구분이 불분명한 과・면세겸업자에 대한 대손세액 공제 안분계산 여부

[주문] ☆☆세무서장이 2002.11.1. 청구법인에게 경정·고지한 2001년 제2기분 부가가치세 109,422,500원은, 청구법인이 ○○건설(주)로부터 공사용역을 제공받고 지급한 약속어음 중 부도처리된 약속어음 1,002,913,006원이 부가가치세 과세거래에 대한 대금결제인지 아니면 부가가치세가 면제되는 거래분에 대한 대금결제인지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 경정합니다. [이유]

• 가. 청구법인은 토목공사를 영위하는 법인으로, 2001.3.2. 부도가 발생하여 2001.11.22. 회사정리절차 인가결정을 받은 정리회사로 2004.5.7. 법인명을 당초 ◇◇산업개발주식회사에서 △△산업개발주식회사로 변경하였다.
• 나. 청구법인은 청구외 ○○건설주식회사(이하 "청구외법인"이라 한다)으로부터 2000년 10월부터 2001년 1월기간 중에 건설용역을 제공받고 부가가치세 과세분에 대하여는 공급가액 1,192,041,892원 부가가치세 119,204,184원 합계 1,311,246,076원(이하 "과세금액"이라 하다)의 매입세금계산서를 교부받고, 부가가치세가 면제되는 부분에 대하여는 1,207,422,732원(이하 "면세금액"이라 한다)의 계산서를 교부받는 등 총합계 2,518,668,808원(이상 "총거래금액"이라 한다)을 거래하고 그 대금을 약속어음을 발행하여 지급한 사실이 있으나, 그 약속어음 중 1,002,913,006원(이하 "쟁점금액"이라 한다)이 부도가 발생하였다.
• 다. 위 부도발생가 관련하여 공급자인 청구외법인은 쟁점금액에 10/110을 적용하여 계산된 91,173,910원(이하 "쟁점대손세액"이라 한다)을 대손세액으로 공제받은 사실이 있으나, 공급받은 자인 청구법인은 쟁점대손세액을 청구법인의 매입세액에 차감하여 신고·납부하여야 함에도 이를 누락하였다 하여 청구법인의 매입세액에서 쟁점대손세액을 차감하여 2002.11.1. 청구법인에게 2001년 제2기분 부가가치세 109,422,500원을 경정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.1.6. 이의신청을 거쳐 2003.9.22. 심사청구하였다.

청구외법인은 쟁점금액 전액을 부가가치세 과세분으로 하여 쟁점대손세액인 91,173,910원을 대손세액으로 공제를 받았으나, 쟁점금액에는 부가가치세 과세분 뿐만 아니라 면세분도 포함되어 있으므로, 쟁점금액을 월별로 과세금액과 면세금액을 안분계산하면 청구외법인이 대손세액으로 공제받을 수 있는 금액은 39,039,515원이므로, 청구법인에게 고지된 세액 중 청구외법인이 과다하게 공제받은 52,134,395원에 해당되는 세액은 취소되어야 한다.

쟁점금액은 전액 청구외법인의 과세금액에 해당하는 매출세금계산서 발행분에 대한 대손금액이므로 쟁점대손세액 전액을 청구법인의 매입세액에서 차감하여 이 건 경정·고지한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점대손세액 전액을 부가가치세 과세분으로 보아 청구법인의 매입세액에서 차감하여 이 건 경정·고지한 당초 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 1) 부가가치세법 제17조 의 2 [대손세액공제]

① 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 경우 공급을 받는 자의 파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유로 인하여 당해 재화 또는 용역의 공급에 대한 외상매출금 기타 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액(이하 "대손세액"이라 한다)을 그 대손의 확정이 된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 차감할 수 있다. 다만, 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 회수한 경우에는 회수한 대손금액에 관련된 대손세액을 회수한 날이 속하는 과세기간의 매출세액에 가산한다. 대손세액 ＝ 대손금액 ×110분의 10

② 제1항의 규정은 사업자가 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 대손금액이 발생한 사실을 증명하는 서류를 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 재화 또는 용역의 공급을 받은 사업자가 대손세액의 전부 또는 일부를 제17조의 규정에 의하여 매입세액으로 공제받은 경우로서 공급자의 대손이 당해 공급을 받은 사업자의 폐업 전에 확정되는 때에는 관련 대손세액상당액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매입세액에서 차감한다. 다만, 당해 사업자가 이를 차감하지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 공급을 받은 자의 관할세무서장이 경정하여야 한다.

④ 제3항 단서의 경우 제22조 제5항의 규정은 이를 적용하지 아니한다.

⑤ 제3항의 규정에 의하여 매입세액을 차감(관할세무서장이 경정한 경우를 포함한다)한 당해 사업자가 대손금액의 전부 또는 일부를 변제한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 변제한 대손금액에 관련된 대손세액을 변제한 날이 속하는 과세기간의 매입세액에 가산한다.

