매입한 중고자동차 취득가액을 재활용폐자원 매입세액으로 공제할 수 있는지

[이유]

청구인은 2001.10.1. ○○시 △△구 △△동 ○○ △△△오피스텔 ○○호에서 "이지무역"이라는 상호로 중고자동차 무역업을 영위하던 사업자(2002.10.18. ○○시 △△구 △△동 ○○ △△빌딩 지층 ○○호로 사업장을 이전한 후 2003.3.20. 폐업함)로서 2001년 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 신고시 조세특례제한법 제108조 [재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례]의 규정에 의하여 163,610,648원의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구인에 대한 조사결과, 청구인은 중고자동차를 원소유자로부터 직접 매입한 것이 아니라 전국의 중고자동차 매집인을 통하여 매입하였음을 청구인에 대한 문답서를 통해 밝혀내고, 청구인이 신고한 위 매입세액 중 159,707,073원을 매출세액에서 공제하지 아니하여 2001년 제2기분 부가가치세 32,725,990원과 2002년 제1기분 부가가치세 142,951,780원, 합계 175,677,770원(가산세 포함금액)을 2002.10.2. 청구인에게 경정·고지하였으며, 이에 대해 청구인은 처분청에 2003.1.6. 이의신청을 하였고, 처분청은 청구인이 중고자동차 원소유자들로부터 직접 우편에 의하여 개별적으로 수보받은 거래사실확인서 98건 취득가액 192,600,000원(매입세액 해당액 17,509,091원) 중 거래상대방이 일반사업자 또는 법인사업자로 확인된 12건 취득가액 23,050,000원과 청구대상이 아니라고 본 2002년 6월분 18건 취득가액 35,300,000원을 제외한 나머지 68건 취득가액 134,250,000원에 대하여는 2003.2.13. 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액으로 공제함이 타당하다는 내용의 이의신청결정을 함과 아울러 2001년 제2기분 매입세액은 3,150,909원을, 2002년 제1기분 매입세액은 9,053,636원을 각각 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 감액경정하였다(가산세를 포함한 감액 경정 후 부가가치세 고지세액 및 이 건 청구세액은 2001년 제2기분 29,259,990원과 2002년 제1기분 132,992,780원, 합계 162,252,770원임). 청구인은 이에 불복하여 2003.5.10. 이 건 심사청구를 하였다.

청구인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다.

(1) 처분청은 2002년 6월분 부가가치세 조기환급 신고분 매입세액 39,562,580원을 환급하지 아니하였음에도 환급한 것으로 잘못 계산하여 2002년 제1기분 부가가치세 고지세액에 포함되었으므로 이를 가액하여야 한다.

(2) 중고자동차를 수집하여 수출하는 과정에서 차량을 대량으로 수집하여야 하고, 각 개인을 상대로 매입하는 것은 매매정보 등의 현실적인 어려움이 있어 일부 직접매입 이외에 중고자동차 매집인 등에게 알선수수료를 지급하고 차량을 매입하였으나, 이는 실질적으로 원소유자들로부터 차량을 직접 매입한 것이므로 이와 관련된 취득가액은 재활용폐자원 등에 대한 매입세액으로 공제하여야 하며, 설사, 중고자동차 취득가액 전체를 재활용폐자원 등에 대한 매입세액으로 공제하지 아니한다 하더라도, 원소유자들로부터 실제 거래한 사실이 직접 확인된 116건 취득가액 193,250,000원(매입세액 해당액 17,568,182원)에 대해서는 재활용폐자원 등에 대한 매입세액으로 공제하여야 한다.

이에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

(1) 2002년 6월분 부가가치세 조기환급 신고분 매입세액 39,562,580원을 환급하지 아니하였음에도 환급한 것으로 잘못 계산하여 2002년 제1기분 부가가치세 고지세액에 포함된 사실이 확인되어 청구인의 사업장 이전 후 관할 ○○세무서장에게 직권 경정감하도록 통보하였다.

(2) 청구인에 대한 조사시 청구인의 문답서에 의하면, 청구인은 중고자동차를 원 소유자들로부터 직접 매입하지 아니하고 매집인들로부터 매입하고 계약서만 원 소유자들로부터 매입한 것으로 작성하였으므로 관련 취득가액은 조세특례제한법 제108조 및 같은 법 시행령 제110조에 의한 재활용폐자원 매입세액 공제대상으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은

(1) 청구인의 2002년 6월분 부가가치세 조기환급 신고분 39,562,580원이 청구인에게 환급되지 아니한 상태에서 고지세액에 포함되었는지의 여부와

(2) 청구인이 매입한 중고자동차 취득가액에 대해 재활용폐자원 매입세액으로 공제할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다 할 것이다.

