건물을 신축하기 위하여 토지를 취득하고 그 지상에 쟁점건물을 신축하여 곧바로 임대하였고 쟁점건물과 부속토지에 대하여 실지 취득가액을 장부가액으로 계상하였으므로 이를 시가로 봄이 타당함
건물을 신축하기 위하여 토지를 취득하고 그 지상에 쟁점건물을 신축하여 곧바로 임대하였고 쟁점건물과 부속토지에 대하여 실지 취득가액을 장부가액으로 계상하였으므로 이를 시가로 봄이 타당함
[이유]
청구법인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지외 2필지 지상에 사무실겸 창고 8동과 수리센타 4동의 ○○농기계수리센타 건물 2,328㎡(이하 "쟁점건물"이라 한다)을 신축하면서 종합건설업체인 ○○종합건설(주)(이하 "○○건설"이라 한다)로부터 세금계산서 2매 537,272,727원(공급가액, 1998.12.31.자 410,000,000원, 1999.2.12.자 127,272,727원, 이하 "쟁점세금계산서"라 한다)을 교부받고 이에 대한 부가가치세 매입세액을 청구법인의 매출세액에서 공제하였으며, 쟁점건물 중 3동씩을 임대보증금 10,000,000원에 1999.1.1.부터 청구법인의 주주 주○○, 박○○, 최○○, 송○○(이하 " 주주들" 이라 한다)에게 각각 임대하였다. 처분청은 청구법인에 대한 조사에서 쟁점건물 신축공사에 대한 실지사업자가 (유)○○철강(이하 "○○철강"이라 한다)임을 확인하고 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이에 대한 매입세액을 불공제하고, 특수관계자인 주주들에게 쟁점건물을 저가 임대하였고 하여 부당행위계산부인 규정에 따라 적정임대료를 산출하여 익금에 산입하고 2001.10.5. 청구법인에게 1999~2000사업연도 법인세 28,679,390원 및 1998년 제2기~ 2000년 제2기 부가가치세 73,460,880원, 합계 102,140,270원을 결정고지(이의신청결정에 따라 법인세 24,664,170원, 부가가치세 71,522,830원, 합계 96,187,000원으로 경정감 되었음)하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.1.3. 이의신청을 거쳐(2002.3.27. 일부인용결정)2002.6.26. 이 건 심사청구를 하였다.
(1) 청구법인은 쟁점건물을 신축하면서 당초 ○○철강과 사무실겸 창고 9동을 도급금액 490,000,000원에 건설하기로 계약을 체결하였으나 ○○농기계수리센타설치와 관련하여 융자금을 지원한 ○○군청으로부터 쟁점건물은 연면적 495㎡를 초과하는 건축물로서 종합건설면허를 가진 건설업자와 계약 시공하라는 통보가 있어 ○○철강과의 계약을 해지하고 ○○건설과 사무실겸 창고 8동을 도급금액 451,000,000원에, 수리센타 4동을 140,000,000원에 건설하기로 계약을 체결하였고, ○○건설의 이사이며 총무부장인 박△△가 공사완공시까지 공사현장에서 계속관리 감독하여 준공검사까지 완료하였으며 감리업무를 수행한 건축사 박▲▲도 이를 확인하고 있는바, 청구법인은 공사도급계약을 체결한 ○○건설과 실제로 거래를 하였기에 ○○건설로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 정당한 것이므로 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하며, 또한 청구법인은 쟁점건물의 신축시 ○○건설의 사업자등록증, 건설업면허증, 건설업면허수첩 등을 확인하고 수년간의 건설실적을 확인한 후 공사계약을 체결하였기에 모든 주의의무를 다하였으며, 계약체결 후부터 공사완공까지는 ○○건설의 이사이며 총무부장인 박△△가 계속 공사를 관리감독하고 있어 청구법인은 거래당사자를 ○○건설로 믿는데 대하여 아무런 잘못이 없는 선의의 거래자에 해당하므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액은 공제되어야 한다.
