실물거래가 없는 사실과 다른 세금계산서 여부

[주문] 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각한다. [이유]

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 634-10 소재에서 필터 제조업을 영위하다가 200305.19 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 654-6으로 사업장소재지를 이전한 사업자로서, ○○도 ○○시 ○○동1364 소재 청구외 주식회사 ◇◇운수 등 9개 업체(이하 "운송업체 등"이라 한다)로부터 2000년 제2기분 세금계산서 공급가액 166,228,350원, 2001년 제1기분 세금계산서 공급가액 95,178,892원, 합계 261,416,242원(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)을 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 청구법인의 전사업장을 관할하는 ○○세무서장은 청구법인에 대한 세무조사결과, 청구법인이 2000년 제2기부터 2001년 제1기 중 ○○시 ○○구 ○○동 36 소재 ◇◇상운(이하 "쟁점거래처"라 한다)과 실제 거래하고, 세금계산서는 운송업체 등으로부터 수취하였음을 확인하고, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과세하라고 현사업장을 관할하는 처분청에 통보하였으며, 처분청은 ○○세무서장으로부터 통보받은 과세자료에 의거 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2003.08.01 2000년 제2기분 부가가치세 29,241,080원, 2001년 제1기분 부가가치세 15,882,080원, 합계 45,123,170원을 청구법인에게 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.10.30 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점거래처는 청구법인의 지시를 받아 청구법인에게 수출·입 화물관리용역을 제공하는 단순대리인(아웃소싱 업체)에 불과하고, 운송업체 등이 실제 화물운송용역을 청구법인에게 제공하였으며, 쟁점세금계산서는 실제 용역을 제공한 운송업체 등으로부터 수취하였으므로 정당한 세금계산서임에도, 처분청은 실제 화물운송용역을 쟁점거래처가 제공한 것으로 보아 쟁점세금계산서를 과세한 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.

청구법인과 쟁점거래처 사이에 작성된 약정서에 의하면, 쟁점거래처가 청구법인이 의뢰하는 수출·입 화물에 대한 보관, 통관, 하역, 육상운송 등의 제반작업을 수행하는 것으로 되어 있고, 청구법인이 쟁점거래처에 그에 따른 제비용을 실제 지급한 사실이 확인되는 바, 실제 거래처인 쟁점거래처가 아닌 운송업체 등으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서의 해당되는 지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 부가가치세법 제17조 [납부세액] 제1항에서는 『 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액』이라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항이 규정에 의하면 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액(단서 생략). 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액(단서생략)』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 ○○시 ○○구 ○○동 634-10 소재에서 필터 제조업을 영위하다가 2003.05.19 ○○도 ○○시 ○○면 ○○리 654-6으로 사업장소재지를 이전한 사업자로서, ○○도 ○○시 ○○동1364 소재 청구외 주식회사 ◇◇운수 등 9개 업체(운송업체 등)로부터 2000년 제2기분 95,187,892원, 합계 261,416,242원(쟁점세금계산서)을 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였음이 국세통합전산망에 의해 확인된다.

② 청구법인의 전사업장을 관할하는 ○○세무서장은 청구법인에 대한 세무조사결과, 청구법인이 2000년 제2기부터 2001년 제1기 중 ○○시 ○○구 ○○동 36 소재 ◇◇상운(쟁점거래처)과 실제 거래하고, 세금계사서는 운송업체 등으로부터 수취하였음을 확인하고, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과세하라고 현사업장을 관할하는 처분청에 통보하였음이 과세자료 통보 공문에 의해 확인된다.

③ 처분청은 ○○세무서장으로부터 통보받은 과세자료에 의거 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 2003.08.01 2000년 제2기분 부가가치세 29,241,080원, 2001년 제1기분 부가가치세 15,882,090원, 합계 45,123,170원을 청구법인에게 경정·고지하였음이 이 건 부가가치세경정결의서 및 납세고지서에 의해 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 쟁점거래처가 청구법인의 지시를 받아 청구법인에게 수출·입 화물관리용역을 제공하는 단순대리인(아웃소싱 업체)에 불과하므로, 쟁점거래처는 청구법인에게 화물운송주선수수료에 대하여만 세금계산서를 교부하고, 실제 운송업체가 화주인 청구법인에게 운송용역에 대한 세금계산서를 교부함이 타당하며, 운송업체 등이 실제로 화물운송용역을 청구법인에게 제공한 후 쟁점세금계산서를 청구법인에게 교부하였으므로, 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서라고 주장하고 있다.

