공통매입세액 안분계산의 적정 여부

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각합니다.

○○(주)(이하 “청구법인󰡓이라한다)는 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에서 과세사업(서비스/경영컨설팅)과 면세사업(기타금융업/투자회사)을 영위하고자 2000. 8. 17. 개업한 법인으로서, 2001년 제1기분 고정자산 매입공급가액 87,600천원과 제2기분 고정자산 매입공급가액 147,019천원에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 각각 신고하고, 2002년 제1기 매입세액 11,165천원과 2002년 제2기 10,682,천원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 각각 신고하였다. 이에 대해 2003.10.9. 처분청은 2001년 제1기 및 제2기 감가상각자산에 대한 매입세액 8,760천원과 14,701천원을 과세와 면세의 공급가액비율로 재계산하여 15,406천원을 납부세액에 가산하고, 2002년 제1기 및 제2기 공통매입세액 11,165천원과 10,682천원에 대해서도 과세와 면세의 공급가액비율로 안분계산하여 불공제 매입세액 11,165천원과 10,351천원을 납부세액에 가산하여 2002년 제1기 및 제2기 부가가치세 29,229천원, 11,553천원을 각각 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2004. 1. 8. 이 건 심사청구를 제기하였다.

2001년 제1기 및 제2기분 감가상각대상자산에 대한 매입세액과 2002년 제1기 및 제2기분 매입세액은 사업과 관련 매입세액이므로 재계산하고 안분계산의 대상이 아닌데도 처분청이 2001년도의 감가상각대상자산의 매입세액에 대해 재계산하고 2002년도 매입세액은 공통매입세액으로 보아 과세 및 면세공급가액의 비율로 안분계산하여 면세분에 해당하는 매입세액을 불공제매입세액으로 하여 납부세액에 가산하여 경정․고지한 이 건 처분은 부당하다.

청구법인이 2001년 제1기 및 제2기분 감가상각대상자산에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였으나, 겸영사업자인 경우에는 신고과세기간 이후에 면세비율이 100분 5이상 차이가 있을 경우에는 재계산하도록 규정하고 있고, 또한 당해기의 공통매입세액에 대해서는 당해기의 면세와 과세의 공급가액비율로 안분계산하도록 규정하고 있으나, 청구법인이 2001년 제1기 및 제2기분 감가상각대상자산에 대한 매입세액에 대해 재계산하지 아니하고 2002년 제1기와 제2기의 면세비율이 100%와 99.6%로 증가하였는데도 이에 대한 매입세액 재계산을 하지 아니한데 대하여 처분청이 매입세액 재계산하고, 공통매입세액 안분계산하여 2002년 제1기 및 제2기분 납부세액에 가산하여 경정․고지한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 감가상각자산에 대한 매입세액 재계산의 당부와 공동매입세액을 과세 및 면세의 공급가액비율로 안분계산한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고 납부하여야 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액＝ 공통매입세액 × ────── 총공급가액

③ 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 당해 재화의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다. (97.12.31 개정)

1. 당해 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 100분의 5미만인 경우의 공통매입세액

2. 당해 과세기간중의 공통매입세액이 2만원미만인 경우의 매입세액

3. 제48조의2 제3항 제3호의 규정이 적용되는 재화에 대한 매입세액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. (95.12.30 개정)

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

○ 부가가치세법 시행령 제61조의2 【공동매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분 계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액＝ 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 {총공통매입세액 × (1 － ──────────────────) － 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액

○ 부가가치세법 시행령 제63조 【납부세액 또는 환급세액의 재계산】

① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총 사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.

② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. (단서 생략)

25 가산 또는 공제되는 세액＝당해 재화의 매입세액×(1- ──×경과된 과세기간의 수) 100 × 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세 사용면적의 비율

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분 계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다.

④ 제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑤ 제2항의 규정에 의한 경과된 과세기간의 수를 계산함에 있어서 과세기간의 개시일후에 감가상각자산을 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 경우에는 그 과세기간의 개시일에 당해 재화를 취득하거나 당해 재화가 제1항의 규정에 해당하게 된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 【 먼저 사실관계에 대하여 살펴본다】

