운송용역을 제공받고 자료상 혐의자로부터 세금계산서를 교부받은 경우 매입세액 공제 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 운보/화물업을 운영하고 있는 법인사업자로서 2002년 제1기 중 청구외 (주)○○운수(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 매입세금계산서 3매(공급가액 39,230,000원, 이하 “쟁점세금계산서”라고 한다)을 교부받아 관련 매입세액 3,923,000원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

○○세무서장은 청구외법인에 대한 세무조사결과 청구법인 등에게 실거래 없이 세금계산서를 교부한 사실을 확인하고 청구외법인을 ○○경찰서에 고발하고 쟁점세금계산서를 자료상자료로 확정하여 처분청에 통보하였으며, 이에 대해 처분청은 쟁점세금계산서를 위장가공자료로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2002년 제1기분 부가가치세 6,494,520원과 법인세법 제76조 에 의한 지출증빙불성실가산세 863,060원을 2004.07.07. 청구법인의 2002사업연도 법인세로 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.08.30. 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 운송주선업을 주업으로 하는 법인으로서 202.04.01~2002.06.30.기간주우에 화주로부터 용차의뢰를 받아 청구외법인에게 용차알선의뢰를 하면 청구외법인은 개인차주 등을 알선하여 주고, 청구법인은 그 운송대금을 개인차주 등에게 직접 지급함과 동시에 부가가치세 상당액은 청구외법인에게 지급하고 동 운송비에 상당하는 쟁점세금계산서를 청구법인이 청구외법인으로부터 수취하는 것은 업계 관행상 불가피한 것임에도 이를 감안하지 아니하고 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제함은 부당하다.

자료상으로 고발된 청구외법인은 운송용역을 알선하고 화물운임의 일정액을 알선수수료로 받고 있음에도 청구법인은 운송용역을 실제로 제공받은 개별차주들로부터 세금계산서 등을 수취하지 아니하고 화물운송비 전체에 대한 세금계산서를 자료상으로 고발된 청구외법인으로부터 수취하여 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였으므로 관련 매입세액을 불공제함은 정당하고, 운송비를 개별차주들에게 지급하고도 이에 대한 증빙을 수취하지 않았으므로 법인세법 제76조 제5항 에 의한 지급증빙불성실 가산세를 부과함은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 청구법인이 청구외법인으로부터 운송용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세약(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하여 매입세액을 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액.(단서생략) 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서를 제16조 제1항 제1홍 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이항 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서생략)

○ 법인세법 제76조 (가산세)

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경구에는 동항 단서의 규정을 적용받은 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 2002년 제1기 중 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서의 매입세액 3,923,000원을 청궁법인의 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고한 사실이 국세청통합전산망과 결정결의서 등에 의하여 확인된다.
• 나) 처분청은 청구법인이 자료상으로 고발된 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 그에 대한 매입세액을 불공제하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세하고 법인세법 제76조 제5항 의 지출증빙불성실가산세를 부과하였음이 부가가치세 및 법인세 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

2. 청구법인은 쟁점세금계산서는 청구외법인으로부터 운송용역을 제공받고 정당하게 교부받은 세금계산서라고 주장하므로 이에 대해 살펴본다.

