거래처의 폐업후 거래이나 거래사실이 확인되는 경우 매입세액 공제 여부

○○세무서장이 2004.01.02. 청구인에게 경정 고지한 2002년 제1기분 부가가치세 6,581,250원은 이를 취소합니다.

청구인은 ○○산업이라는 상호로 1995.06.01.부터 2003.01.31.까지 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에서 오토바이 부품 등을 제조하는 사업을 영위한 개인사업자로, 2002년 제1기 청구외 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○유통(이하 “○○유통”이라 한다)으로부터 매입세금계산서 6매 45,000,000원(공급가액, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 수취하여 매입세액 4,500,000원을 부가가치세 신고시 매출세액에서 공제하고 신고하였다. 처분청은 국세청으로부터 통보받은 매입세액 부당공제 혐의자료에 의하여 쟁점세금계산서는 폐업자로부터 수취하여 매입세액을 불공제 대상으로 보아 2004.01.08. 청구인에게 2002년 제1기 부가가치세 6,581,250원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 20004.02.27. 이의신청을 거쳐, 2004.05.28. 심사청구하였다.

당초 처분청에서 요청한 과세자료 소명시 청구인의 착오로 천원 단위인 거래금액을 원단위로 잘못 인식하여 거래사실을 부인하였으나, 입금표 사본과 매출거래처인 ○○유통의 사실확인에 의하여 거래사실이 확인되므로 비록 쟁점거래처의 폐업후 거래라 하여 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 당초 처분은 부당하다.

실제 거래하였다고 주장하는 쟁점거래처 2001.12.31. 직권 폐업된 사업자이며, 청구인이 제출한 거래사실확인서만으로는 사실거래라고 인정하기 어려워 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 경정ㆍ고지한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 직권 폐업처리된 사업자로부터 수취한 매입세금계산서를 사실거래로 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

1. 부가가치세법 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다름 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. (단서 생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외의 대통령령이 정하는 사항 <이하 생략> 제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액.

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액.

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. <이하생략> 제21조 【경정】 ① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.(2003.12.30. 개정전)

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 <중략>

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다.<이하 생략>

2. 부가가치세법시행령 제60조【매입세액의 범위】 ① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 규정하는 경우로 한다. 1-4. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우 <이하 생략>

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 청구인은 ○○유통으로부터 2002년 제1기중 공급가액 45,000,000원 상당의 쟁점세금계산서를 수취하여 매입세액 4,500,000원을 공제받은 사실에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.
• 나) 처분청은 국세청 전산실로부터 매입세액 부당공제 혐의자료를 통보받고, 청구인의 해명자료를 검토하여 ‘거래사실 없이 부당하게 공제한 매입세액’이라 하여 매입세액을 불공제한 사실이 처분청에서 제출한 심리자료에 의하여 확인된다.
• 다) ○○세무서장은 ○○유통에 대하셔 당초 폐업일자를 2001.12.31.로하여 2002.09.26. 직권폐업처리하였다가, ○○유통의 요구에 의하여 폐업일자를 2002.12.31.로 정정하여 2003.11.24. 전산입력한 사실이 국세통합전산망의 ‘사업자세적변경이력 조회’에 의하여 알 수 있다.
• 라) ○○유통은 2002년 제1기중 매출과세표준을 50,805,000원으로 신고하였으나 쟁점세금계산서 거래분에 대하여 부가가치세를 신고하였는지는 확인되지 아니한다.

2. 판단

• 가) 청구인은 ○○유통과의 사실거래를 주장하면서 ○○유통의 거래사실확인서를 제출하고 있으며, 이에 대하여 처분청은 폐업자의 거래라 하여 매입세액을 불공제하였는바, 이에 대하여 살펴본다. 처분청에서 ○○유통의 실제 폐업일자를 확인하지 아니하고 매입세액 부당공제 혐의자료에 의하여 폐업자와의 거래라 하여 매입세액을 불공제한 사실이 확인되는바, ○○유통의 폐업일자 2002.12.31.로 정정된 사실을 확인하지 아니하고 폐업자로부터의 매입이라 하여 매입세액을 불공제한 처분은 사실조사를 소홀히 한 면이 있다고 보인다.
• 나) 또한, 쟁점거래의 매출자인 ○○유통에서 거래사실확인서를 제출하고 있고 2002년 제1기중 쟁점세금계산서를 제외한 매출액이 58,570,000원이고 매입액은 3,770,460원에 불과한 점, ○○유통의 폐업일자를 적기에 정정처리하였다면 매입세액 부당공제 혐의자료가 출력되지 아니하였을 것이라는 사실을 감안하면, ○○유통에 대하여 쟁점세금계산서를 자료통보하여 매출누락으로 과세하는 것은 별론으로 하고 당초 처분이 잘못이 있다고 판단된다.
• 라. 결론 이건 심사청구는 청구주장이 이유가 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.