⑥ 제1항 내지 제3항 외에 대손세액공제의 범위 및 절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 부가가치세법 시행령 제63조 의 2 [대손세액공제의 범위]

① 법 제17조의 2 제1항에서 "파산·강제집행 기타 대통령령이 정하는 사유"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 파산법에 의한 파산(강제화의를 포함한다)

4. 회사정리법에 의한 정리계획인가의 결정 또는 화의법에 의한 화의인가의 결정으로 채권이 회수불능으로 확정된 경우

5. 상법상의 소멸시효가 완성된 경우

6. 수표 또는 어음의 부도발생일부터 6월이 된 경우. 다만, 당해 사업자가 채무자의 재산에 대하여 저당권을 설정하고 있는 경우를 제외한다.

7. 기타 이와 유사한 사유로서 재정경제부령이 정하는 것

② 법 제17조의 2의 규정에 의한 대손세액공제의 범위는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급한 후 그 공급일부터 5년이 경과된 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 제1항 각호의 사유로 인하여 확정되는 대손세액으로 한다.

③ 법 제17조의 2 제1항 본문의 규정에 의하여 공급자가 대손세액을 매출세액에서 차감한 경우 공급자의 관할세무서장은 대손세액공제 사실을 공급받는 자의 관할세무서장에게 통지하여야 하며, 법 제17조의 2 제3항 본문의 규정에 의하여 공급받은 자가 관련 대손세액 상당액을 매입세액에서 차감하여 신고하지 아니한 경우 동항 단서의 규정에 의하여 경정하여야 한다.

④ 법 제17조의 2 제1항의 규정에 의하여 대손세액공제를 받고자 하거나 법 제17조의 2 제5항의 규정에 의하여 대손세액을 매입세액에 가산하고자 하는 사업자는 제65조 제1항 제1호의 규정에 의한 부가가치세확정신고서에 재정경제부령이 정하는 대손세액공제(변제)신고서와 대손사실 또는 변제사실을 증명하는 서류를 첨부하여 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 청구외법인은 청구법인에게 공사용역을 제공하고 그 대가로 받은 청구법인의 발행 약속어음 중 쟁점금액이 2001년 제1기 중에 부도처리되자 청구외법인은 관할세무서인 □□세무서에 쟁점금액 전액이 부가가치세 과세금액에 해당하는 대손으로 보아 부도 후 6개월이 경과한 과세기간인 2001년 제2기 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 쟁점대손세액을 매출세액에서 차감하여 신고·납부하였다.

2. 청구외법인의 관할세무서장인 □□세무서장은 청구외법인의 대손세액공제 신청이 있자 이를 전액 부가가치세 과세분으로 인정하고, 2002년 9월 대손세액공제자료를 작성하여 청구법인의 관할세무서인 처분청에 과세자료 통보하였으며, 처분청은 □□세무서장의 통보내용에 따라 쟁점대손세액 전액을 청구법인의 2001년 제2기 부가가치세매입세액에서 차감하여 이건 부가가치세를 경정·고지하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

3. 쟁점금액의 부도가 발생한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼은 없으며, 다만 청구법인은 쟁점금액은 부가가치세 과세금액 뿐만 아니라 면세금액도 포함된 것이므로 이를 안분하여 청구법인의 매입세액에서 차감하여야 한다고 주장하는 반면에 처분청은 쟁점금액 전액이 부가가치세 과세금액이라고 주장한다.

