사실과 다른 세금계산서를 수취한 선의의 거래당사자인 경우 매입세액 공제 여부

○○세무서장이 2004.01.02 청구법인에게 고지한 2000년 제1기분 부가가치세 3,757,600원, 2000년 제2기분 부가가치세 5,865,830원 및 2001년 제1기분 부가가치세 1,152,720원의 부과처분은 이를 취소합니다.

○○세무서장은 2002년 10월경 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 청구외 (주)○○기업에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 2000년 1기~2001년 1기 동안 아래와 같이 (주)○○기업의 지입차주들인 청구외 김○○ 등 5인(이하 “명의자들”라고 한다)의 명의로 교부받은 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)는 사실과 다른 세금계산서로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였다. <쟁점세금계산서 내역> (단위: 원) 연도/기분 공급자 매수 공급가액 세액 성명 사업자등록번호 2000년 1기 강○○ 000-00-00000 1 1,850,000 185,000 김○○ 000-00-00000 4 8,404,767 840,475 김○○ 000-00-00000 5 13,787,732 1,378,780 소계 10 24,042,499 2,404,255 2000년 2기 김○○ 000-00-00000 4 17,075,250 1,707,522 김○○ 000-00-00000 3 8,897,430 889,741 한○○ 000-00-00000 1 5,955,880 595,588 소계 8 31,928,560 3,192,851 2001년 1기 한○○ 000-00-00000 1 2,891,170 289,117 윤○○ 000-00-00000 1 3,713,870 371,387 소계 2 6,605,400 660,504 합계 20 62,576,459 6,257,610 처분청은 2004.01.02 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2000년 제1기분 부가가치세 3,757,600원, 2000년 제2기분 부가가치세 5,865,830원 및 2001년 제1기분 부가가치세 1,152,720원을 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.02.24 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인이 합판을 수입하면서 보세장치장을 통관할 때 보세장치장의 창고업을 운영하고 있는 청구외 ○○교역(주)에 수입화물의 보관 및 입ㆍ출고에 관한 모든 사항을 관례에 따라 위임하였고, 이를 위임받은 ○○교역(주)에서는 동 화물의 상ㆍ하차 작업을 명의자들이 지입회사로 있는 (주)○○기업에 연락하여 작업이 이루어 졌으며, 그 대금도 창고보관료와 함께 ○○교역(주)에 지급하고 쟁점세금계산서를 건네 받았으므로 당시 청구법인으로서는 상ㆍ하차 작업은 당연히 이들 명의자가 한 것으로 알고 있었으나, (주)○○기업이 확인하고 있는 바와 같이 실제 작업은 명의자들과 관계없이 (주)○○기업에서 하였다 하더라도 청구법인은 선의의 거래당사자이므로 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 이 사건 부과처분은 부당하다.

○○세무서의 조사내용과 (주)○○기업 및 명의자들의 확인서의 내용과 같이 쟁점세금계산서는 위장세금계산서에 해당하므로 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 부과처분의 납세의무성립일 현재 시행된 관련법령은 다음과 같다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 먼저, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서로서 보게된 경위를 살펴본다.

(1) (주)○○기업에 대한 ○○세무서의 조사관련서류에 의하면, 이 사건 명의자들을 포함한 청구외 (주)○○기업의 지입차주들은 (주)○○기업이 자신들과는 상관없는 매출세금계산서를 작성교부하고, 매입세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고를 대행함으로써 그로 인하여 현재 체납상태에 있다는 내용의 진정서와 함께 부가가치세 경정청구서를 제출함에 따라 이를 조사하게 되었으나, 조사당시 동 법인의 대표이사인 청구외 김○○는 2001년 03월경 이미 사망한 상태이었고, 지입차주들의 동의를 받아 경정청구서등을 작성하여 일괄 제출토록 주도한 상무로서 대표이사의 업무를 대리하고 있던 이○○과 직원들의 진술에 의하면, 이와 같은 행위는 김○○가 직접 하였고, 자신들은 직접 관여하지 않아 구체적인 내용은 알 수 없으나 업계의 관행을 이해하여 경정청구서 등의 작성을 대행하였다는 진술과, 또한, (주)○○기업의 장부, 통장 등에도 실지 거래를 알 수 있는 기록 등이 없어 일단, 사실과 다른 세금계산서로 보아 지입차주들에게는 경정청구의 내용과 같이 처리하고, 거래상대방의 입장에서는 위장 또는 가공거래인지는 해당 거래처 관할 세무서에서 사실판단할 사항이라고 하고 관련 과세자료를 거래처 관할세무서에 각 통보한 것으로 나타난다.

