종중이 법인으로 보는 단체에 해당되는지 여부

[이유]

청구법인은 2001.9.18. 전라북도 ○○시 ○○동 683-2 소재 부동산(대지 557.3㎡, 건물 1,643.86㎡, 이하 "쟁점부동산" 이라 한다)를 청구외 송○○에게 680,000,000원에 양도하고 이에 대한 부가가치세를 신고하지 아니하였다. 처분청은 쟁점부동산의 총 양도금액을 토지와 건물의 기준시가 비율로 안분하여 산정한 건물부분의 공급가액 396,922,116원에 대하여 2002.8.10. 청구인에게 부가가치세 49,813,720원(가산세 포함)을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.10.4. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구법인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다.

(1) 청구법인은 쟁점건물을 1991년도에 준공하여 관리해 오면서 종종대표자 박○○명의로 사업자등록을 하여 부가가치세와 종합소득세를 납부하여 왔으므로 굳이 법인으로 보는 단체로 사업자등록을 할 필요가 없었으며

(2) 청구법인의 회장 박□□이 2001.7.9. 제출한 법인으로 보는 단체의 대표자 등의 선임(변경)신고서의 내용을 보면 최초의 선임(변경전)란에 대표자가 박□□으로 되어 있고, 변경후란에는 아무기록도 없어 잘못 신청된 신청서에 의하여 처분청에서 2001.7.20. 법인으로 보는 단체로 보아 사업자등록증(401-82-*)을 교부한 것은 잘못된 처분이므로 이 건 부가가치세 결정은 취소되어야 한다.

위 청구주장에 대하여 처분청은 종종대표자 박○○의 사업자등록을 전산조회한 바 2001.7.9 법인전환에 의한 폐업신고를 하였고, 신청서의 기재란이 잘못 작성되었다고 주장하나 법인으로 보는 단체 승인신청 당시(2001.7.9) 에는 박□□이 최초의 대표자라고 볼 수 있으므로 당초 신청서상의 하자는 없다 할 것이어서 동 단체를 법인으로 보아 쟁점건물의 양도에 대하여 이 건 부가가치세를 결정한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 쟁점건물의 양도자인 종중이 법인으로 보는 단체에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 ㅇ 국세기본법 제13조 (법인으로 보는 단체)

① 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 "법인격이 없는 단체" 라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록된 사단·재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체 외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단·재단 기타 단체의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리 할 것

3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 ㅇ 부가가치세법 제21조 (경정)

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

① 청구법인은 ○○시 ○○동 683-2번지 소재에 사무실을 두고 있는 종중으로서 쟁점건물의 임대업을 운영하다가 2001.9.18. 양도하였으며, 2001년 2기분 부가가치세 확정신고를 하지 아니하였음이 관련공부와 전산조회에 의하여 확인된다.

② 청구법인은 2001.7.9. 국세기본법 제13조 제2항 및 동법시행령 제8조 제1항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 승인신청서(대표자: 박□□)와 법인으로 보는 단체의 대표자 등의 선임(변경)신고서를 제출하였으며 처분청은 2001.7.20. 이를 승인하여 사업자등록증(401-82-*)을 교부하였음이 처분청의 심리자료에 의하여 확인된다.

③ 청구법인이 제출한 법인으로 보는 단체의 대표자 등의 선임(변경)신고서를 살펴보면, 선임(변경)년월일란에는 2001.1.15.로, 최초선임(변경란)란에는 박□□으로 나타난다.

④ 청구법인은 2001.7.25. 2001년 1기 과세기간의 부가가치세를 신고하였으나 2001년 2기 과세기간(2001.7.1~2001.9.18)에 대하여는 부가가치세를 신고하지 아니하였음이 전산조회에 의하여 확인된다.

⑤ 한편, 종중의 전대표자 박○○은 2001.7.9. 자신의 명의로 교부받았던 사업자등록(401-16-*)에 대해 폐업신고서(폐업일자: 2000.12.31. 폐업사유: 법인전환)를 제출하였음이 처분청의 심리자료에 의하여 확인된다.

⑥ 처분청은 쟁점부동산의 양도금액을 680,000,000원(쟁점법인은 670,000,000원으로 신고)으로 조사하여 결정하였으며, 또한 건물의 과세표준을 산정함에 있어 토지의 기준시가는 공시지가(㎡당 624,000원)를 적용한 347,755,000원으로 산출하고, 건물의 기준시가는 국세청장이 고시한 가액(㎡당 345,000원)인 567,131,699원으로 산출하였음이 처분청의 조사서에 의하여 확인된다.

⑦ 위 내용에 의하여 청구인의 주장이 정당한지를 살펴보면, ㉮ 처분청이 제출한 심리자료를 보면, 종중의 전대표자 박○○이 2001.7.9. 자신의 명의로 교부받았던 사업자등록에 대하여 법인전환을 이유로 폐업신고서를 제출하였고, 같은날 청구법인의 대표자 박□□이 법인으로 보는 단체의 승인신청서를 제출한 사실이 확인되고 있어, 굳이 법인으로 보는 단체로 사업자등록을 할 필요가 없었다는 청구주장은 이유가 없다 할 것이고 ㉯ 청구법인이 제출한 법인으로 보는 단체의 승인신청서상 대표자가 박□□으로 기재되어 있고, 법인으로 보는 단체의 대표자 등의 선임(변경)신고서에 최초선임이 박□□으로 되어 있으며, 2001.1.15. 개최한 ○○박씨 ○○파 송은회 회의록에 박□□이 위 종중의 대표자로 선임된 사실이 확인되고 있어 법인으로 보는 단체 승인신청 당시(2001.7.9)에는 박□□이 최초의 종중대표자라고 볼 수 있으므로 법인으로 보는 단체의 대표자 등의 선임(변경)신고서상 변경후란에 아무런 기록도 없으므로 잘못 신청되었다는 청구주장은 타당성이 없다 하겠다. ㉰ 또한, 청구법인의 종회규약서의 내용으로 보아 당해 법인은 국세기본법 제13조 제2항 각호의 규정을 갖추고 있다 할 것이어서 법인으로 보는 단체로 봄이 타당한 것으로 판단된다.

⑧ 위 내용으로 판단해 볼 때 청구법인을 법인으로 보는 단체로 보아 쟁점부동산의 건물양도분에 대하여 부가가치세를 부과한 당초처분은 정당한 것이라 하겠다. 다만, 처분청이 이 건 부가가치세를 과세하면서 적용한 건물의 기준시가가 ㎡당 280,000원임이 적법함에도 이를 ㎡당 345,000원으로 한 것은 잘못된 것(처분청은 건물의 구조지수를 적용함에 있어 쟁점건물의 구조인 철근콘크리트의 구조지수가 0.9임에도 이를 1.2로 잘못 적용)으로서 이를 올바로 하여 계산하면 그 과세표준은 366,472,436원임이 타당하다 할 것이다.

앞에서 살펴본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제13조 / 부가가치세법 제21조 /