매입세액 안분계산 관련 부과제척기간 만료여부

[3] 쟁점매입세금계산서를 가공거래로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부 [주문]

○○세무서장이 2002.04.15 청구인에게 결정고지한 부가가치세 41,064,980원은

1. 1996년 제2기 귀속분 부가가치세 5,219,280원은 이를 취소한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다. [이유]

청구법인은 1979.05.17. 설립되어 건설·주택업 및 도소매·의류, 식잡의 사업자로 등록한 법인으로서 1996.01.27. 서울 ○○구청장으로부터 서울특별시 ○○구 ○○동 957 대 2,062㎡에 지상 10층·지하 3층 연면적 11,276㎡ ○○시장주상복건물(이하 "쟁점건물"이라 한다)재건축에 관한 건축허가를 얻어 같은 해 8월 2일 착공하여 시공중, 1999.03.23. 1차 설계변경에 의하여 지상 10층·지하2층 연면적 9,425.860㎡로 변경하였다. 처분청은 위 법인이 부가가치세 신고시 제출한 부가가치세 관련자료에 의하여 총공사비 중 면세(국민주택 건설)에 해당하는 부분(16.28%)에 대하여 1996년 2기분부터 2001년 1기분까지 총 매입세액에서 위 비율로 안분계산한 매입세액 8,628,136원(붙임참조, 이하 "쟁점매입세액" 이라 한다)을 매입세액에서 불공제하고, 청구법인이 2000.10.12.~2000.11.30. (주)A상사로부터 교부받은 매입세금계산서 3매(공급가액 156,562,000원, 세액 15,656,200원, 이하 "쟁점1매입세금계산서" 라 한다)와 (주)B교역으로부터 교부받은 매입세금계산서 3매(공급가액 51,690,000원, 세액 5,169,000원, 이하 "쟁점2 매입세금계산서" 라 하며, 쟁점1매입세금계산서와 쟁점2매입세금계산서를 합하여 "쟁점매입세금계산서" 라 한다)를 가공자료로 보아 매입세액을 불공제하는 등으로 2002.04.15. 청구법인에게 부가가치세 41,064,980원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.06.18. 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다.

(1) 1996년 제2기분 부가가치세 5,219,280원은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 국세부과의 제척기간 규정에 의하여 부과할 수 없는 경우에 해당된다.

(2) 2000년 제2기분의 일부를 제외한 나머지 모두는 매입세액의 안분계산이 전혀 되어 있지 않다고 하여 환급한 세액 중 면세사업에 관련된 매입세액만큼을 추징한 것인듯 하나 청구인은 면세사업에 관련된 매입세액에 대하여는 세금계산서를 받지 아니하였으므로 추징대상이 될 수 없다.

(3) 쟁점 매입세금계산서에 대하여 실물거래가 없는 가공거래라고 인정하여 추징한 것으로 보이나 이는 사실오인에 의한 것으로서 추징대상이 아닌 것이다.

위 청구주장에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

(1) 1996년 제2기분은 국세기본법 제26조의2 제1항 및 부가가치세법시행령 제63조 에 의하여 매입세액 재계산한 것으로 당초처분은 정당하다.

(2) 면세사업과 관련한 세금계산서를 미수취 하였다는 주장은 부당하며 제출된 계산서가 없으므로 과세분과 면세분의 면적기준에 의하여 매입세액을 재계산한 당초처분은 정당하다.

(3) 쟁점매입세금계산서는 자료상으로부터의 매입자료로서 소명요구시 증빙불비하고 소명자료간 내용이 불일치하므로 매입세액 불공제한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 다음과 같다.

(1) 1996년 제2기 귀속 고지분 부가가치세가 부과제척기간이 만료된 것인지 여부

(2) 쟁점매입세액을 매입세액불공제한 처분의 당부

(3) 쟁점매입세금계산서를 가공거래로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

• 나. 관련법령 ㅇ 부가가치세법시행령 제61조 (매입세액의 안분계산)

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액" 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관련된 매입세액×(면세공급가액/총공급가액)

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호의 규정에 우선하여 적용한다.

1. 총 매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 ㅇ 부가가치세법시행령 제61조의2 (공통매입세액의 정산) 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액=총공통매입세액×(1-과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적/과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적)-기공제세액 ㅇ 부가가치세법 제21조 (경정)

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

② 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부·기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다. ㅇ 국세기본법 제26조의2 (국세부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약" 이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국세조세조정에관한법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 ㅇ 국세기본법시행령 제12조의3 (국세부과제척기간의 기산일)

① 법 제26조의2 제3항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서제출기한(이하 "과세표준신고기한" 이라 한다)의 다음날. 이 경우 중간예납·예정신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (쟁점1에 대한 사실관계 및 판단)

① 청구법인이 1997.01.25. 신고한 1996년 2기 부가가치세 신고내용을 전산조회에 의하여 살펴본 바, 세금계산서에 의하여 매입세액으로 공제한 60,267,020원을 전액 환급받은 사실과 면세분 계산서 60,000,000원을 제출한 사실이 확인된다.