(2) 청구법인의 주주들에게 건물을 임대한데 대하여 특수관계자에 대한 저가임대로 보아 부당행위계산부인을 함에 있어서 처분청은 쟁점건물과 부속토지의 시가를 청구법인의 장부가액(1,088,087,953원)으로 하였으나 이에 대하여는 ○○감정원이 감정평가한 가액(770,827,000원)이 있으므로 동 감정평가액을 쟁점건물과 부속토지의 시가로 하여 적정임대료를 산정하여야 하며, 또한 청구법인은 부동산입대업을 주업으로 하는 법인에 해당하므로 간주임대료 계산에 있어서는 임대보증금에서 건설비상당액을 공제하여 간주임대료를 계산하여야 한다.
(1) 금융추적조사시 쟁점건물의 신축공사대금 591,000,000원 중 41,000,000원만 ○○건설로 지급되고 나머지 대금은 ○○철강으로 지급된 사실이 확인되었으며, 또한 ○○ 건설과 ○○철강은 쟁점건물 신축공사에 대한 하도급계약을 체결하지 아니하였고 대금수수가 전무하므로 ○○철강이 쟁점건물의 실제 시공자에 해당하며, 당초 ○○철강의 소개로 ○○건설과 계약을 체결한 사실이 확인되어 선의의 거래자로 볼 수 없으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이에 대한 매입세액을 불공제한 처분은 정당하다.
(2) 청구법인은 쟁점건물과 부속토지에 대하여 제3자와 거래한 가액을 장부가액으로 반영하였기에 장부가액이 쟁점건물과 부속토지의 시가에 해당하므로 장부가액을 기준으로 부당행위계산부인한 처분은 정당하며, 또한 부당행위계산부인에 의하여 소득금액을 계산할 때에는 적정임대료를 계산하는 것이지 간주임대료를 계산하는 것이 아니므로 건설비상당액을 공제하지 아니한 당초 처분은 정당하다.
(1) 쟁점건물의 신축과 관련하여 ○○건설로부터 교부받은 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 공제할 수 있는지 여부
(2) 적정임대료계산시 쟁점건물과 부속토지의 시가를 감정평가액으로 할 수 있는지 여부 및 건설비상당액을 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다. 나.관련법령 이 건 심사청구와 관련한 법령을 살펴본다. ㅇ 부가가치세법 제13조 [과세표준]
① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가 ㅇ 부가가치세법시행령 제50조 [시간의 기준]
① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계 있는자(소득세법시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다) 외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다. ㅇ 부가가치세법 제17조 [납부세액]
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 "납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화또는 용역에 대한 세액(이하 "매출세액"이라 한다)에서 다음각호의 세액(이하 "매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 " 환급세액 "이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하"필요적 기재사항" 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. ㅇ 법인세법 제52조 [부당행위계산의 부인]
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는자(이하 "특수관계자"라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다. ㅇ 법인세법시행령 제88조 [부당행위계산의 유형 등]
① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우.(단서생략) ㅇ 법인세법시행령 제89조 [시가의 범위 등]
① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 지가공시 및 토지등의 평가에 관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조·동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액
④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다)또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.
1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액 중 큰 금액
⑤ 제88조의 규정에 의한 부당행위계산에 해당하는 경우에는 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 제1항 내지 제4항의 규정에 의한 시가와의 차액 등을 익금에 산입하여 당해 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. 다만, 재정경제부령이 정하는 금전의 대여에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. ㅇ 조세특례제한법 제138조 [임대보증금 등의 간주익금]
① 대통령령이 정하는 기준을 초과하여 차입금을 보유하고 있는 내국법인으로서 부동산임대업을 주업으로 하는 법인(비영리내국법인을 제외한다)이 대통령령이 정하는 주택을 제외한 부동산 또는 그 부동산에 관한 권리등을 대여하고 보증금·전세금 또는 이에 준하는 것을 받은 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 법인세법 제15조 제1항 의 규정에 의한 익금에 가산한다. ㅇ 조세특례제한법시행령 제132조 [임대보증금 등의 간주익금]
② 법 제138조 제1항에서 "부동산임대업을 주업으로 하는 법인"이라 함은 당해 법인의 사업연도 종료일 현재 자산총액 중 임대사업에 사용된 자산가액이 100분의 50 이상인 법인을 말한다. 이 경우 자산가액의 계산은 소득세법 제99조 의 규정에 의하며, 자산의 일부를 임대사업에 사용할 경우 임대사업에 사용되는 자산가액은 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 계산한다.
