주유소・토지・건물의 부가가치세 과세표준의 산정이 적정한 지 여부

○○세무서장이 2004.04.06. 청구인에게 경정ㆍ고지한 2001년 제 2기분 부가가치세 20,345,000원의 과세처분은 건물의 과세표준을 125,159,090원으로 하여 이를 경정합니다.

청구인은 ○○주유소(이하 “쟁점주유소”라 한다)를 운영하다 203.01.31. 폐업한 사업자로서 쟁점주유소가 소재한 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 잡종지 1,759㎡, 같은 리 8987번지 잡종지 192㎡, 같은 리 899번지 잡종지 1,230㎡, 같은 리 ○○번지 잡종지 89㎡(이하 쟁점토지“라 한다) 및 쟁점토지의 지상 건물 305.08㎡(이하 ”쟁점건물“이라 하고, 쟁점토지와 쟁점건물을 합하여 “쟁점부동산”)이라 한다)를 2001.07.12. 청구외 양○○에게 양도하고, 쟁점건물 양도에 대한 부가가치세 신고를 하지 않았다. 이제 처분청은 2002.03.29. 쟁점부동산 양도와 관련하여 결정한 양도소득세 결정결의서의 쟁점건물 가액을 부가가치세 과세표준으로 하여 2001년 제2기분 부가가치세 20,345,400원을 2004.04.06. 청구인에게 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.06.04. 이의신청을 거쳐 204.07.09. 이 건 심사청구하였다.

쟁점주유소 양도계약서상 금액은 240,000,000원이며 토지와 건물가액이 구분되어 있지 않아 여러 필지의 토지와 여러 건물, 기계장치를 각각 구분하여 매매하였다기 보다는 전체를 1건의 부동산으로 보고 매매하였으므로 토지와 건물가액이 불분명한 경우에 해당하고, 법원에서 경매를 실시하기 위해 감정하는 감정가액은 어떠한 감정가액보다 공정하여 시가에 근접한다고 보아야 하므로 쟁점주유소는 2000.02.21. 법원경매로 취득한 주유소로서 법원의 감정가액이 토지 238,575,000원, 건물 74,653,440원, 기계장치 64,500,000원으로 확인되는 바, 이 감정가액을 기준으로 부가가치세 과세표준을 안분계산하여야 하며, 설사경매감정가액으로 안분계산하지 않더라도 청구외 (주)○○감정평가법인에서 감정한 가액(토지 199,470,000원, 건물 71,069,140원, 기계장치 38,072,000원)이 있으므로 이 감정가액을 기준으로 안분계산하여야 함에도 쟁점부동산의 총매매대금을 쟁점토지와 쟁점건물의 기준시가로 안분계산하여 쟁점건물의 공급가액을 산정하여 청구인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 부당하다.

청구인은 쟁점주유소의 매매계약서상의 토지ㆍ건물가액이 구분되어 있지 않아 불분명하므로 쟁점주유소의 경매취득시 법원의 감정가액에 의해 부가가치세 과세표준을 안분하여야 한다고 주장하나, 법원의 감정평가에는 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 토지 89.00㎡와 같은 리 ○○번지외 3필지 지상건물 35.70㎡, 42.00㎡, 42.00㎡, 5.46㎡가 포함되지 있지 않아 법원의 감정가액에 의하여 토지ㆍ건물ㆍ기계장치를 안분계산할 수 없는 것이며, 또한 청구인은 법원의 감정가액으로 안분계산하지 않더라도 청구외 (주)○○감정평가법인에서 소급감정(평가시점;2001.07.04, 조사시점:2004.07.05~2004.07.06.)한 감정가액을 기준으로 안분계산한 가액으로 과세표준을 산정하여야 한다고 주장하나, 청구외 (주)○○감정평가법인의 평가에 의하면 당초에 주장하는 법원의 의뢰에 의하여 평가한 가액의 토지는 81%, 건물은 54%, 기계장치는 59%로 건물ㆍ기계장치의 평가가 토지의 평가에 비하여 상대적으로 현저히 낮은 비율로 평가하여 36개월 전의 건물 및 기계장치의 정당한 평가가 이루어졌다고 볼 수 없으며, 청구외 (주)○○감정평가법인의 건물분 평가와는 달리 상속ㆍ증여세법에 의한 건물분 기준시가의 계산에 의하면 쟁점주유소의 건물은 지가의 상승으로 건물의 기준시가가 높아지고 있는 것으로 나타나고 있어 경매시에 법원에 의한 평가액보다 현저히 낮은 비율의 평가는 정당한 평가라고 볼 수 없어 기준시가로 평가하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물의 부가가치세 과세표준의 산정이 적정한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 1제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

⑤ 제1항 내지 제4항 이외의 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제48조 의 2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등9이하 이조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호의 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조의 규정에 의한 기준시가(이하 이조에서 “기준시가”라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다.

