자료상혐의자로부터 수취한 매입세금계산서를 불공제한 처분이 정당한지 여부

1. ○○세무서장이 2004.01.02. 청구인에게 경정 고지한 2001년 제2기분 부가가치세 8,520,947원의 부과처분은, ○○금속으로부터 교부받은 매입세금계산서의 매입세액 3,095,000원의 매출세액에서 공제하여 이를 경정합니다.

2. 나머지 청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 기각합니다.

청구인은 ○○이라는 상호로 1999.10.20.부터 2003.03.23.까지 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지에서 제조업(금속가공/기계제작) 영위한 개인사업자로, 2001년 제2기에 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지 소재 ○○(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 매입세금계산서 5매 54,850,000원(공급가액, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하여 관련 매입세액 5,485,000원을 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하고 신고하였다. 처분청은 ○○세무서장으로부터 쟁점거래처가 자료상혐의자로서 쟁점세금계산서가 범칙조사파생자료라는 과세자료를 통보받고 청구인에게 해명자료를 제출하도록 안내하였으나 관련 자료를 제출하지 아니하여, 쟁점세금계산서를 가공자료로 보아 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2004.01.02. 청구인에게 2001년 제2기분 부가가치세 8,520,947원을 경정ㆍ고지하였고, 2001년 귀속 종합소득세를 무신고한 것으로 확인되어 추계결정에 의하여 2004.01.02. 청구인에게 2001년 귀속 종합소득세 1,092,110원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.03.12. 이의신청를 거쳐, 2004.08.26. 심사청구하였다.

청구인은 금속가공 및 기계를 제작하여 납품하는 업을 영위한 사업자로 2001년 제2기중 쟁점거래처로부터 기계부품 등을 정상적으로 매입하여 세금계산서를 수취하였는데도, 쟁점거래처가 부분적으로 자료상 행위를 하고 처분청에서 해명자료제출 요구시 개인적인 사정으로 소명자료를 제출하지 못하였다는 이유만으로 사실거래 여부를 확인하지 아니하고 과세한 처분은 행정편의주의적인 처사이며, 영세사업자로 기장능력이 없어 현금출납부, 상품수불부 등을 비치하지 못하였지만 추후 거래를 확인할 수 있는 세금계산서, 거래명세표 입금표 및 거래사실확인서를 제출하였는데도 이를 부인하고 이 건 과세한 처분은 부당하다.

○○세무서장의 쟁점거래처에 대한 자료상조사 종결복명서에 의하면, 쟁점거래처는 사업장인 ‘○○시 ○○구 ○○동 ○○번지’에 2001.07.09.까지 임대하였고, 2001.07.10.부터는 청구외 ○○금속(000-00-00000)이 임차하였음이 임대인에 의하여 확인되고 2001년 제2기에는 사업을 영위하지 아니하여 범칙조사 파생자료로 통보되었으며, 2003.12.01. 청구인에게 해명안내문 발송시에 증빙자료를 제출하지 아니하여 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 자료상혐의자로부터 수취한 매입세금계산서를 매입세액 불공제한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 부가가치세법 제16조【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.(단서생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외의 대통령령이 정하는 사항 <이하생략> 제17조 【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. <이하생략> 제21조 【경정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다. (20312.30. 개정전)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때<중략>

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. <이하생략>

2. 부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 규정하는 경우로 한다. 1-4. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우<이하생략>

3. 소득세법 제80조【결적과 경정】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제70조 내지 제72조의 규정에 의하여 과세표준확인신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 당해 연도의 과세표준과 세액을 결정한다. <중략>

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 당해 연도의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 소득금액을 추계조사결정할 수 있다.<이하생략>

4. 소득세법시행령 제143조 【추계결정 및 경정】 ① 법 제80조 제3항 단서에서 “대통령령이 정하는 사유”라 함은 다음 각호의 1에 대항하는 경우를 말한다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 장부와 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우<중략>

③ 법 제80조 제3항 단서의 규정에 의하여 소득금액의 추계결정 또는 경정을 하는 경우에는 다음 각호의 방법에 의한다. 다만, 제1호의 2의 규정은 단순경비율 적용대상자에 한하여 적용한다.