④ 법 제138조 제1항의 규정에 의하여 익금에 가산할 금액은 다음의 산식에 의하여 계산한다. 이 경우 익금에 가산할 금액이 영보다 적은 때에는 이를 없는 것으로 보며, 적수의 계산은 매월말 현재의 잔액에 경과일수를 곱하여 계산할 수 있다. 익금에 가산할 금액 = (당해 사업연도의 보증금 등의 적수 - 임대용부동산의 건설비상당액의 적수)×(1/365)×정기예금이자율 - 당해 사업연도의 임대사업부분에서 발생한 수입이자와 할인료·배당금·신주인수권처분익 및 유가증권처분익의 합계액
⑤ 제4항에서 "임대용부동산의 건설비상당액"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 금액을 말하다.
2. 제1호외의 임대용부동산에 있어서는 재정경제부령이 정하는 당해 임대용부동산의 건설비상당액(토지가액을 제외한다)
(1) 청구법인은 ○○도 ○○군 ○○읍 ○○리 ○○번지외 2필지 대지 13,527㎡ 지상에 13개동 2,520㎡로 되어 있는 ○○농기계수리센타건물(이하 " 농기계수리센타"라 한다)을 신축하면서 ○○군청으로부터 900,000,000원의 융자금지원을 받은 사실이 ○○군청의 공문(농정 51*-48, 1998.11.19.)에 의하여 확인되며, 동 농기계수리센타는 청구법인이 1998.5.11.건축허가를 득하여 1998.5.16. 착공하고 1999.2.5. 사용승인을 받았음이 건축물대장에 의하여 확인된다.
(2) 한편 ○○군청은 당초 농기계수리센타는 495㎡를 초과(1,728㎡)하는 건축물이므로 건축관련 법규에 의거 종합건설업면허가 있는 건설업체와 계약시공할 수 있도록 하라고 청구법인에게 통보하였으나, 청구법인은 농기계수리센타를 청구법인이 직접직영 시공할 수 있도록 하게 해 달라고 건의하였으며, 이에 대하여 ○○군청은 농기계수리센타는 종합건설업면허가있는 건설업체와 계약하여 시공할 수 있도록 조치하라고 회신한 사실이 ○○군청의 공문(농산 51*-15, 1998.8.28.)에 의하여 확인된다.
(3) 청구법인은 농기계수리센타를 신축함에 있어서 당초 ○○철강과 사무실겸 보관창고 9동을 총도급금액 490,000,000원(계약시 선금 10,000,000원 지급, 기성금 480,000,000원은 준공후 지급)에 1998.5.6. 착공하여 1998.8.20. 준공하기로 계약을 체결하고 공사를 시작하였으나, 청구법인에게 융자금을 지원한 ○○군청이 농기계수리센타는 건축관련 법규에 의거 종합건설업체가 시공하여야 한다고 위와 같이 지시함에 따라 종합건설업체인 ○○건설과 청구법인이 사무실겸 창고 8동은 도급금액 451,000,000원에, 수리센타 4동은 도급금액 140,000,000원에 1998.6.8.자로 각각 공사계약(1998.6.9. 착공, 1998.10.30. 준공)을 체결하였음이 공사도급계약서 등에 의하여 확인된다.
