세금계산서를 공급시기 이후에 교부받은 것으로 볼 수 있는지 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

청구인은 ○○이라는 상호로 부동산임대업을 영위하는 사업자로서, 2004.03.31 청구외 (주)○○기술단(이하 “청구외법인”이라 한다)으로부터 ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 및 같은곳 ○○번지의 근린생활시설 3층 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)의 공사와 관련하여 매입세금계산서 101,998,800원(공급가액으로, 이하“쟁점세금계산서”라 한다)을 교부받아 2004년 제1기 예정분 부가가치세 신고시 다른 매입세액 41,300워을 합산하여 10,241,180원을 조기환급신고하였다. 처분청은 쟁점세금계산서가 공급시기인 쟁점건물 사용승인일 이후에 교부된 것이라 하여 그 매입세액을 불공제하고, 이에 대한 가산세 1,109,988원을 가산하여 204.06.08 청구인에게 2004년 제1기 부가가치세 978,680원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.09.03 이 건 심사청구하였다.

청구인은 2003.04.24 청구외법인과 공사금액 451,998,800원(공급가액)의 도급계약을 체결하고 공사를 시작하였으나, 공사가 계속 지연됨에 따라 다툼이 발생하여 2003.10.25 청구외법인과 그때까지 진행된 공사금액을 350,000,000원(공급가액)으로 하는 변경계약서를 작성하고 공사금액을 완불한 후 2003.11.03 건물사용승인을 득하였으며, 내부시설공사 등을 위해 새로운 시공업체를 찾아보았으나 여의치 아니하여 2004.01.05 다시 청구외법인에게 나머지 공사를 101,998,880원(공급가액)에 공사도급을 주었고, 청구외법인이 2004.02월까지 공사를 진행하여 2004.03월 검수완료하고 변경계약서에 근거하여 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 매입세액을 불공제하고 이에 대한 가산세를 과세한 것은 부당하다.

청구인은 2003.10.25 약정한 공사변경계약서에 의거 2004.02월까지 추가공사가 진행되었다고 주장하나, 쟁점공사는 2003.10.30 완료도어 2003.11.03 ○○시로부터 사용승인을 받아 사용하고 있었고, 추가공사는 쟁점건물 3층 일부를 증축한 29.73㎡뿐이며, 증축건물은 2004.01.03 사용승인을 받았으며, 증축건물공사 외에는 추가공사가 없는 것으로 ○○시청의 공문에 의하여 확인되고, 또한, 변경공사 계약서를 살펴보면, 도급금액 감액 사유와 공사 변경내역이 없으며, 추가공사분에 대한 계약서 역시 공사 내역 등 세부사항이 없는 단순 계약서일 뿐 추가공사내용을 확인할 수 있는 방법이 전무하므로 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 공급시기이후에 교부받은 것으로 볼 수 있는지 여부를 가르는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 부과처분은 납세의무성립일 현재 시행된 부가가치세법령은 다음과 같다. 부가가치세법 제9조 【거래시기】 ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에도 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서를 제16조 제1항 제1홍 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이항 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 부가가치세법 제22조 【가산세】④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하여 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니한다.

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인이 2003.04.24 청구외법인과 쟁점건물이 근린생활시설공사 도급금액을 451,998,800원(공급가액)으로 하여 도급계약을 체결한 사실과 청구인이 2003.11.03 ○○시청으로부터 쟁점건물의 사용승인을 받은 사실 및 2003년 제2기 청구외법인으로 교부받은 세금계산서의 합계금액이 350,000,000원(공급가액)인 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.

2. 먼저, 이 건 부가처분 경위를 보면, 처분청은 2004.02.05부터 2004.02.10까지 청구인의 2003년 제2기 확정신고분에 대한 환급현지확인을 실시하고, 청구인이 쟁점건물 사용승인일인 2003.11.03 속하는 과세기간내에 교부받은 350,000,000원의 매입세금계산서는 그 매입세액을 공제하고, 이때까지 세금계산서가 발행되지 않은 쟁점건물의 도급금액과 세금계산서 발행금액의 차액인 101,998,880원(451,998,800원-350,000,000원)에 대하여는 청구외법인의 매출누락으로 보아 과세자료를 통보하는 것으로 하여 종결하였다.

3. 그런데, 청구인이 2004년 제1기 예정신고시 쟁점세금계산서를 교부받아 동 매입세액을 환급 신청하자, 처분청은 2004.05.11부터 2004.05.15까지 환급현지확인을 재차 실시한 것으로 나타나는 바, 청구인이 위 2003년 제2기분에 대한 환급현지확인서에는 제시하지 아니한 2003.10.25자 변경계약서와 2004.01.05자 공사계약서를 제시하자, 2003.10.25자 변경계약서는 감액사유와 정산내역이 없고, 2004.01.05자 공사계약서 역시 공사내역 등 세부사항이 없어 공사감액 및 추가공사는 없는 것으로 보아 쟁점세금계산서를 공급시기 이후에 교부된 사실과 다른 세금계산서로 보아 이 건 부과처분하였다.

