쟁점건물의 신축공사가 부가가치세 과세대상인지 여부

[주문]

○○세무서장이 2003.10.6. 결정고지한 청구법인의 2000년 제1기 부가가치세 5,432,480원과 같은해 제2기 부가가치세 48,894,910원, 합계 54,327,390원의 처분은, 육군 ○○○○부대의 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 소재 아파트/독신숙소 건물 1동(쟁점건물)에 대한 건축허가서, 등기부등본, 건축물관리대장을 토대로 쟁점 건물의 주거현황을 현지확인하여, 쟁점건물 신축에 따른 건설용역이 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 에 의한 국민주택규모 이하 주택건설용역에 해당 하는지 여부를 제조사한 후, 그결과에 따라 청구법인의 2000년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세표준을 경정합니다. [이유]

청구법인은 1990.7.1.부터 건설/토목공사업을 영위하고 있는 법인으로서, 1999.11.4. 육군 ○○○○부대의 아파트/독신자 숙소 1동(이하 "쟁점건물"이라 한다) 신축공사를 육군중앙계약관과 1,090,053,676원에 하도급계약을 체결하고, 2000년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고시 513,182,240원은 부가가치세 과세거래로 신고하고, 잔여건설용역 576,871,436원(이하 "쟁점건설용역"이라 한다)에 대하여는 부가가치세가 면제되는 국민주택규모 이하 주택건설용역으로 신고 하였다. 처분청은 쟁점건물이 부가가치세가 과세되는 군부대 독신자 숙소로 간주한 후 쟁점건설용역을 부가가치세가 과세되는 용역으로 보아, 이에 대한 청구법인의 2000년도 제1기 부가가치세 5,432,480원 및 같은해 제2기 부가가치세 48,894,910원, 합계 54,327,390원을 2003.10.6. 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004.1.2. 심사청구를 하였다.

쟁점건물은 군부대의 국민주택규모 이하 아파트로서 쟁점건설용역은 조세 특례제한법 제106조 제1항 제4호 에 규정된 면세용역에 해당함에도, 쟁점건물을 군부대의 독신자 숙고 건설용역으로 보아 부가가치세를 과세함은 부당하다.

건설산업기본법 등에 의하여 등록을 한 건설업자가 세대별로 독립된 주거 생활을 영위하도록 하기위한 국민주택규모 이하 건설용역을 제공하는 경우에는 부가가치세가 면제되지만, 합숙소나 기숙사에 대한 건설용역은 국민주택규모 이하 주택건설용역이 아니므로 쟁점건설용역에 대하여도 부가가치세를 과세함은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점건물이 국민주택규모 이하 아파트인지 또는 군부대의 독신자 숙소인지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 ο 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호 규정은 2006년 12월 31일까지, 제4호의2의 규정은 2004년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용한다.(2003.12.30 개정)

1. 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역(대통령령이 정하는 리모델링 용역을 포함한다)(2003.12.30 개정) ο 조세특례제한법시행령 제106조 【부가가치세의 면제 등】

① 법 제106조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 국민주택 및 당해 주택의 건설용역"이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.(2002.12.30 개정) [ 부칙 ]

1. 제51조의2 제3항에 규정된 규모 이하의 주택(2002.12.30 개정)

2. 제1호의 규정에 의한 주택의 건설용역으로서 건설산업기본법·전기공사업법·소방법·정보통신공사업법·주택법 및 오수·분뇨및축산폐수의처리에관한법률에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 것(2003.11.29 개정) ο 조세특례제한법시행령 제75조 【국민주택건설용지등에 대한 양도소득세등의 감면】

① 법 제80조 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 규모"라 함은 주택선설 촉진법시행령 제30조 제1항 단서의 규모(괄호생략)를 말한다. ο 주택건설촉진법시행령 제30조 【주택의 규모】

① 법 제31조 제1항의 규정에 의한 주택의 단위 규모는 단독주택은 제1호당 330㎡ 이하로 하고, 공동주택은 1세대당 297㎡이하로 한다. 다만, 국민주택의 경우에는 1호 또는 1세대당 85㎡ 이하로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 【먼저, 사실관계를 본다.】

(1) 청구법인은 쟁점건물이 군부대의 독립된 국민주택규모 이하 아파트 1동 30세대를 신축한 것이라고 주장하면서, 쟁점건설용역을 부가가치세가 면제되는 용역으로 보아 부가가치세 과세표준신고시 이를 제외하여 신고한 사실이 청구법인의 2000년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인된다.

