매매계약서와 세금계산서의 공급계약이 상이하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 공제를 거부한 처분이 정당한지 여부

○○세무서장이 2003. 04. 10. 청구인에게 경정청구 거부처분에 대하여, 청구인이 2002. 12. 04. 수취한 매입세금계산서(공급가액 250,400,000원, 세액 250,040,000원)상 매입세액 25,040,000원에서 과다매입세액 2,276,364원을 차감한 매입세액 22,763,636원을 매출세액에서 공제하여 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지(이하 “쟁점사업장” 이라 한다)에서 기계제작 제조업을 영위할 목적으로 『○○』라는 상호로 2002.12.10. 신규로 사업자등록증을 교부 받고 2003.01.25. 2002년 2기 확정 부가가치세 신고를 이행하였다. 청구인은 2002. 12. 04. 청구외 안○○으로부터 기계장치(○○ ○○50G 외5대, 이하 “쟁점기계” 라 한다)를 매입하고, 공급가액 250,400,000원, 세액 25,040,000원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서” 라 한다)를 교부 받았으나, 신고누락 사실을 알고 2003.02.28. 과세표준 및 세액의 경정청구서를 제출하였다. 처분청은 청구인과 청구외 안○○ 사이에 채권ㆍ채무에 의한 대금지급여부가 불분명하고 쟁점기계 매매계약서와 쟁점세금계약서상 공급가액이 상이하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제가 정당하다하여 2003.04.10. 이를 거부처분하였다. 청구인은 경정청구 거부처분에 대하여 2003.06.18. 심사청구하였다.

청구인은 청구외 안○○이 운영하던 공장을 부득이 인수하여 사업을 개시하게 되면서 쟁점기계를 250,400,000원으로 평가하여 매매계약을 체결하고 매매계약서를 공증하였고, 대금은 청구외 안○○에게 빌려준 금액에서 상계키로 합의하였으며 쟁점기계는 공장 내에 설치되어 사업과 관련하여 부가가치를 창출하고 있으므로 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서로보아 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 한다.

청구인에게 쟁점기계를 양도한 청구외 안○○은 쟁점세금계산서를 발행하고 수정신고 한 후 부가가치세를 납부하지 아니하였고, 청구인과 청구외 안○○ 사이에 채권ㆍ채무가 있었는지가 불분명할 뿐만 아니라 쟁점기계 매매계약서와 세금계산서 상 공급가액이 상이하여 쟁점기계를 정상거래 하였다고 볼 수 없으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하여야 한다는 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점세금계산서를 정당거래로 보아 매입세액을 공제하여야 한다는 경정청구에 대하여, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이를 거부한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】 제1항

1. 과세표준신고서를 법정신고 기한 내에 제출한 자는 과세표준 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고 기한 경과 후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2) 부가가치세법 제5조 【등록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업자마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제2항

5. 제5호 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. 같은법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑧ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다.

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것” 이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다 부가가치세법 제17조 【납부세액】 제1항

1. 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 공제한 금액으로 한다. 같은법 제17조 제2항 제1호의 2에서 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 함) 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액(다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 같은법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】 제2항 법 제17조 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증 교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우.

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었거나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 쟁점사업장에서 기계제작 제조업을 영위할 목적으로 2002.12.10.신규로 사업자등록신청하여 동일자로 사업자등록증(000-00-00000)을 교부받았고, 청구외 안○○은 쟁점사업장에서 사업을 영위하다가 2002.12.31.폐업한 사실이 사업자 기본사항조회서에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점기계 매매계약서에 의하면, 매도자 청구외 안○○은 2002.12.05.청구인에게 ○○ ○○ 00○ 1대를 103,400천원에, 버티칼 ○○ 45 1대를 8천만원에, CNC TNL 45 1대를 2천만원에, 범용밀링 2대를 1천만원에, 범용선반 1대를 700만원에, 탭핑기 등 공구전량은 3천만원, 합계 250,040천원에 매매하기로 계약을 체결한 다음, 이러한 사실을 명확히 하기 위하여 2002.12.12. 공증한 사실이 공증서(법무법인 신세기 동부 2002년-2884호)에 의하여 확인된다.

