소유권이전등기 이후 잔금청산일에 발행한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 처분이 맞는지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 이를 기각합니다.

청구인은 2002.04.25. 부동산임대 등을 영위하겠다고 사업자등록한 후 현재까지 동 사업을 영위하고 있는 사업자로서, 2002.02.25. 청구외 ○○주택보증(주)와 ○○도 ○○시 ○○동 ○○택지개발지구 ○○ ○○ ○○상가 ○동 대지 572.87㎥, 건물 915.045㎥(이하 “쟁점건물”이라 한다)를 계약금 123,200,000원, 잔금 493,183,430원, 합계 616,383,430원에 취득하기로 하는 매매계약을 체결하고, 잔금약정일인 2002.04.30. 잔금 493,183,430원을 지급하면서 당일 청구인 앞으로 소유권이전등기를 경로한 후, 청구외 (주)○○으로부터 공급시기가 2002.07.01. 공급가액이 291,112,727원, 세액이 29,111,273원으로 기재된 쟁점건물 매입분에 대한 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라고 한다)와 토지매입분에 대한 172,959,430원의 계산서를 교부받아 쟁점세금계산서와 매입세액 29,111,273원을 매출세액에서 공제되는 것으로 하여 2002년 제2기 예정분 부가가치세 26,763,504원을 환급신청하였다. 처분청은, 쟁점건물의 공급자는 청구외 ○○주택보증(주)이고 그 공급시기는 잔금지급일 및 소유권이전등기일인 2002.04.30.인데도 공급자를 청구외 (주)○○으로 하고, 공급시기를 2002.07.01.로 하여 교부받은 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 하여 매입세액 29,111,273원을 불공제하고 가산세를 더하여 2003.02.07. 청구인에게 2002년 제2기분 부가가치세 2,749,690원을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2003.04.23. 심사청구하였다.

청구인이 쟁점건물의 매매계약 당사자인 청구외 ○○주택보증(주)에서 세금계산서 교부를 요구하였으나 청구외 ○○주택보증(주)는 이를 파산자인 청구외 (주)○○이 교부하여야 한다고 주장하면서 교부하지 않았고, 청구외 (주)○○은 파산위원회의 재가를 이유로 계속 미루어 오다가 2002.07.01일자로 쟁점세금계산서를 교부하여 주었으며, 청구인은 매매계약을 성실히 이행하고 이건 부가가치세를 거래징수 당하였는데도 거래상대방의 귀책사유를 청구인에게 물어 매입세액 불공제함은 잘못이며, 대법원이 세금계산서는 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류이고 그것을 거래시기에 교부하게 한 것도 결국은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이므로 그 공급시기나 과세기간이 경과한 후에 그 거래사실이 확인되면 매입세액을 공제되어야 한다고 판시(대법1987누398호, 1987.05.12；대법2002두8097호,2001.08.24)하고 있으며, 세금계산서 교부시기, 거래시기 등의 규정은 자의적인 세금계산서 수수행위를 막고자 하는 취지인데 쟁점건물 매매의 경우에는 공급자가 파산자인 청구인 (주)○○이고, 거래대금 징수자는 청구외 ○○주택보증(주)로 공급자와 거래대금의 영수자가 다른 특단의 사유가 있는 경우로서 거래당사자간의 담합에 의한 위장이나 허위등의 의도가 전혀 없었음이 명백한 바, 처분청이 가산세를 부과하더라도 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 처분은 부당하다.

청구인은 청구외 ○○주택보증(주)와 쟁점건물에 대한 분양계약을 체결하고 분양대금도 전액 청구외 ○○주택보증(주)에게 지급하였음에도 파산자인 청구외 (주)○○으로부터 쟁점세금계산서를 교부받았고, 쟁점건물을 매입한 날은 2002.04.30.인데도 쟁점세금계산서의 발행일은 공급시기가 속한 과세기간이 지난 2002.07.01.이므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 처분이 맞는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 부가가치세시행령 제60조 【매입세액의 범위】

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우 (3) 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 대음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

(4) 부가가치세 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002.02.25. 파산자인 청구외 (주)○○의 채권자인 청구외 ○○주택보증(주)와 쟁점건물 및 그 토지를 616,383,430원에 취득하기로 하는 매매계약을 체결하고, 잔금약정일인 2002.04.30. 잔금 493,183,430원을 청구외 ○○주택보증(주)에게 지급하면서 당일 청구인 앞으로 소유권이전등기 경료한 후, 청구외 (주)○○으로부터 공급시기가 2002.07.01.로 기재된 쟁점세금계산서를 교부받아 매입세액이 공제되는 것으로 하여 2002년 제2기 예정분 부가가치세 26,763,504원을 환급신청하였다. 이에 대해 처분청은 쟁점건물의 공급자는 청구외 ○○주택보증(주)이고 그 공급시기는 2002.04.30.인데도 공급자를 청구외 (주)○○으로 하고, 공급시기를 2002.07.01.로 하여 교부받은 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 하여 청구인에게 이건 부가가치세를 과세하였음이 처분청의 결정결의서 및 부가가치세 환급검토서와 청구인이 청구외 ○○주택보증(주)와 체결한 매매계약서 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구외 ○○주택보증(주)는 2002.02.02. 쟁점건물에 대한 소유권보존등기를 한 후 2002.04.30. 청구인 앞으로 소유권이전등기하여 주었음이 건축물대장에 의해 확인되고, 청구외 (주)○○은 청구인에게 쟁점세금계산서를 교부하고 2002년 제2기분 부가가치세 신고납부하였으며, 청구인은 이건 부과처분 이전에 쟁점세금계산서의 공급시기를 2002.04.30일로 소급하여 작성된 수정세금계산서를 교부받았다는 증빙을 제시하지 못하고 있고, 청구외 (주)○○ 또한 수정세금계산서를 교부하거나 부가가치세 수정신고한 사실이 없음이 국세청 전산자료 등에 의해 확인된다.

(3) 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 처분이 맞는지 여부를 살펴보면, 청구인은 청구외 ○○주택보증(주)와 쟁점건물에 대한 매매계약을 체결하고 매매대금을 전액 청구외 ○○주택보증(주)에게 지급하였으며, 청구외 ○○주택보증(주)가 쟁점건물에 대한 소유권보존증기를 한 후 청구인 앞으로 소유권이전등기하여 주었음이 매매계약서 및 건축물대장 등에 확인되는 바, 쟁점건물의 공급자는 매매계약당사자이고 등기의무자인 청구외 ○○주택보증(주)로 보아야 할 것이고, 전시한 부가가치세법시행령 제60조 제2항 에서 살펴본 바와 같이, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우에는 매입세액을 공제한다고 규정하고 있는 바, 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 원칙적으로 매출세액에서 공제되지 아니하나 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우에는 공제된다 할 것(같은 뜻： 부가가치세법 기본통칙 17-0-4)인데, 청구인은 쟁점건물의 잔금지급일 및 소유권이전등기일인 2002.04.30.이 공급시기임이 분명한데도 그 공급시기를 당해 공급시기가 속하는 과세기간이 지난 2002.07.01.에 이르러서야 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 매입세액을 공제받을 수 없고, 청구인이 인용한 대법원 판례는 1999.12.31. 부가가치세법시행령 제60조 제2항 제3호 가 신설되기 이전 거래분에 대한 판결이고 사실관계 또한 이 건과 달라 그대로 원용할 수 없다. 따라서, 처분청이 쟁점세금계산서를 공급자 및 공급시기가 사실과 다른 세금계산서에 해당된다고 보고 매입세액 불공제하여 과세한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.