소급감정한 적정임대료로 다시 증액경정처분을 할 수 있는지 여부

○○세무서장이 2004.01.09. 청구인에게 결정고지한 1999년 제1기분 부가가치세 6,208,130원과 같은해 제2기분 부가가치세 5,613,540원 등 합계 11,821,670원의 처분은, 이를 취소합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 대지 4,004㎡(이하 “쟁점토지” 라 한다)를 1996년부터 2000년(이하 “5개 사업연도”라 한다)까지 특수관계인 ○○개발(주)에게 보증금 100백만원에 임대한 사실이 있다. 당초 처분청은 특수관계자간 저가임대로 인한 부당행위계산부인을 함에 있어, 쟁점토지의 개별공시지가를 기준으로 하여 5개 사업연도의 적정임대료를 2,032백만원(1999사업연도 적정임대료는 327백만원임)으로 계산하였다가, 2002.02.02. 처분청의 과세전적부심사결정에서 1999사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다)는 나라감정평가법인에서 1999.03.03. 평가한 감정가액 5,445백만원을 기준으로 계산한 적정임대료인 197백만원으로 감액결정하라는 『일부채택』 결정을 하였다. 그 후 청구인은 쟁점사업연도를 제외한 1996년~1998년도 및 2000년도(이하 “4개 사업연도”라 한다)의 적정임대료 산정방법에 대한 불복을 제기하였고, ○○행정법원에서는 쟁점토지의 적정임대료를 소급감정(1996사업연도, 1997사업연도 361백만원, 1998사업연도 344백만원, 쟁점사업연도 260백만원, 2000사업연도 265백만원) 한 후 4개 사업연도에 대하여는 이를 토대로 조정권고를 하였다. 이에 처분청은 ○○행정법원의 조정권고에 따라 4개사업연도에 대한 적정임대료를 소급감정한 적정임대료로 감액결정하면서, 적정임대료 산정방법에 대한 소송을 제기한 바도 없는 쟁점사업연도의 적정임대료를 당초 감정가액을 기준으로 감액결정된 적정임대료 197백만원을 무시하고, 소급감정한 적정임대료인 260백만원으로 다시 증액경정하여 2004.01.09. 청구인에게 1999사업연도 부가가치세 11,821,670원을 고지결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.01.13. 이의신청을 거쳐 이건 심사청구를 하였다.

처분청에서는 당초 쟁점토지의 1999사업연도 적정임대료를 기준시가로 산정한 327백만원으로 계산하였다가, 2002.02.02. 적부심사결정에서 쟁점토지의 감정가액을 기준으로 하여 적정임대료(197백만원)를 계산함이 타당하다는 이유로 『일부채택』 결정을 하였음에도, 4개 사업연도 행정소송시 적정임대료 산정에 대하여는 불복하지도 않은 쟁점사업연도에 대하여, ○○행정법원에서 소급감정한 적정임대료(260백만원)를 기준으로 다시 이건 증액경정처분을 함은 부당하다.

○○행정법원은 청구인의 불복에 대한 소송심리시 5개 사업연도 적정임대료를 모두 소급감정 의뢰한 후, 이 중에서 적정임대료에 대한 불복을 제기한 4개 사업연도에 대하여 소급감정한 적정임대료로 감액결정하도록 조정권고를 하였는 바, 당초 쟁점토지 감정가액을 기준으로 한 1999사업연도의 적정임대료는 197백만원이고 소급감정한 적정임대료는 260백만원으로서, 4개 사업연도는 ○○행정법원의 조정권고를 받아들여 소급감정한 적정임대료로 감액결정하였으나, 1999사업연도는 처분청의 과세전적부심사결정에서 쟁점토지의 감정가액을 기준으로 한 적정임대료 197백만원을 인정한 사실이 있다고 하더라도, ○○행정법원에서 소급감정한 적정임대료가 있으므로 이를 기준으로 증액경정한 이건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 특수관계자간 토지 적정임대료 산정시, 과세전적부심사결정과 감사원 심사결정에서 기 인정한 쟁점토지의 감정가액을 기준으로 계산한 적정임대료를 무시하고, 소급감정한 적정임대료로 다시 증액경정처분을 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제80조 【결정의 효력】

① 제81조에서 준용하는 제65조의 규정에 의한 결정은 관계 행정청을 기속한다.

② 심판청구에 대한 결정이 있은 때에는 당해 행정청은 결정의 취지에 따라 즉시 필요한 처분을 하여야 한다.

○ 국세기본법 제15조 【신의ㆍ성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액으로 한다. (이하생략)

1. 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가

○ 부가가치세법시행령 제50조 【시가의 기준】

① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계 있는 자외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다.

○ 부가가치세법시행령 제52조 【부당대가 및 에누리등의 범위】

① 법 제13조 제1항 제3호에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 현저하게 낮은 대가로 한다.

○ 법인세법시행령 제89조 【시가의 범위】

② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.

1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정 평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액.(단서 생략)

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ동법 39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액

④ 법 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산은 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각 목의 금액 중 큰 금액.

