매매계약서에 구분(토지,건물가액)표시 공급한 경우에는 실지거래가액으로 봄

[주문]

○○세무서장이 청구법인의 환급자 현지 확인조사와 관련하여 2003.11.10 환급 결정한 2003년 제2기 예정분 부가가치세 매입세액을 363.776.364원으로 하여 이를 경정합니다 [이유]

○○시 ○○ ○○ 소재한 주식회사 ○○(이하 "청구법인"이라 한다)이 2003.08.28 ○○시 ○○구 ○○외 4필지 대지 2,372.9㎡ 및 위 지상건물 15,968.84㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 청구외 (주)◎◎컨테크 (이하 "청구외법인"이라 한다)로부터 토지 360억원 건물 40억원(부가가치세 포함) 총 400억원에 취득하고 건물에 대한 세금계산서 1매 공급가액 3,636,363,636원, 세액 363,636,363원을 수취한 후 2003.09.25 부가가치세 월별 조기환급을 신청하자 처분청은 환급자 현지 확인조사를 실시 청구법인이 쟁점부동산 매매거래는 부가가치세법시행령 제48조 의 2에 규정에 의하여 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액 구분이 불분명한 경우에 해당한 것으로 보아 2003.07.31 청구외법인의 지방세체납으로 ○○자산관리공사에서 쟁점부동산을 공매할 목적으로 ○○감정원에 의뢰하여 평가한 감정가액 (토지 41,628,000,000원, 건물 2,116,583,600원)으로 총매매가액 400억원을 안분계산 건물가액을 1,926,082,399원으로 하여 이를 초과한 건물의 부가가치세 매입세액을 공제하지 아니하고 2003.11.10 환급신청세액 중 171,028,125원을 감액 환급결정 하였다 청구법인은 이에 불복하여 2004.01.17 이 건 심사청구를 하였다

부가가치세법시행령 제48조 의 2 규정에서 사업자가 토지와 건물을 함께 공급하는 경우에 건물의 공급가액은 "실지거래가액가액"에 의한다 라고 되어 있고 여기에서 "실지거래가액"이라 함은 당사자 간에 거래된 가액으로 매매계약서등 관련 증빙서류에 의하여 객관적으로 입증 될 수 있는 가액을 의미 한다는 뜻으로 해석 되는 바 이건의 경우 실지거래가액이 계약서상 명기되어 있고 토지와 건물가액이 구분되어 있으며 또한 계약서내용대로 대금을 지급하였는데도 ○○ 감정원의 감정평가액과 차이가 있다하여 실지거래가액이 불분명하다고 본 것은 부당하고 쟁점부동산은 청구외법인이 리모델링하여 분양할 목적으로 ◎◎건설(주)가 리모델링 공사를 진행하다가 중단되었고 청구법인은 공사 중단상태 그대로 매입하였으며 ○○감정원이 쟁점부동산의 건물을 평가할 때 리모델링에 투입된 공사비를 평가에 반영하지 아니 하였고 청구외법인과 ◎◎건설(주)가 리모델링 투입공사비를 2,189백만원으로 정산하였음이 확인되는 바 동 공사비를 ○○감정원의 건물평가액 2,117백만원과 합치면 총 4,306백만원으로 건물의 실지거래가액 40억원과 비슷함을 볼 때 실지거래가액을 부인한 처분은 부당하다는 주장이다 3, 처분청 의견 "실지거래가액"이라 함은 매매계약서상 매매금액이 실지거래가액이 확인되고 토지와 건물의 가액이 구분표시 되어 있으며 구분 표시된 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정된 경우를 말하는 것으로 ○○감정원의 건물 평가액 보다 훨씬 높은 가액을 실지거래가액으로 보기 어렵고 ○○감정원이 건물을 평가할 때 건물의 구조 사용자재 관리상태 등을 종합적으로 참작하였으며 쟁점부동산은 리모델링을 위해 벽재 바닥일부 창호 부대설비 등이 철거된 상태였는바 이러한 상태를 가장 적절히 평가에 반영 하였으므로 당초 처분은 정당하다는 주장이자

• 가. 쟁점 매매계약서에 토지와 건물가액을 구분표시 하여 공급한 이건의 건물가액을 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법시행령 제48조의2 [과세표준의 안분계산]

① 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 그 밖의 구축물 등(이하 이 조에서 "건물 등"이라 한다)을 함께 공급하는 경우에 그 건물 등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 감정평가가액(지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 평가한 가액을 말한다. 이하 같다)이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산 한다

2. 재경부 예규 (부가46015-230, 1999.01.26) 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 경우에 그 건물의 공급가액은 실지거래가액에 의하는 것이며 이 경우 실지거래가액이라 함은 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 계약서상에 토지와 건물의 가액이 구분 표시되어 있으며 구분 표시된 토지와 건물의 가액이 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우를 말하는 것으로 각 개별사안에 따라 사실판단 할 사항임

• 다. 사실관계 및 판다

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다

① 청구법인은 2003.08.28 쟁점부동산을 청구외법인으로부터 토지 360억원 건물 40억원(부가가치세 포함) 총 400억원에 매입하였음이 매매계약서에 의하여 확인되고 건물부분에 대한 세금계산서 1매, 공급가액,363,363,636원, 세액 363,636,363원을 교부받아 2003.09.25 부가가치세 월별 조기 환급을 신청하였음이 부가가치세 신고서 및 국세통합전산망에 의하여 확인 된다.

