영농조합법인에게 공급한 사료가 부가가치세 영세율을 적용할 수 있는지 여부

[이유]

청구법인은 ○○도 ○○군 ○○면 ○○리 ○○번지에서 단미사료 등을 생산하기 위하여 1996.10.16. 설립된 제조업체로서, 거래처인 ○○낙우회영농조합법인, ★★낙농영농조합법인, ☆☆낙농영농조합법인(이하 "쟁점영농조합법인"이라 한다) 등에 사료원재료 804,844천원(1998년 139,228천원, 1999년 169,930천원, 2000년 207,940천원, 2001년 200,887천원, 2002년 86,859천원, 이하 "쟁점금액"이라 한다)을 공급하고 동 거래를 부가가치세 영세율적용대상으로 보아 부가가치세 신고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 쟁점영농조합법인이 사료제조업자로부터 사료관리법에 의한 사료를 구입하여 이를 다시 조합원과 축산농민에게 판매하였다고 보아 영세율 적용을 배제하고 2003.1.6. 청구법인에게 1998년 제1기분 부가가치세 4,489,090원, 1998년 제2기분 부가가치세 10,703,230원, 1999년 제1기분 부가가치세 17,397,480원, 1999년 제2기분 부가가치세 14,673,400원, 2000년 제1기분 부가가치세 18,778,260원, 2000년 제2기분 부가가치세 19,329,810원, 2001년 제1기분 부가가치세 17,464,280원, 2001년 제2기분 부가가치세 14,772,980원, 2002년 제1기분 부가가치세 12,008,260원 계 129,616,790원을 경정결정하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.2.27. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 대통령령이 정하는 농민인 영농조합법인에 사료를 공급하였으며, 쟁점영농조합법인은 자가배합사료를 생산하는 공동배합시설을 갖추고 조합원들에게만 공급하므로 이는 사료관리법에 의한 제조업 등록대상이 아니며, 또한, 조합원외에는 사료를 판매한 사실이 없으므로 처분청에서 부가가치세 영세율 적용하여 신고한 것을 부인하고 과세한 처분은 부당하다.

쟁점영농조합법인이 사료제조업자로부터 사료관리법에 의한 사료를 구입하여 축산농민인 조합원 및 준조합원에게 판매한 경우이므로 이는 영세율적용대상이 아니므로 처분청에서 영세율적용을 배제하고 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점영농조합법인에 공급한 단미사료가 부가가치세 영세율을 적용할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 ㅇ 구조세감면규제법 제99조 [부가가치세 영세율의 적용] 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.(1993.12.31 개정) 1-3 (생략)

4. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농협협동조합법·축산업협동조합법·엽연초생산협동조합법·인삼협동조합법 또는 임업협동조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 것 (1994.12.22 개정)

• 마. 사료관리법에 의한 사료(부가가치세법 제12조 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것을 제외한다) (1997.8.30 개정) ㅇ 조세특례제한법 제105조 [부가가치세 영세율의 적용]

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 세율을 적용한다. 이 경우 제5호 및 제6호의 규정은 2003년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다. (2000.12.29 후단개정) 1-4 (생략)

5. 대통령령이 정하는 농민 또는 임업에 종사하는 자에게 공급(농업협동조합법·엽연초생산협동조합법 또는 산립조합법에 의하여 설립된 각 조합 및 이들의 중앙회를 통하여 공급하는 것을 포함한다)하는 농업용·축산업용 또는 임업용 기자재로서 다음 각목의 1에 해당하는 것(2000.10.21. 개정)

• 마. 사료관리법에 의한 사료(부가가치세법 제12조 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것을 제외한다) (1998.12.28 개정) ㅇ 농·축산·임·어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율적용에 관한 특례규정 (대통령령 제15,404호, 1997.6.26 개정된 것) 제2조 [농·어민 등의 범위]

① 법 제99조 제4호에서 "대통령령이 정하는 농민"이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표상의 농업 중 작물생산업·축산업 또는 복합농업에 종사하는 다음의 자(이하 "농민"이라 한다)를 말한다.

