실지거래가액이 확인된 부동산의 공급대가를 기준시가로 적용해야 한다는 주장의 당부

○○세무서장이 2004.05.01 청구인에게 경정ㆍ고지한 2002년 제1기분 부가가치세 37,047,060원은 부가가치세 과세표준에서 15,939,299원을 제외하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 토지 187.1㎡, 건물 569377㎡(상가 367.02㎡), (이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 2002.01.18 양도계약하고 2002.03.22 양도하면서, 상가 양도분에 대한 부가가치세를 신고누락하였고, 처분청은 부도산매매계약서상 거래대금이 7억1천만원(부가가치세 포함)임을 확인하고, 토지와 건물의 가액을 기준시가로 안분계산하여 2004.05.01 청구인에게 2002년 제1기분 부가가치세 37,047,060원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.07.29 심사청구하였다.

쟁점부동산의 상가는 폐업시 재고재화에 해당하고, 기준시가를 시가로 보아 과세하여야 할 것인바, 처분청이 부동산매매계약서상이 거래금액으로 안분계산하여 과세한 처분은 부당하다.

부가가치세법시행령 제48조 2 제4항에서 『사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다』고 규정하고 있는바, 처분청은 부동산매매계약서에 의해 쟁점부동산의 실지거래가액을 확인하였고, 토지와 건물의 가액이 구분되지 않아 각각의 기준시가에 의해 안분계산하여 적법하게 과세하였는데도, 실지거래가액을 부정할만한 근거도 없이 기준시가에 의하여 과세하여야 한다는 청구 주장은 이유가 없으므로 처분청의 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 실지거래가액이 확인된 쟁점부동산의 시가를 기준시가로 적용할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

2. 금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

3. 3의2. (생략)

4. 폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가

2. 부가가치세법시행력 제48조 【과세표준의 계산】

① 법 제13조 제1항에 규정하는 과세표준에는 거래상대자로부터 받은 대가ㆍ요금ㆍ수수료 기타 명목여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함한다. (이하 생략)

3. 부가가치세법시행력 제48조의 2 【과세표준의 안분계산】 (중략)

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이조애서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 이한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. (이하 생략) 4) 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.(중략)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 (이하생략)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구인이 쟁점부동산을 202.03.22 양도하면서, 상가 양도분에 대한 부가가치세를 신고 누락한 사실과, 처분청이 부동산매매계약서상 거래대금이 7언1천만원(부가가치세 포함)임을 확인하고, 토지와 건물의 가액을 기준시가로 안분계산하여 2004.05.01 청구인에게 2002년 제1기분 부가가치세 37,047,060원을 경정ㆍ고지하였음이 부가가치세신고서와 등기부등본, 부동산매매계약서, 조사서 및 부가가치세 경정결의서에 의해 확인된다.

2. 청구인은 쟁점부동산 중 상가양도에 대해 폐업시 잔존재화이므로 기준시가에 의해 과세하여야 한다고 주장한다, 청구인은 부동산임대업을 폐업하면서 쟁점부동산을 양도하여 재화의 공급이지 폐업시 잔존재화에는 해당하지 아니하며, 부가가치세법 제13조 제1항 제4호 에서 “폐업하는 경우의 재고재화에 대하여는 시가”를 과세표준으로 한다고 규정하고 있고, 동법시행령 제48조의 2제4항에서는 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖이 구축물 등을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다.” 고 규정하고 있는바, 부동산매매계약서에 의해 실지거래가액이 확인되고 있는 쟁점부동산에 대하여 기준시가를 적용할 수 없을 것이므로 청구 주장은 인정하기 어렵다 할 것이다.

3. 처분청은 쟁점부동산의 토지와 건물의 가액이 구분되지 않아 기준시가에 의해 안분계산하였는바, 동 계산이 적정하게 이루어졌는지를 살펴보면, 처분청은 토지와 건물의 기준시가를 각각 179,045,300원 및 211,927,091원으로 계산하였으나, 토지의 기준시가는 실면적 187.1㎡를 186.7㎡로 잘못 계산하였으므로 179,428,900원이 정당하고, 건물의 기준시가는 건물구조가 철근콘트리트조 임에도 철골콘크리트조로 잘못 적용하였으므로 176,058,930원이 정당하다. 또한, 처분청은 부가가치세 과세표준 계산시, 건물 전체에 대하여 부가가치세가 포함된 것으로 계산하여 주택에도 부가가치세가 반영되어 잘못 계산되었는바, 위 잘못된 기준시가를 정정하고 주택분 부가가치세를 제외하고 재계산하면 청구인의 부가가치세 과세표준은 219,504,382원이 되므로 당초 처분청이 계산한 과세표준인 235,443,681원에서 15,939,299원은 제외하여 과세함이 타당할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장에 일부 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.