건물매입관련 세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간에 교부받지 아니하고 약 1년 후 교부받은 것으로 확인되므로 매입세액 불공제함은 정당함
건물매입관련 세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간에 교부받지 아니하고 약 1년 후 교부받은 것으로 확인되므로 매입세액 불공제함은 정당함
[이유]
청구법인은 2001.10.29. △△시 △△구 ○○동 ○○번지 대지 4,622㎡ 및 공장 건물 1,853㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 주식회사 △△△컴텍(이하 "청구외법인"이라 한다)으로부터 15억원에 취득하였으나, 건물 취득분에 대한 세금계산서(공급가액 501,354,545원, 세액 50,135,455원, 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 당해 과세기간인 2001년 제2기분 부가가치세 신고시에 신고하지 아니하고 2002.10.2. 쟁점세금계산서가 누락되었다고 하여 이에 대한 부가가치세 50,135,455원을 환급하여 줄 것을 경청청구 하였다. 처분청은 위 경정청구에 대한 현지확인조사에서 쟁점세금계산서는 공급시기 이후에 발행 및 교부된 것임을 확인하고 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세는 매입세액 공제대상이 아니라고 하여 2002.10.21. 청구법인에게 2001년 제2기분 부가가치세 50,135,450원의 경정청구는 이를 경정할 이유가 없음을 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.11.19. 이 건 심사청구를 하였다.
청구법인은 2001.10.29. 쟁점부동산을 매입하면서 청구외법인으로부터 매입세금계산서를 교부받았으나 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되어 신고기한내에 신고를 하지 못하고 있다가 양사의 합의하에 당초 세금계산서를 폐기하고 쟁점세금계산서를 재교부한 것인바, 이는 예외적인 항목인 부가가치세법시행령 제60조 제2항 제2호 에 해당하여 매입세액 공제를 허용하여야 함에도 처분청이 쟁점세금계산서에 대한 교부시기만을 문제삼아 매입세액 공제를 허용하지 아니함은 부당하다.
쟁점세금계산서는 당초 2002.9월 △△지방국세청의 △△△세무서에 대한 업무감사시 청구외법인의 쟁점부동산 양도에 대한 부가가치세 누락사실을 지적한데 대하여 청구외법인이 2002.9.12. 수정신고를 하면서 발행한 것이며, 청구법인이 건물매입과 관련하여 제출한 쟁점세금계산서의 수취내용을 확인한 바 청구법인의 전표, 건물보조원장, 총계정원장, 선급부가세 계정 등에 등재된 사실이 전혀 없어 쟁점세금계산서는 공급시기 이후에 발행 수취된 세금계산서로 확인되므로 이에 대하여 매입세액 불공제 통지한 당초 처분은 정당하다.
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1억2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. ◎ 부가가치세법시행령 제60조 (매입세액의 범위)
② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.
2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우
3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우 ◎ 부가가치세법기본통칙 17-0-4 (공급시기 후에 교부받은 세금계산서상의 매입세액 불공제) 공급시기 후에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제 또는 환급하지 아니한다. 다만, 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우에는 그러하지 아니하다.
(1) 청구법인과 청구외법인은 쟁점부동산을 2001.10.29. 총 1,500,000,000원에 매매하였으나, 그 매매일이 속하는 과세기간인 2001년 제2기분 부가가치세 신고시에 청구외법인과 청구법인 모두 건물 매매분에 대하여 매출이나 매입으로 부가가치세를 신고한 사실이 없음이 처분청의 현지확인복명서에 의하여 확인되고 이에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다.
(2) 청구법인은 쟁점부동산 매매가액 중 건물과 관련하여 청구외법인이 청구법인에게 발행 교부한 쟁점세금계산서를 2001년 제2기분 부가가치세 신고시 누락하였다고 하여 2002.10.2. 이에 대한 매입세액을 환급하여 줄 것을 내용으로 하는 경청청구서를 처분청에 제출하였음이 청구법인의 경정청구서에 의하여 확인된다.
(3) 처분청은 청구법인의 경정청구에 대한 현지확인조사에서 쟁점세금계산서는 공급시기 이후에 발행 및 교부된 것임을 확인하고 쟁점세금계산서에 대한 부가가치세는 매입세액 공제대상이 아니라고 하여 2002.10.21. 청구법인에게 경정청구 세액을 환급할 수 없다고 통지하였음이 처분청의 현지확인복명서 및 조사결과통지서에 의하여 확인된다.
