선의의 당사자로서 수취한 세금계산서의 매입세액이 공제대상이라고 한 결정

[주문]

○○세무서장이 2003.12.20. 청구인에게 경정고지한 2003년 제2기 부가가치세 76,177,230원의 부과처분은 이를 취소합니다. [이유]

청구인은 2003.07.16.(공사준공일) ○○도 ○○시 ○○동 1289-1에 건물(지하 2층 ∼ 지상 3층 연면적 3,165.47㎡, 이하 “이건 건물”이라 한다)을 신축하여 부동산임대를 하는 사람으로서, 이건 건물의 신축공사를 2003.02.25. ○○ 종합건설주식회사○○지점(○○시 ☆동 867-5 소재, 이하 “○○종건지점”이라 한다)과 도급금액 634,810,344원(부가가치세 별도)에 공사계약하여 2003.07.16. 준공하였고, 같은날 ○○종건지점으로부터 세금계산서(매입세액 63,481,034원, 이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 2003년 제2기 부가가치세신고시 매입세액공제신고 하였다. 처분청은, 이건 건물의 공사를 ○○종건지점 지배인인 청구외 윤○○이 개인자격으로 한 것으로 보고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 위장세금계산서로 보아 매입세액불공제하고 관련 가산세를 더하여 2003.12.20. 청구인에게 2003년 제2기 부가가치세 76,177,230원을 경정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.03.10. 심사청구 하였다.

이 건 건물의 신축공사를 당초에는 청구외 (주)☆☆종합건설과 계약하였으나 ○○에 불어닥친 태풍 루사의 영향으로 공사가 장기간 중단되면서 청구외 (주)☆☆종합건설이 공사를 포기함에 따라 ○○종건지점에 이건 건물의 신축공사를 도급주게 되었고, 사전에 ○○종건의 법인등기부등본, 종합건설업면허, 사업자등록 여부 등에 의해 정상적인 사업자임을 확인하고 계약을 하였으며, 공사대금을 지급한 사실도 금융자료등 객관적인 자료에 의해 확인됨에도 쟁점세금 계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 것은 부당하다.

○○종건의 본점이 사업장 부재로 인하여 관할세무서인 ○○세무서장이 직권폐업처리 및 자료상으로 고발한 사실이 있으며 공사대금 중 일부가 ○○종건지점의 지배인인 윤○○의 처인 청구외 이○○의 통장에 입금된 후 본점에 송금되지 않은 점으로 보아, 이건 건물의 실지공사자는 ○○종건지점이 아니라 그 지배인인 청구외 윤○○ 개인으로 보아야 한다.

• 가. 쟁 점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 위장세금계산서로서 매입세액불공제한 것이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 ■ 부가가치세법 제17조 [납부세액]

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 이하 생략

• 다. 사실관계 및 판단

1. 처분청이 쟁점세금계산서를 실지 시공자가 사실과 다른 위장세금계산서 즉, 이건 건물의 신축공사를 ○○종건지점이 한 것이 아니라 그 지배인인 청구외 윤○○ 개인이 한 것이라고 본 이유를 보면, ○○종건 본점관할 세무서장인 ○○세무서장이 ○○종건 본점에 대하여 사업장이 없다는 이유로 직권폐업처리 및 자료상으로 ○○경찰서에 고발한 사실이 있으며, 공사대금 698,291,378원중 338백만원이 ○○종건지점 지배인인 청구외 윤○○의 처인 청구외 이○○에게 2003.03.24.부터 2003.07.4.까지 사이에 송금되었는데 이 돈이 ○○종건 본점에 다시 송금되지 않은 점을 들었다.

2. 그러나, ① 공사대금이 ○○종건지점의 계좌(○○은행), 청구외 이○○의 계좌 등을 통해 쟁점세금계산서상의 공급대가가 모두 실지 지급된 사실에는 청구인과 처분청 사이에 다툼 없고,

② TIS에 의해 휴ㆍ폐업자 상세 조회한 바 ○○세무서장은 ○○종건본점이 관내에 사업장이 없다는 이유로 2003.5.29일 직권폐업처리하면서 폐업일을 소급하여 2003.03.31.로 하였으나, 청구인이 ○○종건지점과 도급계약을 체결한 날은 소급 폐업일(2003.03.31.) 이전인 2003.02.25.이며,

③ ○○종건지점은 도급계약일 현재 지배인이 청구외 윤○○으로 되어 있는 정상적인 지점법인인 사실이 법인등기부등본에 의해 확인되고,

④ TIS의 부가가치세 일반과세자 신고서 조회한 바, ○○종건지점은 쟁점세금계산서와 관련하여 2003.12.06. 부가가치세신고와 함께 매출세금계산서 합계표를 제출하였으며,

⑤ 공사대금을 지급한 다음의 단계인, 수급자가 그 대금을 어떻게 사용하는지 청구인으로서는 알 수도 없고 관여할 수도 없는 영역인 점과,

⑥ 거래일 현재 사업자등록을 확인하는 등 최소한의 주의의무를 하여 상대방이 위장사업자라는 사실을 몰랐는데 거래일 이후 매출자가 관계기관의 조사에 의하여 위장사업자로 판정되었다면(이건은 심리일 현재 ○○종건지점이 위장사업자라고 판정되지도 않았다) 선의의 당사자로서 그 매입세액은 공제대상이라는 해석(대법원 89누 2134, 1989.10.24., 부가 1265-361, 1983.02.25.등)을 종합하여 보면, 설사 이건 건물의 실 공사자가 처분청의 의견대로 ○○종건지점이 아니라 그 지배인 개인인 청구외 윤○○으로 본다 하더라도 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하기는 어렵다고 판단된다.

이건 심사청구는 청구인의 주장이 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 /