화물주선업자가 아닌 실제 운송자가 직접 발행한 세금계산서의 사실과 다른 세금계산서 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지 ○○필터(주)(이하 “청구법인”이라 한다)는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 필터 제조업을 영위하다가 2003.05.19. 현 소재지로 사업장을 이전하였다. 청구법인은 2000.02.18~04.24. 기간중 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 청구외 (주)○○운수(이하 “○○운수”라 한다)로부터 교부받은 세금계산서 13매 공급가액 31,301,000원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 교부받아 관련 매입세액 3,130,100원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

○○세무서장(이하 “처분청”이라 한다)은 ○○세무서장으로부터 청구법인의 거래처인 ○○운수가 자료상이라는 통보를 받고 2000.1기중 ○○운수로부터 교부받은 세금계산서에 대한 실지거래자는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○상운(주)(이하 “쟁점거래처”라 한다)임을 확인한 후, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하는 것으로 하여 2000년 1기분 부가가치세 5,986,310원, 동 매입자료에 대하여 증빙을 수취하지 않았다는 이유로 2000사업연도 법인세(가산세) 3,443,110원 합계 9,429,420원을 2003.12.02. 경정ㆍ고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2004.02.26. 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점거래처는 청구법인의 지시를 받아 청구법인에게 수출ㆍ입 화물운송 및 관리용역을 제공하는 단순대리인(아웃소싱 업체)에 불과하고, ○○운수가 실제 화물운송용역을 청구법인에게 제공하였으며, 쟁점세금계산서는 실제 용역을 제공한 ○○운수로부터 교부받았으므로 정당한 세금계산서임에도, 처분청은 실제 화물운송용역을 쟁점거래처가 제공한 것으로 보아 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 공제하지 아니한 부가가치세 과세처분 및 동 매입에 대한 증빙을 수취하지 않았다는 이유로 법인세(가산세)를 과세한 처분은 부당하다는 주장이다.

청구법인과 쟁점거래처 사이에 작성된 계약서에 따르면, 쟁점거래처는 청구법인이 의뢰하는 수출ㆍ입 화물에 대한 보관, 통관, 하역, 육상운송 등의 제반 용역제공업무를 수행하는 것으로 되어 있다. 부가가치세법 시행령 제58조 에 의한 화물운송용역의 주선ㆍ중개에 대한 세금계산서의 교부는 화물주선업자가 실제 운송자를 공급자로 하고 비고란에 자신의 등록번호를 기록하여 화주에게 세금계산서를 교부하여야 하나, 동 건은 자료상으로 확정된 ○○운수가 세금계산서를 청구인에게 직접 교부하였다. 또한 청구인의 수출ㆍ입 관련 제반업무는 쟁점거래처의 책임 하에 이루어지고 있고, 쟁점 거래처 또한 순수한 운송주선 및 중개업자가 아니고 화물운송업도 하고 있는 자이므로, 동 건 용역제공에 대한 세금계산서는 쟁점거래처를 공급자로 하여 교부하여야 하는 것이므로 당초처분 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당되는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 『사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』

② 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액(단서 생략). 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액(단서생략)』

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 필터 제조업을 영위하다가 2003.05.19. ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 ○○번지로 사업장소재지를 이전한 사업자로서, ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 소재 청구외 (주)○○운수로부터 교부받은 2000년 제1기분 세금계산서 13매 공급가액 31,301,000원에 대한 관련 매입세액 3,130,100을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였음이 국세통합전산망(TIS) 조회자료에 의해 확인된다.

② 처분청이 ○○세무서장으로부터 청구법인에게 세금계산서를 교부한 ○○운수가 자료상이라는 통보를 받고, 과세자료 현지 확인 및 청구인의 확인을 거쳐 2000.1기중 ○○운수로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2000년 1기분 부가가치세 5,986,310원을 2003.12.02. 경정ㆍ고지한 사실이 국세통합전산망(TIS) 조회자료 등에 의하여 확인된다.

③ 처분청은 또한, 쟁점세금계산서와 관련된 용역을 쟁점거래처로부터 공급받으면서 거래증빙을 수취하지 않았다는 이유로 2000.사업연도 법인세(가산세) 3,443,110원을 2003.12.02. 경정ㆍ고지한 사실이 관련 과세자료에 대한 현지확인 복명서, 국세통합전산망(TIS) 조회자료 등에 의하여 확인된다.

④ 2003.08.28. 청구법인이 작성 제출한 확인서에 의하면 상기와 같이 용역을 공급한자와 쟁점세금계산서를 교부한자가 서로 상이하다는 사실을 인정하고 있으며, 동 거래와 관련하여 청구법인은 쟁점거래처로부터 용역공급과 관련하여 지급보증까지 받은 사실이 제출한 지급보증서 사본에 의하여 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 쟁점거래처가 청구법인의 지시를 받아 청구법인에게 수출ㆍ입 화물관리용역을 제공하는 단순대리인(아웃소싱 업체)에 불과하므로, 쟁점거래처는 청구법인에게 화물운송주선 용역을 제공하고 그 대가로 받은 수수료에 대하여만 세금계산서를 교부하는 것이고, 화물운송용역에 대하여는 실제 운송업체가 화주인 청구법인에게 세금계산서를 교부함이 타당한 것이므로, 실제로 화물운송용역을 청구법인에게 공급한 ○○운수가 교부한 이건 쟁점세금계산서는 정당하다고 주장한다.