② ○○세무서장의 청구법인에 대한 조사서에 의하면, 자료상 혐의업체인 청구외 주식회사 ◇◇운수로 부터 청구법인이 가공세금계산서 99,250천원을 수취한 혐의로 조사가 시작되었음을 알 수 있으며, 조사담당공무원이 청구법인으로부터 징취한 확인서에 의하면, 「청구법인은 2000년 제2기부터 2001년 제1기 과세기간 중 일본 등으로부터 원자재를 구매함에 있어 쟁점거래처와 통관 및 화문운송과 관련하여 일체의 행위와 과실 및 부주의에 대한 책임을 지는 운송물류 계약을 체결하고, 대금을 쟁점거래처에게 지급하였으며, 정산시 운수업체 등으로부터 수취한 사실과 다른 쟁점세금계산서를 부가가치세 신고시 제출한 사실이 있다라고 기재되어 있고, 동 확인서에는 청구법인명과 대표이사 성명 및 청구법인의 관리과장 청구외 김○○의 성명과 주민등록번호가 함께 기재되어 있음이 나타나고 있는바, 쟁점거래처가 단순대리인이 아닌 화물운송관리와 관련된 일체의 행위를 책임지면서 그에 관한 대금을 청구법인으로부터 수취한 것으로 확인되고 있다.

③ 청구법인과 쟁점거래처 사이에 1998년 12월경 작성된 계약서에 의하면, 제1조 업무대행에서는 청구법인이 의뢰하는 수출·입 화물에 대한 창고보관, 통관, 하역, 육상운송 제반작업에 대한 업무를 쟁점거래처가 충실히 수행함에 있어 청구법인의 지시를 받는다라고, 제2조 업무한계에서는 쟁점거래처는 물품관리 및 통관완료를 청구법인의 지시에 의해 목적지까지 육상운송 인도시킴으로서 종료되는 것으로 한다라고, 제4조에서는 청구법인은 쟁점거래처에게 해상·육송운송, 창고보관, 하역 등 수출·입에 대한 제반업무를 위임관할하고, 쟁점거래처는 청구법인에게 수시로 보고 및 협의한다라고, 제7조 사고의 책임에서는 쟁점거래처는 수출·입 운송시 과실 또는 부주의로 발생하는 화물의 파손, 도난, 분실 등 일체의 사고에 대하여 직접적인 피해에 해당하는 책임을 진다라고, 제8조 손해배상에서는 도난 및 사고에 대하여 청구법인이 구입한 가격으로 쟁점거래처가 이를 변상하고, 선지급 받은 통관자금에 대한 유용을 막기 위해 액면 5천만원에 대한 보증보험증권을 청구법인에게 제출하도록 한다라고, 제10조 요율 및 대금 지급방법에서는 요율은 별도 요율에 준하여, 대금지급방법은 쟁점거래처가 청구법인에게 수입통관 경비를 산출하여 통보하면 청구법인이 이를 지불토록 하여야 하며, 쟁점거래처는 경비 인수하여 즉시 업무 착수하고 통관, 운송 도착 종결 후 청구법인에게 정산 처리한다라고 기재되어 있는 바, 쟁점거래처는 수출·입 화물에 대한 창고보관, 통관, 하역, 육상운송 제반업무 일체를 책임지고 수행함에 있어 청구법인으로부터 통관자금을 선지급 받아 사용 후 화물운송이 종료하면 정산함을 알 수 있고, 청구법인의 화물을 쟁점거래처가 도착지까지 책임지고 운송을 완료한다는 점에서 쟁점거래처가 청구법인 화물 운송업체를 직접 선정한 것으로 보이는바, 쟁점거래처가 단순대리인(아웃소싱 업체)에 불과하다는 청구주장을 받아들일 수가 없고, 또한 청구법인은 쟁점거래처와의 사후 정산내역에 의해 쟁점거래처가 운송업체 등으로부터 수취한 세금계산서를 쟁점거래처로부터 인수받고 있다는 점에서 청구법인이 어느 운송업체들과 실제 거래하였는지 여부에 대해서는 청구법인은 알지 못한 것으로 보이는바, 청구법인이 쟁점세금계산서를 교부한 운송업체 등과 실제 거래하였는지 여부가 확인되지 아니한다 할 것이어서 운송업체 등과 실제 거래하였다는 청구주장도 받아들일 수 없다 할 것이다.

④ 청구법인이 제시한 증빙서류에 의하면, 청구법인은 화물 통관자금을 쟁점거래처에게 선지급하고, 쟁점거래처가 수출·입물품 통관자금 사용계산서를 작성하여 쟁점세금계산서 등을 대금 사용 증빙으로 청구법인에게 제출한 후 잔액을 정산한 것으로 기재되어 있으나, 화물운송과 관련된 비용을 포함하여 통관, 하역, 창고보관, 보험료, 검사료, 보수작업비 등의 일체를 쟁점거래처에게 일괄 지급한 것으로 나타나고 있는바, 쟁점거래처가 단순대리인의 역할을 수행하였다기보다는 자기의 책임 하에 청구법인의 화물을 직접 운송할 것을 약정하고 다른 운송업자에게 의뢰하여 동 화물을 운송한 것으로 봄이 타당하다 할 것이고, 이 경우에는 청구법인으로부터 받은 화물운임 전액에 대해 청구법인에게 세금계산서를 교부함이 타당하다고 판단되는바, 청구법인이 운수업체 등으로부터 수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 봄이 타당하다 할 것이다.

(3) 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서를 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 /