(2) 당시 청구외 ○○교역(주)에서 조사공무원에게 제출한 거래사실소명서에 의하면, ○○교역(주)도 (주)○○기업의 지입차주들 명의로 교부받은 세금계산서의 거래사실을 소명하면서 청구법인의 합판에 대한 적재 및 출고 작업도 (주)○○기업의 담당자가 수시 지정한 중기와 운전자로 작업하였다는 내용으로 되어있다.

• 나) 다음, 청구법인이 제시하는 증거서류를 살펴본다.

(1) 2002...자 (주)○○기업(대표이사가 김○○로 되어 있는 고무인이 날인된 것임)의 쟁점세금계산서와 관련한 거래사실확인서에 의하면, 당 법인이 중기를 임대하고 대금을 수령하였으므로 당 법인이 공급자로 한 세금계산서를 발행하였어야 하나, 당 법인의 소유장비가 부족하여 여러 중기회사에 연락을 취하여 배차를 한 관계로 당 법인의 착오로 이 사건 명의자들을 공급자로 하여 세금계산서를 교부하였다는 내용인 바, 이 건 심리 중 (주)○○기업에 전화로 확인한 바, 위 이○○이 자신의 주도하에 작성한 것이라고 한다.

(2) 청구법인은 당시 ○○교역(주)가 발급한 창고보관료에 대한 세금계산서와 상ㆍ하차 작업에 대한 쟁점세금계산서를 동 법인의 직원으로부터 교부받으면, 그 대금은 창고보관료와 함께 그 직원에게 지급하였다고 하면서 관련 장부와 가계수표 등을 제시하고 있다.

2. 판단

• 가) 실제 공급자와 명의자가 다른 세금계산서라 할지라도 선의의 거래당사로서 교부받은 것으로 인정된다면 그 매입세액은 공제되어야 할 것(국심2003서154, 2003.05.12 외 다수 같은 뜻임)인 바, 앞서 본 사실관계를 종합하여 보면, 쟁점세금계산서의 발급 명의자들이 실제 용역을 공급한 것은 아니나, 보세창고업자인 ○○교역(주)가 (주)○○기업에 의뢰함으로써 (주)○○기업의 주관하에 실제 상ㆍ하차 작업이 이루어진 것으로 보이므로 처분청도 인정하듯이 쟁점세금계산서는 사실과 다른 위장세금계산서에 해당하는 것으로 보이나, 청구법인이 수입화물의 상ㆍ하차 작업을 (주)○○기업에 직접 의뢰한 것이 아니라 그 물품보관 창고업자에 일임함으로써 이루어진 점, 명의자들은 이 사건 용역의 실제 공급주체인 (주)○○기업이 관리하고 있던 지입차주로서 외형상 구분하기 곤란한 점, 쟁점세금계산서가 문제된 것도 명의자들의 진정 및 경정청구에 의하여 밝혀진 점 등으로 보아 청구법인은 당시 쟁점세금계산서를 실제 공급자와 다른 위장세금계산서인 줄 알면서도 교부받았다고는 보여지지 아니한 선의의 거래당사자에 해당하는 것으로 보인다.
• 나) 따라서, 쟁점세금계산서의 공급가액을 (주)○○기업의 수입금액에 귀속시켜 과세하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점세금계산서의 매입세액은 공제되어야 할 것이므로 이 건 부과처분은 취소되어야 할 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.