(4) 처분청은 청구법인이 쟁점건물 12동의 신축과 관련하여 ○○건설로부터 쟁점세금계산서를 교부받고 이에 대한 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였으나, 쟁점건물 신축공사비 총 591,000,000원 중 41,000,000원만 ○○건설로 지급되고 잔액은 모두 ○○철강에서 직접 지급된 사실과 쟁점건물에 대한 실제공사업자가 ○○건설이 아니라 ○○철강임을 확인하고, 청구법인이 ○○건설로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라고 하여 이에 대한 매입세액을 불공제하였음이 처분청의 조사서 및 경정결의서 등에 의하여 확인된다.
(5) 이에 대하여 청구법인은 쟁점건물에 대한 공사계약을 체결한 ○○건설과 실제로 거래를 하였기에 쟁점세금계산서는 정당한 것이며, 공사계약 체결에 있어서 청구법인은 모든 주의의무를 다하였고, 공사계약체결 후부터 완공시까지 ○○건설의 이사이며 총무부장인 박△△가 현장에서 계속하여 공사를 관리감독하고 있었기에 청구법인은 거래당사자를 ○○건설로 믿는데 아무런 잘못이 없는 선의의 거래자에 해당하므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액은 공제되어야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면,
① 청구법인은 ○○건설과 쟁점건물의 신축에 대한 공사계약을 체결하였고, ○○건설은 쟁점건물 신축공사를 사무실겸 창고 8동은 390,000,000원에, 수리센타 4동은 121,000,000원에 ○○철강에게 하도급을 주었다고 하고 있으나, ○○건설과 ○○철강은 쟁점건물의 신축공사에 대한 하도급계약서를 작성한 사실이 없으며, ○○철강은 쟁점건물의 신축과 관련한 하도급공사에 대하여 ○○건설에게 세금계산서를 발행하거나 이에 대한 부가가치세를 신고한 사실이 없을 뿐만 아니라, ○○건설도 쟁점건물의 신축공사를 ○○철강에게 하도급을 준 것이 아니라 ○○건설이 직접 공사한 것으로 회계처리 하여 관련세금을 신고하였음이 청구법인과 ○○건설 및 ○○철강에 대한 처분청의 조사서 등에 의하여 확인된다.
② 한편 청구법인은 농기계수리센타 중 ○○건설로부터 세금계산서를 교부 받은 쟁점건물 외에, 사무실겸 창고 1동을 도급금액 65,005,600원에 ○○철강에게 직접 도급을 주어 공사를 하였으나, 이에 대한 공사계약서는 별도로 작성하지 아니하고 세금계산서(1998.4.30.자 18,560,000원, 1998.5.31.자 32,279,000원, 1998.6.30.자 8,257,500원)만 교부받은 사실이 처분청의 조사서 등에 의하여 확인된다.
③ 청구법인의 농기계수리센타 신축에 대한 총공사대금은 656,005,600원이며, 처분청이 금융조사 등을 통하여 확인한 공사대금지급 내역을 보면 ○○건설에 지급된 공사대금은 1999.1.23. 주주들이 각각 10,250,000원씩 ○○건설의 ○○계좌로 송금하여 지급한 41,000,000원 뿐이며, 나머지 대금은 청구법인이 ○○철강에게 계좌이체(200,000,000원), 수표발행(90,000,000원), 무통장입금(15,000,000원), 주주들의 어음발행(297,000,000원), 공사계약시 선금 (10,000,000원)등으로 지급한 사실이 처분청의 조사서, ○○○○지부가 발행한 (주)◎◎ 공사대금 약속어음발행 및 현금지급내역 확인서 등에 의하여 확인된다.
④ 청구법인이 ○○건설에게 쟁점건물에 대한 공사도급을 주고 ○○건설이 공사를 관리 감독하면서○○철강에 하도급을 주어 공사하였다면, 청구법인은 쟁점건물에 대한 공사대금을 ○○건설에게 지급하여야 할 것이고 ○○철강은 하도급공사대금을 ○○건설로부터 지급받아야 할 것임에도 청구법인의 주주들이 ○○건설에게 직접 지급한 공사대금 41,000,000원을 제외한 공사대금은 모두 청구법인에게 ○○철강으로 직접 지급되었을 뿐만아니라 청구법인이 ○○건설에게 지급한 금액은 쟁점건물공사에 대하여 ○○건설이 납부할 부가가치세 53,727,272원에도 미치지 못하고 있다.