② 처분청은 청구법인이 공사비 비율로 계산하여 제출한 매입세액의 안분계산자료에 의하여 면세비율인 16.28%를 적용하여 매입세액을 안분계산 하였음이 확인된다.

③ 국세기본법 제26조의2 규정에 의한 국세부과제척기간에 있어 이 건과 같이 매입세액 안분계산의 경우는 같은법 제1항 제3호에 해당되는 것이어서 그 국세부과제척기간은 5년이라 할 것이다.

④ 따라서 국세부과제척기산일인 1997.01.26.로부터 5년이 경과하여 2002.04.15. 결정한 1996년 2기분 부가가치세 5,219,280원은 국세부과제척기간을 경과하여 과세한 것이어서 당초처분을 취소함이 타당할 것으로 판단된다. (쟁점2에 대한 사실관계 및 판단)

① 처분청이 쟁점건물과 관련하여 1997년 1기~2001년 1기 간 매입세액 안분계산한 내용을 보면, 쟁점법인이 총 공사예정비(7,690,000,000원)에 대한 국민주택예정공사비(1,251,580,586원)의 비율에 의하여 산정한 16.28%을 적용하였으며, 동 기간 중에 매출과세표준은 없는 것으로 확인된다.

② 위 사실과 관련규정을 종합하여 볼 때, 쟁점건물에 대하여는 부가가치세법시행령 제61조 제4항 제3호 의 규정에 의하여 총 예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율로 매입세액을 안분계산함이 타당하다 하겠다.

③ 따라서 처분청이 공사예정비에 의하여 산정한 비율을 적용하여 부과한 1997년 1기 내지 2001년 1기의 매입세액 안분계산은 관련법령의 적용을 잘못한 것으로 판단되나 예정사용면적으로 산정한 면세비율에 따라 안분하여 계산한 세액이 청구세액을 초과하므로 국세기본법상의 불이익변경금지 규정에 의하여 청구주장을 기각함이 적법하다고 판단된다. (쟁점3에 대한 사실관계 및 판단)

① 쟁점매입세금계산서의 매출처인 (주)A상사(204--, 서울 ○○구 ○○동 114-22번지 소재)와 (주)B교역(128--, 서울 ○○구 ○○동 661번지 소재)은 조세범처벌법 제11조의2 제4항 에 의하여 고발된 업체임이 관련서류에 의하여 확인된다.

② 처분청은 위 업체들의 관할세무서로부터 쟁점매입세금계산서가 실물거래 없는 가공의 거래라는 통보내용에 의하여 관련 매입세액을 불공제하였음이 관련서류에 의하여 확인된다.

③ 청구법인은 위 거래에 대하여 세금계산서, 거래명세표, 입금표 등을 증거자료로 제시하고 있으나 그 거래대금에 대한 금융자료는 제시하지 못하고 있다.

④ 청구법인은 의류유통구조를 알아보기 위한 시험으로 (주)A상사, (주)B교역, (주)C 무역으로부터 의류를 구입하여 (주)D무역과 (주)C무역에 매출하였으며, 중간도매상 역할을 했기 때문에 실물운반에는 관여하지 아니하였다고 주장한다.

⑤ 위 내용에 의하여 판단하여 보면, 청구법인과 거래한 (주)A상사, (주)B교역이 자료상으로 검찰에 고발된 점, 거래내용에 있어 동일한 업체로부터 매입과 매출이 같이 발생된 점, 금융자료 등 명백한 증거자료를 제시하지 못하고 있는 점 및 청구법인의 사업형태로 보아 의류유통구조를 알아보기 위한 시험으로 의류품목을 거래하였다는 청구주장이 사회통념상 신빙성 있게 보이지 아니하는 점 등에 비추어 쟁점매입세금계산서를 실거래로 보기는 어렵다 할 것이어서 처분청이 쟁점매입세금계산서상의 매입세액을 불공제한 당초처분은 정당한 것이라 하겠다.

앞에서 살펴본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 국세기본법 제26조의2 / 국세기본법시행령 제12조의3 / 부가가치세법시행령 제61조 / 부가가치세법시행령 제61조의2 / 부가가치세법 제21조 /