재활용폐자원 등에 대한 매입세액 공제대상인지 여부

[주문] ◇◇세무서장이 2001.03.06 청구인에게 결정고지한 부가가치세 47,862,640원은

1. 위 결정고지분 중 2000년 2기 부가가치세 2,810,850원과 2001년 1기 부가가치세 4,375,640원은 이를 취소한다.

2. 나머지 청구는 이를 기각한다. [이유]

청구인은 □□(이하 "쟁점업체"라 한다.)을 영위하고 있는 사업자로서 1999년 1기∼2001년 1기 부가가치세 신고시 재활용폐자원 매입세액공제 특례를 적용하여 33,809,680원을 매출세액에서 공제하였다. 처분청은 쟁점업체가 폐기물관리법에 의한 폐기물재생처리업 허가 또는 폐기물 재생처리 신고를 한 사실이 없다는 사유로 쟁점매입세액을 불공제하고 2002.03.07 청구인에게 부가가치세 47,862,640원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.06.08 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 쟁점업체의 사업시작 전 관할구청에 폐기물재생처리허가신고를 하였으나 관할구청으로부터 사업규모가 작아 허가사항이 아니라는 이유로 허가를 받지 못하였으며 영세사업자로서 물품을 매입하여 영업을 할 권리가 있다 할 것이므로 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 부당하다고 주장한다.

위 청구주장에 대하여 처분청의 의견은 다음과 같다 (1) 조세특례제한법 제108조 및 동법시행령 제110조 제3항 제1홍에서 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생 처리업 허가를 받은자 또는 폐기물재생처리 신고를 한 자가 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니한 자와 간이과세자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하는 경우에 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다고 규정하고 있는 바 ◇◇구청장이 처분청에 보낸 사실확인 요청에 대한 통보내용을 보면 청구인에 대한 폐기물재활용신고필증을 교부하지 아니한 사실이 확인되고 위 폐기물재활용신고필증은 폐기물관리법 제44조 의 2의 규정에 의하여 동법시행규칙 제46조 제1항에 해당하는 재활용제품에 대하여 환경부령이 정하는 보관시설 및 재활용 시설을 갖추어 시 도지사에게 신고하는 경우 교부되는 것이므로 사업규모가 작아 허가를 받지 못하였다는 청구주장은 이유가 없으며

(2) 조세법률주의 원칙상 과세요건은 물론 비과세 또는 조세특례규정의 해석등 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적인 이유없이 확장해석 하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며 특히 특례요건규정은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙상 부합하므로 위 요건을 갖춘 경우에 한하여 재활용폐자원 매입세액을 공제하여야 할 것으로 청구주장과 같이 영세하여 허가조건을 갖출 수 없다는 사정이 있다 하여 이를 달이 볼 수 없는 것이므로 주장을 받아들일 수 없는 것이다

(3) 위와 같이 청구인은 조세특례제한법 제108조 및 동법시행령 제110조 제3항 1호에 규정하고 있는 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생 처리업 허가를 받은 자 또는 폐기물 재생처리신고를 한 자에 해당하지 아니하므로 쟁점매입세액을 공제하지 아니한 당초처분은 적법하다

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 폐기물관리법에 의한 폐기물재생처리업 허가 또는 신고를 하지 아니한 사업자도 조세특례제한법상 재활용폐자원 등에 대한 매입세액을 공제할 수 있는 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 1) 조세특례제한법 제108조 [재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제 특례]

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가ㆍ지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 재활용폐자원에 대하여는 취득가액에 108분의 8을 곱하여 계산한 금액을, 중고품에 대하여는 취득가액에 110분의 10을 곱하여 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 2) 조세특례제한법 시행령 제110조 [재활용폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제 특례]

① 법 제108조 제1항에서 "기타 대통령령이 정하는 자"라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다.)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물중간처리업허가를 받은 자(폐기물을 재활용하는 경우에 한한다.) 또는 폐기물재활용신고를 한 자 3) 폐기물 관리법 제44조 의 2 [폐기물재활용신고]

① 다른 사람의 사업장폐기물을 재활용하는 자로서 다음 각호의 1에 해당하는 자는 환경부령이 정하는 보관시설 및 재활용시설을 갖추어 환경부령이 정하는 바에 따라 시 도지사에게 신고하여야 한다.

5. 환경부령이 정하는 사업장 폐기물을 재활용하는 자 4) 폐기물관리법시행규칙 제46조 [재활용신고대상]

① 법 제44조의 2 제1항 제5호에서 " 환경부령이 정하는 사업장폐기물"이라 함은 다음 각호의 폐기물을 말한다. 다만 제4호 내지 제7호의 경우에는 수집, 운반하는 경우에 한한다.

4.∼8. 생략 5) 폐기물관리법 제46조 [폐기물재활용신고]

① 다른 사람의 사업장폐기물을 재활용하는 자로서 다음 각호의 1에 해당하는 자는 환경부령이 정하는 보관시설 및 재활용시설을 갖추어 환경부령이 정하는 바에 따라 시 도지사에게 신고하여야 한다.