• 가) ○○세무서장의 청구외법인에 대한 조사내용에 의하면, 동 법인은 2001.05.23. 개업하여 2004.02.29. 폐업된 사업자로서, 2001년 제2기부터 2003년 제1기 과세기간 중에 실물거래 없는 3,076,366천원이 매출세금계산서를 발행하여 교부한 사실과 같은 기간 중에 가공으로 매입세금계산서 5,172,298천원을 수취한 사실이 확인되는 등 2004.01.10. 자료상 범칙행위에 대하여 조세범 처벌법 위반혐의로 2004.01.20. ○○경찰서장에게 직고발돈 사실이 확인되고 있다.
• 나) ○○세무서장의 청구외법인에 대한 자료상 조사종결보고서상의 매입처조사내용에 의하면, 2002년 제2기 과세기간 동안 청구외 ○○(주)외 8개 업체로부터 2,910,695천원 및 2003년 제1기 과세기간 동안 ○○(주)외 7개업체로부터 2,177,063천원의 차량부품 및 유류대금으로 실물거래 없이 가공으로 세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제받았던 사실등 실질적인 대표자인 황○○의 전말서 등에서 확인되고 있으며,
• 다) 동 조사종결보고서의 매출처 조사내용에 의하면, 2001년 제1기부터 2003년 제1기까지 청구외 ○○토건외 75개업체에 교부한 세금계산서는 지입형태로 화물차량을 운영하면서 화물운송을 알선하고 톤당 1,500원에서 2,000원의 알선수수료를 차자들에게서 받고 화물운임 전체에 대하여는 세금계산서를 허위로 청구법인 등에게 발행ㆍ교부한 사실 등이 확인된 바 있다.
• 라) 한편, 청구법인은 청구외법인으로부터 운송용역을 실제로 제공받았다고 하면서 그 증빙서류로 입금표, 거래명세표, 세금계산서 사본 등을 제시하고 있으나,

(1) 입금표와 거래명세서는 세금계산서를 수취하는 경우에는 통상 작성되는 자료로서 임의 작성이 가능하여 신뢰성 있는 증빙으로 채택하기 어려우며, 거래명세표에 일자별로 화물발신지와 차량댓수, 화물중량, 공급가액과 세액 등이 기재되어 있기는 하나 동 명세서만을 갖고 청구외법인으로부터 운송용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 정당하게 수취한 것으로 보기는 어렵다 할 것이고,

(2) 청구법인은 청구외법인으로부터 운송용역을 제공받고 지급한 자금이 원천으로 청구법인의 대표이사 신○○의 예금통장(○○은행 000-00-000000) 사본을 제시하고 있으나 동 예금통장사본에서 인출된 금액은 청구외법인에게 지급된 것이 아니라 실제로 운송용역을 제공한 것이 아니라 각 차주들이 운송용역을 청구법인에게 제공하고 그 대금을 청구법인으로부터 직접 수령한 것으로 보아야 할 것이다.

(3) 청구법인도 운송주선업을 영위하면서 운송용역 알선을 하고 그 수수료를 수입하는 업체임을 인정하고 있고, 이건의 경우도 실제 운송용역을 제공한 자는 개별차주 들이고 청구외법인은 용차알선을 하는 업체임을 스스로 인정하고 있다.

(4) 또한, 청구외법인은 청구법인으로부터 용차알선을 요구하여 오면 개별차주들을 청구법인에게 알선하여 주는 바, 청구법인은 화주로부터 운송대금을 받아 실제 운송비 상당액은 직접 개별차주 들에게 지급하고 이에 대한 부가가치세 상당액만을 청구외법인에게 지급한 후 화물운송료 전체에 대한 세금계산서는 청구외법인으로부터 수취하여 매입세액을 공제받고 청구법인의 2002사업연도 비용으로 계상한 것으로 보여진다.

(5) 위와 같이 청구법인이 자료상 행위를 한 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취한 사실이 인정되고, 정당한 거래를 하였다고 주장하면서도 운송업계의 일반적인 업체관행만을 들어 쟁점세금계산서와 관련된 이건 거래를 정당한 거래로 보아 관련 매입세액을 공제함이 타당하다고 하는 청구주장은 받아들이기가 어렵다고 하겠다.

3. 또한, 청구인에게 운송용역을 실제로 제공한 업체로부터 세금계산서등을 수취하지 아니하고 자료상으로 고발된 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 비용으로 계상한 바 있으므로 이에 대하여 법인세법 제76조 제5항 의 규정에 의한 지출증빙불성실가산세를 법인세로 과세함은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.