• 나. 관련법령

○ 조세특례제한법 제108조 [재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례]

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 조세특례제한법 시행령 제110조 [재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액공제 특례]

① 법 제108조 제1항에서 "기타 대통령령이 정하는 자"라 함은 부가가치세과세 사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

② 법 제108조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라함은 재활용폐자원 및 중고품(이하 이 조에서 "재활용폐자원등"이라 한다)의 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

4. 제4항 제8호의 중고자동차를 수출하는 자

④ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원등의 범위는 다음과 같다.

8. 자동차관리법에 의한 자동차(중고자동차에 한한다)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구인은 2001.10.1. ○○시 △△구 △△동 ○○ △△△오피스텔 ○○호에서 "이지무역"이라는 상호로 중고자동차 무역업을 영위하던 사업자(2002.10.18. ○○시 △△구 △△동 ○○ △△빌딩 지층 ○○호로 사업장을 이전한 후 2003.3.20. 폐업함)로서 2001년 제2기분 및 2002년 제1기분 부가가치세 신고시 조세특례제한법 제108조 [재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제특례]의 규정에 의하여 163,610,648원의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였음이 국세통합전산망에 의하여 확인된다.

② 처분청은 청구인에 대한 조사결과, 청구인은 중고자동차를 원소유자로부터 직접 매입한 것이 아니라 전국의 중고자동차 매집인을 통하여 매입하였음을 청구인에 대한 문답서를 통해 밝혀내고, 청구인이 신고한 위 매입세액 중 159,707,073원을 매출세액에서 공제하지 아니하여 2001년 제2기분 부가가치세 32,725,990원과 2002년 제1기분 부가가치세 142,951,780원, 합계 175,677,770원을 2002.10.2. 청구인에게 경정·고지하였음이 이 건 조사복명서 및 부가가치세경정결의서 등에 의해 확인되며,

③ 이에 대해 청구인은 처분청에 2003.1.6. 이의신청을 하였고, 처분청은 청구인이 중고자동차 원소유자들로부터 직접 우편에 의하여 개별적으로 수보받은 거래사실확인서 98건 취득가액 192,600,000원(매입세액 해당액 17,509,091원) 중 거래상대방이 일반사업자 또는 법인사업자로 확인된 12건 취득가액 23,050,000원과 청구대상이 아니라고 본 2002년 6월분 18건 취득가액 35,300,000원을 제외한 나머지 68건 취득가액 134,250,000원에 대하여는 2003.2.13. 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액으로 공제함이 타당하다는 내용의 이의신청결정을 함과 아울러 2001년 제2기분 매입세액은 3,150,909원을, 2002년 제1기분 매입세액은 9,053,636원을 각각 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 감액 경정하였음이 청구인의 이의신청서 및 처분청의 이의신청결정서와 부가가치세재경정결의서 등에 의해 확인된다.

(2) 이 건 심사청구의 쟁점①에 대해 살펴본다.

① 청구인은 2002년 6월분 부가가치세 조기환급 신고분 매입세액 39,562,580원을 환급하지 아니하였음에도 환급한 것으로 잘못 계산하여 2002년 제1기분 부가가치세 고지세액에 포함되었으므로 이를 감액하여야 한다고 주장하고 있고,

② 이에 대해 처분청은 2002년 6월분 부가가치세 조기환급 신고분 매입세액 39,562,580원을 환급하지 아니하였음에도 환급한 것으로 잘못 계산하여 2002년 제1기분 부가가치세 고지세액에 포함된 사실이 확인되어 청구인의 사업장 이전 후 관할 ○○세무서장에게 직권 경정감하도록 통보하였다는 의견이며,

③ 당심에서 국세통합전산망에 의해 확인바 바에 의하면, 처분청이 ○○세무서장에게 통보한 경정감 의뢰 공문에 의해 ○○세무서장은 2003.5.26. 청구인이 환급받지 아니한 2002년 6월분 조기환급 신고분 39,562,580원을 청구인의 2002년 제1기분 부가가치세 경정금액에서 감액경정하였음이 학인되고 있는 바, 이는 불복대상 처분이 존재하지 아니하므로 이에 대한 심리는 생략한다.

(3) 이 건 심사청구의 쟁점②에 대하여 살펴본다.

① 관련법령에 의하면, 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체, 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자, 부가가치세 간이과세자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다규정하고 있다.