5. 환경부령이 정하는 사업장 폐기물을 재활용하는 자

③ 제5호의 규정에 해당하는 자 중 환경부령이 정하는 자는 제1항의 규정에 의한 신고를 한 것으로 본다. 6) 폐기물관리법시행규칙 제46조 [재활용신고대상]

② 벚 제44조의2 제1항 제5호에서 "환경부령이 정하는 사업장폐기물"이라 함은 다음 각호의 폐기물을 말한다. 다만 제4호 내지 제7호의 경우에는 수집 운반 하는 경우에 한한다.

4.∼8. 생략

④ 법 제44조의2 제3항에서 "환경부령이 정하는 자"라 함은 제2항 제1호 내지 제3호의 1에 해당하는 폐기물을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

① 청구인이 영위한 쟁점업체는 비철금속을 제조한 업체로서 1999.06.17 사업을 시작하여 2001.06.30폐업하였음이 전산조회에 의하여 확인된다.

② 청구인이 부가가치세 신고시 고철매입에 따라 공제받은 매입세액은 1999년 1기 1,910,000원, 1999년 2기 19,596,000원, 2000년 1기 6,519,090원, 2000년 2기 2,1163,863원, 2001년 1기 3,620,727원 등 33,809,680원임이 처분청에 제출된 부가가치세 신고서에 의하여 확인된다.

③ 처분청이 2001.11.22 관할구청에 쟁점업체의 폐기물재생처리 허가증교부 여부를 조회한 데 대하여 관할 ◇◇구청장은 2001.11.23 폐기물재활용신고필등을 교부한 사실이 없다는 내용을 회보하였음이 관련공문에 의하여 확인된다.

④ 한편 2002.05.30 청구인이 ◇◇구청에 제출한 진정서에 대한 ◇◇구청장의 답신내용을 보면 폐기물관리법에 의하여 폐지 고철 폐용기류를 재활용하는 자는 재활용신고 대상이 아니라고 회신하였다.

⑤ 이 건 심리기간 중 고철이 폐기물관리법상의 신고 및 허가대상품목인지 여부에 대한 조회에 대하여 환경부장관은 현행 폐기물관리법시행규칙 제46조 제2항 에 고철을 신고대상으로 규정하고 있으나 같은법 제44조의2 제3항 및 동법 시행규칙 제46조 제4항의 규정에 의하여 고철을 재활용하는 자는 재활용신고를 한 자로 규정하고 있다고 회신하였다.

⑥ 먼저 폐기물관리법 연혁을 통하여 고철이 재활용폐기물로서 허가 및 신고대상인지 여부를 살펴보면 ㉮ 1999.08.09 개정전의 폐기물관리법 시행규칙 제46조 에서는 고철은 환경부령이 정하는 폐기물에 해당하지 아니하였으나 ㉯ 1999.08.09 개정된 폐기물관리법 시행규칙 제46조 에서는 고철을 환경부령이 정하는 사업장 폐기물로 지정하면서 시 도지사에게 신고하도록 규정하였으나 1999.12.31 개정된 폐기물관리법에서는 환경부령이 정하는 폐기물 재활용사업자는 이를 신고한 것으로 간주하였고 2000.07.22 개정된 폐기물관리법 시행규칙 제46조 의 규정에서 그 신고간주 사업장폐기물을 고철 폐지 폐용기류로 규정하였다. ㉰ 따라서 고철이 폐기물관리법에 의하여 허가 및 신고를 하도록 의무화된 기간은 1999.08.09부터 2000.07.31까지라 할 것이다

⑦ 위 내용과 관련법령을 종합하여 볼 때 폐기물재활용자인 청구인이 환경부령이 정하는 바에 따라 그 허가 및 신고대상이 아니었던 1998.08.09 이전 및 허가나 신고대상으로 되었으나 청구인이 그 의무를 이행하지 아니한 1999.08.09부터 2000.07.21 까지의 거래에 대하여 조세특례제한법 제108조 의 부가가치세 매입세액특례규정을 배제함은 적법하다 하겠으나 폐기물관리법이 개정되어 신고한 것으로 간주된 2000.07.22 이후에까지 허가 및 신고미이행을 이유로 위 특례규정을 배제한 이 건 처분은 관련법을 잘못 적용한 것이라 하겠다

⑧ 위 내용에 의하여 청구인이 부가가치세 신고시 매입세액으로 공제한 쟁점매입세액 중 2000.07.22 이후 도래하는 과세기간분에 대하여 조세특례제한법상의 특례 규정을 적용하여 그 매입세액을 공제함은 타당한 것으로 판단된다. 앞에서 살펴본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 조세특례제한법 제108조 / 조세특례제한법 시행령 제110조 / 폐기물 관리법 제44조 의 2/ 폐기물관리법시행규칙 제46조 / 폐기물관리법 제46조 / 폐기물관리법시행규칙 제46조 /