(2) 이에 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사시 쟁점건물은 군부대의 독신자 숙소(BOQ)로서, 이는 국민주택규모 이하 아파트에 해당하지 아니하므로 쟁점건설용역에 대하여도 부가가치세가 과세되는 건설용역으로 보아 이 건 처분을 하였음이 처분청의 조사서 및 부가가치세 결의서 등에 의하여 확인된다. 【다음 쟁점에 대하여 본다.】

(1) 청구법인이 제시한 건설업등록증 사본에 의하면, 청구법인의 업종은 토목 건축공사업으로 되어 있고, 1996.10.14. 건설산업기본법에 의한 건설업자로 등록(등록번호 제96-2062호) 된 사실을 강원도지사가 증명하고 있다.

(2) 청구법인이 신축한 쟁점건물이 세대별 독립적으로 주거가 가능한 국민 주택규모이하의 아파트인지 또는, 군부대 독신자 숙소(BOQ)인지에 대하여 살펴본다.

① 쟁점건물의 공사도급계약서의 내용에 의하면, 공사도급계약일(계약번호: 99-1111호)은 1999.11.4.로 되어 있고, 계약당사자는 발주자가 대한민국 육군중앙계약관과 청구법인외 2개 업체로 되어 있으며, 공사명은 아파트/독신숙소 시설공사로서 청구법인외 2개업체의 총 도급금액이 1,339,600,000원으로 되어 있다.

② 청구법인이 2000.12.20. 육군 화천 제2지구 해당재무관에게 제출된 준공계의 내용을 보면, 쟁점건물 신축공사는 아파트/독신숙소 시설공사(계약번호: 제00-0000호, 계약일 1999.11.4, 착공일 1999.11.8, 준공일 2000.12.20.)로 나타나고 있다.

③ 제6685부대 공병대대장이 발행한 2004.6.1.자 사실증명 확인서의 내용에 의하면, 공사명은 아파트/독신숙소 시설공사로 되어 있고, 소재지는 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 소재 아파트 1동 30세대(24평), 공사기간은 1999.11.8. ~ 2000.12.20. 시공사는 청구법인으로 되어 있는 바, 쟁점건물은 국민주택규모 이하의 아파트로서 현재 군숙소로 활용되고 있음을 확인하고 있을 뿐만 아니라, 쟁점건물에 대한 건물이력서 카드에서도 준공일자는 2000.12.20.로 되어 있고, 건물명은 아파트로 기재되어 있다.

④ 당심에서 처분청에 쟁점건물의 주거현황을 확인하기 위하여 조사당시 현지확인여부를 조사공무원에게 문의한 바, 조사당시 쟁점건물은 군부대건물로서 출입이 제한되어 쟁점건물이 군대대의 독신자 숙고 (BOQ)인지 여부를 직접 확인하지 못하였음을 인정하고 있다.

⑤ 또한, 당심에서 쟁점건물이 군부대 건물이라 건축물관리대장 등 공부를 수집할 수 없어 부득이 청구법인에게 쟁점건물이 국민주택규모 이하의 아파트인지 여부를 확인하기 위한 건축허가서, 등기부등본, 건축물관리대장 등의 서류제시를 수차례 요구하였으나, 쟁점건물은 군부대 건물로서 미등기라는 이유 등으로 심리일 현재까지 제시하지 못하고 있다.

⑥ 위와같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 건설산업기본법 등에 의하여 등록한 건설업자가 세대별로 독립된 주거생활을 영위하기 위한 국민주택규모 이하의 주택건설용역을 제공하는 경우에는 부가가치세가 면제되지만, 이건의 경우에는 청구법인이 국민주택규모 이하의 아파트를 신축한 것인지 또는 군부대에서 사용하는 독신자 숙소(BOQ)를 신축한 것이지 여부를 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료만으로는 구체적으로 확인할 수 없다.

(3) 따라서, 쟁점건물이 사실상 독립된 국민주택 규모이하의 아파트인지 또는 단순히 군부대 독신자 숙소이지 여부를 건축허가서, 등기부등본, 건축물관리대장을 토대로 쟁점건물 현황을 직접 재조사한 후 그 결과에 따라 쟁점건물에 대한 건설용역을 전시한 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 에 의한 국민주택규모 이하 주택건설용역으로 볼 것인지 여부를 판단함이 타당하다고 하겠다.

이 건 심사청구는 청구주장에 재조사할 부분이 있어 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 조세특례제한법 제106조 / 조세특례제한법시행령 제106조 / 조세특례제한법시행령 제75조 /