② 이에 처분청은 2003.10.09 환급자 현지 확인조사를 실시하여 청구법인이 신고한 쟁점부동산의 건물가액은 2003.07.31 청구외법인의 지방세체납으로 ○○자산관리공사에서 쟁점부동산을 공매할 목적으로 ○○감정원에 의뢰하여 평가한 감정가액 2,116,583,600원(토지감정가액 41,628,000,000원)보다 높아 정상적인 거래 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우로 볼 수 없어 부가가치세법시행령 제48조의2 규정에 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분 이 불분명한 것으로 판단 총매매가액 400억원을 ○○감정원의 감정평가액으로 안분 계산, 건물가액으로 1,926,082,399원으로 보고 이를 초과한 건물의 부가가치세 매입세액 공제를 부인하여 환급신청세액 중 171,028,125원을 감액하고 환급 결정하였음이 처분청의 "조사서""부가가치세 경정결의서"등에 의하여 확인 된다.

③ 또한 청구법인은 2003.08.28 계약금 50억원과 2003.11.28 잔금 350억원을 쟁점부동산 매입대금으로 지급하였고 청구법인의 장부에 토지는 360억원 건물은 3,636,363,636원으로 기재되어 있음이 청구법인이 제출한 관련증빙서류에 의하여 확인 된다.

④ ○○감정원의 감정평가서를 검토한 바 건물은 구조 사용자재 시공정도 부대설비 및 관리상태 등을 종합적으로 참작하여 복성식 평가법으로 평가하되 리모델링을 위해 벽체, 바닥일부, 창호, 건물 부대설비 등을 철거한 상태인바 현재의 그 상태를 기준으로 평가 하였으며 리모델링을 위해 투입된 철거비 등은 평가에 반영하지 아니하였음이 확인 된다

⑤ 청구외법인과 리모델링 공사를 시공한 ◎◎건설(주)가 2001.03.28 작성한 공사중단 "합의서"에 의하면 현재까지 투입된 공사비를 1,989,910,910원(부가가치세별도)으로 정산하였음이 확인 된다

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다

① 청구법인이 부가가치세 환급 신고한 쟁점부동산의 건물가액을 부가가치세법상 실지거래가액으로 볼 수 있는지에 대하여 살펴본다

② 청구법인이 쟁점부동산을 취득할 당시에 작성한 "부동산매매계약서"에 의하면 토지가액과 건물가액이 명백히 구분 표시 되어 있고 청구법인은 동계약서대로 매매대금 400억원을 대표자 가수금과 은행차입금으로 실제 지급하였으며 청구법인의 장부에도 토지가액과 건물가액이 당초 매매계약서상 구분된 금액대로 기장되어 있는 점과

③ 청구법인이 쟁점부동산을 매입할 당싱 청구외법인이 리모델링 공사를 진행하다가 중단한 상태 그대로 인수하였고 청구법인은 쟁점부동산을 리모델링하여 임대할 목적으로 사업을 영위하였음을 볼 때 리모델링 공사는 연속성이 있다고 할 것이며 리모델링이라 함은 건축물이 노후와 억제 기능향상을 위한 증개축 또는 대수선을 의미하고 기존건축을 용도변경, 개량, 확장 및 증설을 목적으로 철거한 경우 기존건축물의 장부가액과 철거비용은 기존건축물에 대한 자본적 지출로 건물가액을 형성하고 있음에도 ○○감정원은 쟁점부동산을 평가할 때 이러한 사실을 반영하지 아니하였으며 2001.03.28 청구외법인과 시공사인 ◎◎건설(주)가 작성한 "합의서"에 99년 1월부터 지금까지 투입된 공사비를 2,189백만원으로 정산하였음이 확인되고 이 금액을 ○○감정원의 건물평가액 2,117백만원과 합하면 4,306백만원으로 청구법인이 신고한 건물가액 4,000백만원과 큰 차이가 없는 점

④ 또한 청구외법인은 쟁점부동산 양도에 따라 고지된 부가가치세를 2004.04.26 납부 하였는바 이러한 내용을 종합하여 볼 때 쟁점부동산의 매매거래는 정상적인 거래로 보여 지므로

(3) 처분청에서 청구법인이 신고한 건물가액이 ○○감정원의 평가액보다 높아 쟁점부동산이 실지거래가액을 인정하지 아니하고 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명하다고 판단 쟁점부동산 거래가액총액을 ○○감정원의 토지 및 건물의 평가액으로 안분 계산 건물가액을 산정한 당초처분은 사실관계의 조사를 소홀히 한 잘못이 있다고 할 것이다

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다 [관련법령] 부가가치세법시행령 제48조의2 /