부동산임대업에 대한 부가가치세 부당행위계산부인 당부

[이유]

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 000-00 소재 주식회사 ○○○○(000-00-00000, 이하 "청구외법인"이라 한다)의 주식 11.34%를 소유한 자로서 청구인과 청구외 ○○○ 공동 소유부동산인 ○○시 ○○구 ○○동 000-00 대지 376.2㎡(청구인 지분은 1/3이고, 이하 "1번토지"라 한다) 및 청구인과 청구외 ◎◎◎ 공동 소유부동산인 같은동 000-00 대지 373.9㎡(청구인 지분은 1/3이며, 이하 "2번토지"라 하고, 1번토지와 2번토지를 합하여 이하 "쟁점토지"라 한다)를 1994.10.15부터 2000.06.30까지 청구외법인에게 임대보증금 5천만원을 받고 임대하였다. 처분청은 청구외법인에 대한 세무조사결과 청구인·청구외 ○○○·동 ◎◎◎ 3인과 그들의 친족이 청구외법인 총발행주식수의 98%를 소유하고 있어 위 3인과 청구외법인은 특수관계가 있는 것으로 보아 청구인이 특수관계자인 청구외법인에게 부당하게 낮은 대가로 쟁점토지를 임대하였다 하여 2002.05.01 쟁점토지의 공시지가에 1998년까지는 국유재산사용료율(5%)을, 1999년이후에는 정기예금이자율(7.5%)을 적용하여 산출한 금액을 부가가치세 과세표준으로 하여 1996년 제1기부터 2000년 제1기 과세기간까지의 부가가치세 15,177,200원을 청구인에게 결정고지하였다.

청구인은, 청구외법인에게 임대료를 받지 아니하고 쟁점토지를 임대하여 준 사실은 있으나, 청구인은 청구외법인의 주식을 11.34%를 소유하고 있고, 청구인과 청구인의 친족은 청구외법인 총발행주식수의 31.34%만을 소유하고 있어 청구인과 청구외법인간에는 소득세법상 특수관계에 해당하지 아니함에도, 처분청에서 청구인과 청구외법인간에 특수관계에 있다 하여 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 부가가치세를 과세한 이건 처분은 부당하다.

처분청은, 청구인·청구외 ○○○·동 ◎◎◎ 3인과 그들의 친족이 청구외법인 총발행주식수의 98%를 소유하고 있어 위 3인과 청구외법인은 특수관계자에 해당하므로, 청구인의 청구외법인에 대한 쟁점토지 저가임대에 대해 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 부가가치세를 과세한 이건 처분은 정당하다.

• 가. 관련법령 소득세법 제41조 (부당행위계산)

① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 부동산임대소득·사업소득·일시재산소득·기타소득 또는 산림소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자의 범위 기타 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 소득세법시행령 제98조 (부당행위계산의 부인)

① 법 제41조 및 법 제101조에서 "특수관계 있는 자"라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.

2. 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족

3. 당해 거주자의 종업원 이외의 자로서 당해 거주자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 같이하는 친족

4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 50이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인

5. 당해 거주자와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 이사의 과반수이거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그 중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인

6. 제4호 내지 제5호에 해당하는 법인이 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인 부가가치세법 제13조 (과세표준)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 1∼3호 생략 3의 2 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가 부가가치세법시행령 제50조 (시가의 기준)

① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다) 외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 부가가치세법시행령 제52조 (부당대가 및 에누리 등의 범위)

① 법 제13조 제3호 및 제3호의2에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 현저하게 낮은 대가로 한다.

② 이하생략

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 이건 심사청구의 사실관계에 대하여 살펴본다. 처분청은 청구외법인에 대한 세무조사결과 청구인·청구외 ○○○·동 ◎◎◎ 3인과 그들의 친족이 청구외법인의 주식을 98%를 소유하고 있어 위 3인을 청구외법인의 특수관계자로 보아 부당하게 낮은 대가로 쟁점토지를 특수관계자에게 임대하였다 하여 2002.05.01 쟁점토지의 공시지가에 1998년까지는 국유재산사용료율(5%)을, 1999년이후에는 정기예금이자율(7.5%)을 적용하여 산출한 금액을 부가가치세 과세표준으로 하여 1996년 제1기부터 2000년 제1기 과세기간까지의 부가가치세 15,177,200원을 청구인에게 결정고지하였음이 부가가치세경정결의서 및 조사복명서 등에 의해 확인된다.

(2) 이건 심사청구의 쟁점에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 의2 및 같은법시행령 제52조 제1항의 규정에 의하면, "사업자가 특수관계 있는 자에게 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 현저히 낮은 대가를 받았을 경우"에만 그 시가를 용역의 공급가액으로 할 수 있도록 규정하고 있고, 같은법시행령 제50조 제1항 제1호의 규정에 의하면, 특수관계 있는 자의 여부는 소득세법시행령 제98조 제1항 의 규정을 준용하도록 규정되어 있음을 알 수 있는 바, 청구인과 청구외법인간에 특수관계 있는지의 여부에 대하여 살펴보면, 먼저, 청구인과 청구외 ○○○·동 ◎◎◎는 각각 특수관계에 있지 아니하고, 이에 대해서는 청구인과 처분청간에 다툼이 없으며, 청구인은 청구외법인의 대표이사로 취임한 적도 없고, 청구인과 그의 친족이 소유하는 주식은 청구외법인 총발행주식수의 31.34%로서 특수관계 있는 자의 범위에 대해 규정하고 있는 소득세법시행령 제98조 제1항 각호 어디에도 해당되지 아니하여 청구인과 청구외법인간에는 특수관계가 없는 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 청구인이 청구외법인과 특수관계에 있는 것으로 보고, 청구인의 청구외법인에 대한 쟁점토지 저가임대에 대해 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 의2의 규정을 적용하여 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 사실관계 및 관련법령을 오해한 잘못이 있다 할 것이다. [관련법령] 부가가치세법 제13조 / 부가가치세법시행령 제50조 / 부가가치세법시행령 제52조 / 소득세법 제41조 / 소득세법시행령 제98조 /