○건설(주) 외 4개 업체에 대한 거래처 확인조사를 실시한 결과, 허위세금계산서 수수 혐의점은 발견할 수 없으므로, 쟁점사업장에 대한 자료상 혐의는 무혐의처리하고, 쟁점사업장의 실제 사업자인 박○○에게 부가가치세 및 종합소득세를 결정고지 하는 것으로 하여 조사 종결하는 한편, 거래상대방에 대하여는 별도 과세자료를 통보하지 아니한 것으로 나타난다.

(4) 국세청 전산자료 조회 결과, 청구인은 2002년 제2기 중 쟁점사업장으로부터 40,152천원 상당의 세금계산서를 수취하여 매입세액으로 공제 받은 사실이 있으며, 이에 대해 처분청은 동 매입세액을 불공제한 사실은 없는 것으로 나타난다.

• 다) 다음으로, 청구인이 쟁점세금계산서를 실제 구입하고 거래대금을 쟁점사업장에게 송금하였다고 주장하며 제시하는 청구인의 예금통장 사본에 의하면, 2003.01.31자 공급대가 52,800,000원의 거래대금은 2003.03.24자로, 2003.02.28자 공급대가 55,910,800원의 거래대금은 2003.03.27자로 ○○우체국에 쟁점사업장의 상호로 개설된 예금계좌로 각각 송금된 것으로 나타난다.

2. 판단

• 가) ○○지방국세청장의 쟁점사업장에 대한 유통과정추적조사 보고서에 의하면, 쟁점사업장의 실제 사업자는 김○○가 아닌 박○○이다. 쟁점사업장은 2003.06.30까지 정상적으로 사업을 영위한 것으로 조사된 점으로 볼 때, 쟁점세금계산서는 폐업일 이후에 거래된 것은 아닌 것으로 판단된다.
• 나) 한편 사업자가 거래상대방의 사업등록증을 확인하고 거래에 따른 세금계산서를 교부받은 경우, 거래상대방이 관계기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 또는 조세범처벌법에 의한 불이익한 처분을 받지 아니한다 할 것(부가가치세 기본통칙 21-0-1, 같은 뜻)인 바, 청구인은 쟁점사업장과 2002년 제2기 부터 거래를 하였는데도, 처분청은 2002년 제2기 거래분에 대하여 정상거래로 보아 매입세액 불공제한 사실이 없는 점, ○○지방국세청장도 거래상대방에 대하여는 선의의 거래로 보아 별도 과세자료를 파생하지 아니한 것으로 보여지는 점, 청구인은 쟁점세금계산서 상당의 거래대금을 쟁점사업장의 금융계좌로 송금한 점, 청구인이 쟁점사업장이 명의위장 사업자라는 사실을 사전에 인지하였다고 확인되지도 아니하는 점 등으로 미루어 볼 때, 청구인이 쟁점세금계산서를 수취함에 있어 일반적으로 요구되는 주의의무를 다하지 못하였다고 보기 어려운 것으로 판단된다.
• 다) 그러하다면, 쟁점사업장은 2002.12.31자로 폐업된 사업장도 아니고, 청구인이 쟁점세금계산서를 수취함에 있어 선의의 거래당사자로 보이는 이 건에 대하여 처분청이 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공한 것은 잘못이라 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.