사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일전에 교부받은 매입세액은 불공제 대상임

[이유]

청구인은 ○○도 ○○시 ○동 ○○번지에서 병원을 운영하는 사업자로서, 사업장 이전과 부동산 임대에 공할 목적으로 ○○도 ○○시 ○동 ○○번지번지 토지를 구입한 후 2002.6.25. 청구외 법인 (주)☆☆종합건설 등과 공급대가 약 28억원의 건물(이하 "쟁점건물"이라 한다) 신축도급계약을 체결하였으나, 부동산 임대에 관한 사업자등록 신청은 2003.4.15.자에 하였다. 청구인은 쟁점건물의 80%는 병원 건물로 사용하고 20%는 부동산 임대에 사용할 계획으로 도급금액의 80%는 병원(이하 "쟁점면세사업장"이라 한다)의 사업자등록번호(○○-○○-13611)로, 도급금액의 20%는 부동산 임대 사업장(이하 쟁점과세사업장"이라 한다)의 사업자등록번호(○○-○○-85449)로 매입세금계산서를 교부받아 2003.7.25. 2003년 1기 부가가치세 신고를 하였고(환급신청세액: 42,716,048원, 2003.7.31 부가가치세 경정청구(환급신청세액: 70,162,551원)를 하였다. 처분청은 청구인이 부동산 임대 사업자등록을 신청한 날 (2003.4.15.)부터 역산하여 20일이 되는 날(2003.3.23., 이하 "공제기준일"이라 한다)이후 교부받은 매입세금계산서 중 과세예정 사용면적 비율인 20%에 해당하는 매입세액만 공제하고, 공제기준일 전에 교부받은 매입세금계산서에 대해서는 매입세액을 사업자등록 전 매입세액에 해당하는 것으로 보아 전부 매입세액 불공제하여 경정한후, 2003.8.12. 청구인에게 26,224,200원만을 환급 통보하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.9.28. 심사청구 하였다.

청구인은 과세 및 면세예정 사용면적 비율의 실지 귀속에 따라 쟁점건물의 매입세금계산서 중 약 80%는 쟁점면세사업장의 사업자등록번호로, 약 20%는 쟁점과세사업장의 사업자등록번호로 세금계산서를 교부받았는데, 처분청은 공제기준일 이후 교부받은 매입세금계산서에 대해서만 안분계산을 하여 과세 예정사용비율(20%)의 매입세액을 공제한 후 경정하여 부가가치세를 환급하였으므로 청구인이 경정청구한 부가가치세를 전액 환급하여야 한다.

청구인이 공제기준일 전에 쟁점면세사업장의 사업자등록번호로 교부받은 매입세금계산서는 사업자등록 전 매입세액으로 전부 매입세액 불공제 대상이므로 처분청이 공제기준일 이후에 교부받은 세금계산서에 대해서만 과세예정 사용면적비율에 따라 안분계산하여 경정한 당초처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점과세사업장 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일 전에 교부받은 매입세액을 불공제한 당초처분은 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 1) 부가가치세법 제5조 【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일 전이라도 등록할 수 있다.(1998.12.28 개정)

2. 같은법 제17조【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.(1999.12.28 개정)

3. 같은법시행령 제60조【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.(2000.12.29 항번개정)

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다.(2000.12.29 항번개정)

4. 같은법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×─────── 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점과세사업장의 사업자등록 신청은 2003.4.15.자에 하였고, 쟁점건물의 80%는 병원 건물로 사용하고 20%는 부동산 임대에 사용할 계획이며, 청구인은 2003.6.30까지 쟁점건물의 매입세금계산서 중 20%에 해당되는 매입세금계산서(쟁점과세사업장 사업자등록 신청 후 받은 세금계산서임, 사업자등록 신청 전에는 쟁점면세사업장 등록번호로 교부받음)를 쟁점과세사업장의 사업자등록번호로 매입세금계산서를 교부받아 2003.7.25. 2003년 1기 부가가치세 신고를 하였고 (환급신청세액 ; 42,716,048원), 2003.7.31 부가가치세 경정청구(환급신청세액: 70,162,551원)를 한 데 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 다만, 청구인은 과세예정 사용면적 비율의 실지 귀속에 따라 쟁점건물의 매입세금계산서를 쟁점과세사업장으로 교부받았는데도 처분청은 공제기준일 이후 교부받은 매입세금계산서에 대해서만 안분계산을 하여 경정한 것은 부당하므로 청구인이 경정청구한 부가가치세를 전액을 환급하여야 한다는 주장이고, 처분청은 청구인이 공제기준일 전에 쟁점면세사업장의 사업자등록번호로 교부받은 매입세금계산서는 사업자등록 전 매입세액으로 전부 매입세액 불공제 대상이고 공제기준일 이후에 교부받은 세금계산서에 대해서만 과세예정 사용면적 비율에 따라 안분 계산하여야 한다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제5조 제1항 에는 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일부터 20일 이내에 관할세무서장에게 등록하도록 규정되어 있고, 같은법 제17조 제2항 제5호에는 사업자등록 전 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니도록 규정되어 있으나, 같은호 단서 및 같은법 시행령 제60조 제8항에 의하여 사업자등록 신청일부터 역산하여 20일 이내의 매입세액은 공제받도록 규정되어 있다. 청구인은 쟁점과세사업장의 사업자등록 신청을 뒤늦게 한 관계로 쟁점 과세사업장 등록 이전의 매입세액은 전부 쟁점면세사업장 매입세액으로, 쟁점과세사업장 등록 이후 매입세액은 쟁점건물 매입세액의 20% 범위내에서 쟁점과세사업장 매입세액으로 계상한 후, 이를 실지 귀속에 따라 과세사업장에 해당되는 매입세액만 공제하였다고 주장하는 것이며, 역산하여 사업자등록 전 20일 이후 공급받은 매입세액만 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제3호 의 규정에 따라 과세예정 사용면적 비율에 따라 안분계산하여야 한다. 따라서 처분청이 전시 관련법 규정에 따라 청구인이 교부받은 매입세금계산서 중 공제기준일 이후 매입세액만 안분계산하여 공제한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관계법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 제5조 / 부가가치세법시행령 제60조 / 부가가치세법시행령 제61조 /