철거한 건축물의 취득시 매입세액이 공제대상 인지 여부

[이유]

청구법인은 2002.7.11. 개업하여 부동산임대업을 영위하는 법인으로서 2002.7.23. 부산광역시 중구 동*가 번지 대지 1,328㎡(이하 "쟁점대지"라 한다)와 동 지상11층 건물 2,236.69㎡(이하 "쟁점건물"이라 한다)을 (주)☆☆극장으로부터 취득하였다. 청구법인은 2002년 2기 부가가치세 예정신고시 쟁점부동산에 대한 건물취득비 1,760,000,000원(공급가액 이하 "쟁점매입액"이라 한다)에 대한 매입세액 176,000,000원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)을 포함한 총 매입세액 180,378,223을 매출세액 3,726,269원에서 공제하여 발생한 환급세액 176,651,954원을 신고하였다. 처분청은 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 176,000,000원을 불공제하여 가산세를 포함한 2002.2기분 부가가치세 190,757,630원을 2003.12.12. 청구법인에게 결정. 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.3.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인이 쟁점건물을 새로은 건물을 신축할 목적으로 취득하여 철거하였으므로 동 건물의 취득관련 매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 불공제 하였으나, 청구법인은 쟁점건물을 취득하여 철거하지 않은 상태로 2002.11.22. 청구외 조대○. 조대◎에게 양도하였으며, 취득한 조대○ 등이 이를 철거하였으므로, 상기 매입세액을 불공제하여 과세한 이건 과세처분은 부당하다는 의견이다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점건물을 리모델링하여 임대할 목적으로 취득하였으나 자금사정으로 부득이 하게 대지와 함께 양도한 것이므로 건물공급에 대하여 부가가치세를 과세하고 취득관련 매입세액도 공제하는 것이 타당하다고 주장하나, 청구법인이 2002.7.23. 쟁점건물을 취득하여, 2002.10.29. 증축공사를 위한 건축허가를 받고, 2002.11.9. 건축물 철거. 멸실 신고를 한 정황으로 보아 리모델링을 목적으로 쟁점건물을 취득한 것으로 볼 수 없고, 건물을 신축할 목적으로 취득한 것으로 판단되므로 당초 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

• 가. 쟁점 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우 철거한 건축물의 취득시 매입세액을 공제대상 매입세액으로 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 ο 부가가치세법 제17조 [납부세액]

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 ο 부가가치세법시행령 제60조 [매입세액의 범위]

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.(2002.12.30 개정)

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액(2002.12.30 개정)

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액(2002.12.30 개정)

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액(2002.12.30 개정) ο 예규, 판례, 심사. 심판 결정례 등

① 주상복합아파트를 신축하기 위하여 건축물이 있는 부동산을 취득한 후 건축물을 철거한 경우, 취득시 건축물 관련 매입세액은 불공제 대상임(국심2003서1823, 2003.10.2. 국심2003서3474, 2004.3.8. 같은뜻)

② 사업자가 토지 및 건물 등을 양도함에 있어 건물 등은 양도자의 부담으로 철거하여 나대지 상태로 양도하는 것을 원칙으로 하되 양도자가 철거하지 않고 양도하면 건물 등의 양도가액은 없는 것으로 한다는 내용의 계약서에 명시하였다 하더라도 양도당시 건물 등을 철거하지 않은 상태로 양도하는 경우에는 당해 건물 등에 대하여 부가가치세법 제13조 제1항 의 규정에 의하여 시가로 부가가치세가 과세되는 것임(국세청예규 46015-2062, 1998.9.10. 심사부가2000-14. 2000.3.10)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2002.7.23. 청구외 (주)☆☆극장으로부터 부산광역시 중구 동 *가 번지 대지 1,328㎡를 14,152,000,000원, 동 지상건물 2,336.69㎡을 1,760,000,000원(부가가치세 별도)에 취득한 사실이 부동산매매계약서 (이하 "취득계약서"이라 한다)와 등기부등본에 의하여 확인된다.

(2) 청구외 ☆☆극장(별관, 602-85-08498)은 2002.7.23. 건물양도에 대한 세금계산서를 발행하여 청구법인에게 교부하고, 청구법인은 부가가치세 신고시 쟁점매입세액을 공제한 사실이 2002. 2기 예정 부가가치세신고서 및 동 부속서류 등에 의하여 확인된다.

