경정청구시 제출한 사실과 다른 세금계산서의 가산세 부과 처분의 타당 여부

[주문]

○○세무서장이 2003.6.4. 청구법인에게 경정고지한 2002년 제1기분 부가가치세 78,000,000원의 부과처분은

1. 청구법인이 충청북도 ○○군 ○○면 ○○리 196-5 소재 ○○○○기계(301-04-*, 대표 강○○)로부터 수취한 2002.2.27.자 매입세금계산서(공급가액 2,600,000,000원)에 대한 매입처별세금계산서합계표불성실가산세 및 신고불성실가산세를 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다. [이유]

청구법인은 경기도 ○○시 ○○면 ○○리 383-19에서 강화플라스틱 제조업을 영위하는 법인사업자로서 2002년 제1기 과세기간 중 충북 ○○군 ○○면 ○○리 196-5 ○○○○기계(301-04-*, 대표 강○○, 이하 "쟁점업체"라 한다)로부터 사업용 고정자산인 기계매입과 관련하여 2002.2.27자 매입세금계산서 1매(공급가액 2,600,000,000원, 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받고 2002년 제1기 예정 부가가치세 신고당시에는 이를 누락하였다가 2003.1.6. 이에 대한 매입세액 260,000,000원을 청구인의 매출세액에서 공제하여 부가가치세 경정청구를 하였다. 처분청은 위 경정청구에 대한 현지확인 조사결과 청구법인이 쟁점업체로부터 실물거래 없이 세금계산서를 수취한 사실을 확인하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그에 대한 매입세액을 공제하지 아니하고 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세와 신고불성실가산세를 부과하여 2003.6.4. 청구법인에게 2002년 제1기분 부가가치세 78,000,000원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.6.23. 이의신청을 거쳐(2003.7.14. 기각결정) 2003.9.24. 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은 쟁점업체에서 기계를 구입함에 있어서 쟁점업체가 총체적인 책임을 지고 청구법인에게 기계를 납품하기로 약속하여 다른 회사에서 들여오는 제품은 그때마다 청구법인이 대금결제를 해주고 그에 따른 세금계산서는 쟁점업체에서 총괄하여 26억원의 세금계산서를 발행하여 청구법인에게 발송한 것이며, 당초 2002년 제1기 예정신고당시 쟁점업체가 청구법인에게 입고된 기계에 대한 쟁점업체의 매입세금계산서가 정리되지 아니하여 쟁점세금계산서를 신고하지 말라고 하여 청구법인이 이를 믿고 누락하였다가 2003.1.6. 경정청구를 하면서 신고하게 된 것으로, 청구법인은 쟁점업체로부터 실제로 기계를 구입하고 쟁점세금계산서를 수취한 것이 사실임에도 처분청이 이에 대한 매입세액을 불공제하고 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

쟁점업체는 쟁점세금계산서의 공급가액을 매출로 신고하지도 아니하였으며, 쟁점업체의 실질사업자인 청구외 목○○에게 확인한바 쟁점업체는 ○○○○(주)(이하 "청구외법인"이라 한다)로부터 820백만원(부가가치세 별도)에 기계납품의 도급을 받은 것으로 그 대금 중 550백만원은 어음으로 받고 270백만원은 미수상태임이 확인되었으며, 또한 청구법인은 청구외법인과 동일한 장소에 있고 대표자도 특수관계자인 관계로 거래처에서 거래명세서 작성당시 착오로 도급자를 청구외법인으로 작성한 것이라고 주장하나, 기계설치 지연으로 인해 쟁점업체로 발송된 최고서를 보면 발신자가 청구외법인으로 되어 있음이 확인되는 등 청구주장은 신빙성이 없으므로 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 그에 대한 매입세액을 불공제하고 가산세를 부과한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 부가가치세 경정청구시 제출한 쟁점세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액공제를 부인하고 가산세를 부과한 처분이 타당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴본다.

○ 부가가치세법 제17조 (납부세액)

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 요역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액을 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법시행령 제60조 (매입세액의 범위)

① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

1. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 제64조 제2항 제3호의 규정에 의한 신용카드매출전표수취명세서(괄호 생략)를 국세기본법시행령 제25조 제1항 의 규정에 의하여 과세표준수정신고서와 함께 제출하는 경우 1의2. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표수취명세서를 국세기본법시행령 제25조 의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우 1의3. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표 또는 신용카드매출전표수취명세서를 국세기본법시행령 제25조 의 4의 규정에 의한 기한후 과세표준신고서와 함께 제출하여 관할세무서장이 결정하는 경우 1의4. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표의 거래처별등록번호 또는 공급가액이 착오로 사실과 다르게 기재된 경우로서 교부받은 세금계산서에 의하여 거래사실이 확인되는 경우

