신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

[이유]

○○도 ○○시 ○○동 ○○번지에 본점을 두고 부가가치세가 면제되는 금융업을 영위하는 청구법인은 부가가치세 과세사업에 대한 사업자등록을 하지 아니한 상태에서 자가사용겸 임대용 건물(이하 " 쟁점건물 " 이라 한다)을 수취하여 그에 대한 매입세액 4,428,324,750원(이하 " 쟁점세금계산서" 라 한다)을 수취하여 그에 대한 매입세액 442,832,475원(1999년 제1기 80,727,270원, 1999년 제2기 72,993,590원, 2000년 제1기 34,238,484원, 2000년 제2기 233,603,014원, 2001년 제1기 21,270,117원)을 처분청에 환급신청 하였는 바, 처분청은 당해 매입세액을 환급결정하고 청구법인에게 환급하여 주었다. 그 후 처분청은, 당해 매입세액이 청구법인의 부가가치세 과세사업등록 전매입세액을 확인하고 이를 불공제하는 경정결정을 하여 2002.2.15 이 건 부가가치세 594,094,150원(1999년 제1기 110,717,450원, 1999년 제2기 100,110,700원, 2000년 제1기 47,334,700원, 2000년 제2기 308,149,090원, 2001년 제1기 27,782,210원)을 청구법인에게 부과처분하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.5.2 이의신청을 거쳐(2002.6.28 기각결정통지) 2002.9.27 이 건 심사 청구를 하였다.

청구법인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다.

(1) 청구법인은 부가가치세법이 시행되기 전인 1972년에 법인세법 제109조 및 제111조의 규정에 의한 법인설립과 사업자등록을 하였으므로 부가가치세 과세사업에 공할 쟁점건물 신축에 따른 매입세액은 매출세액에서 공제되어야 한다.

(2) 처분청이 1999년 제1기부터 2001년 제1기까지 2년 반의 과세기간에 대한 청구법인의 환급신청에 대해 환급하는 결정을 하였다가, 그 후 당해 매입세액이 부가가치세 과세사업등록 전 매입세액이라 하여 당해 매입세액을 불공제하는 경정결정을 한 것은 국세기본법상의 신의. 성실원칙을 위배한 부당한 처분이므로 취소되어야 하며, 처분청이 같은 내용의 환급결의를 2년 반 동안 다섯 번을 계속한 행정행위에 대해 납세의무자에게 가산세를 부과하는 것은 부당하다.

위의 청구주장에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

(1) 청구법인이 쟁점건물을 신축하면서 수취한 쟁점세금계산서는 부가가치세 면제사업자의 지위에서 수취한 것이므로 당해 매입세액은 매출세액에서 공제할 대상이 아니다.

(2) 부가가치세 면제사업자인 청구법인이 부당하게 공제받은 매입세액을 불공제하는 경정결정을 한 것이 국세기본법상의 신의. 성실원칙에 위배되는 것은 아니며, 청구법인의 부당한 매입세액공제에 대해 정당한 경정결정을 하면서 신고. 납부불성실가산세를 적용하는 것은 당연하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 다음과 같다.

(1) 부가가치세 면제사업자로 등록한 것이 부가가치세법상 사업자등록한 것으로 볼 수 있는지 여부.

(2) 부가가치세 면제사업자의 매입세액공제신고에 대해 처분청이 환급결정한 후 매입세액을 불공제하는 경정결정을 한 것이 국세기본법상 신의. 성실원칙에 위배되는지 여부 및 당해 경정결정시 부가가치세법 제22조 에 의한 가산세를 적용할 수 있는지 여부.

• 나. 관련법령 이 건 심사청구와 관련된 법령을 살펴보면 다음과 같다. ㅇ 부가가치세법 제2조 [납세의무자]

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(이하 " 사업자 "라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다. ㅇ 부가가치세법 제5조 [등록]

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이하 "생략" ㅇ 부가가치세법시행령 제8조 [등록번호]

① 법 제5조 제2항에 규정하는 등록번호는 사업장마다 관할세무서장이 부여한다.

② 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 법 제20조 제3항 또는 제4항에 규정하는 자에게도 등록번호에 준하는 고유번호를 부여 할 수 있다. ㅇ 부가가치세법 제20조 [세금계산서합계표의 제출]

④ 세금계산서를 교부받은 국가. 지방자치단체. 지방자치단체조합 기타 대통령령이 정하는 자는 부가가치세의 납세의무가 없는 경우에도 매입처별세금계산서합계표를 당해 과세기간 종료후 25일 이내에 사업장 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ㅇ 부가가치세법 시행령 제67조 [세금계산서합계표의 제출의무자의 범위] 법 제20조 제4항에 규정하는 대통령령이 정하는 자는 다음 각호에 규정하는 자로 한다.

1. 부가가치세가 면제되는 사업자 중 소득세 또는 법인세의 납세의무가 있는자 (조세특례제한법에 의하여 소득세 또는 법인세가 면제되는 자를 포함한다) ㅇ 부가가치세법 제17조 [납부세액]

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액 ㅇ 부가가치세법 제21조 [경정]

① 사업장 관할세무서장. 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때 ㅇ 법인세세법 제111조 [사업자등록]

① 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 등록하여야 한다.

② 부가가치세법에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다.