(3) 취득계약서의 내용을 보면 매도인(甲)을 (주)☆☆극장(연제◇), 매수인(乙)을 (주)□프(이근△), 기존사업시행자(丙)을 (주)▽▽피존쇼핑몰(이화♤)로 되어 있다. 계약내용은 다음과 같다. ο 총매도금액을 16,088,000,000원으로 하고, 계약금 1,088,000,000원은 계약당일 (2002.7.23.) 지급하고, 중도금 9,130,000,000원은 매매목적물상에 설정된 근저당채무(채권자 은행) 8,600,000,000원을 변제하거나 면책적으로 채무를 인수하며, ♡♡빌딩 임대보증금 530,000,000원을 인수하는 것으로써 중도금 지급에 갈음한다. (소유권이전 등기일부터 乙이 대출이자 부담) ο 잔금 5,870,000,000원은 2003.6.20. 지급하기로 하고 乙은 甲에게 잔금보증을 위하여 ⊙⊙건설 발행의 지급기일 2003.6.20.자 액면금 위 잔액 상당으로 된 약속어음을 계약 당일 교부한다.(乙이 어음차입 지급) ο 특약사항으로 ① 본 계약의 정의는 乙이 위 매매목적물 표시의 토지 및 건물의 매수와 丙이 시행하던 사업을 포괄적으로 인수하는 것으로 한다. ② 乙은 甲으로부터 위 목적물표시 1, 2항의 토지 건물에 대한 소유권이전등기를 경료 받음과 동시 甲에게 잔금 5,870,000,000원에 대하여 위 부동산에 대하여 선순위 근저당권자 은행의 다음순위로 근저당권을 설정해 주기로 한다.(설정금액 원금은 120%, 비용은 乙 부담) ③ 위 1항의 丙이 시행하던 사업의 포괄적 인수란 丙이 시행한 분양사업과 ♧♧건설과의 도급계약에 따른 사업일체가 포함된 것임. ο 기타사상으로 ① 丙은 ♧♧건설(주)의 목적물 2의 제3항 조항의 공사도급과 관련하여 동 회사가 甲과 乙에 대한 일체의 권리를 포기한다는 내용이 담긴 각서를 교부받아 본 계약체결당일 甲과 乙에게 제출하여야 하다. ② 丙은 본 계약이 체결되고 위 부동산 표시의 제1, 2항 기재의 목적물에 대한 乙 앞에서 소유권 이전등기가 완료됨과 동시에 2000.8.25.자 甲과 丙 사이에 체결된 부동산 증. 개축 및 임대차계약에 의하여 발생할 수 있는 일체의 청구를 포기한다는 내용이 담기 각서를 甲에게 제출한다.

(4) 2002.7.22.쟁점건물의 취득계약을 체결하고, 같은날 청구법인과 청구외 ⊙⊙건설(주)와의 사이에 쟁점건물이 소재한 위치에 『부산▽▽죤쇼핑몰』을 신축하기로 하는 계약을 체결하였음이 공사도급계약서에 의하여 확인된다. 그 주요내용을 보면 쟁점대지와 인접한 *가 **번지 1,156.33㎡ 지상에 총건축연면적 8,606.68㎡를 건축하되, 계약금액은 150억원,2002.9.17. 착공하여 2003.9.30. 준공 후 분양하기로 하고, 분양이 여의하지 않을 경우, 도급금액의 보전을 위하여 임대매장으로 전환할 수 있도록 하고 있다.

(5) 청구법인은 2002.8.23. 쟁점대지 1,276.16㎡ 중 327.89㎡, 같은동 *가 **번지 상의 청구외 대지 280㎡ 중 71.94㎡를 청구외 조대 ○. 조대◎에게 양도한 사실이 동건 매매계약서(이하 "양도계약서"라 한다)에 의하여 확인된다.

(6) 양도계약서의 내용을 보면 다음과 같다. 제1조(용어의 정의)에서 "신관"이라 함은 건축대장상의 1호 건물로서 철거 후 지하 토목공사 외에 지상1층 골조공사 일부가 완료된 건물을 의미한다. "구관"이라 함은 건축대장상의 2호 건물로서 지상 11층으로 현재 멸실신고 진행 중이며, (주)□프(甲)는 조대○. 조대◎(乙)이 지정한 자에게 본 계약서 내용대로 매도한 후 乙 또는 乙이 지정한 자가 신축할 예정인 건물(신축 예정지 지상건물의 오기로 보인다)을 의미한다. 제2조 (매매목적물) 가항 (매매부동산의 표시): 매매부동산은 부산시 중구 동 가 번지 1,276.16㎡(약 386.04평) 중 약 327.89㎡(구관 멸실 후 건물 신축부지), 신관 및 구관의 신축허가 시 각 동별 연면적 비율로 산정한 대지면적 중 구관에 해당하는 면적(같은 건으로 거래된 같은동 가 번지에 관한 내용 생략) 같은조 나항(지상건물): 상기 매매부동산 동 *가 **번지 위 지상건물 11층(구관/♡♡빌딩) 2,236.69㎡에 대해서는 甲이 철거 및 멸실등기 후 乙이 현황대로 인수하기로 한다. 단 지상건물의 철거비는 乙의 부담으로 하고 매매대금에 가산하기로 하되, 철거비 확정시 매매대금에 가산하기로 한다. 같은조 다항: 甲은 계약 후 즉시 임차인에 대한 명도절차에 착수하여 3개월 이내에 완료하야 하며, 이에 대한 소요비용은 甲의 책임으로 한다.