⑤ 또한 청구법인과 ○○건설이 작성한 공사계약서에도 총도급금액만 표시되어 있을 뿐 공사대금에 관한 지급시기 및 지급방법 등에 관한 사항은 전혀 나타나지 아니하고 있고, ○○군청이 종합건설면허가 있는 건설업체와 계약 시공하라고 청구법인에게 회신한 1998.8.28. 이후에 계약서가 작성되었음에도 동 계약서상의 계약일자는 1998.6.8.로 되어 있고 공사기간도 1998.6.9.~1998.10.30.로 되어 있음이 확인된다.
⑥ 아울러 ○○건설과 ○○철강도 쟁점건물의 신축공사에 대한 하도급계약을 체결하거나 이에 대한 세금계산서를 발행하여 교부한 사실이 없을 뿐만 아니라 공사하도급에 따른 공사대금을 수수한 사실도 전혀 나타나지 아니하므로 ○○건설이 청구법인으로부터 쟁점건물의 신축에 관한 공사계약을 도급받고 이를 ○○철강에게 하도급을 주어 ○○건설이 직접 관리 및 감독을 하면서 공사를 하였다는 주장은 신빙성이 없다고 판단된다.
⑦ 한편 청구법인은 공사계약당시 주의의무를 다하였기에 선의의 거래자에 해당하므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액을 공제하여야 한다고 주장하고 있으나, 당초 ○○철강과 공사계약을 체결하여 공사를 진행하다가 종합건설업면허가 있는 건설업체와 계약 시공하라는 ○○군청의 지시에 따라 쟁점건물의 신축공사를 하던 ○○철강이 주도로 ○○건설과 계약서만 작성하게 되었을 뿐 실제 공사는 ○○철강이 계속하였으며, ○○건설과 ○○철강도 하도급계약을 체결한 사실이 없고 그 공사대금도 대부분 ○○건설이 아닌 ○○철강으로 직접 지급하였을 뿐만 아니라 ○○건설에 지급한 돈은 부가가치세에도 미치지 못하고 있어 이는 실제 공사와 관련하여 입금된 것이라고 보기 어렵다고 할 것이므로 청구법인이 계약당시 주의의무를 다한 선의의 거래자로 보기도 어렵다고 판단된다.
(6) 따라서 청구법인은 당초 쟁점건물 신축공사를 ○○철강에게 도급을 주어 공사를 진행하다가 건축관련 법규상 문제로 종합건설업체인 ○○건설과 공사계약서를 작성하였으나 ○○건설과 ○○철강이 쟁점건물신축공사에 대한 하도급계약을 한 사실이 없음에도 그 실제공사는 ○○철강이 계속진행하였고 공사대금도 청구법인으로부터 ○○철강에게 직접 지급되었음이 확인되는 바 쟁점건물의 신축공사를 한 실제사업자는 ○○철강이라고 할 것이므로 청구법인이 ○○건설로부터 받은 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당되므로 처분청이 이에 대한 매입세액을 불공제한 처분은 타당하다고 판단된다. [쟁점(2)에 대하여 살펴본다]
(1) 청구법인은 농기계수리센타 중 사무실겸 창고 1동은 청구법인이 사용하고 나머지 건물은 1999.1.1.부터 주주들 4명에게 사무실겸 창고 3동씩을 임대 보증금 10,000,000원에 각각 임대하였음이 부동산임대차계약서에 의하여 확인된다.
(2) 또한 청구법인의 농기계수리센타에 대한 취득가액은 토지 17,150㎡의 가액이 456,512,900원이고, 건물 2,520㎡의 가액이 631,575,053원임이 청구법인의 장부에 의하여 확인되고, 이 중 주주들에게 임대한 사무실겸 창고 12동의 건물가액은 503,455,048원이고 이에 해당하는 토지가액은 314,191,717원임이 처분청의 조사서 및 이의신청결정서 등에 의하여 확인된다.
