거래처가 직권폐업된 사실 모르는 상태에서 거래한 경우 매입세액 공제 여부

○○세무서장이 2004.01.01. 청구인에게 경정ㆍ고지한 2002년 제1기분 부가가치세 3,988,330원의 부과처분은 이를 취소합니다.

• 가. 청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 『○○빌딩』이라는 상호로 부동산 임대업을 영위하는 개인사업자로, 2002년 제1기 과세기간 중 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 청구외 ○○인테리어 손○○(이하 “○○인테리어”라 한다)로부터 공급가액 27,272,727원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받고 관련 부가가치세 2,727,273(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 동 과세기간에 대한 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다.
• 나. 처분청은, ○○인테리어는 199.06.30. 기 폐업한 사업자라 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점금액을 불공제하여 2004.01.01. 청구인에게 2002년 제1기분 부가가치세 3,988,330원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 02. 05. 이의신청을 거쳐 2004.07.05. 이 건 심사청구하였다.

• 가. 청구인은 임대사업에 공하는 ○○빌딩의 ○~○층의 실내시설물 철거공사(이하 “쟁점공사”라 한다)를 ○○인테리어에 맡기고 쟁점세금계산서를 교부받았고, 그 대금도 현금 및 자기앞수표로 결제한 사실이 있다.
• 나. 추후에 처분청으로부터 세금계산서 불부합 과세자료에 대한 소명안내를 통보 받고 ○○인테리어에게 확인해 본 바, ○○세무서장이 ○○인테리어를 직권폐업시킨 사실과, ○○인테리어는 쟁점세금계산서와 관련하여 정상적으로 부가가치세를 신고ㆍ납부한 사실을 알았다.
• 다. 당초 ○○인테리어뿐만 아니라 청구인도 쟁점공사를 계약할 때 직권 폐업된 사실로 모르는 상태에서 거래하였는 바, ○○인테리어가 쟁점세금계산서에 대하여 부가가치세를 신고ㆍ납부한 사실이 확인되므로 청구인을 선의의 거래당사자로 보아 쟁점세액을 매출세액에서 공제하여야 한다.

○○인테리어는 1998.06.30. 직권폐업된 사업자이고, 이 후 ○○라는 음식점(사업자등록번호 000-00-00000)을 개업하였다가 2001.06.30. 직권폐업된 상태이며, 이후부터는 따로 사업자등록이 되어 있지 않아 쟁점세금계산서 발행시기인 2002년 제1기 중에서 미등록사업자에 해당되므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 경정ㆍ고지한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 폐업자가 거래하고 교부받은 것인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2) 부가가치세법 사무처리 규정 제9조 【사업자등록번호의 부여기준】

① 사업자등록번호는 전산시스템에 의하여 일련번호 순서대로 자동 부여하며, 한 번 부여된 번호는 준영구코드화하여 세적인전, 과세유형전환 등의 경우에도 당초의 번호를 그대로 사용한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 사업자등록번호를 새로 부여한다.

1. 수순한 신규 개업자 및 폐업후 1년 이내 사업 개시자

• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점공사를 ○○인테리어가 시행한 사실에 대하여는 다툼이 없다.

2. 국세청통합전산망(TIS)을 통하여 ○○인테리어 대표 손○○의 사업현황을 조회한 바, 아래와 같음이 확인된다.

• 가) 손○○는 1994.01.05. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 실내장식 건설업을 영위하는 ○○인테리어를 일반과세자로 사업자등록(사업자등록번호, 000-00-00000)을 하였으나 ○○세무서장이 1998.06.30.자(전산처리일자는 1998.12.31.)로 직권폐지하였으며,
• 나) 1999.10.01. 위 손○○가 음식점인 ○○를 간이과세자로 사업자등록을 신청한데 대하여 관할세무서장인 ○○세무서장은 ○○의 사업자등록증을 교부하면서 종전에 ○○인테리어가 사용하던 사업자등록번호를 교부(부가가치세 사무처리 규정 제9조에 따라 폐업 후 1년 이후에 사업개시하는 경우는 종전 사업자등록번호를 교부)하였다가, 2001.06.30. 직권폐업조치하였다.

3. 국세청통합전산망(TIS)을 통하여 손○○의 부가가치세 신고내역 및 결손사항 등을 조회한 바, 아래와 같이 확인된다.

• 가) ○○인테리어는 1998년 제1기부터 2002년 제1기 과세기간에 대하여 200년 제2기 및 2001년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 신고를 누락하였을 뿐, ○○세무서장이 직권폐업시킨 이후에도 계속하여 일반과세자로 하여 부가가치세법 신고ㆍ납부하였다.
• 나) 특히, 1999년 제1기 및 2000년 제1기 과세기간에 대하여는 위 손○○는 동일한 사업자등록번호로 일반과세자인 ○○인테리어와 간이과세자인 ○○에 대하여 부가가치세를 신고ㆍ납부한 사실이 있다.
• 다) 위 손○○는 쟁점세금계산서를 발행한 과세기간인 2002년 제1기 과세기간에 대하여도 일반과세자인 ○○인테리어라는 상호로 2002.07.25. 매출과세표준 43,672,727원, 납부세액 2,471,460원의 부가가치세를 신고하고 관련세액 전액을 납부한 사실이 있다.
• 라) 한편, ○○세무서장는 1998.12.31. 위 손○○의 체납금액에 대하여 무재산을 사유로 하여 결손처분한 사실이 확인된다.

4. 당심에서 ○○세무서장에게 ○○인테리어의 직권폐업 경위 등에 대하여 의견을 조회한 바, ○○세무서장은 ○○인테리어의 폐업조치는 체납세액의 결손처분과 관계된 것이고, 실제로 ○○인테리어가 사업을 계속한 경우라면 당초 직권폐업한 것을 취소하고, ○○와 사업자등록번호를 달리하여 세적관리를 하여야 하나, 내부 담당자가 서로 달라 그리되었다고 회신(○○세무서 세원관리2과-3192, 2004.10.28) 하였다.

5. 처분청은 ○○인테리어가 기 폐업한 사업자여서 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분이 정당하다고 주장하나, ○○인테리어는 ○○세무서장의 직권폐업조치 이후에도 계속하여 부가가치세를 신고하였고, 이 건 쟁점세금계산서에 대하여도 정상적으로 부가가치세를 신고ㆍ납부한 점, ○○인테리어의 폐업처리는 결손처분 요건을 갖추기 위하여 임의적으로 하였다고 ○○세무서장이 확인하고 있으므로 쟁점금액은 매출세액에서 공제됨이 마땅하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.