(7) 청구법인이 제출한 은행통장사본에서 2002.8.26. 700,000,000원(송금자 미상), 2002.9.25. 쟁점건물을 취득한 청구외 조대○로부터 265,000,000원, 청구외 조대◎으로부터 265,000,000원 합계 530,000,000원, 2002.11.22. 청구외 황두★으로부터 1,070,000,000원이 입금된 사실이 확인된다.(이금액은 양도계약서에 의한 부동산 양도대금이 입금된 것으로 보인다). 동 양도계약서에 의하면 중도금은 각 임차인을 명도하기로 한 때 지급하기로 되어 있다.

(8) 청구법인은 부산광역시 **청장으로부터 2002.9.17. 건축관계자 변경(주식회사 ☆☆극장 → 주식회사 □프) 신고필증을 교부받았으며, 2002.10.29. 건축허가서(설계변경)를 교부받은 사실이 건축관계자변경 신고필증과 건축허가서 사본 등에 의하여 확인된다.

(9) 2002.10.29. 청구외 조대◎과 (주)●●건설 간에 체결된 건설공사 하도급계약서를 보면 공사명을 부산▽▽죤쇼핑몰(구관) 신축공사로, 공사종목과 명칭을 철거공사로, 공사기간을 2002.11.1. ~ 2002.2.28.까지, 공사대금을 239,800,000원(부가가치세 포함)으로 하고 있다.

(10) 청구법인이 2002.11.9. 부산광역시 청장에게 제출한 쟁점건물에 대한 멸실 신고내용을 보면, 철거시공사는 부산광역시 중구 동 *가 **번지 (주)●●건설, 철거사유는 신축공사 를 위한 것으로, 철거기간은 2002.11.24. 부터 2003.11.31. 까지로, 멸실일자는 2003.1.31. 로 되어 있다.

(11) 청구법인이 쟁점건물을 취득한 2002.7.23. 이후, 전사업자가 사용하던 쟁점건물을 직접 사용하거나 임대에 공한 사실이 없음이 청구법인의 2002년 2기 예정 부가가치세 신고서에 첨부된 부동산임대 공급가액명세서에 의하여 확인된다.

(12) 다음은 쟁점건물의 취득과 관련된 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 판단하여 매입세액 불공제한 처분에 대하여 청구법인은 쟁점매입세액이 공제대상 매입세액이라고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 쟁점건물은 전 소유자 (주)☆☆극장(연제◇)이 2000년 6월부터 동 건물에 대한 리모델링을 추진해 오다가, 2002.7.23. 청구법인에 양도한 것으로, 청구법인은 쟁점대지 1,328㎡와 쟁점건물을 취득하여 불과 1개월 후인 2002.8.23. 청구외 조대◎ 등에게 쟁점건물이 정착한 쟁점대지의 일부인 327.89㎡를 양도하면서, 양도조건으로 지상의 쟁점건물을 철거(멸실)한 후 명도하기로 한 사실, 쟁점건물을 포함하지 않은 채 2002.11.22. 소유권이전 등기를 한 사실 등을 감안하면 청구법인은 쟁점건물을 양도한 것이 아님을 알 수 있다. 청구법인이 쟁점건물을 취득하기 위하여 작성한 취득계약서의 특약사항을 보면, 쟁점건물의 인수는 청구외 (주)▽▽죤쇼핑몰이 시행하고 있던 사업을 포괄적으로 인수한 것으로 되어 있다. 또한, 이 건 추진사업의 내용을 보면 (주)▽▽죤쇼핑몰이 시행한 분양사업과 청구외 ♧♧건설과의 도급계약에 따른 사업일체를 포함하는 것으로 하고, 2000.8.25.자 (주)☆☆극장과 (주)▽▽죤쇼핑몰과 사이에 추진하던 증. 개축 및 임대차 계약을 이 건 소유권이전등기 완료일자에 별도의 의사표시 없이 자동 해지되는 것으로 하였다. 양도계약서를 보면, 청구법인이 쟁점건물(구관/♡♡빌딩)을 철구 및 멸실 등기한 후, 쟁점건물이 정착했던 대지를 명도하기로 하면서, 철거비용을 양도가액에 가산하는 것으로 하고 있다. 또한, 임차인에 대한 명도책임도 청구법인에게 있고, 계약 후 3개월 내에 명도을 완료하도록 하고 있다. 이것은 청구법인이 쟁점건물을 재화로서 공급하지 않은 증거라 할것이다. 또한 쟁점건물의 철거비용으로 지출한 비용까지 토지가액에 포함한 사실, 계약서에 지상건물에 관하여는 그 가치를 명시하지 않은 사실 등도 같은 의미라 할 것이다. 청구법인이 리모델링을 할 목적으로 취득했다고 주장하며 제출한 서류등은 전 소유자 (주)☆☆극장(연제◇)이 추진하던 사업과 관련된 것일 뿐 청구법인과는 무관한 것으로 판단된다.

(13) 따라서, 청구법인은 쟁점대지를 사용할 목적으로 쟁점건물을 취득 하였다 할 것이고, 실제 쟁점건물을 철거한 후에 쟁점대지만을 청구외 조대◎ 등에게 양도하였으므로, 청구법인은 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용한 경우에 해당한다 할 것이어서 처분청이 쟁점매입세액을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액 불공제하여 경정. 고지한 처분청의 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법시행령 제60조 /