(3) 처분청은 청구법인이 특수관계자인 4명의 주주들에게 쟁점건물과 부속토지를 저가로 임대하였다고 이에 대한 1년 동안의 적정임대료를 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호에 의하여 계산한 30,661,903원과 제2호의 규정에 의하여 계산한 12,586,376원 중 큰 금액(제1호에 의하여 계산한 금액)으로 결정한 사실이 처분청의 조사서 및 결정결의서에 의하여 확인된다.
(4) 이에 대하여 청구법인은 쟁점건물과 부속토지에 대하여 ○○감정원이 감정평가한 가액(770,827,000원)이 있으므로 동 감정평가액을 시가로 하여 적정임대료를 산정하여야 하며, 청구법인은 부동산임대업을 주업으로 하는 법인에 해당하므로 임대보증금에서 건설비상당액을 공제하여 간주임대료를 계산하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴보면,
① 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어서 시가는 우선적으로 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하는 것이고, 이러한 가액이 없는 경우에는 감정평가법인이 감정한 가액과 상속세및증여세법을 준용하여 평가한 가액을 순차로 적용하여 계산한 금액으로 하게 되어 있는바, 청구법인은 건물을 신축하기 위하여 토지를 취득하고 그 지상에 쟁점건물을 신축하여 곧바로 임대하였으므로 쟁점건물과 부속토지에 대하여는 청구법인이 제3자로부터 취득한 실지취득가액을 장부가액으로 계상하였기에 당해 금액을 쟁점건물과 부속토지의 시가로 함이 타당하다고 판단된다.
② 또한 청구주장과 같이 임대보증금에서 건설비상당액을 공제하도록 규정하고 있는 조세특례제한법 제138조 및 동법시행령 제132조는 임대보증금에 대하여도 정기예금이자 만큼의 소득이 발생한 것으로 보아 법인세를 과세하기 위한 규정인 반면에 법인세법 제52조 및 동법시행령 제89조 제4항은 특수관계자간에 낮은 요율로 부동산을 임대하는 경우 적정임대료를 얼마로 볼 것인지에 대한 규정으로서 당해 규정들은 그 적용대상과 계산방법을 각각 달리 규정하고 있는바, 이 건의 경우에는 특수관계자간에 쟁점건물을 적정임대료를 받고 임대하였는지가 쟁점이므로 조세특례제한법 제138조 를 적용할 것이 아니라 법인세법 제52조 의 규정을 적용하여야 할 것이고 법인세법시행령 제89조 제4항 제1호 에 규정된 산식에는 적정임대료 산정시 건설비상당액을 차감하도록 규정하고 있지 아니하므로 쟁점건물의 건설비상당액을 공제하여 적정임대료를 계산하여야 한다는 청구법인의 주장은 관계법리를 오해한 것(같은 뜻: 국심 2002구509, 2002.6.17.)이므로 이를 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
(5) 따라서 청구법인은 쟁점건물을 신축함과 동시에 임대하였다고 쟁점건물과 부속토지에 대하여는 청구법인이 제3자와 거래한 실지취득가액이 장부가액으로 계상되었기에 이를 쟁점건물과 부속토지의 시가로 보아야 할 것이고, 부당행위계산부인의 규정은 간주임대료를 계산하는 것이 아니라 적정임대료를 계산하는 것이므로 임대보증금에서 건설비상당액을 공제하여 적정임대료를 계산할 수는 없다고 할 것이므로 처분청의 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없으므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제13조 / 부가가치세법시행령 제50조 / 부가가치세법 제17조 / 법인세법 제52조 / 법인세법시행령 제88조 / 법인세법시행령 제89조 / 조세특례제한법 제138조 / 조세특례제한법시행령 제132조 /
결정내용은 붙임과 같습니다.