② 청구법인은 쟁점거래처를 단순히 자사에 대한 화물운송주선을 대행하는 업체이고 ○○운수가 실제 운송용역을 공급한 업체라고 주장하나 ○○운수에 대한 ○○세무서장의 조사내용을 보면 ○○운수는 1999.05.01.부터 2000.06.30.까지 자료상 행위를 함으로써 2003.06.30. ○○경찰서에 직 고발된 사실이 확인되고 있으며, 쟁점세금계산서가 동 기간 중에 교부된 것임이 국세통합전산망(TIS)에 의하여 확인되고, 쟁점거래처는 청구인에게 화물운송주선관련 용역만을 제공한 것이 아니라, 자기책임 하에 직접 화물운송을 하고 그 대가를 지급받은 사실이 청구인과 맺은 계약서, 송금영수증 등에 의하여 확인되고 있다.

③ 청구법인과 쟁점거래처 사이에 1998년 12월에 작성된 계약서를 보면 제1조(업무대행)에서는 청구법인이 의뢰하는 수출ㆍ입 화물에 대한 창고보관, 통관, 하역, 육상운송 제반작업에 대한 업무를 쟁점거래처가 충실히 수행함에 있어 청구법인의 지시를 받는다라고, 제2조(업무한계)에서는 쟁점거래처는 물품관리 및 통관완료를 청구법인의 지시에 의해 목적지까지 육상운송 인도시킴으로서 종료되는 것으로 한다라고, 제4조에서는 청구법인은 쟁점거래처에게 해상ㆍ육송운송, 창고보관, 하역 등 수출ㆍ입에 대한 제반업무를 위임 관할하고, 쟁점거래처는 청구법인에게 수시로 보고 및 협의한다라고, 제7조(사고의 책임)에서는 쟁점거래처는 수출ㆍ입 운송시 과실 또는 부주의로 발생하는 화물의 파손, 도난, 분실 등 일체의 사고에 대하여 직접적인 피해에 해당하는 책임을 진다라고, 제8조(손해배상)에서는 도난 및 사고에 대하여 청구법인이 구입한 가격으로 쟁점거래처가 이를 변상하고, 선지급받은 통관자금에 대한 유용을 막기 위해 액면 5천만원에 대한 보증보험증권을 청구법인에게 제출하도록 한다라고, 제10조(요율 및 대금 지급방법)에서는 요율은 별도 요율에 준하여, 대금 지급방법은 쟁점거래처가 청구법인에게 수입통관 경비를 산출하여 통보하면 청구법인이 이를 지불토록 하여야 하며, 쟁점거래처는 경비 인수하여 즉시 업무착수하고 통관, 운송 도착 종결 후 청구법인에게 정산처리한다라고 정하고 있다. 동 계약서 내용을 보면 쟁점거래처는 수출ㆍ입 화물에 대한 창고보관, 통관, 하역, 육상운송 제반업무 일체를 책임지고 수행함에 있어 청구법인으로부터 통관 자금을 선지급 받아 사용 후 화물운송이 종료되면 대금의 정산이 이루어짐을 알 수 있고, 청구법인의 화물을 쟁점거래처가 도착지까지 책임지고 운송을 완료한다는 점에서 쟁점거래처가 청구법인 화물 운송업체를 직접 선정한 것으로 보인다는 점에서 쟁점거래처가 단순대리인(아웃소싱 업체)에 불과하다는 청구주장을 받아들일 수가 없다. 또한 쟁점거래처와의 사후 정산내역에 의해 쟁점거래처가 ○○운수로부터 교부받은 세금계산서를 다시 청구법인으로 인계하고 있다는 점에서 청구법인은 실 거래처를 알 수 없다 할 것이다.

④ 청구법인이 제시한 증빙서류에 의하면, 청구법인은 화물 통관자금을 쟁점거래처에게 선지급하고, 쟁점거래처가 수출ㆍ입 물품 통관자금 사용계산서를 작성하여 쟁점세금계산서 등을 대금 사용 증빙으로 청구법인에게 제출한 후 잔액을 정산하는 것으로 기재되어 있으나, 화물운송과 관련된 비용을 포함하여 통관, 하역, 창고보관, 보험료, 검사료, 보수작업비 등의 일체를 쟁점거래처에게 일괄 지급한 것으로 나타나고 있는 바, 쟁점거래처가 단순대리인의 역할을 수행하였다고 보기 보다는 자기의 책임 하에 청구법인의 화물을 직접 운송할 것을 약정하고 다른 운송업자에게 의뢰하여 동 화물을 운송한 것으로 보는 것이 더욱 설득력이 있다 할 것이고, 이 경우에는 청구법인으로부터 받은 화물운임 전액에 대해 청구법인에게 세금계산서를 교부함이 타당하다고 판단되는 바, 청구법인이 ○○운수로부터 수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 봄이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분, 그리고 동 매입에 대한 증빙을 수취하지 아니한 데 따른 법인세(증빙미수취가산세)를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.