상호합의로 인한 부동산매매계약 변경시 잔금일이 이연된 때 매입세액공제 여부

○○세무서장이 2002.12.13. 청구인의 2002.10월 월별 부가가치세 영세율 등 조기환급 신고세액 60,069,500원 중 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 고제한 13,333,333원과 신고불성실가산세 1,333,333원을 차감하여 45,402,834원을 환급한 처분은,

1. 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제한 13,333,333원을 매입세액으로 공제하고,

2. 신고불성실가산세로 공제한 1,333,333원은 이를 매입처벌세금계산서합계표 미제출가산세로 공제하여 환급세액을 경정합니다.

청구인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지에서 프라스틱 사출성형제품 제조업을 영위하는 개인사업자이며, ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지 1필지 대지 4,793㎡와 공장건물 4,270.42㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 청구의 ○○○(○○물산, 사업자등록번호 000-00-00000)과 매매계약을 2002.04.15. 체결한 후 매매대금을 지급하고 2002.10.31. 매입세금계산서 1건 공급가액 600,000,000원(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)을 교부받아 2002.10월 월별 부가가치세 영세율 등 조기환급신청서에 부가가치세 60,069,500원을 환급세액으로 신고하였다. 처분청은 정점부동산의 총매매대금 1,800,000,000원중 계약금과 중도금에 해당하는 400,000,000원을 재화의 공급시기와 쟁점세금계산서의 세금계산서 교부시기가 서로 다른 매입세금계산서로 보아 환급신고세액 중 공장건물분에 대한 매입세액 13,333,333원을 미환급하고 2002.12.13. 나머지 부가가치세 45,402,834원을 환급 결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.03.11. 이의신청을 거쳐 2003.07.15. 심사청구를 하였다.

(1) 청구인은 청구의 ○○○과 부동산매매계약서를 2002.04.15. 체결하면서 계약금 2억원 2002.05.25. 중도금 1억원, 2002.06.15. 잔금 15억원(현금 1억원, 은행부채 14억원 인수)을 지급하는 조건으로 계약을 체결하였으나, 은행부채정리가 이루어지지 아니하여, 청구의 ○○○과 잔금 14억원(은행부채)에 대한 정리기간을 2002.11.15.까지로 연장하기로 합의하고 지연합의서를 2002.07.01. 작성하였다.

(2) 지연합의서에 2002.06.15.이후 발생하는 모든 채무관계 및 각종 세무관련 내용에 대하여 100% 책임(은행이자, 종합토지세, 재산세, 기타관련세금)을 지며, 완전 인수시까지 소유권에 대한 어떠한 훼손 및 변경할 권리가 없으며, 2002.11.15.까지 의무를 실행하지 않을 경우에는 계약금(4억원), 은행채무에 대한 이자 지급이자 및 세금 납부금액은 무효가 되며 돌려달라는 청구를 할 수 없다라는 합의서를 작성하였다.

(3) 상기와 같이 당초 계약조건이 이루어지지 아니하여 상포 합의하에 당초 부동산매매계약을 변경하고 매매계약의 변경으로 잔금일이 부득이 이연되었으므로 계약서상 잔금일인 2002.10.31 교부받은 매입세금계산서는 정상적인 거래로 보아 관련된 매입부가가치세를 공제하여야 함에도, 처분청은 계약변경전 계약금 지급일 등을 기준으로 부가가치세법시행령 제21조 제1항 제4호 의 규정에 의한 공급시기를 중간지급조건부 매매계약으로 판단하여 대가의 각 부분을 받기로 한때로 보아 관련된 매입부가가치세를 공제하지 않는 것은 부당하므로 취소하여야한다.