③ 부가가치세법 제5조 의 규정은 이 법의 규정에 의하여 사업자등록을 하는 법인에 관하여 준용한다.

④ 제109조의 규정에 의한 법인설립신고를 한 경우에는 사업자등록신청을 한 것으로 본다. <쟁점(2)와 관련된 법령> ㅇ 부가가치세법 제22조 [가산세]

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) Ⅹ 납부기한의 다음날부터 자진납부일 전일 또는 납세고지일까지의 기간 Ⅹ금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율 ㅇ 국세기본법 제15조 [신의. 성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다. (가) 1972.10.25부터 부가가치세가 면제되는 금융업을 영위하던 청구법인은 1999년 4월부터 2000년 10월 사이에 쟁점건물을 신축하면서 세금계산서를 수취, 그에 대한 매입세액 442,832,475원을 처분청에 환급신청하여 환급받은 사실이 있는 바, 처분청은 당해 매입세액이 청구법인의 부가가치세 과세사업등록 전 매입세액임을 확인하고 이를 불공제하는 경정결정을 하여 1999년 제1기 외 부가가치세 594,094,150원을 청구법인에게 부과처분하였음이 세금계산서. 부가가치세경정결의서 등에 의해 확인되고 있다. (나) 국세청 전산자료인 청구법인세적변경이력조회서에 의하면, 청구법인은 2002.1.16 부가가치세 과세대상 사업자로 등록되었음이 확인되고 있다.

(2) 다음으로, 이 건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점(1)에 대하여 본다.

① 부가가치세법 제5조 제1항 은 신규로 사업을 개시한 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일로부터 20일 내에 정부에 등록하여야 한다고 규정하고 있고, 같은법 제2조는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자(사업자)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다고 규정하고 있으며, 같은법 제20조 제3항, 같은법 시행령 제8조, 같은법 시행령 제67조 제1호에 의하면 관할세무서장은 과세자료를 효율적으로 처리하기 위하여 부가가치세 면제사업자에 대하여는 등록번호에 준하는 고유 번호를 부여할 수 있도록 되어 있고, 법인세법 제111조 는 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 등록하여야 한다고 각 규정하고 있는 바, 위와 같은 사업자등록에 관련된 각 규정의 취지를 종합하면 부가가치세법 제5조 제1항 소정의 사업자등록의무자는 부가가치세의 납세의무있는 사업자에 한하고 부가가치세 면제사업자는 그 등록의무가 없다고 할 것이므로, 같은법 제17조 제2항 제5호 소정의 " 제5조 제1항의 규정에 의한 등록"이란 부가가치세의 납세의무 있는 사업자의 사업자등록만을 의미한다고 할 수 있다 하겠고, 부가가치세 면제사업자가 법인설립신고를 하였다거나 법인세법상의 사업자등록증을 교부받았다 하더라도, 이는 법인세법상의 사업자등록으로서 부가가치세법상의 고유번호를 부여받은 것으로 볼 수 있을 뿐, 부가가치세법 제5조 제1항 에서 정한 사업자등록을 한 것으로는 볼 수 없다 하겠다(대법원 95누 8492,1995.11.7외 다수 같은 뜻).

② 이 건의 경우, 청구법인은 1972년에 법인세법 제109조 및 제111조의 규정에 의한 법인설립신고와 사업자등록을 하였을 뿐, 쟁점세금계산서 수취당시 부가가치세법 제5조 의 규정에 의한 부가가치세 과세사업자로 사업자등록을 한 사실이나 과세사업 겸업자로 사업자등록을 정정한 사실이 없어 부가가치세법상의 사업자에 해당하지 않는 것으로 확인되고 있다.

③ 따라서, 청구법인의 쟁점건물 신축에 따른 쟁점세금계산서는 부가가치세 과세사업등록 전 매입에 해당하여 당해 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니하는 것이므로, 처분청에서 부가가치세법 제21조 의 규정에 의해 청구법인이 부당환급받은 등록 전 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 쟁점(2)에 대하여 본다.

① 일반적으로 조세 법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 또한 국세기본법 제18조 제3항 에서 말하는 비과세관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만, 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간 비과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 할 것이다(대법원2000두6466, 2002.8.27 외 다수 같은 뜻).

② 이 건의 경우, 청구법인의 등록전 매입세액에 대한 5회의 환급신청에 대해 처분청이 그 신청 내용대로 환급하여 준 사실은 인정되나, 그러한 사실만으로는 처분청이 등록전 매입세액에 대해 과세하지 아니하였다는 객관적인 사실이 존재하는 경우에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 처분청 자신이 과세하지 않는다는 의사표시를 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시하였다고 할 수도 없으므로, 이 건 처분이 국세기본법상의 신의. 성실원칙에 위배되었다고는 볼 수 없다 하겠다.

③ 그러하다면, 처분청에서 청구법인의 등록전 매입세액에 대한 환급신청에 대해 당초의 신고내용대로 환급하였다가 사후에 이의 잘못을 발견하고 부당환급세액을 추징한 것은 적법한 처분이라 할 것이고, 따라서, 청구법인의 부당환급세액에 대한 경정결정시 부가가치세법 제22조 의 규정에 의해 가산세를 부과한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제5조 / 부가가치세법 제2조 / 부가가치세법시행령 제8조 / 부가가치세법 제20조 / 부가가치세법시행령 제67조 / 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 제21조 / 법인세법 제111조 /