1. 청구법인은 2000.8.17. 개업하면서 경영컨설팅(과세사업), 기타금융업(면세사업)을 영위하고자 부가가치세 겸영사업자로 신고하였고, 청구법인은 2003.4.29. 2002년 제2기 확정 부가가치세 경정청구하였다. 처분청은 청구법인의 경정청구와 관련하여 2003.7월 현지확인을 통하여 청구법인의 업종과 2001년도 및 2002년도 부가가치세 신고상황을 검토한 내용이 【표1】연도별 기별 부가가치세 신고내용 및 면세수입금액은 다음과 같이 확인된다. 【표1】연도별 기별 부가가치세 신고내용 및 면세수입금액 (단위: 원) 구 분

① 매 출

② 면세매출 일 반 매 입 납부세액 매출구분 고정자산매입 2001.1기 75,000,000 0 24,146,796 1,343,732 컨설팅수입금액 (과세) 87,600,382 2001.2기 449,000,000 0 166,484,721 13,424,138 컨설팅수입금액 (과세) 147,019,453 2002.1기 0 0 111,656,187 △11,165,586 2002.2기 10,000,000 2,218,630,536 103,997,783 △9,393,737 유가증권매매 수익(면세) 계 534,000,000 2,218,630,536 406,285,487 14,767,870 △20,559,323 234,619,835

2. 처분청은 청구법인이 2001년도 부가가치세 신고시 감가상각대상자산에 대한 매입세액에 대하여 2002년 제1기 과세분 매출이 전무한 사실을 확인하고 이에 대한 감가상각자산의 매입세액을 재계산하여 15,406천원을 납부세액에 가산하고, 공통매입세액 11,165천원에 대하여 면세비율 100%의 비율로 안분한 불공제매입세액 11,165천원을 납부세액에 가산하여 29,229천원을 경정․고지하였다. 처분청은 2002년 제2기분 매입세액에 대해서는 면세공급가액의 비율 99.6%(2,218백만원/2,228백만원)로 공통매입세액 10,682천원을 안분계산하여 10,351천원을 불공제 매입세액으로 납부세액에 가산하여 2002년 제2기분 부가가치세 11,553천원을 경정․고지한 사실이 경정결의서와 조사복명서에 의하여 확인된다.

3. 위 【표1】연도별 기별 부가가치세 신고내용 및 면세수입금액에서 확인되는 바와 같이 청구법인의 매출내역을 살펴보면, 2001년도는 부가가치세 과세대상 공급가액 524백만원(면세비율 0%), 2002년도는 부가가치세 면세대상 수입금액이 2,218백만원(면세비율 99.6%)임이 확인되며 처분청은 과세와 면세의 공급가액의 비율에 따라 감가상각대상자산의 매입세액을 재계산한 사실이 경정결의서와 조사복명서에 의해 확인된다. 【다음으로 이건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.】

1. 청구법인은 과세사업과 면세사업의 겸영사업자임이 확인되고 있는 바, 2001년 제1기 및 제2기분 감가상각대상자산의 매입세액을 재계산과, 2002년 제1기 및 제2기분 공통매입세액의 안분계산에 대하여 살펴본다.

• 가) 청구법인은 2001년 제1기에 감가상각대상자산의 매입세액을 8,760천원 공제받았고, 2001년 제2기에는 14,702천원에 대한 매입세액으로 공제한 후 각 해당기분의 부가가치세를 신고하였는 바, 부가가치세법시행령 제63조 제1항 에서 감가상각자산에 대해서는 매입세액으로 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 전기와 100분의 5이상인 경우에는 재계산하도록 규정하고 있으나, 청구법인은 면세공급가액의 비율이 2001년 제1기와 제2기는 0%에서 2002년 제1기 100%로 증가하여 매입세액의 재계산대상 과세기간에 해당되는데도 청구법인이 이에 대한 재계산 하지 아니한데 대하여 처분청이 재계산하여 합계 15,406천원을 납부세액에 가산함은 정당하고,
• 나) 청구법인은 2002년 제1기 및 제2기의 공통매입세액 11,165천원과 10,351천원을 안분하지 아니하고 전액 공제하여 부가가치세를 신고하였는 바, 부가가치세법시행령 제61조의2 의 규정에서 공통매입세액을 과세공급가액과 면세공급가액의 비율로 안분하도록 규정하고 있는데도 청구법인은 2002년 제1기 11,165천원, 2002년 제2기 10,682천원의 공통매입세액을 안분계산하지 아니하고 전액 공제한 대하여 처분청이 각 해당기분의 면세비율 100%, 99.6%에 상당하는 11,165천원과 10,351천원을 불공제 매입세액으로 납부세액에 각각 가산하여 2002년 제1기 및 제2기분 부가가치세를 경정․고지한 처분은 정당하다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.