당초 환급조사시 제출한 부동산매매계약서의 내용대로 2002.04.15. 계약금 2억원, 2002.05.15. 1차 중도금 1억원, 2002.06.15. 2차 중도금 1억원, 20002.10.30. 잔금 및 부가가치세 1,460백만원을 지급한 것으로 확인되므로, 부동산매매계약 체결일과 잔금지급일까지의 기간이 6월을 초과하고 있고 계약금 이외에 2회이상 분할하여 지급한 것으로 확인되므로 이는 중간지급조건부 매매계약으로 각각 대금을 지급하기로 한 때를 공급시기로 보아 환급을 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산에 대한 매매대금중 선급금에 대한 매입세금계산서 수취시기와 공급시가가 서로 다른 것으로 보아 환급거부한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제9조 【거래시기】 ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호(재화의 인도)와 제2호(재화의 이용가능한 때)의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정의 의한 세금계산서 또는 제32조 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 같은 법시행령 제21조 【재화의 공급시기】 ①법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

4. 완성도기준지급 또는 중간지급조건부로 재화를 공급하거나 전력 기타 공급단위를 구획할 수 없는 재화를 계속적으로 공급하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때

(3) 같은 법시행규칙제9조 【재화 또는 용역의 공급시기】 영 제21조 제1항 제4호 및 영 제22조 제2호에 규정하는 중간지급조건부로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 1.재화가 인도되기 전 또는 재화가 이용 가능하게 되기 전이거나 용역의 제공이 완료되기 전에 계약금 이외의 대가를 분할하여 지급하는 경우로서 계약금을 지급하기로 한 날부터 잔금을 지급하기로 한 날까지의 기간이 6월 이상인 경우

(4) 같은 법 제17조 2【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1-2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항” 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(5) 같은 법법시행령 제60조 【매입세액의 범위】 ② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급 시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

(6) 같은 법제22조 【가산세】 ④ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 매입처벌세금계산서 합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1. 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의 2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 EH는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우, 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때

(7) 같은 법시행령 제70조의 3 【가산세】 ④ 법 제22조 제4항 제1호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 재점부동산의 총매매대금 1,800,000,000원(건물가액 600백만원, 부가가치세 별도) 중 계약금과 중도금에 해당하는 400,000,000원은 중간지급조건 부거래에 해당하여 각부분을 받기로 한때에 세금계산서 교부받아야하나, 청구인이 2002.10.31.자 매입세금계산서에 이를 포함하여 교부받은 것은 서로 사실과 다른 매입세금계산서로 보아 2002.10. 월별 부가가치세 영세율 등 조기환급신청서의 환급신고세액 중 공장건불분에 대한 매입세액 13,333,333원을 미환급하고, 2002.12.13. 나머지 부가가치세 45,402,834원을 환급결정한 것으로 환급결정결의서에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 매매계약 변경으로 잔금일이 부득이 이연되었으므로 새로운 계약서에 의하여 공급시기를 판단하여야 하므로 매매계약서상 잔금청산일인 2002.10.31. 교부받은 매입세금계산서는 정상적인 거래로 보아 관련매입세액을 전액 환급하여야 함에도 처분청이 계약변경전 계약금지급일 등을 기준으로 부가가치세법 제21조 제1항 제4호 의 규정에 의한 공급시기를 대가의 각 부분을 받기로 한때로 보아 계약금 및 중도금과 관련된 매입부가가치세를 환급하지 아니한 것은 부당하다.

(3) 반면, 처분청은 당초 환급조사시 제출한 부동산매매계약서의 내용대로 2002.04.15. 계약금 2억원, 2002.05.15. 1차 중도금 1억원, 2002.06.15. 2차 중도금 1억원, 2002.10.30. 잔금 및 부가가치세 1,460백만원을 지급한 것으로 확인되므로, 부동산매매계약서상 계약금지급일로부터 잔금지급일까지의 기간이 6월을 초과하고 있고, 계약금 이외에 2회이상 분할하여 지급한 것으로 확인되므로 이는 중간 지급조건부 매매계약으로 각각 대금을 지급하기로 한 때를 공급시기로 보아 사실과 다른 매입세금계산서라하여 환급을 거부한 처분은 정당하다는 의견이다.