1. 개인 (1990.12.31 신설)

2. 농어촌발전특별조치법에 의하여 설립된 영농조합법인과 농업회사법인 ㅇ 농·축산·임·어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세적용 등에 관한 특례규정 (대통령령 제17465호, 2001.12.31 개정된 것) 제2조 [영세율 적용대상 농·어민 등의 범위]

① 조세특례제한법(이하 "법" 이라 한다) 제105조 제5호 본문에서 "대통령령이 정하는 농민"이라 함은 통계법 제17조 의 규정에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류표(이하 "한국표준산업분류표"라 한다)상의 농업 중 작물재배업·축산업 또는 작물재배 및 축산복합농업에 종사하는 자로서 다음 각호의 1에 해당하는 자(이하 이 장에서 "농민"이라 한다)를 말한다. 다만, 한국표준산업분류표상 시설작물재배업 중 재정경제부령이 정하는 업종에 종사하는 자를 제외한다.(2001.12.31 개정)

2. 농업·농촌기본법에 의하여 설립된 영농조합법인과 농업회사법인 (2001.12.31 개정)

3. 축산업을 주업으로 하는 법인으로서 당해 사업연도 개시일을 기준으로 당해 법인의 총발행주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상을 다음 각목의 1에 해당하는 자가 출자하고 있는 법인. 다만, 사업연도중에 출자지분의 변경으로 다음 각목의 1에 해당하는 자의 출자지분이 총발행 주식 또는 총출자지분의 3분의 2 이상이 되는 경우에는 당해 출자지분 변경일을 기준으로 한다.

• 가. 농어촌발전특별조치법 제2조 제2호 의 규정에 의한 농업인
• 나. 당해 법인의 임원 또는 직원으로서 상시 근무하고 있는 자

⑤ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 법인은 다음 각호의 1에 해당하는 확인서를 제3조의 규정에 의한 기자재 구매시에 공급자에게 제시하여야 한다. 이 경우 당해 확인서의 유효기간은 이를 교부받은 날부터 1년간으로 한다.

1. 제1항 제3호의 규정에 의한 법인인 경우에는 국세청장이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장이 교부하는 확인서 ㅇ 사료관리법 제2조 [정의] 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.

1. "사료"라 함은 축산업에 의한 가축 그 밖에 농림부장관이 정하여 고시하는 동물·어류 등 (이하 "동물등" 이라 한다)에 영양이 되거나 그 건강유지 또는 성장을 위하여 필요한 것으로서 단미사료·배합사료 및 보조사료를 말한다. 다만, 동물용의약으로서 섭취하는 것을 제외한다.

2. "단미사료"라 함은 식물성·동물성 또는 광물성 물질로서 사료로 직접 사용되거나 배합사료의 원료로 사용되는 것으로서 농림부장관이 정하여 고시하는 것을 말한다.

5. "제조업"이라 함은 사료를 제조(혼합·배합·화합 또는 가공하는 경우를 포함한다. 이하 같다)하여 판매 또는 공급하는 업을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단 [사실관계를 살펴본다]

(1) 청구법인은 배합사료 중 단미사료를 제조하는 회사로서 제조, 축산업 등을 영위하는 쟁점영농조합법인 등에 단미사료를 공급하고 영세율 세금계산서를 발행하였음이 국세청전산통합망인 TIS자료 등에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점영농조합법인은 청구법인으로부터 공급받은 단미사료 등을 다시 축산농민 등에게 공급하면서 영세율 세금계산서를 발행한 사실이 쟁점영농조합법인의 부가가치세 신고서 및 재무제표 등에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 쟁점영농조합법인에 단미사료 등을 공급하면서 발행한 세금계산서에는 부가가치세법시행령 제58조 제1항 에 의한 위수탁거래 및 동 시행규칙 제18조 제2항에 규정된 공동구매에 해당되는 내용은 기재되어 있지 아니함이 세금계산서 등에 의하여 알 수 있다.