(3) 청구인이 청구외 안○○으로부터 쟁점기계를 인수하던 2002.12.04.에는 사업자등록이 되어 있지 아니하여 주민등록번호로 교부받은 쟁점세금계산서가 처분청에 신고누락된 사실을 알고 2003.02.28. 경정청구한데 대하여, 처분청이 현지확인 결과 경정청구한 매입세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 매입세액불공제 대상으로 보아 거부처분한 사실이 처분처의 공문서에 의하여 확인된다.

(4) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 경정청구 거부처분이 정당한지에 대하여 살펴보면, 첫째, 청구외 안○○의 사업장에서 사용하던 쟁점기계가 청구인의 쟁점사업장에 설치되어 가동하고 있는 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 둘째, 청구인이 쟁점기계를 인수하던 2002.12.04. 에는 쟁점사업장에 사업자등록이 되어 있지 아니하여 청구인의 주민등록번호로 쟁점세금계산서를 교부받은 다음, 2002.12.10.처분청에 사업자등록신청서를 제출하여 동일자로 사업자등록증을 교부받아 사업을 개시한 경우에는 부가가치세법 시행령 제60조 제9항 규정에 의하여 사업자등록 신청일부터 역산하여 20일 이내에 주민등록번호로 교부받은 쟁점세금계산서는 정당한 세금계산서로 보아야 할 것이다(부가46015-1087, 2000.05.20.) 셋째, 처분청은 청구인이 청구외 안○○에게 사업자금을 대여한 구체적인 입증자료를 제시하지 아니하여 쟁점기계 대금을 대여금과 상계하였는지 여부가 불분명한 것으로 보았으나, 청구인은 1998.03.14. 이혼하고 청구인의 제부(청구인의 여동생 남편)인 안○○이 운영하던 공장에서 2000.01.01.부터 2002.11.30.까지 근무한 사실이 확인되며, 공장에 근무하던 중 청구외 안○○이 이혼 위자료를 받은 사실을 알고 사업자금을 빌려 줄 것을 요청하여 이를 믿고 2000.09.10. 285,000,000원을 빌려주었으나 변제하기로 한 약속을 이행하지 못하게 되자 부득이 쟁점기계를 인수하기로 합의하고 2002.12.31.현재 장부상 303,680,000원인 쟁점기계를 250,400,000원으로 평가하여 매매계약서를 작성한 후 이를 공증한 점과 청구외 안○○이 청구인에게 쟁점기계를 양도하고 기계대금은 청구인으로부터 운영자금으로 차입한 금액과 상계하였다고 확인서를 제출하고 있는 점, 청구인이 쟁점기계를 인수한 후 공장을 운영하고 있는 점으로 보아 청구인이 쟁점기계를 매입하고 대금은 청구외 안○○에게 대여한 금액과 상계하였다는 청구인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 판단된다. 넷째, 다만, 쟁점기계 매매가액 250,400,000원에는 부가가치세 포함여부가 불분명하므로 매매가액을 공급대가로 보아 공급가액 227,636,364원, 세액 22,763,636원으로 하여 세금계산서를 발행ㆍ교부하여야 함에도 청구인이 교부받은 세금계산서 중 과다매입세액 2,276,364원은 이를 매출세액에서 공제하지 아니하는 것은 타당하다고 판단된다. 위의 사실과 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구인은 채권ㆍ채무관계로 부득이 공장을 인수하여 사업을 개시하게 되면서 정상가액으로 쟁점기계를 인수하였고, 쟁점기계는 공장 내에 설치되어 사업과 관련하여 부가가치를 창출하고 있으므로 쟁점기계를 정당하게 매입하고 교부받은 쟁점세금계산서로 보아 거래상대방의 신고유무와 관계없이 매입세액은 매출세액에서 공제하여야 할 것(부가 46015-467, 2001.03.13)이고, 다만, 쟁점매입세액에서 과다매입세액 2,276,364원을 차감한 22,763,636원은 매입세액을 공제함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.