• 가. 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
• 나. 당해 자산의 감가상각비 및 공과금ㆍ수선비 등 그 자산을 유지ㆍ관리함으로써 발생하는 비용의 합계액

○ 상속세및증여세법 시행령 제49조 【평가의 원칙 등】

① 법 제60조 제2항에서 수용ㆍ공매가격 및 감정가액 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것이라 함은 평가기준일전 06월(증여재산의 경우 03월)부터 상속세과세표준신고 또는 증여세과세표준신고의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매 또는 공매가 있는 경우에 한하여 다음 각호의 1 규정에 의하여 확인되는 가액을 말한다.

2. 당해 재산에 대하여 2이상의 재정경제부령이 정하는 공신력 있는 감정기관이 상속세 및 증여세 납부외의 목적으로 재산을 평가한 감정가액이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 당초 청구인이 쟁점토지를 1996사업연도부터 2000사업연도까지 특수관계자인 ○○개발(주)에 저가로 임대한 사실에 대하여 5개 사업연도의 적정임대료를 쟁점토지의 개별공시지가를 기준으로 적정임대료(1996사업연도~1998사업연도 460백만원, 쟁점사업연도 327백만원, 2000사업연도 325백만원, 합계 2,032백만원)를 계산하여 부과처분하겠다고 세무조사결과통지를 하였다.

(2) 청구인은 위의 세무조사결과통지에 대하여 2001.12.21. 처분청에 과세전적부심사청구를 하였고, 처분청은 2002.02.02. 과세전적부심사결정에서 쟁점사업연도는 나라감정평가법인이 1999.03.03. 근저당설정목적으로 평가한 감정가액이 있으므로 동 감정가액을 기준으로 적정임대료를 산정하고, 4개사업연도에 대하여는 『기각』 결정을 하였다.

(3) 이에 청구인은 처분청의 과세전적부심사결정에 따른 부과처분에 불복하여 감사원의 심사청구를 제기하였는 바, 그 결과 2002.12.24. 감사원심사결정에서 쟁점사업연도는 쟁점토지의 감정가액에 의한 적정임대료를 그대로 인정하고, 4개사업연도에 대하여는 기준시가를 기준으로 계산한 적정임대료가 적정하다는 『기각』 결정을 하였다.

(4) 청구인은 동 감사원심사청구를 거쳐 다시 ○○행정법원에 4개사업연도의 적정임대료 산정방법에 대하여 2003.02.19. 행정소송을 제기하였는 바, ○○행정법원에서는 행정소송 진행중에 쟁점토지의 적정임대료를 ○○감정평가법인에 소급감정을 의뢰하였고, 2003.07.25. ○○감정평가법인은 5개사업연도 전체에 대한 적정임대료 소급감정가액을 1,591백만원(1996사업연도, 1997사업연도 361백만원, 1998사업연도 344백만원, 쟁점사업연도 260백만원, 2000사업연도 265백만원)으로 감정하여 ○○행정법원에 회신하였다.

(5) 이에 ○○행정법원은 4개 사업연도에 대하여 ○○감정평가법인이 소급감정한 적정임대료를 기준으로 감액결정할 것을 2003.11.06. 조정권고 하였고, 소송수행자인 ○○지방국세청장도 이를 받아 들여 2003.12.05. 처분청에 4개 사업연도의 감액결정을 지시한 사실이 ○○지방국세청장의 지시공문(법이61230-13546, 2003.12.05.)에 의하여 확인된다.

(6) 상기 조정권고에 대한 지시를 받은 처분청은, 4개 사업연도는 2003.12.12. 소급감정한 적정임대료로 감액결정하는 한편, 쟁점사업연도에 대하여는 당초 처분청의 과세전적부심사결정과 감사원심사청구결정에서 기 인정한 적정임대료(197백만원)보다 소급감정한 적정임대료(260백만원)가 더 많다고 하여 이건 증액경정처분을 한 사실이 결의서 등에 의하여 확인된다. 위와 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 처분청은 과세전적부심사결정(2002.02.02.)에서 1999년도의 쟁점토지 감정가액 5,445백만원을 기준으로 산정한 적정임대료 197백만원을 인정하여 『일부채택』으로 결정한 사실이 있고, 더구나 2002.12.24. 감사원심사청구결정에서도 동 적정임대료 197백만원을 인정한 바 있음에도, 다른 4개 사업연도의 행정소송과정에서 소급감정한 적정임대료를 기준으로 다시 이건 증액경정처분을 하였는 바, 감사원 심사결정은 불가변력이 있을 뿐만 아니라 관계행정청을 기속하는 기속력이 있고, 과세전적부심사결정에서의 『일부채택』의 과세근거가 잘못되었다고 할만한 새로운 과세요건 사실이 나타나지 않은 상황에서 적정임대료의 산정방법에 대하여는 소송을 제기하지도 않은 쟁점사업연도에 대하여 소급감정한 적정임대료를 기준으로 다시 과세한 이건 처분은 잘못된 처분이라 할 것이므로 취소함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있어 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.