(4) 청구인은 청구의 ○○○과 부동산매매계약서를 2002.04.15. 체결하면서 계약금 2억원, 2002.05.25. 중도금 1억원, 2002.06.15. 잔금 15억원(현금 1억원, 은행 부채인수 14억원)을 지급하는 조건으로 계약을 체결하였으나, 은행부채정리가 되지 아니하여, 2002.06.15. 잔금중 현금지급분 1억원을 지급하고 청구의 ○○○과 공장매매계약지연합의서를 2002.07.01. 작성하여 잔금 14억원(은행부채 정리할 금액)에 대하여 정리기간을 2002.11.15.까지 연장하기로 합의하였고, 동합의서에 2002.06.15. 이후 발생하는 모든 채무관계 및 각종 세무관련 내용에 대하여 100% 책임(은행이자, 종합토지세, 재산세, 기타관련세금)을 지며, 완전 인수시까지 소유권에 대한 어떠한 훼손 및 변경할 의무가 없으며, 2002.11.15.까지 의무를 실행하지 않을 경우에는 계약금(4억원), 채무관계에 따른 이자 및 세무관련 납부금액을 돌려달라는 청구를 할 수 없다라는 합의를 하면서, 새로운 계약서를 작성하였다면서 잔금청산일을 2002.10.31.로 되어 있는 새로운 계약서를 심리자료를 제출하고 있다.

(5) 청구인이 제출한 계약서 및 지연합의서가 심리자료로서의 신빙성이 있는지 살펴보면, 청구인과 청구외 ○○○이 작성한 당초 계약서는 계약기간이 2개월에 불과하다 은행융자가 정리되지 아니하였음이 확인되고, 2002.07.01. 작성한 합의서에서 2002.06.15. 이후의 이자를 부담하기로 약정한 바와 같이 청구인은 청구인의 ○○은행계좌(000-000000-00-000)에서 2002.07.15.이자 9,274,521원, 2002.08.14. 이자 9,274,521원, 2002.09.11. 이자 8,975,343원, 2002.10.14. 이자 9,274,521원을 폰뱅킹으로 양도자 ○○○에게 송금한 사실이 확인되고, 쟁점부동산 등기부등본을 보면 ○○은행 ○○지점이 채무자 ○○○으로하여 설정하였던 2,160백만원 (실채무 14억원)의 근저당권을 2002.10.30.에 해제하고, ○○ ○○시 ○○지점에서 채무자를 ○○○로하여 채권최고액 1,920백만원(실채무 14억원)으로 하여 2002.10.30. 설정하고 대출하여 청구의 ○○○의 은행부채를 상환한 것으로 확인되는 바, 매매계약서 내용과 청구인의 계좌에서 잔금14억원의 이자를 지급한 점으로 볼 때 청구인이 제출한 부동산매매지연합의서는 신빙성이 있는 것으로 인정된다.

(6) 계약내용의 변경으로 중간지급조건부에 해당하는 경우 당초 재화의 공급시기는 각부분의 대가를 받기로 한 때이나, 당초 받은 선수금에 대하여는 계약변경일을 공급시기로 보는 것(같은 뜻 부가46015-1555, 97.07.10.)이므로 청구인의 경우 4억원(토지 및 건물 선급금)의 공급시기는 2002.07.01.로 보아야 하나, 청구인은 2002.10.31. 건물분 공급가액 600,000,000원에 포함된 세금계산서를 수취하여 부가가치세 환급을 신청하였다. 따라서 이는 부가가치세법시행령 제60조 제2항 제3호 의 규정에 의거 재화의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해하고, 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우에는 매입세액을 공제하는 것이고, 부가가치세법시행령 제70조 의 3 제4항의 규정에 의거 매입처별세금계산서 합계표불성실가산세만 과세(같은 뜻 국심2002중3422, 2003.05.16.)하는 것임에도 동 선급금에 대한 매입부가가치세를 미환급한 처분은 법리를 오해한 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 일부이유 있으므로 기본법 제65조 제1항 제2호 및 3호의 규정에 의하여 주문과 결정한다.