② 청구인은 매집상으로부터 중고차량의 알선을 받고 원소유자들로부터 중고자동차를 매입한 근거로 매집상 4인의 확인서, 원소유자들에게 차량대금을 송금하였다는 ○○은행 계좌사본을 제시하고 있으므로 이에 대해 살펴보면, 자동차 매집상 4인의 확인서에 의하면, 청구인에게 수출용 중고자동차를 매입하여 주는 일을 하고 있고, 중고차량을 구입할 때 중고자동차가 진열된 장소에서는 차량의 원소유자를 만날 수 없기 때문에 계약서는 사후에 사무실에서 작성하였으며, 구입한 자동차 금액의 4%를 실적급수수료로 청구인으로부터 지급받고 있다고 기재되어 있 어서 청구인이 중고자동차를 원소유자들로부터 직접 구입한 사실을 확인되지 않고 있 고, 청구인의 ○○은행 계좌사본을 살펴보면, 송금받는 자의 성명과 인적사항이 나타나지 아니하여 중고자동차의 원소유자인지의 여부를 확인할 수 없어서 청구인이 중고자동차를 원소유자들로부터 매입하고 그 대가로 송금한 것인지의 여부를 확인할 수 없다. 따라서, 청구인이 제시한 매집상의 확인서 및 은행 계좌사본만으로는 청구인이 원소유자들로부터 중고자동차를 직접 구입하였다고 보기가 어렵고, 오히려 매집상으로부터 매입한 것으로 보이며, 청구인에게 중고자동차를 판매한 매집상들은 비록 사업자등록을 하지 않았으나 부가가치를 창출해 낼 수 있는 정도의 사업형태를 갖추고 계속적·반복적인 의사로 사업상 독립적으로 재화를 공급하는 자들로 보아야 할 것이고, 동 매집상들은 사업자등록을 하지 아니하고, 사업을 영위하는 자들이므로 과세관청이 이들 매집상의 1년간의 공급대가나 최초사업개시 시기 등을 파악하기도 어려운 실정에서 일일이 그 규모를 가려내어 간이과세자나 일반과세자로 분류할 수도 없는 것이고 보면, 동 매집상들은 계속적·반복적 거래형태와 거래대상이 특정되지 않은 사실 등으로 보아 실질사업형태는 일반과세자와 동일하다고 봄이 상당하다 할 것이므로 동 매집상들로부터 구입한 중고자동차에 대하여는 재활용폐자원 매입세액 공제대상으로 볼 수 없다할 것이다(국심99서2362, 2000.5.6. 같은 뜻임).

③ 한편, 청구인은 원소유자들로부터 중고자동차를 직접 매입하였음을 증명하는 서류로 원소유자들로부터 직접 확인받은 거래사실확인서를 제출하고 있으므로 이에 대해 살펴보면, 동 거래사실확인서를 살펴보면, 청구인이 중고자동차 원소유자들에게 우편으로 거래사실 여부를 확인하는 서류를 개별적으로 발송하고, 이에 중고자동차 원소유자들은 주소, 성명, 주민등록번호, 차종, 차량번호, 판매일자, 매매대금을 기재하고 본인의 인장을 날인하여 청구인에게 우편으로 송부한 것으로 나타나고 있고, 처분청의 청구인에 대한 문답서에 의하면 청구인은 고정급 직원 3명과 능력급 직원 8명을 고용한 것으로 나타나고 있어서 청구인은 수출용 중고자동차를 능력급 직원(매집상)에게만 매입한 것이 아니라, 직원을 고용하여 중고자동차를 구매한 것으로 나타나고 있는 바, 청구인이 제시한 거래사실확인서는 거래상대방의 확인에 의한 객관적인 증빙으로 볼 수 있다 할 것이며, 청구인이 제시한 거래사실확인서 116건 취득가액 193,250,000원(매입세액 해당액 17,568,182원)에 대하여 국세통합전산망에 의하여 조회한 바, 97건 취득가액 161,700,000원(매입세액 해당액 14,700,000원)에 대한 거래상대방이 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자, 간이과세자 및 면세사업자로 확인되고 있으므로 이에 대한 취득가액은 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제대상이라 할 것이나, 거래상대방이 일반사업자로 등록된 15건 취득가액 23,550,000원과 능력급 직원 명의(청구외 이○○·동 차○○) 취득가액 3건 7,050,000원 및 거래사실확인서가 없는 1건(청구외 임○○) 취득가액 950,000원, 합계 19건 취득가액 31,550,000원에 대해서는 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제대상이 아니라고 봄이 타당하다고 판단된다.

④ 당초 처분청은 이의신청결정시 2002년 6월분은 당초 과세된 금액이 아니라 하여 청구대상 및 심리대상에서 제외하였으나, 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 2002년 6월분도 당초 이 건 경정시 경정대상에 포함하였으므로 당연히 심리대상이라 할 것임에도 처분청이 이에 대한 심리를 하지 아니한 것은 잘못이 있다 할 것이다(당심에서는 위 ③에서 2002년 6월분도 함께 심리함).

⑤ 위와 같이, 청구인이 원소유자들로부터 중고자동차를 직접 매입한 것으로 확인되지 아니한 분에 대해서는 재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제대상으로 볼 수 없으므로 처분청이 이에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 것에 대해서는 달리 잘못이 없다 할 것이나, 거래상대방으로부터 직접 확인된 객관적인 증빙인 거래사실확인서에 의해 청구인이 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자, 간이과세자, 면세사업자로부터 중고자동차를 취득한 것으로 확인된 97건 취득가액 161,700,000원(붙임 명세 참조)에 대해서는 재활용폐자원등에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 하나, 처분청이 이에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 잘못이 있다 할 것이다.

앞에서 살펴본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 조세특례제한법 제108조 / 조세특례제한법시행령 제110조 /