○ 부가가치세법 제22조 (가산세)

④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2하의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우, 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하여 기재하여 신고한 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

○ 부가가치세법시행령 제70조 의 3 (가산세)

⑤ 법 제22조 제4항 제2호에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 제60조 제1항 제1호 및 제1호의 2 내지 제1호의 4의 경우를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 ○○자동차 협력업체로서 버스후레임 및 소방차를 생산하다가 이를 반납하고 새로운 업종인 문과 문틀을 생산하기 위하여 강화프라스틱 성형시스템을 도입하면서 쟁점업체로부터 기계매입과 관련하여 공급가액 2,600,000,000원의 2002.2.27자 매입세금계산서 1매를 수취하고 2002년 제1기 예정 부가가치세 신고당시에는 이를 신고누락하였다가 2003.1.6. 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 260,000,000원을 청구인의 매출세액에서 공제하여 부가가치세 경정청구를 하였음이 국세청 전산조회자료 및 쟁점세금계산서 등에 의하여 확인된다.

② 처분청은 위의 부가가치세 경정청구에 대한 현지확인 조사결과 청구법인이 쟁점업체로부터 실물거래 없이 세금계산서를 수취한 사실을 확인하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 그에 대한 매입세액을 공제하지 아니하고 세금계산서합계표 불성실가산세와 신고불성실가산세를 부과하여 청구법인에게 이 건 부가가치세를 과세하였음이 처분청의 경정청구 현지확인복명서 및 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다.

③ 이에 대하여 청구법인은 쟁점업체가 총체적인 책임을 지고 청구법인에게 기계를 납품하기로 약속하여 청구법인이 쟁점업체로부터 기계를 구입하고 쟁점세금계산서를 수취한 것이며, 당초 2002년 제1기 예정신고시 쟁점업체가 위 기계에 대한 쟁점업체의 매입세금계산서가 정리되지 아니한 관계로 청구법인에게 쟁점세금계산서를 신고하지 말라고 부탁하여 이를 누락하였다가 2003.1.6. 경정청구를 하면서 신고하게 된 것으로, 청구법인은 쟁점업체로부터 실제로 기계를 구입하고 쟁점세금계산서를 수취한 것이 사실임에도 처분청이 그 매입세액을 불공제하고 가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 먼저 청구법인이 쟁접업체로부터 실제로 공급가액 2,600백만원의 기계를 구입하고 정당하게 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 보아 이에 대한 매입세액을 공제할 수 있는지 여부에 대하여 살펴보면, 첫째, 청구법인은 쟁점업체가 2000.11.30.자로 작성한 견적서를 제시하면서 쟁점업체와 실지로 거래한 것이라고 주장하고 있으나, 동 견적서를 보면 7개의 기계장치 SET별로 각각의 견적이 첨부되어 있고 각 SET별 납품기간은 60일, 80일, 120일로 되어 있으며 총공급가액은 2,763,372,340원으로 되어 있음에도 쟁점세금계산서를 견적일로부터 1년 3개월이 지난 2002.2.27.자로 작성되고 그 공급가액도 2,600,000,000원으로 되어 있음이 확인된다. 둘째, 처분청의 청구인법인의 경정청구에 대한 현지확인 복명서를 보면, 청구법인은 당초 부가가치세 경정청구당시 계약서를 분실하였다고 주장하면서 위 견적서를 첨부하여 환급신청을 하였으며, 대금은 수표 및 어음과 현금으로 2,860백만원(미지급 70백만원)을 지급하였다고 하면서 이에 대한 수표이서내역 및 통장인출내역 등 지급증빙을 제시하지 아니하였음이 확인되고, 청구법인은 당초 청구법인 명의로 이서된 것으로 되어 있는 어음사본 6매(550백만원)를 제시하였으나 실제로 당해 어음에는 청구법인이 아닌 청구외법인이 이서한 사실이 ○○은행 ○○지점장이 발행한 어음배서확인서에 의하여 확인되므로 청구법인은 당초 위조한 어음사본을 대금지급증빙으로 제출한 사실이 확인되고 있다. 셋째, 또한 쟁점업체는 2001.9.13. 청구외법인과 공급가액 820백만원의 기계를 납품하기로 계약하고 청구외법인에 기계를 납품하였음이 쟁점업체와 청구외법인 사이에 작성한 계약서 및 동 기계의 납품과 관련하여 쟁점업체의 실질대표인 청구외 목○○이 2002.2.5. 작성한 기계설치에 대한 이행각서, 청구외법인이 2002.10.7. 쟁점업체에게 발송한 최고서에 의하여 확인되고, 그 외 청구법인은 쟁점업체가 아닌 4개 업체(○○정밀, ○○기공, ○○기계공업, ○○기계)에서 공급가액 219,062,500원의 기계장치를 구입한 사실이 계약서 및 입금표와 처분청의 조사복명서에 의하여 확인되므로 쟁점업체가 청구법인에게 쟁점세금계산서의 공급가액에 상당하는 기계를 납품한 사실은 없다고 할 것이다. 넷째, 아울러 처분청의 조사당시 쟁점업체의 실대표인 청구외 목○○은 기계납품과 관련한 발주자는 청구외법인이며 계약금액은 820백만원(부가가치세별도)으로 그 대금 중 550백만원은 어음으로 지급받았으나 270백만원은 현재 미수상태이고, 쟁점세금계산서는 2002.2.27. 청구법인이 쟁점업체의 사무실 여직원을 통해서 받아간 것이라고 진술한 사실이 처분청의 조사복명서에 의하여 확인되고 있어 청구법인은 쟁점업체와 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수취한 것이라고 보여진다. 다섯째, 한편 청구법인은 위에서 제시한 서류외에 달리 청구법인이 쟁점업체로부터 실제로 기계를 구입하고 쟁점세금계산서를 수취한 것임을 입증할만한 객관적이고 신빙성 있는 증빙자료를 제시하지 못하고 있어 청구법인이 제시한 자료만으로 쟁점세금계산서가 정당한 거래에 따른 매입세금계산서라고 보기는 어렵다고 판단된다. 여섯째, 따라서 청구법인이 쟁점업체로부터 수취한 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서로 인정되지 아니하므로 이에 대한 매입세액을 청구법인의 매입세액으로 공제하기는 어렵다고 할 것이고, 설령 당시 청구법인이 실제로 기계를 구입한 사실이 있다고 하더라도 실물을 구입한 업체가 아닌 쟁점업체에서 수취한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 이에 대한 매입세액은 공제할 수 없다고 할 것이다.