1. 수입금액에 표준소득률을 곱한 금액을 그 소득금액으로 하여 그 세액을 결정 또는 경정하는 방법 <이하생략>

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구인은 2001년 제2기 중 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서(5매, 공급가액 54,850,000원)를 수취한 것으로 하여 매입세액 공제를 받았으나, 같은 기간 중 쟁점거래처가 청구인에게 교부하였다고 신고한 매출세금계산서는 3매 30,950,000원(공급가액)으로 나타난다. 나)○○세무서장이 쟁점거래처를 조사한 내용을 보면, 2001년 제2기 중 쟁점거래처의 대표가 가공세금계산서를 발행하였다고 진술한 청구외 ○○산업에대한 매출액 중 162,500,000원을 자료상거래라 하여 쟁점거래처를 고발조치하였으며, 국세청통합전산망에는 쟁점거래처의 폐업일자가 2001.011.30.로 수록되어 있으나 임대인을 조사하여 2001.07.10.이후에는 쟁점거래처가 사업을 영위하지 아니한 것으로 보아 2001년 제2기 중 거래처에서 제출한 공급가액을 범칙조사파생자료로 관할 세무서에 통보하였다.
• 다) 처분청은 ○○세무서장으로부터 과세자료를 수보하고 2003.12.01. 청구인에게 ‘과세자료해명안내문’을 발송하였으나 청구인이 이에 대한 소명자료를 제출하지 아니하여 쟁점세금계산서를 가공거래로 확정하여 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 경정ㆍ고지하였으며, 청구인이 2001년 귀속 종합소득세를 무신고하고 증빙서류가 없어 추계결정에 의하여 수입금액에 표준소득률(7.6%)을 곱한 금액을 소득금액으로 하여 이 건 종합소득세를 결정한 사실이 처분청에서 제출한 심리자료에 의하여 알 수 있다. 2)판단
• 가) 청구인은 쟁점거래처와의 정상거래를 주장하면서, 쟁점세금계산서 중 쟁점거래처에서 수취한 공급가액 30,950,000원의 세금계산서 3매 및 거래명세표, 입금표, 쟁점거래처에서 확인한 거래사실확인서를 제출하고 있어, 이에 대하여 살펴본다. 첫째, ○○세무서장이 쟁점거래처를 2001.07.09. 사실상 폐업한 것으로 조사한 관련서류를 보면, 쟁점거래처가 2001.07.09. 임대를 해지하였다는 임대인 이○○의 확인서 징취시 201.011.30.까지 사업을 영위하였다고 진술한 사실로 보아 폐업일자에 대한 사실조사가 미흡하여 2001.07.09. 쟁점거래처가 사실상 폐업하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. 둘째, 청구인이 제출한 증빙서류에 대하여 진위 여부에 대하여 보면, 거래명세표와 입금표에 서명이 된 사실로 보아 특별히 사실과 다르다고 볼 수는 없다 할 것이며, 당초 ○○세무서장의 조사시 쟁점거래처는 쟁점세금계산서를 허위로 발행하였다고 확인한 사실이 없고, 쟁점거래처의 사실상 폐업일에 대한 조사가 불충분하여 공급가액 30,950,000원에 대하여 정상적인 세금계산서를 수취하였다는 청구주장은 일리가 있다고 보여지며, 처분청에서 쟁점거래처가 사실상 폐업일 이후에 청구인이 쟁점세금계산서를 수수하였다 하여 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액을 불공제한 처분은 사실조사를 소홀히 한 것으로 판단된다. 셋째, 다만, 쟁점세금계산서 중 청구인이 이 건 심사청구시 증빙자료를 제시하지 아니한 세금계산서 2매 공급가액 23,900,000원은 쟁점거래처에서도 신고한 사실이 없는 자료인바, 동 자료는 가공자료에 해당된다 할 것이므로 매입세액을 불공제한 당초처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.
• 나) 청구인이 종합소득세 부과처분이 부당하다는 주장에 대하여 살펴본다. 청구인이 2001년 귀속 종합소득세를 법정신고기한내 신고를 하지 아니하였고 장부를 비치하지 아니하였다는 사실에 대해서는 처분청과 청구인 사이에 다툼이 없는바, 이 건 종합소득세는 청구인이 비치한 증빙서류가 미비하여 처분청에서 표준소득률에 의하여 추계결정한 처분으로 쟁점세금계산서로 인한 결정이 아니라 할 것이므로 청구주장은 사실관계를 오해한 주장으로 처분청의 당초결정에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.