4. 이에 대해 청구인은 청구외법인과 공사지연에 따른 다툼으로 2003.10.25 공사금액을 당초 451,998,900원에서 350,000,000원으로 하는 변경계약을 체결하고, 공사금액을 완불하였으며, 2003.11.03 건물사용승인을 득한 후, 내부시설공사 등을 위해 다른 시공업체를 찾아보았으나, 여의치 않아 2004.01.05 다시 청구외법인에게 나머지 공사를 101,998,880원에 공사도급을 주고, 2004.03월 검수완료하고 변경계약서를 근거하여 쟁점세금계산서를 교부받았다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

• 가) 쟁점건물의 일반건축물대장을 보면, 2003.06.24 공사를 착공하여 2003.11.03 사용승인된 것으로 기재되어 있으며, 변동내역 및 원인란에는 2003.11.03 건축 58551-13529(2003.11.03)호에 의거 신규작성하고, 2004.01.07 건축과-78(2004.01.03)호에 의거 3층 의원 29.73㎡를 증축 등재한 것으로 나타나며, 이후에는 다른 증축은 없는 것으로 기재되어 있다.
• 나) 청구인이 제시하는 2004.10.25자 공사변경계약서를 보면, 본 계약은 2003.04.30 체결한 사무실 및 다가구주택 신축공사 계약서에 대한 변경계약으로 정의하고, 도급금액을 당초 497,198,680원(공급대가이며, 공급가액으로 환산하면 451,998,800원)에서 385,000,000원(공급대가이며, 공급가액으로 환산하면 350,000,000원) 으로 변경하였으며, 본 변경계약서에서 변경 약정하지 아니한 것은 당초 계약서의 각 조항은 계속하여 효력을 가진다라는 내용으로 기재되어 있는 바, 계약정의에 기재된 당초 계약의 계약일자와 공사명이 앞서 본 당초 계약의 계약일자와 공사명과 일치하지 아니한다.
• 다) 한편, 위 변경계약서에는 청구인이 청구외법인과 공사지연에 따른 다툼으로 변경계약서하고 공사금액을 완불하였다고 하는 주장과는 다르게, 특약사항으로 도급금액에 차이나는 112,198,680원(공급대가)은 2004년으로 계약 정산키로 한다라는 내용으로 기재되어 있다.
• 라) 청구인이 제시하는 2004.01.05자 청구외법인과 체결한 공사계약서를 보면, 공사명을 근린생활시설 공사로 하고, 공사기간을 2004.01.07부터 2004.04.10까지로 하며, 도급금액을 101,998,800원으로 하는 한편, 대금지금은 일부 현금 및 완성하여 지급하는 조건으로 체결된 것으로 나타나는바, 공사내용이 쟁점건물이 내부시설 공사인지 근린생활시설 증축공사인지를 확인할 수 있는 증빙자료는 제시하지 못하고 있으며, 쟁점건물 3층 의원 29.73㎡ 증축시 청구인이 ○○시청에 제출한 착공신고서를 보면, 공사시공자가 청구인으로 기재되어 있다.

5. 판단컨대, 앞서 본 바와 같이 2003.01.25자 변경계약서는 당초 계약서의 계약일자과 공사명이 당초 계약서와 다르게 기재된 점, 변경계약이 청구인 주장과 같은 취지에서 체결되었다면 청구외법인과의 쟁점건물 공사계약은 종료되었다할 것인데도, 감액된 도급금액을 2004년으로 계약 정산한다라고 특약한 점 등으로 미루어 볼 때 신빙성이 없어 보이고, 2004.01.05자 공사계약서도 내부시설공사인지 근린생활시설 증축공사인지 확인되지 아니하여 동 계약서 역시 신빙성이 없다 할 것이므로, 위 당초 계약서의 내용대로 쟁점건물의 신축에 대한 청구인이 공급받은 용역은 2003.11.03 쟁점건물의 사용승인과 함께 그 공급이 완료되었다 봄이 타당하다고 판단되는 바, 처분청이 쟁점건물의 사용승인일을 공급시기로 보아 쟁점세금계산서가 공급시기 경과후에 과세기간을 달리하여 교부받은 세금계산서에 해당한다 하여 매입세액을 불공제하고 과세한 이 건 부과처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.