② 다음으로 청구법인이 경정청구시 제출한 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 공제를 부인하며 이에 대하여 매입처별세금계산서합계표를 예정신고 또는 확정신고시 제출하지 아니하거나 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부를 기재하지 아니하거나 사실과 다르게 기재한 경우 및 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때에는 그 공급가액의 2%(법인사업자의 경우)에 상당하는 금액을 가산세로 부과하고, 예정신고 또는 확정신고기간 내에 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 또는 초과하여 신고한 환급세액의 10%에 상당하는 금액을 가산세로 부과한다고 규정되어 있다. 둘째, 위 규정에 의한 가산세는 사업자가 부가가치세법의 규정에 의한 예정신고 또는 확정신고시에 정당하게 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 정당하게 신고하지 아니한 경우에 적용하는 것으로 부가가치세 경정청구에 대하여는 위 가산세 규정을 적용할 수 없는 것이며, 또한 경정청구에 대하여 따로 가산세의 부과를 정한 어떠한 규정도 없으므로 이 건과 같이 부가가치세 경정청구에 대하여는 가산세를 부과할 수 없다고 할 것이다.(구 재무부 소비 22601-432, 1989.4.1.) 셋째, 따라서 쟁점세금계산서를 예정신고나 확정신고시 제출된 것이 아니라 경정청구시 제출된 것으로 부가가치세법에 의한 정당한 세금계산서에 해당하지 아니하여 처분청이 이에 대한 매입세액을 공제하지 아니하였으므로, 이에 대하여는 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세와 신고불성실가산세를 부과하지 아니함이 타당하다고 판단된다.

③ 위의 사실관계 등을 종합하여 보면, 청구법인이 쟁점업체로부터 수취하여 부가가치세 경청청구시 제출한 쟁점세금계산서를 부가가치세법의 규정에 의한 정당한 세금계산서로 인정되지 아니하므로 이에 대한 매입세액을 공제하기는 어렵다고 할 것이나, 청구법인은 예정신고나 확정신고시 쟁점세금계산서를 제출하여 매입세액공제를 받은 것이 아니라 경정청구시 이를 제출하여 환급신청한 것이므로 이에 대하여는 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세와 신고불성실가산세를 부과할 수 없다고 할 것이다.

(3) 그러하다면, 처분청에서 청구법인이 실물거래 없이 수취한 쟁점세금계산서에 근거하여 부가가치세 경정청구를 한데 대하여 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 공제하지 아니한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이나, 매입처별세금계산서합계표 불성실가산세와 신고불성실가산세를 부과하여 청구법인에게 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 관련 법령을 오해한 잘못이 있다고 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제22조 / 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법시행령 제60조 / 부가가치세법시행령 제70조의3 /