실물거래가 없는 사실과 다른 세금계산서 여부

[주문]

○○세무서장이 2003.10.1. 청구법인에게 경정고지한 2002년 제1기분 부가가치세 30,330,000원의 과세처분은, (주)○○건설기계관리(사업자등록번호: 108-81-*)로부터 교부받은 2002년 제1기분 매입세금계산서 4매 공급가액 200,000,000원의 매입세액 20,000,000원을 매출세액에서 공제하여 그 세액을 재경정합니다. [이유]

청구법인은 2000.9.22.부터 토ㆍ석공사를 주업종으로 영위하는 법인사업자로서, 2002년 제1기 확정분 부가가치세 신고시 (주)○○건설기계관리(이하 "청구외법인"이라 한다)로부터 매입세금계산서 4매 공급가액 200,000,000원(이하 "쟁점매입세금계산서"라 한다)의 매입세액 200,000,000원을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하고 31,086,805원을 납부하였다.

○○세무서장은 2002년 12월 청구외법인에 대한 자료상혐의자 조사시 청구외 법인이 일부 자료상행위를 하였음을 확인하여 동 법인을 ○○경찰서에 자료상으로 고발하는 한편, 가공매출자료로 확정한 12개 사업자이외에 청구외법인이 청구법인에게 교부한 쟁점매입세금계산서를 2003.2.3. 처분청에 과세자료(누적자료)로 통보하였다. 이에 처분청은 ○○세무서로부터 위의 과세자료를 통보받은 후, 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액 20,000,000원을 매출세액에서 불공제하여 2003.10.1. 청구법인에게 2002년 제1기분 부가가치세 30,330,000원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.10.24. 이 건 심사청구를 하였다.

쟁점매입세금계산서는 2002년 4~5월동안 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 746번지의 ○○아크리움빌(II) 건물신축공사에 따른 공사의 일정부분을 (주)○○종합건설로부터 도급받아 토공사작업 및 가시설공사 등에 따른 건설기계 사용료에 대한 것으로서, 청구법인은 실제 견적받은 내용대로 공사를 하고 이에 따른 대금을 모두 지급하였음에도, 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세함은 부당하다.

처분청은, 청구외법인이 ○○세무서로부터 자료상으로 고발된 점, 청구외법인의 매입세금계산서의 95%가 자료상 등으로부터 교부받은 것이 확인된 점, 청구법인이 제출한 작업일보의 건설기계가 청구외법인의 소유라는 것이 확인되지 아니한다는 점, 쟁점매입세금계산서의 합계액과 청구외법인에게 지급한 금액이 일치하고 있으나, 동 금액이 쟁점매입세금계산서상의 건설기계용역을 공급받은 대가인지 여부를 알 수 없다는 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 부가가치세를 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령

○ 국세기본법 제16조 [근거과세]

① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.(이하생략)

○ 부가가치세법 제21조 [경정]

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다.(이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① ○○세무서장은 2002년 12월 청구외법인에 대한 자료상혐의자 조사시 청구외법인이 일부 자료상행위를 하였음을 확인하여 동 법인을 자료상으로 고발하는 한편, 2003.1.11. 처분청에 청구외법인이 청구법인에게 교부한 쟁점매입세금계산서를 과세자료(누적자료)로 통보하였음이 ○○세무서장의 청구외법인에 대한 조사종결복명서 및 고발서와 처분청에 통보한 과세자료 등에 의해 확인된다.

② 처분청은 통보받은 위 과세자료를 근거로 하여, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 동 매입세액 20,000,000원을 매출세액에서 불공제하여 2003.10.1. 청구법인에게 2002년 제1기분 부가가치세 30,330,000원을 경정고지하였음이 처분청의 부가가치세 경정결의서에 의해 확인된다.

(2) 다음으로, 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 처분청은 쟁점매입세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 객관적이고 구체적인 과세근거를 확보하지 아니한 채, 막연히 청구법인이 제시한 작업일보 등의 증빙을 신뢰할 수가 없고, 대금지급이 쟁점세금계산서의 총액과 일치하고 있는 것은 인정하더라도, 동 금액이 쟁점매입세금계산서에 대한 대금지급이라고 볼 수 없다는 의견이나, 국세기본법 제16조 의 규정을 보면, 사업장 관할세무서장은 납세자가 확정신고를 하지 아니하거나 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 등 법정사유에 해당하는 경우에 한하여 해당 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액을 조사에 의하여 경정하되, 이때에는 반드시 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하도록 의무를 지우고 있는 점에 비추어 보면, 특별한 사정이 없는 한 현지확인 등 별도의 사실 확인 조사없이는 파생된 과세자료나 제3자의 일방적인 확인서만을 근거로 부가가치세의 과세표준과 납부세액을 경정할 수는 없다고 보아야 할 것이다.(대법 96누14227, 1998.7.10. 등 다수 같은 뜻)

② ○○세무서의 청구외법인에 대한 조사종결복명서 및 고발서와 차량등록사업소의 건설기계등록현황 회보서 등에 의하면, 청구외법인에 대한 조사결과 청구외법인은 사업장에서 실제로 건설기계 보유 및 청구외 박○○등으로부터 건설기계 4대를 지입받아 사업을 영위하였음이 확인되고 있고, 2001년 제1기분 부가가치세 매출과세표준 1,964백만원 중 560백만원(9개업체)인 것으로 나타나고 있으며, 매출신고 금액 1,964백만원의 28.5%를 가공거래로 확정하였는 바, ○○세무서에서 조사ㆍ확정한 청구외법인의 가공세금계산서 발행내역에는 청구법인이 교부받은 쟁점매입세금계산서가 포함되어 있지 아니한 것으로 나타나고 있다.

