수정세금계산서를 적법한 걸로 보아 청구법인이 공제받은 매입세액을 추징 가능한지

[이유] 청구법인은 2004.4.26. ○○시 ○○구 동 -번지 빌딩 512호에서 (주)☆☆유통이라는 상호로 음향기기 도매업을 개업하여 현재까지 사업을 영위하고 있는 법인으로 2000년 6월 말경 청구외 ○○전자(주)(현재 상호를 (주)◎◎로닉스로 변경하여 법정관린중임. 이하 "청구외법인"이라 한다)와 거래계약을 체결하고 청구외법인으로부터 공급가액 2000.4.29. 80,015,555원, 2000.5.31. 501,284,676원 2000.6.30. 6,640,541,535원, 합계 7,221,841,766원의 매입세금계산서를 교부받아 2000년 제1기 부가가치세 확정 신고를 하였으며 701,936,654원의 부가가치세를 환급 받았다. 지방국세청장은 *세무서에 대한 정기검사시 청구법인이 수취한 세금계산서가 정당한 세금계산서가 정당한 세금계산서에 해당되지 아니하는 것으로 보아 동 매입세액을 불공제하고 2000년 제1기 부가가치세 701,931,630원과 가산세 183,442,280원, 합계 885,373,930원을 과세하도록 시정 요구하여 처분청은 청구법인에게 2001.4.20. 과세예고통지를 하였다. 청구법인은 과세예고통지에 대하여 2001.8.8. 지방국세청장에게 과세전적부심사청구를 제기하였으며, **지방국세청장은 청구법인이 정당하게 매입세금계산서를 교부받은 것으로 인정하여 2001.10.31. 청구인의 주장을 채택하는 결정을 내렸다. 청구외법인은 청구법인의 대금지불능력부족, 대금결제지체 등의 사유로 2001.6.30. 위 공급가액 전액을 반품하는 것으로 수정세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 발행하여 2001년 제1기 부가가치세 확정 신고를 하였다. 감사원은 2003.5.26.부터 6.30,까지 국세청에 대하여 "과세자료 기반구축 및 운용실태에 대한 감사"를 한 결과 청구외법인이 위 쟁점세금계산서를 발행하였음에도 처분청이 아무런 조치도 취하지 않고 있는 사실에 대하여 감사결과 처분을 요구함으로써 처분청은 2004.1.2. 청구법인이 2000년 제1기에 공제받은 매입세액을 불공제하는 것으로 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하여 부가가치세 1,181,300,980원을 청구인에게 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.3.31. 이 건 심사청구를 하였다.

부가가치세법시행령 제59조 (수정세금계산서)에서 "법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재 사항에 관하여 착오 또는 정정 사유가 발생하는 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생되는 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다."라고 규정하고 있다. 당초 발생한 세금계산서에 대한 쟁점세금계산서를 발행할 수 있는 정정 사유가 발생한 때란, 단순히 계약을 해지한 때가 아니라, 당초 세금계산서를 발행한 사유가 소멸한 때, 즉 계약을 해지하고 영수한 대금을 반환하거나 손해배상 등으로 반환하지 아니하기로 확정된 때로 보아야 할 것(심사부가 2001-169,2001.9.28)이므로 당초 세금계산서에 대하여 정산이 확정되지 아니한 상태에서 발행된 수정세금계산서는 수정세금계산서로 볼 수 없다. 또한 『부가22601-1380, 1992.9.3.』에서 "세금계산서 교부라 함은 세금계산서를 발행하여 거래 상대방에게 넘겨주는 것을 말하므로, 공급받는 자의 동의 없이 일방적으로 수정세금계산서를 작성하여 자기만이 당해 수정세금계산서를 정부에 제출하는 경우에는 정당하게 교부된 수정세금계산서로 볼 수 없다"라고 해석하고 있다. 청구법인은 청구외법인의 쟁점세금계산서를 반송함에 있어 "계약이 해지되는 가정 아래 반품처리를 한다고 하여도 귀사가 최고 발부하고 신고한 세금계산서상의 단가와 금액으로 제품명목을 적어 신고하여야 할 것이다"라고 수정하여 신고해줄 것을 적시하여 쟁점세금계산서를 반송하였음에도 불구하고 청구외법인은 7,601,516,536원(부가가치세 포함)의 수정세금계산서를 발행하여야 하는데 일부제품의 단가들을 임의 과소 적용하여 159,184,746원을 부족한 7,442,331,536원(부가가치세 포함)의 정당하지 않은 수정세금계산서를 청구법인에게 통보도 없이 일방적으로 당해 관할 세무서장에게 제출한 행위는 불부합자료 및 이로 인한 불이익이 있을 것을 예견하고 한 고의성이 있는 청구외법인의 행위인데도 청구법인에게 책임을 전가하는 것은 부당하다. 이 건의 경우 청구외법인의 계약의 해지권 행사는 적법성을 결여하고 있으므로 계약이 해지된 것이 아니며 그러한 사정에 기초하여 발행한 세금계산서 또한 수정세금계산서로 볼 수가 없다 할 것이다. 위에서 살펴본 바와 같이 청구외법인의 쟁점세금계산서는 정당하게 교부된 수정세금계산서로 볼 수 없으므로 ***세무서장이 청구법인의 부당매입으로 통보한 자료는 잘못된 것이다.