(4) 이에 대하여 청구인은 쟁점부동산을 매입하면서 청구외법인으로부터 세금계산서를 교부받았으나 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되어 신고를 하지 못하고 있다가 양사 합의하에 당초 세금계산서를 폐기하고 쟁점세금계산서를 재교부한 것이므로 이에 대한 매입세액 공제를 허용하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대하여 살펴보면,
① 쟁점부동산의 매매에 대한 부동산매매계약서에 의하면 청구법인과 청구외법인은 쟁점부동산의 매매대금을 1,500,000,000원으로 하여 2001.9.28. 매매계약을 체결하였음이 확인되며, 동 매매계약서에는 총 매매가액은 1,500,000,000원으로 표시되어 있으나 토지가액과 건물가액은 별도로 구분되어 있지 아니함이 확인된다.
② 청구법인은 쟁점부동산을 취득하면서 취득직전 감정평가사 이○○에게 쟁점부동산에 대한 감정평가를 의뢰하여 2001.9.12. 감정평가사가 평가한 토지가액 1,018,840,000원과 건물가액 591,238,800원을 기준으로 쟁점부동산의 매매가액 1,500,000,000원을 토지와 건물로 안분계산하여 2001.10.29. 쟁점부동산 중 토지가액을 951,000,000원으로, 건물가액을 549,000,000원으로하여 청구법인의 장부에 계상한 사실이 청구법인의 계정별 보조원장 및 전표와 총계정원장 등에 의하여 확인된다.
③ 청구법인이 쟁점부동산 취득당시에 청구외법인으로부터 건물분에 대한 세금계산서를 교부받았다면 청구법인의 2001년도 장부에 건물과 관련된 부가가치세대급금이 계상되어 있어야 할 것이나, 청구법인의 부가가치세대급금 계정에는 건물매입과 관련된 부가가치세 매입세액이 계상된 사실이 전혀 없을 뿐만 아니라 청구법인이 이 건 심사청구 및 경정청구 당시 제출한 쟁점세금계산서의 공급대가 551,490,000원과도 일치하지 아니함이 처분청의 현지확인복명서 및 쟁점세금계산서에 의하여 확인된다.
④ 한편 청구외법인은 △△지방국세청이 청구외법인의 관할세무서인 △△△세무서에 대한 업무감사당시 청구외법인이 쟁점부동산을 매매하고 건물관련 부가가치세를 신고 누락한 사실을 지적하자 2002.9.12. 건물의 공급가액을 501,354천원으로 하여 부가가치세 수정신고를 하고 2002.10.8. 이에 대한 부가가치세 71,593천원을 납부한 사실과 처분청의 조사시 청구법인의 총무이사인 청구외 강☆☆도 이 건 경정청구와 관련된 건물매입관련 쟁점 세금계산서를 2002.9월에 교부받았다고 진술한 사실이 처분청의 현지확인 복명서에 의하여 확인되므로 청구외법인은 당초 쟁점부동산 매매시 건물관련 세금계산서를 교부하지 아니하고 감사지적 이후인 2002.9월에 쟁점세금계산서를 교부하였다고 할 것이다.
⑤ 또한 청구법인과 청구외법인은 쟁점부동산 매매당시 건물관련 세금계산서를 교부하였음을 입증할 수 있는 어떠한 증빙도 제시하지 못하고 있으면서 당초 공급시기에 발행한 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부가 착오로 기재되어 이를 폐기하고 쟁점세금계산서를 재교부하였다고 주장하는 것은 신빙성이 없다고 보여진다.
⑥ 부가가치세법 제17조 제2항 및 동법시행령 제60조 제2항 제3호의 규정에 의하면 사업자가 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서의 매입세액은 이를 매출세액에서 공제하지 아니하는 것이며, 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우에 한하여 그 예외를 인정하여 매입세액을 공제할 수 있도록 규정하고 있음을 알 수 있다.
⑦ 그러나 청구법인은 위에서 살펴본 바와 같이 건물매입관련 쟁점세금계산서를 공급시기인 2001.10.29.이 속하는 과세기간에 교부받지 아니하고 그 과세기간이 지나 2002.9월에 교부받은 것으로 확인되므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액은 청구법인의 매출세액에서 공제할 수 없다고 판단된다.
(5) 위 사실관계 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 쟁점부동산 중 건물매입과 관련하여 청구외법인으로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 공급시기 이후에 교부받은 것이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 매입세액 불공제 취지로 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법시행령 제60조 /
결정내용은 붙임과 같습니다.