③ 2002년 제1기 부가가치세 신고시 청구외법인은 쟁점매입세금계산서를 청구법인에게 교부하고 매출로 신고하였으며, 청구법인은 이를 교부받아 매입으로 신고하였음이 국세청전산자료에 의해 확인된다.

④ 다음으로, 청구법인이 제시한 증빙에 대하여 살펴보면, 첫째, 청구법인이 제시한 건설공사도급계약서 및 내역서를 보면, 발주자는 (주)○○종합건설이고, 청구법인이 경기도 ○○구 ○○동 746번지의 ○○아크리움빌(II) 토공사 및 가시설공사를 2002.3.6.부터 2003.1.28.까지 시공하며, 총 공사계약금액은 공급가액 1,806,754천원인 것으로 나타나고 있다. 둘째, 청구법인이 제시한 ○○아크리움빌(II) 현장에 대한 2002년 4월 및 5월의 일자별 작업일보를 살펴보면, 청구외법인의 건설기계 사용금액에 대한 각 일자별 작업내역은 토공사 및 가시설공사의 각 작업기성별 작업내역이 당일 작업량 및 누적작업량으로 구분되어 누적관리되고 있고, 공사투입비란에는 노무비, 장비비, 유류비로 구분ㆍ기록되어 있으며, 장비비 항목에는 각 중장비(건설기계 등)의 명칭과 매입처, 시간 및 톤당 작업비의 산정내역이 구체적으로 업체별ㆍ단가별로 기록되어 있고, 전도자금 지출 및 사용내역이 매일 상세하게 계상되어 있는 바, 청구법인이 영위하는 건설업과 재무제표의 기초가 되는 동 작업일보에 대하여 이를 반증할 만한 특별한 근거가 없는 한, 세금계산서 등 거래내용에 대한 신고 및 장부ㆍ기타 증빙 등을 인정하는 것이 타당하다고 할 것이다. 셋째, 또한 작업일보상 청구외법인으로부터 사용한 건설기계의 사용내역을 살펴보면, 청구법인의 4월 공사금액의 합계액은 224,597,850원, 5월 공사금액의 합계액은 270,752,500원, 합계 495,350,350원이고, 이 중 건설기계 총사용금액은 276,994,000원이며, 청구외법인으로부터 공급받은 금액은 200,000,000원으로서 건설기계 총사용금액의 72.2%인 것으로 나타나고 있으며, 구분별 내역은 아래와 같이 터파기 공사 후 깊이에 따른 천공작업(건물을 지지하기 위한 파이프 설치 작업)을 하였음을 알 수 있다. (단위: 원, %) ┌───────┬──────┬──────┬──────┬─────┐ │ 구 분 │ 2002년 4월 │ 2002년 5월 │ 합 계 │ 비 고 │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼─────┤ │ 합 계 │ 145,000,000│ 55,000,000│ 200,000,000│ │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼─────┤ │ D/T(15TON) │ 40,000,000│ 0│ 40,000,000│ 터파기 │ ├───────┼──────┼──────┼──────┼─────┤ │ 드릴(@12,500)│ 60,000,000│ 0│ │ │ ├───────┼──────┼──────┼──────┤지지파이프│ │ 드릴(@20,000)│ 45,000 000│ 55,000,000│ 160,000,000│ │ └───────┴──────┴──────┴──────┴─────┘ 넷째, 청구법인 명의의 ○○은행 예금계좌(293-000000-13-)에는 2002.7.18. 쟁점매입세금계산서의 공급가액과 세액의 합계액 220,000천원이 인출된 것으로 나타나고 있고,, 동 금액은 청구외법인 명의의 계좌(294-000000-13-)로 입금된 것으로 확인되고 있는 바, 청구법인이 청구외법인에게 쟁점매입 세금계산서상의 공급대가를 모두 지급한 것으로 나타나고 있다.

⑤ 상기내용을 종합하여 볼 때, 쟁점세금계산서가 정상적인 거래에 따른 매입세금계산서라는 청구법인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 판단된다.

(3) 그러하다면, 당초 조사관서에서 쟁점매입세금계산서를 가공세금계산서로 확정한 바가 없음에도, 처분청에서 쟁점세금계산서가 가공세금계산서라는 것을 입증할 수 있는 장부ㆍ증빙 등 과세근거를 확보하지 아니한 채, 막연히 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 추정하여 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분청의 이 건 처분은 근거과세의 원칙에 위배된 처분이라고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제21조 / 국세기본법 제16조 /