주사업장에서 공제할 매입세액을 종사업장에서 공제할 경우 가산세 부과 여부

[주문] 창원세무서장이 2003.02.17. 청구법인에게 경정ㆍ고지한 2001년 제1기분 부가가치세 126,422,520원은, 납부불성실가산세를 납부세액에서 제외하여 그 세액을 경정한다. [이유]

청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 **-3에 본점을 둔 ○○금속(주)로서 종사업장에 대하여 부가가치세 총괄납부승인을 받은 사업자이다. 청구법인의 종사업장 (경남 창원시 △△동 제3△△공장 내 소재)은 2001년 제1기 부가가치세 신고시 청구외◎◎자동차(주)□□공장에 대한 영세율매출액 3,309,050,976원을 신고누락하고, 청구법인의 주사업장이 교부받은 세금계산서상의 매입세액 156,471,437원 ［청구외 (주)○○에어메탈☆☆공장 발행분 155,901,877원, 청구외 (주)★★ 발행분 569,560원］을 동 종사업장의 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 2003.02.17. 청구법인의 종사업장에 대하여 2001년 제1기분 부가가치세 126,422,520원(영세율매출 누락분에 대한 매출처별세금계산서합계표 미제출가산세 66,181,020원, 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하여 신고불성실가산세 15,647,144원 및 납부불성실가산세 44,594,356원)을 경정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003.05.09. 이의신청을 거쳐 위 처분 중 납부불성실가산세 44,594,356원(이하 “쟁점가산세”라 한다)에 대하여 2003.10.10. 이건 심사청구하였다.

처분청은 청구법인의 주사업장에서 교부받은 세금계산서의 매입세액을 종사업장에서 공제하였다하여 청구법인의 종사업장에 대하여 쟁점가산세를 적용하였으나, 부가가치세법상 총괄납부제도는 어느 사업장에서는 납부세액이 발생하고 어느 사업장에서는 환급세액이 발생할 경우 납부는 먼저하고 환급은 나중에 받게 되어 납세자에게 자금부담을 줄 우려가 있어 이를 경감하여 납세편의를 도모하는 데에 그 취지가 있다고 할 것이므로, 청구법인의 실수로 주사업장의 매입세액을 종사업장에서 잘못 공제하였다고 하더라도 주사업장 및 종사업장의 납부세액을 전체적으로 볼 때 과소납부한 것으로 볼 수 없으므로 지연 이자적 성격의 쟁점가산세를 부과함은 부당하다.

청구법인이 각 사업장별로 부가가치세를 정확하게 신고납부하여야 함에도 잘못 신고한 사실에 대하여는 청구법인의 고의 또는 과실을 고려하지 아니하는 것이고, 가산세는 과세권의 행사를 용이하게 하기 위하여 납세자에게 부과하는 제재로서 청구법인의 납부의무위반행위가 국가세입에 영향을 주었는지 여부는 고려대상이 아니므로 쟁점가산세를 부과함은 적법하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 주사업장의 매출세액에서 공제할 매입세액을 종사업장에서 잘못 공제한데 대하여 쟁점가산세의 부과가 적법한지를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 ■ 부가가치세법 제4조 【신고ㆍ납세지】

① 부가가치세는 사업장마다 납부하여야 한다.

② 사업자에게 2이상의 사업장이 있는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부할 수 있다.

③ 제2항의 규정에 의하여 주된 사업장에서 총괄하여 납부하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 주된 사업장 관할세무서장에게 신청하여 그 승인을 얻어야 한다. ■ 부가가치세법 제22조 【가산세】(2003.12.30. 법률 제7007호로 개정전)

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액(1999.12.28. 개정) 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) ×납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 ×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 ■ 부가가치세법 제70조의3 【가산세】(2001.12.31. 대통령령 제17460호로 개정전)

⑥ 법 제22조 제5항 제2호 산식에서 “대통령령이 정하는 이자율”이라 함은 1일 1만분의 5의 율을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 ○○도 ○○시 ○○동 **-3 ○○금속(주)를 주사업장으로 하고, ○○도 ○○시 △△동 제3△△공장 내 제2공장을 종사업장으로 하여 1994.07.01. 부가가치세 총괄납부승인(승인번호 60-0524)을 받았음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인의 종사업장은 2001년 제1기 부가가치세 신고시 청구외 ◎◎자동차(주)□□공장에 대한 영세율매출액 3,309,050,976원을 신고누락하고, 주사업장 명의로 교부받은 매입세액 156,471,437원을 동 종사업장의 매출세액에서 공제하였음이 확인되며, 이점에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없다. (3) 부가가치세법 제4조 에 의하면 부가가치세는 사업장마다 납부하도록 되어 있으므로 2이상의 사업장을 가지고 있는 사업자의 경우에도 각 사업장을 하나의 과세단위로 하여 사업장마다 과세표준과 세액을 계산하여 신고 및 납부하는 것을 원칙으로 하면서, 같은조 제2항에서 납세자의 편의와 세무행정의 번잡성을 피하기 위하여 주사업장 총괄납부제도를 두고 있는 바, 동 제도의 취지는 사업장마다 세액을 납부하게 하는 경우 어느 사업장에서는 납부세액이 발행하고 어느 사업장에서는 환급세액이 발생할 수 있는 바, 이 경우 납부세액은 과세표준의 신고와 함께 납부하여야 하나 환급세액은 그 이후 환급받게 되는 등 납세자에게 자금부담을 줄 우려가 있어 이를 경감하고 납세편의를 도모하는 데 그 의미가 있다고 할 것이다.

(4) 청구법인은 직원의 실수로 쟁점매입세액을 종사업장의 매입세액으로 신고하였다고 하더라도 주사업장 및 종사업장의 납부세액 전체적으로 볼 때 과소납부한 것으로 볼 수 없음에도 지연 이자적 성격의 쟁점가산세를 부과함은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

① 이 건의 경우 청구법인의 주사업장이 당초 세금계산서를 적법하게 교부 받았음에도 그 세액을 종사업장의 매입세액을 잘못 신고한 사실이 확인되고 있으나, 주사업장과 종사업장의 부가가치세 신고내역을 총괄하여 볼 때 전체적으로는 정부에 납부하여야 할 부가가치세를 과소납부하지 아니하였음을 알 수 있고,

② 납부불성실가산세는 납부지연에 따른 지연 이자적 성격을 띠고 있고, 총괄납부사업자에게 사실상 기 납부된 세액에 대하여 각 사업장별로 과소납부나 초과환급여부 등을 개별적으로 따져 납부불성실가산세를 부과하는 것은 위에서 살펴본 총괄납부제도의 취지상 합당하지 아니하다고 할 것이다.(국심 2003구 803, 2003.6.02. 같은 뜻)

(5) 따라서, 청구법인에게 쟁점가산세를 부과함은 관련법령을 오해한 잘못된 처분이라고 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제4조 / 부가가치세법 제22조 / 부가가치세법 제70조의3 /