4. 청구법인은 쟁점금액의 부도발생건과 관련하여 청구외법인으로부터 교부받은 매입세금계산서 및 매입계산서와 그 대금지급내역을 제출하는 바, 그 내역은 아래<표1>과 같다. <표1> (단위:공급대가,원) ┌─────┬──────────┬──────────┬──────────┬──────────┐ │ │ 세금계산서 │ 계산서 │ 합계 │ 부도어음 │ │ 일자 ├──┬───────┼──┬───────┼──┬───────┼──┬───────┤ │ │매수│ 금액 │매수│ 금액 │매수│ 금액 │매수│ 금액 │ ├─────┼──┼───────┼──┼───────┼──┼───────┼──┼───────┤ │2000.10.31│ 9 │ 768,920,672 │ 5 │ 466,739,390 │ 9 │1,235,660,062 │ 2 │ 60,904,260 │ ├─────┼──┼───────┼──┼───────┼──┼───────┼──┼───────┤ │2000.11.30│ 8 │ 243,061,177 │ 5 │ 467,040,130 │ 8 │ 710,101,307 │ 3 │ 529,101,307 │ ├─────┼──┼───────┼──┼───────┼──┼───────┼──┼───────┤ │2000.12.30│ 6 │ 298,786,780 │ 4 │ 239,353,787 │ 6 │ 538,140,567 │ 1 │ 378,140,567 │ ├─────┼──┼───────┼──┼───────┼──┼───────┼──┼───────┤ │2001.1.31 │ 1 │ 477,447 │ 1 │ 34,289,425 │ 1 │ 34,766,872 │ 1 │ 34,766,872 │ ├─────┼──┼───────┼──┼───────┼──┼───────┼──┼───────┤ │ 계 │24 │1,311,246,076 │15 │1,207,422,732 │39 │2,518,668,808 │ 7 │1,002,913,006 │ └─────┴──┴───────┴──┴───────┴──┴───────┴──┴───────┘ (가) 청구법인이 제출한 심리자료에 따르면, 청구법인이 2000.10.31. 교부받은 매입세금계산서 및 매입계산서 1,235,660,062원은 가양동 강서연립주택 및 인천정우연립주택 건축공사 등과 관련하여 교부받은 매입금액으로 그 대금결제 내역을 살펴보면, 2000.11.15.부터 2000.12.19. 기간동안 약속어음 등 15매 1,235,660,062원을 발행하였는 바, 이 중 2000.12.11. 발행한 약속어음 2매 60,904,260원이 부도발생한 것으로 나타나고, (나) 2000.11.30. 교부받은 매입세금계산서 및 매입계산서 710,101,307원은 ▷▷무영아파트 건축공사 등과 관련하여 교부받은 매입금액으로 그 대금결제 내역을 살펴보면, 2000.12.26.부터 2001.2.5. 기간동안 약속어음 7매 710,101,307원을 발행하였는 바, 이 중 2000.12.26. 및 2001.2.5. 발행한 약속어음 3매 529,101,307원이 부도발생한 것으로 나타나고, (다) 2000.12.30. 교부받은 매입세금계산서 및 매입계산서 538,140,567원은 ▷▷보라다한아파트 건축공사 등과 관련하여 교부받은 매입금액으로 그 대금결제 내역을 살펴보면, 2001.1.19. 약속어음 2매 538,140,567원을 발행하였는 바, 이 중 1매 378,140,567원이 부도발생한 것으로 나타나고, (라) 2001.1.31. 교부받은 매입세금계산서 및 매입계산서 34,766,872원은 ○○동조합아파트 건축공사와 관려하여 교부받은 매입금액으로 그 대금결제 내역을 살펴보면, 2001.2.19. 약속어음 1매 34,766,872원을 발행하였는 바 동 약속어음이 부도발생한 것으로 나타나고 있다. (마) 살피건대, 청구법인이 청구외법인으로부터 공사용역을 제공받은 것과 관련하여 부가가치세 과세금액에 대하여는 매입세금계산서를 교부받고 부가가치세 면세금액 용역에 대하여는 매입계산서를 교부받았으나, 그 대금 결제 방법으로 발행한 약속어음이 세금계산서 또는 계산서 금액과 일치하지 아니하여 부도발생한 쟁점금액의 어움이 과세금액에 해당하는지 아니면 면세금액에 해당되는지 여부가 불분명하다.

5. 한편, 당심에서는 당초 과세자료를 통보한 청구외법인의 관할세무서장인 □□세무서장에게 쟁점금액이 전액 부가가치세 과세금액에 해당하는 것으로 판단한 근거자료를 요청(2004.2.24, 문서번호 심사1과-507호)하였는바, 심리일 현재까지 그 근거자료를 제출하지 못하고 있다.

6. 판단컨대, 사업자가 재화 또는 용역을 수차에 걸쳐 공급받고 그 대금을 어음으로 지급하였으나 그 어음 중 일부가 부도가 발생한 경우 그 부도어음이 특정거래에 대한 대가임이 확인되는 때에는 당해 거래에 대한 대금지급 건에 대한 부도어음으로 보아야 할 것이나, 그 부도어음이 특정거래에 대한 대가임이 확인되지 않은 경우에는 매입채무의 발생순서대로 지급한 것으로 보아야 하는(같은 뜻, 부가46015-2113, 1998.9.21)것이고, 이건과 같이 부가가치세 과세금애과 면세금액의 매입채무가 같은 시기에 발생하고 그 대금지급 및 부도발생어음이 과세인지 면세인지 확인되지 않는 경우에는 과세금액과 면세금액을 안분하여 계산할 수 밖에 없다고 판단되는 바, 청구외법인이 쟁점금액 전액이 과세금액에 해당한다고 하여 공제신청한 쟁점대손세액이 부가가치세 과세금액인지 면세금액인지 여부를 확인하지 아니한 채, 쟁점대손세액 전액을 부가가치세 과세금액이라고 단정하여 청구법인에게 쟁점대손세액을 매입세액에서 차감하여 이 건 부가가치세를 경정·고지한 당초 처분은 잘못이라고 판단되므로, 쟁점금액이 청구법인이 제공받은 공사용역 중에 과세금액에 해당하는지 아니면 면세금액에 해당하는지 여부 등을 재조사하여 그 결과에 따라 경정하여야 한다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조의2 / 부가가치세법시행령 제63조의2 /