선량한 사업자로서의 의무를 다한 것으로 보기 어려워 매입세액 불공제함이 타당

[주문] 이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 기각한다. [이유]

청구법인은 1996. 11. 5부터 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○빌딩 402호에서 건설업을 영위하는 법인사업자로서, 청구외 (주)○○건설기계 외 5개 업체(이하 "청구외법인 등"이라 한다)로부터 2001년 제1기분 공급가액 173,331천원 및 제2기분 공급가액 31,481천원, 합계 204,812천원의 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 2001년 제1기분 및 동년 제2기분 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고납부하고, 2001사업연도 법인세신고시 쟁점세금계산서상의 공급가액을 손금산입하여 법인세를 신고납부하였다.

○○지방국세청장은 2002년 6월 청구외법인 등에 대한 조사결과 청구외법인 등을 자료상으로 확정하고 처분청에 쟁점세금계산서가 자료상 자료에 해당된다는 내용의 과세자료를 통보하였다. 처분청은 위의 과세자료를 통보받아 2002. 9. 16 청구법인에게 쟁점세금계산서의 실지거래여부 등을 해명하도록 과세자료해명안내서를 발송하였고, 2002. 11. 18 청구법인이 제출한 해명자료에 따라 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서 중 실물의 공급자가 다른 위장세금계산서에 해당한다는 내용을 청구법인에게 통보하고, 2002. 12. 10 청구법인에게 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제함과 아울러 증빙불비가산세를 적용하여 2001년 제1기분 부가가치세 26,814,300원, 동년 제2기분 부가가치세 4,580,480원, 2001사업연도 법인세 4,095,820원, 합계 35,490,600원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2003. 2. 25 이 건 심사청구를 하였다.

청구법인은, 청구외 ○○○이 교부한 쟁점세금계산서가 자료상이 발행한 세금계산서인지 여부를 알 수 없었음에도, 쟁점세금계산서를 실물공급자와 세금계산서 교부자가 다른 위장세금계산서로 보아 동 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하고, 증빙불비가산세를 적용하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 부당하다는 주장이다.

이에 대하여 처분청은, 청구법인의 해명자료 검토결과 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서 중 실물공급자가 다른 위장세금계산서로 확인되므로, 청구법인에게 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세하고 2001사업연도의 손금 중 쟁점세금계산서상의 공급가액은 실제 공급자로부터 수취하지 아니한 것으로 보아 동 공급가액의 2％를 증빙불비가산세로 하여 법인세를 과세한 당초 처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 자료상으로 고발된 거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취한 청구법인을 선량한 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보아 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하고, 증빙불비가산세 적용을 배제할 수 있는지 여부를 가리는 데 있다 할 것이다.
• 나. 관계법령

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 "환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액 (이하 생략)

○ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때(이하 생략)

○ 법인세법 제76조 【가산세】

① ∼④ (생략)

⑤ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다) 이 사업과 관련하여 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 제116조 제2항 각호의 1에 규정하는 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 동항 단서의 규정을 적용받는 경우를 제외하고는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수한다. (이하 생략)

○ 법인세법 제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】

① (생략)

② 제1항의 경우에 법인이 대통령령이 정하는 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 경우에는 다음 각호의 1에 해당하는 증빙서류를 수취하여 이를 보관하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. (생략)

2. 부가가치세법 제16조 의 규정에 의한 세금계산서(이하 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다.

① 청구법인은 2001년 제1기분 및 동년 제2기분 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제받는 것으로 하여 부가가치세를 신고납부하고, 쟁점세금계산서상의 공급가액을 공사원가로 손금산입하여 법인세를 신고납부하였음이 국세청 전산자료 등에 의하여 확인된다.

② ○○지방국세청장은 2002년 6월 청구외법인 등에 대한 조사결과 쟁점세금계산서가 자료상자료로 확인되었다는 내용의 과세자료를 통보하였음이 ○○지방국세청의 자료상조사보고서 등에 의하여 확인된다.

③ 처분청은 ○○지방국세청으로부터 위 과세자료를 통보받아 청구법인에게 해명하도록 안내문을 발송하였고, 청구법인이 쟁점세금계산서상의 실제 공급자는 청구외 ○○○이라는 해명내용을 확인하여 2002. 12. 10 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의 규정에 의해 청구법인에게 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제하여 2001년 제1기분 및 제2기분 부가가치세를 경정고지하였고, 법인세법 제76조 제5항 의 규정에 의해 쟁점세금계산서 공급가액의 2％를 증빙불비가산세로 하여 2001사업연도 법인세를 경정고지하였음이 처분청의 자료처리복명서 및 부가가치세경정결의서, 법인세경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 다음으로, 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다.

① 먼저, 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의 규정에 의하면, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호가 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재된 부분의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니함을 알 수 있고, 법인세법 제76조 제5항 과 같은법 제116조 제2항 제2호의 규정에 의하면, 납세지 관할세무서장은 법인이 사업과 관련하여 사업자로부터 재화 또는 용역을 공급받고 공급받은 자로부터 증빙서류를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 함을 알 수 있다.

② 처분청의 과세자료처리복명서와 부가가치세 및 법인세 경정결의서 등에 의하면, 청구법인은 청구외 □□건영(주)가 발주한 ○○도 ○○시 소재 □□건영 △△△아파트신축공사의 대지조성 공사시 청구외 ○○○으로부터 쟁점세금계산서상의 건설기계 등을 공급받아 사용하고 동 대금을 지급하면서 쟁점세금계산서를 청구외 ○○○으로부터 수취하였다고 해명하였고, 이에 처분청은 청구법인이 쟁점세금계산서의 공급자와 실제 공급자가 사실과 다르게 기재되었다는 해명내용을 받아들여 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의 규정에 의하여 부가가치세 매입세액을 공제하지 아니하는 것으로 하여 부가가치세를 과세하였고, 쟁점세금계산서의 공급가액을 실제 투입된 원가로 인정하면서 법인세법 제76조 제5항 의 규정에 의해 쟁점세금계산서상 공급가액의 2％를 증빙불비가산세로 하여 법인세를 과세하였음을 알 수 있다.

③ 청구법인은 쟁점세금계산서상의 공급자가 청구외 법인이 아닌 청구외 ○○○이라고 인정하면서, 청구외 ○○○으로부터 자료상 자료인 줄 모르고 쟁점세금계산서를 수취하였다는 주장을 하고 있으나, 청구법인이 쟁점세금계산서의 거래당시 실제 공급자와 세금계산서의 공급자가 일치하는지 여부를 확인하지 아니하였고, 쟁점세금계산서의 매입대금을 지급하면서도 쟁점세금계산서의 공급자에게 지급하는 것인지 여부를 확인하지 아니한 점에 비추어 볼 때, 청구법인이 선량한 사업자로서의 의무를 다한 것으로 인정하기가 어렵다고 판단된다.

(3) 그러하다면, 처분청은 쟁점세금계산서상의 공급자가 사실과 다르게 기재된 세금계산서라는 청구법인의 과세자료 해명내용을 인정하여 쟁점세금계산서상의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하여 부가가치세를 과세하고, 쟁점세금계산서상의 공급가액의 2％를 증빙불비가산세로 하여 법인세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

이 건 심사청구는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없으므로 국제기본법 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 제21조 / 법인세법 제76조 / 법인세법 제116조 /