사실과 다른 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 처분이 정당한지 여부

[주문]

○○세무서장이 청구법인의 2003. 6. 2일자 경정청구에 대하여 경정거부한 처분은 이를 재조사하여 결정합니다. [이유] 1 처분개요 청구법인은 도매 골재와 무역업을 주업종으로 하는 법인으로 제육가공업을 영위하는 관련기업인 청구외 (주)☆☆(이하 "쟁점거래처"라 한다)과 "○○치킨" 체인점 사업에 대한 영업권 양수도 계약을 맺고, 2002년 제2기 부가가치세 확정신고시 누락한 2002. 12. 31일자 매입세금계산서 9억원(공급가액, 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)에 대하여 처분청에 경정청구하였고, 처분청은 쟁점세금계산서가 과세기간 이후에 작성된 것으로 보아 경정청구한 매입세액 9천만원의 환급을 거부하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003. 11. 27 이의신청을 거쳐 2004. 2. 13 심사청구 하였다.

청구법인과 쟁점거래처는 "○○치킨" 체인점의 영업권을 양수도하기 위해 2002. 11월 감정평가법인의 평가를 받았고 그 감정가액이 약 9억원이었으며, 2002. 12. 31에 매매계약서를 작성하고 정당하게 세금계산서를 교부받았는바, 거래 쌍방이 자금사정 등의 이유로 신고를 누락하였다가, 쟁점거래처는 2003. 5. 30 수정신고. 납부하였고, 청구법인은 2003. 6. 2 경정청구하였다. 특히, 쟁점거래처는 2003. 3월, 2002. 1. 1 ~ 12. 31 사업연도 법인세 신고시 영업권 매각이익 9억원을 결산에 반영하여 신고하였고, 2003. 5. 12 ~ 5. 17 기간 중 ○○세무서장의 쟁점거래처에 대한 다른 건 확인 조사시 조사공무원이 동거래가 장부에 기재된 사실과 쟁점세금계산서가 조사착수 전에 이미 작성된 사실을 확인하였음에도, 처분청이 과세기간 이후에 작성하였을 것이라고 추정하여 경정 청구를 거부함은 부당하므로 사실을 확인조사하여 매입세액 공제함이 타당하다.

청구법인과 쟁점거래처는 쌍방 모두 2002년 제2기 부가가치세 확정신고시 쟁점세금계산서를 누락하였다가, 쟁점거래처에 대한 ○○세무서장의 다른 건 부가가치세 현지 확인 조사시에 관련사실이 적출되어 수정신고 납부하였고, 청구법인은 쟁점거래처가 수정신고하게 되자, 매입세금계산서합계표에 추가 기재하여 동시에 경정청구하였으나, 쟁점거래처의 결산내용 등을 종합하여 보면 쟁점 매입세금계산서는 수정신고시 소급하여 발행. 교부받은 것으로 인정되므로, 공급시기 이후에 발행한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되고, 청구법인은 2003. 1월 ~ 2003. 6월 기간 동안 관련영업에 착수도 하지 않은 상태이었으므로 가맹사업을 영위할 능력을 상실하거나 영업을 계속할 수 없는 객관적인 사유가 있는 경우 등은 계약해지 사유임에도 2003. 6. 30 다시 제 3의 계열사인 청구외 (주)◎◎에프에 본건 영업권을 양도하였으며, 청구법인의 주장대로 사실확인이 필요하다면 2003. 1. 1 ~ 2003. 6. 30 기간의 체인점사업에 대한 매출. 매입을 청구법인의 사업실적으로 과세하여야 할 것인지에 대한 조사도 동시에 하여야 할 것이다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 과세기간이 경과한 이후에 작성일자를 소급하여 발행. 교부한 사실과 다른 세금계산서로 보아 경정청구를 거부한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 [납부세액] (중략)

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 2) 부가가치세법 시행령 제60조 [매입세액의 범위] (중략)

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우(1999.12.31 신설) 3) 부가가치세법 기본통칙 17-0-4 [공급시기 후에 교부받은 세금계산서의 매입세액 불공제] 공급시기 후에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제 또는 환급하지 아니한다. 다만, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우에는 그러하지 아니하다.(2000.08.01 단서신설)

• 다. 사실관계 및 판단

1. 처분청은 청구법인과 쟁점거래처가 모두 영업권을 양수도한 후 부가가치세 신고를 누락하고, 쟁점거래처에 대한 ○○세무서장의 조사 당시 또는 조사후 쟁점세금계산서를 소급 발행한 것으로 추정하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 경정거부 처분을 하였음이 처분청의 의견서 및 이의신청 결정서에 의해 확인된다.

2. 쟁점거래처는 동 영업권 매각이익 9억원을 2003. 3월, 2002. 1. 1 ~ 12. 31 사업연도 법인세 신고시 결산에 반영하여 신고하였음이 쟁점거래처의 법인세신고서 및 부속서류에 의해 확인된다.

3. 당심이 ○○세무서장에게 2003. 5. 12 ~ 2003. 5. 17 기간 중 쟁점거래처에 대한 다른 건 현지확인 조사시의 상황을 조회한 바, 청구법인의 주장과 같이 당시 조사공무원은 동 거래가 장부에 계상되어 있었고, 쟁점세금계산서도 이미 발행이 되어 있었다고 공문으로 사실을 확인하고 있다.

4. 살피건대, 처분청은 쟁점세금계산서가 ○○세무서장의 조사일 이후에 소급하여 발행되었다고 추정하고 있으나, 당시의 조사공무원은 이미 발행이 되어 있었다고 확인하고 있고, 쟁점거래처는 장부에 계상하고 2003. 3월, 2002. 1. 1 ~ 12. 31 사업연도 법인세 신고시 결산에 반영하여 신고하였는바, 처분청이 쟁점세금계산서를 2003. 5. 12 조사착수 이후에 소급하여 발행하였다고 추정하여 경정거부 처분을 한 것은 "거래당사자가 정상적으로 신고한 세금계산서에 대하여 거래당사자에 대한 조사 및 확인 없이 과세기간 경과 후에 공급시기를 소급하여 작성한 사실과 다른 세금계산서로 단정하고 경정청구를 거부한 처분은 근거과세의 원칙에 반하는 위법한 처분" (국심2003구3584, 2004.3.28, 같은 뜻)에 해당하는 것으로 이는 사실조사를 명확히 하여 결정하여야 할 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법시행령 제60조 /