청구외법인이 발생한 쟁점세금계산서에 대해 청구법인이 동의하지 않았다 하더라도 청구법인의 계약불이행(담보부족, 대금미지급)으로 인한 청구외법인의 계약해지는 정당한 것으로 판단되며 재화공급과 관련된 손해가 발생한 부분에 대해서는 계약당사자간의 문제로서 손해배상청구 등으로 해결할 사항이므로 수정세금계산서 교부한 2001. 6. 30. 이 속하는 2001년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세를 경정. 결정하여 청구법인에 이 건 과세한 당초 처분은 정당한 것이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 쟁점세금계산서를 적법한 수정세금계산서로 보아 청구법인이 공제받은 매입세액을 추징한 것이 타당한지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다. ο 부가가치세법 제16조 [세금계산서]

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. ο 부가가치세법시행령 제59조 [수정세금계산서] 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 청구외법인으로부터 2000년 제1기 과세기간동안에 공급가액 7,221,841,766원의 매입세금계산서를 교부받아 2000년 제1기 부가가치세 확정 신고를 하고 701,936,654원의 부가가치세를 환급받은 사실이 국세청통합전산망에 의하여 확인된다. (나) 지방국세청장은 *세무서에 대한 정기감사시 청구법인이 교부받은 세금계산서가 재화의 공급없이 교부된 사실과 다른 세금계산서라는 사유로 동 매입세액을 불공제하여 2001년 제1기 부가가치세 885,373,930원을 과세하도록 시정요구하고 처분청은 2001.4.20. 청구법인에게 과세예고통지 하였음을 "감사결과예고통지서"로 알 수 있다. (다) 청구법인은 과세예고통지에 대하여 2001.8.8. 지방국세청장에게 과세전적부심사청구를 제기하였으며 지방국세청장은 청구법인이 정당하게 매입세금계산서를 교부받은 것으로 인정하여 2001.10.31. 청구인의 주장을 채택하는 결정을 하였음이 과세전적부심사결정서에 의하여 확인된다. (라) 청구외법인은 청구외법인의 대금지불능력부족, 대금결제지체 등의 사유로 2001.6.30. 위 공급가액 전액을 반품하는 것으로 쟁점세금계산서를 발행하여 2001년 제1기 부가가치세 확정 신고를 하였음이 국세청통합전산망으로 확인된다. (마) 감사원장은 국세청에 대하여 2003.5.26.부터 6.30까지 "과세자료 기분구축 및 운용실태에 대한 감사"를 하는 과정에서 청구외법인이 청구법인에 대하여 쟁점세금계산서를 발행하였음에도 처분청이 아무런 조치도 취하지 않고 있는 사실을 인지하고 감사결과 처분을 요구함으로써 처분청은 2004.1.1. 청구법인이 2001년 제1기에 공제받은 매입세액을 불공제하는 것으로 부가가치세 과세표준과 세액을 경정하여 부가가치세 1,181,300,980원을 청구인에게 고지하였음이 이 건 부가가치세경정결의서에 의하여 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점세금계산서가 정당한 세금계산서가 아니라는 근거로 "세법에서 규정하고 있는 수정세금계산서를 발행할 수 있는 정정사유가 발생한 때란, 단순히 계약을 해지한 때가 아니라, 당초 세금계산서를 발행한 사유가 소면한 때, 즉 계약을 해지하고 영수한 대금을 반환하거나 손해배상 등으로 반환하지 아니하기로 확정한 때로 보아야 할 것(심사부가 2001-169, 2001.9.28)"이라는 심사 결정례를 들고 있으나, 이 건의 경우 청구법인은 쟁점세금계산서상의 거래물품에 대한 대금을 청구외법인에게 지급한 사실이 없어 반환할 대금도 없는 상태였고, 당초 계약된 물품이 청구법인의 사업장 등에 실질적으로 인도되지 아니하여 반환할 물품도 없는 상태였으므로, 위 심사 결정례를 이 건의 경우와 동일하게 적용할 수 는 없다 할 것이다. (나) 청구법인은 국세청 예규(부가22601-1380, 1992.9.3.)