(4) 그러나, 청구법인은 쟁점영농조합법인에게 단미사료를 공급하고, 동 조합법인이 축산업주업법인 확인서 등을 관할군수 및 세무서장으로부터 확인받아 처분청에 제시하였으므로 이는 영세율매출에 해당됨에도 처분청에서 부가가치세를 과세함은 부당하다고 주장한다. [쟁점에 대하여 살펴본다]

(1) 청구법인은 쟁점영농조합법인이 단미사료 등을 공급받아 자가배합사료시설을 갖추고 당해 조합원 및 준조합원들에게만 사료를 공급하였으므로 이는 사료를 제조하여 판매한 업체로 볼 수 없다고 주장하면서 농림부 질의 회신문, 축산업주업법인확인서, 단미사료협회 공문서 및 재무제표 증명서 등을 제출하므로 이에 대하여 살펴본다.

① 영농조합법인이 사료제조업자로부터 사료관리법에 의한 사료를 구입하여 농민에게 공급하는 경우 영농조합법인이 사료를 구입할 때에는 부가가치세가 과세되는 것이며, 구입한 동 사료를 농미에게 공급할 때에는 조세감면규제법 제99조 제4호 마목에 의하여 부가가치세 영세율이 적용된다고 규정되어 있다(부가 46015-7, 1999.1.5. 같은 뜻임)

② 쟁점영농조합법인은 이 규정에 의하여 1998년 제1기분 부가가치세신고부터 2002년 제1기분 예정신고 부가가치세 신고까지 축산농민 등에게 단미사료 등을 공급하고 영세율 부가가치세 신고하고 매입세액은 환급받은 사실이 부가가치세 신고서 및 국세청 통합전산망인 TIS자료 등에 의하여 확인된다.

③ 또한, 쟁점거래가 세금계산서 발행시 위수탁거래로 발행한 사실이 없어 부가가치세법시행령 제58조 제1항 에 의한 위수탁거래라고 볼 수 없으며, 청구법인으로부터 공동구매하여 배분하지 아니하여 동 시행규칙 제18조 제2항에 규정된 공동구매라고도 볼 수 없다고 판단된다.

(2) 한편, 청구법인은 축산업주업법인확인서를 제출하였으므로 영세율적용대상이라고 주장한, 축산업주업법인확인서는 농·축산·임·어업용 기자재에 대한 부가가치세 영세율적용에 관한 특례규정 제2조 제5항 제1호에 의하여 관할 세무서장으로부터 발급하여야 하나, ◆◆낙농영농조합법인과 ▼▼낙농영농조합법인은 관할 군수로부터 발금 받았으며, ●●낙농회영농조합법인은 2000.10월경 ○○세무서장의 관인이 날인된 동확인서를 제출하였으나, 처분청의 조사시 동확인서의 진위여부를 조회한 공문에 의하면 쟁점 확인서는 ○○세무서장이 발급된 사실이 없다고 회신하였으며, 또한 동확인서는 발급일로부터 1년간 유효하여 매년 관할세무서장에게 동 확인서를 확인 받아 제출하여야 하나 청구법인은 동확인서를 제출하지 않았으므로 축산업주업법인으로도 볼 수 없어 쟁점금액에 대하여 부가가치세 영세율을 적용할 수 없다 할 것이다.

(3) 따라서, 단미사료 공급과 관련된 세금계산서의 발행형식이나 쟁점영농조합 법인의 회계처리내용 등으로 미루어 보면, 양 법인이 각각 독립사업자의 지위에서 거래한 것으로 인정되므로 조세감면규제법 제99조의 규정은 사업자가 사료관리법에 의한 사료를 축산업 등에 종사하는 개인 및 영농조합법인 등에게 공급하는 경우에만 부가가치세 영세율이 적용되고, 당해 영농조합법인 등이 조합원 및 준조합원 포함 농민 등에게 판매용으로 공급받는 경우에는 부가가치세 영세율이 적용되지 않는 것으로 이해하여야 할 것인 바(국심 2000부 3168, 2001.5.16. 같은 뜻임), 이 건 거래의 경우 쟁점영농조합법인이 청구법인으로부터 단미사료를 판매용으로 공급받은 것으로 밖에 볼 수 없으므로 처분청에서 이에 대하여 부가가치세 영세율 적용을 배제하고 과세한 것은 달리 잘못이 없다고 할 것이다. [관련법령] 조세특례제한법 제105조 /