건축물 신축시 부대공사가 토지 등 조성관련 공사에 해당하는지 여부

○○세무서장이 2004. 01. 02. 청구인에게 경정고지한 2000년 제2기 부가가치세 12,499,200원의 부과처분은, 청구인이 2000. 12. 30. 청구외 (주)○○로부터 교부받은 세금계산서상 공급가액 72,000,000원에 대하여 매입세액 공제대상 금액(콘크리트포장공사, 오수관매설공사, 상수관매설공사 및 지하수공급시설공사 금액)과 불공제대상 금액(부지 조성공사 및 석축공사 금액)이 얼마인지를 재조사하여 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 병매개 등 제조업(상호: ○○)을 영위하는 자로서, ○○도 ○○시 ○○동 ○○번지 소재 임야 2,655㎡ 지상에서 공장을 신축하면서, 그 부대공사인 부지조성 및 석축공사ㆍ콘트리트포장공사ㆍ오수관매설공사ㆍ상수관매설공사ㆍ지하수공급시설공사(이하 “쟁점공사”이라 한다)의 공사시공자인 청구외 (주)○○부터 2000. 12. 30. 공급가액 72,000,000원의 세금계산서를 교부받고, 동 매입세액을 매출세액에서 공제하여 2000년 제2기 부가가치세 확정신고를 하였다. 처분청은 쟁점공사와 관련된 매입세액은 토지관련 매입세액이라는 ○○국세청장의 자료통보내용에 따라 그에 대한 매입세액을 불공제하여, 2004. 01. 02. 청구인에게 2000년 제2기 부가가치세 12,499,200원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 02. 02. 이의신청을 거쳐 2004. 05. 06. 심사청구하였다.

쟁점공사는 공장을 신축하는 과정에서 이루어진 구조물공사로서, 공사계약서와 국세청 발행 부가가치세해석편란 및 쟁점공사 현장사진 등에 의하여 토지관련 매입세액에 해당하지 아니함이 확인됨에도, ○○국세청장이 토지관련 매입세액이라고 통보하였다 하여 처분청이 아무런 사실확인 없이 이 건 과세함은 부당하다.

쟁점공사는 시공자인 청구외 (주)○○이 도로부지와 기타부지로 지적분할 및 개별등기 전환ㆍ산림훼손 복구 준공검사ㆍ개발부당금 신고ㆍ임야인 토지의 공장용지로의 형질변경 등을 이행하여 주는 조건으로 계약이 체결된 점 등으로 보아 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 공사에 해당하고, 석축옹벽공사 현장사진을 보면 동 토지는 당초 형질이 임야로서 가파른 경사면을 이루고 있어 쟁점공사를 하지 않고서는 공장용지를 지을 수 없는 상태로 확인되는바, 쟁점공사는 공장의 신축에 수반되는 공사라기보다는 공장건물을 짓기 위한 토지조성공사로 봄이 타당하다고 판단되므로, 이를 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점공사에 대한 매입세액이 토지관련 매입세액에 해당하는지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항은 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』라고 규정하면서, 그 제4호는 『부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액』을 열거하고 있다. 같은 법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】 제6항은 『법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 쟁점공사 계약서 ‘마“항의 ’공사내용‘을 보면, ① 부지 조성공사 및 석축공사, ② 지방도와 본 부지 단지내 도로간의 콘크리트포장공사, ③ 오수관 매설공사(주관φ600mm, 지관 φ300mm), ④ 상수관 매설공사(주관 φ50mm, 지관 φ20mm),⑤ 70톤/일 지하수 공급시설공사(30톤 중앙공급 저장탱크 설치)라고 되어 있고, 동 계약서 ’가‘항의 ’공사금액‘에서 위5개의 공사에 대한 공사대금을 72,000,000원(공급가액)으로 하였으며, 동 계약서 ’바‘항 ’기타특약사항‘을 보면, 시공자는 도로부지를 제외한 본 부지가 개별등기로 전화되도록 하고, 산림훼손 복구준공검사를 취득하며, 임야에서 공장부지로 전화해주는 조건이라고 되어 있다.

2. 청구인은 쟁점공사 공사대금 72,000,000원에 대하여 2000연도 말에는 이를 건설중인자산계정으로 계상하였다가 2001연도 말부터 2003연도 말까지는 감가상각대산 자산인 건물로 변경 계상하였음이 청구인의 2000~2003연도분 종합소득세 신고서에 의하여 확인되는데, 위 2000연도 말에 이를 건설중인자산계정으로 계상한 이유에 대하여, 청구인은 세금계산서 수취일자가 연도말인 2000. 12. 30.이었고 당시 건축물 사용승인을 받지 못하였기 때문이라고 주장하고 있다.

3. 청구인은 공장을 신축하고자 하는 곳의 토지가 경사면을 이루어 공장을 신축할 수 없게 되자, 경사면을 절개하여 평평하게 한 다음 그 위에 90평짜리와 180평짜리 공장동 및 연면적 60평인 2층짜리 사무실을 신축한 것으로, 이렇게 만든 토지 위에 공장건물을 신축하다 보니 이를 지탱할 버팀이 필요하여, 다른 토지들과의 경계면 4곳 모두에 옹벽을 설치한 것이라고 주장하고 있다.

4. 쟁점공사가 이루어진 토지의 토지대장을 보면, 당초 임야였다가 2001. 10. 20. 공장용지로 지목이 변경되었음을 알 수 있다.

5. 살피건대, 구축물인 도로나 주차장 등의 조성을 위하여 소요된 비용은 토지의 조성을 위한 자본적 지출이 아닌 구축물의 취득원가에 포함되는 것(대법원2004두39, 2004.03.25. 같은 뜻)이고, 법인세법 시행규칙 별표 5에 의하면 건축물 등의 기준내용연수 및 내용연수 범위표에 구축물은 감가상각자산으로 분류되어 있는바, 구축물은 토지와의 별개의 감가상각대상자산으로 봄이 타당하다고 할 것(국심2003부2119, 2003.11.26. 같은 뜻)으로서, 청구인이 쟁점공사중 ② 지방도와 본 부지 단지내 도로간의 콘크리트포장공사, ③ 오수관 매설공사(주관φ600mm, 지관 φ300mm), ④ 상수관 매설공사(주관 φ50mm, 지관 φ20mm),⑤ 70톤/일 지하수 공급시설공사(30톤 중앙공급 저장탱크 설치)와 관련된 비용을 감가상각대상자산으로 계상하고 있는 점에서 이는 토지와 구분되는 별도의 구축물 취득원가로 봄이 타당하며, 관련매입세액은 사업용 고정자산매입과 관련된 매입세액으로 보아 당해 과세기간의 매출세액에서 공제함이 타당한 것(국심2004서1041, 2004.07.15. 같은 뜻)이나, 쟁점공사중 ① 부지 조성공사 및 석축공사와 관련된 매입세액은, 쟁점공사에 사용된 토지가 당초 임야에서 공장용지로 형질변경된 점으로 보아, 이는 토지와 구분되는 별도의 구축물이 아니라 부가가치세법 시행령 제60조 제6항 제1호 에서 규정하고 있는 토지의 형질변경이나 공장부지의 조성에 관련된 매입세액 및 같은 항 제3호에서 규정하고 있는 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액에 해당하여 매입세액 공제대상이 아니라고 할 것(심사 부가2003-3171, 204.02.02. 같은 뜻)이므로, 쟁점공사중 매입세액 공제대상 금액(②~⑤공사 금액)과 불공제대상 금액(①공사 금액)이 각각 얼마인지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다 할 것이다.

이 건 심사청구는 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.