를 들어 이 건 부가가치세 과세처분의 근거가 된 쟁점세금계산서가 청구법인의 동의 없이 청구외법인이 일방적으로 발행된 것이기 때문에 정당한 세금계산서의 교부가 아니라고 주장하고 있으나, 이 건의 경우 청구법인과 청구외법인 사이의 작성된 계약서 제12조에 "상품대금의 완전변제와 동시에 재화가 청구법인으로 이전된다"는 거래조건과 동 제15조에 "계약의 각 조항을 위반하였을 경우에는 최고 없이 즉시 본 계약을 해제 할 수 있다"라고 약정된 내용, 청구법인이 대금결제를 위한 충분한 담보를 제공하지 못한 사실, 쟁점계산서 발행일까지 대금결제를 이행하지 못하고 있는 사실 등으로 미루어 청구법인이 먼저 계약을 불이행한 것으로 볼 수 있고 이를 기화로 청구외법인은 매출채권의 일실을 방지하기 위하여 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발행한 것으로 판단되는 바, 청구법인의 동의 없이 쟁점세금계산서를 발행하였기 때문에 정당하지 못한 세금계산서라는 주장은 설득력이 없는 것으로 보인다. 또한 청구외법인이 당초 계약을 취소한다는 내용의 내용증명을 발송한 것에 대하여 청구법인은 이를 반송하였기 때문에 동 취소 통지는 효력이 없다고 주장하나, 청구주장대로 위 내용증명을 반송하였다면 청구법인은 동 취소 내용을 인지하지 못하였음이 정상인데 위와 같은 여러 가지 정황으로 보면 청구법인은 이미 청구외법인이 보관하고 있던 재화를 회수해 갈 것을 알고 있었던 것으로 보여 지며, 내용증명을 반송한 것도 이러한 내용을 인지하고 있었다는 것을 반증하는 것이라고 볼 수 있다. 그리고 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의한 감액(반품) 사유가 반드시 사전에 약정된 계약의 내용에 따라 이루어져야 한다고 하기도 어려운 점등을 고려할 때 쟁점세금계산서가 사전에 청구법인의 동의 없이 발행되었기 때문에 정당하지 못한 세금계산서라는 청구법인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다.(국심2000서498,2000.07.07 같은 뜻) (다) 그리고 청구법인이 "청구외법인이 발행하여야 할 수정세금계산서는 7,601,516,536원인데 일부 제품의 단가들을 임의 과소 적용하여 159,184,746원을 부족한 7,442,331,536원의 수정세금계산서를 청구법인에게 통보도 없이 일방적으로 당해 관할세무서장에게 제출한 것은 청구외법인이 청구법인에게 책임을 전가하는 것으로 부당하다"는 주장은 청구법인과 청구외법인의 양 당사자 사이에 해결하여야 할 사안으로 이 건 과세내용과는 별개의 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 부가가치세법시행령 제56조 의 규정에 의한 정당한 수정세금계산서로 보고 청구법인에게 이 건 부가가치세를 경정 고지한 처분은 정당하고 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제16조 / 부가가치세법시행령 제59조 /