2. 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여안분계산한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 처분청은 2002.03.29. 쟁점부동산 양도와 관련하여 결정한 양도소득세결정결의서의 쟁점건물 가액을 부가가치세 과세표준으로 하여 2001년 제2기분 부가가치세 20,345,400원을 2004.04.06. 청구인에게 경정ㆍ고지하였다가 2004.06.04. 청구인이 제기한 이의신청에서 매매계약서상 부가가치세의 대한 별다른 언급이 없으므로 쟁점부동산 거래가액에 부가가치세가 포함도어 있는 것으로 보아 과세표준을 산정하여야 한다는 청구주장을 일부 받아들여 이를 재경정한 사실이 부가가치세 경정결의서, 이의신청 결정서, 부가가치세 재경정결의서 등에 의해 확인된다.

② 청구인이 제시한 쟁점부동산의 매매계약서를 보면 매매건물의 구조 및 용도는 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○,○○,○○,○○번지의 주유소 및 휴게소, 부속건물 포함으로 되어 있으며, 매매금총액은 240,000,000원으로 토지가액과 건물가액이 별도로 구분되어 있지 않고, 작성일은 2001.07.04. 매도인은 청구인, 매수인은 청구외 양○○로 되어있다.

③ 청구인이 취득한 쟁점주유소 경매낙찰과 관련하여 1999.09.27. ○○지방법원○○지원의 낙찰허가결정을 보면, 부동산의 표시 중 토지는 ○○도 ○○시 ○○구 ○○읍 ○○번지 잡종지 1,759㎡, 같은 리 ○○번지 잡종지 192㎡, 같은 리 ○○번지 잡종지 1,230㎡로 쟁점토지 중 같은 리 ○○번지 잡종지 89㎡가 포함되어 있지 아니하고, 위 지상의 건물은 주유소 179.92㎡로 쟁점건물 305.08㎡ 중 125.16㎡가 포함되어 있지 아니하고 감정평가액은 토지 238,575,000원, 건물 74,653,440원, 기구 64,600,000원 합계 377,828,440원으로 되어있다.

④ 청구인은 쟁점부동산을 양도하고 2001.07.12. 양도소득세를 기준시가로 계산한 납부세액 10,889,954원으로 신고하였다가 2001.11.01. 취득가액을 경매낙찰가인 241,000,000원으로, 양도가액을 240,000,000원의 실거래가액(쟁점토지 102,325,000원, 쟁점건물 137,675,000원)으로 경정청구를 하였고, 처분청도 이를 인정하여 실지거래가액에 의해 양도소득세를 결정한 사실이 국세청통합전산망에 의해 확인된다.

2. 다음으로 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다. 청구인은 쟁점부동산의 양도계산서상 금액은 240,000,000원이며 토지와 건물가액이 구분되어 있지 않으므로 쟁점부동산 취득시 법원의 감정가액이나 청구외 (주)○○감정평가법인의 감정가액으로 과세표준을 안분계산하여야 한다는 주장이고, 처분청은 취득시 감정가액은 쟁점부동산 중 일부토지와 건물이 포함되지 않아 이를 적용할 수 없으며, 청구외 (주)○○감정평가법인이의 감정가액은 3년 전의 부가가치세 과세표준을 안분계산할 목적으로 적성된 것으로서 건물ㆍ기계장치의 평가가 토지의 평가에 비하여 상대적으로 현저히 낮은 비율로 계산되어 정당한 평가로 볼 수 없어 이를 받아들일 수 없으며, 기준시가가 청구인이 양도소득세 경정청구시 제시한 실거래가액과의 차이가 없으므로 기준시가에 의해 안분계산한 것이 정당하다는 의견이다. 위 사실관계에서 알 수 있듯이 비록 쟁점부동산의 매매계약서 상에는 별도로 구분되어 있지는 않지만, 2002.11.01. 청구인이 양도소득세 경정청구서에 쟁점토지와 쟁점건물에 대한 실지거래가액을 구분 기재하여 제출하였고, 처분청도 동 실지거래가액으로 양도소득세를 결정한 사실이 국세청통합전산망에 의해 확인되고, 부가가치세법 시행령 제48조 2 제4항에 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그밖의 구축물 등(이하 이 조에서 “건물 등”이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다“라고 되어 있다. 청구인과 처분청은 쟁점토지와 쟁점건물의 실거래가액이 불분명하다하여 부가가치세 안분계산의 방법에 대하여 다투고 있으나, 청구인이 양도소득세 경정청구를 하면서 건물의 실지거래가액이 137,675,000원이라고 경정청구서에 기재하고 있는 바, 동 금액을 기준으로 부가가치세를 제외하여 쟁점건물에 대한 부가가치세 과세표준을 산정함이 타당하다고 판단된다.

3. 따라서 처분청이 쟁점건물의 부가가치세 과세표준을 산정함에 있어 실지 거래가액이 존재함에도 이를 기준시가에 의해 과세표준을 안분한 것은 사실관계조사를 소홀히 한 잘못이 있다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.