부당행위계산부인의 규정 적용시 적정임대료 산정 방법

[이유]

청구인은 청구인 소유 서울특별시 영등포구 ○○동 24-5번지 대지 1,640㎡ 중 청구인 지분 820㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 청구인과 특수관계자인 위 지상건물 소유자 청구외 A개발(주)에 임대하고 그 임대료에 대하여 부가가치세를 신고납부하였다. 처분청은 청구인이 받은 임대료가 특수관계자와의 거래에 있어 조세의 부담을 부당히 감소시킨 행위에 해당하는 것으로 보아 1996년~1998년 귀속분은 개별공시지가에 국유재산사용요율을 곱한 금액으로, 1999년~2000년 귀속분은 법인세법시행령 제89조 제4항 을 준용하여 개별공시지가에 정기예금이자율을 곱한 금액으로 각각 산출한 적정임대료에서 청구인이 기 신고한 수입금액을 차감한 과소신고금액에 대하여 2002.01.13 청구인에게 부가가치세 1996년 2기분 10,406,220원을, 2002.03.08 청구인에게 부가가치세 1997년 1기분 10,564,070원, 1997년 2기분 10,562,580원, 1998년 1기분 10,340,050원, 1998년 2기분 10,337,080원, 1999년 1기분 9,262,680원, 1999년 2기분 8,718,800원, 2000년 1기분 4,414,940원(2000년 1기분의 과세기간은 2000.01.01~03.29임)합계 64,200,200원을 각각 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.04.11 이 건 심사청구를 제기하였다.

청구인은 다음과 같은 요지의 주장을 한다.

(1) 처분청은 과세근거로서 부가가치세법 제13조 의 부당하게 낮은 대가를 받는 경우와 같은법시행령 제50조 제1항의 특수관계자와의 거래를 들고 있으나 이 경우의 부당성이란 특수관계 없는 자와의 거래와 비교하여 현저히 낮은 대가를 말하는 것인데 단순히 국유재산의 대부율에 비하여 과소하다는 이유로 과세한 것은 부당행위계산의 본질에 반하는 것이며 단순한 토지만의 대부료를 토지가액의 5%로 계약하는일은 사실상 볼 수 없는 실정이다.

(2) 토지를 사용하게 하는 것은 용역의 공급에 해당되는 바(부가가치세법 제7조 제1항), 용역의 무상 또는 저율공급은 법 제7조 제2항의 규정에 의하여 용역의 공급으로 보지 아니하므로 과세대상이 되지 아니함에도 재화의 무상공급처럼 과세대상으로 삼는 것은 위법하다고 보여지고 처분청이 근거규정으로 주장하는 부가가치세법 제13조 는 과세표준 계산에 관한 규정이므로 일단 과세대상이 되는 재화의 용역의 공급을 전제로 한 것이며 용역의 공급에 해당되지 아니하는 것을 용역의 공급으로 의제하는 규정은 아니라고 할 것이므로 처분청의 이 건 주장은 법리에 합당하지 아니하다.

위 청구주장에 대하여 처분청은 당초 조사처인 종로세무서에서의 조사자료에 의하면 쟁점토지와 유사한 토지의 임대실례가액이 없는 것으로 되어 있고, 청구인도 이에 대한 구체적인 자료제시를 하지 못하고 있어 국유재산법시행령 제26조 에서 규정하고 있는 국유재산에 대한 연간 사용료 계산방법 및 법인세법시행령 제89조 제4항 의 규정을 원용하여 임대가액을 산정하고 그에 따라 부가가치세를 경정한 당초처분은 정당하다는 의견이다.

• 가. 쟁점 이 건 심사청구의 쟁점은 청구인이 쟁점토지를 특수관계자에게 부당하게 낮은 임대료로 사용하게 한 데 대하여 부당행위계산부인의 규정을 적용하면서 그 적정임대료를 국유재산법상 토지사용료율 및 법인세법시행령 제89조 의 규정에 의하여 산정한 것이 정당한 지 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 ㅇ 부가가치세법 제13조 (과세표준)

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액" 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 3의2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가 ㅇ 부가가치세법시행령 제50조 (시가의 기준)

① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자가 특수관계에 있는 자(소득세법시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각호에 규정된 자를 말한다. 이하 같다)외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다. ㅇ 부가가치세법시행령 제52조 (부당대가 및 에누리 등의 범위)

① 법 제13조 제1항 제3호에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시각보다 현저하게 낮은 대가로 한다. ㅇ 소득세법시행령 제98조 (부당행위계산의 부인)

① 법 제41조 및 법 101조에서 "특수관계에 있는 자"라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다.

4. 당해 거주자와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 50이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인 ㅇ 법인세법시행령 제89조 (시가의 기준)

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액 중 큰 금액

• 가. 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액
• 나. 당해 자산의 감가상각비(기준내용연수와 그에 따른 상각률 및 제26조 제4항의 규정에 의한 감가상각방법에 의하여 계산한 당해 사업년도 중의 임대차기간에 해당하는 상각범위액을 한도로 한다) 및 공과금·수선비 등 그 자산을 유지·관리함으로써 발생하는 비용의 합계액
• 다. 사실관계 및 판단

① 쟁점토지는 청구인과 청구외 김○○(청구인의 第)기 공유로 소유하였던 토지로서 2000.03.30 (주)B개발에 양도되었음이 관련 등기부등본에 의하여 확인된다.

② 청구인과 임차인 A개발(주)는 1996년~2000년간 소득세법시행령 제98조 제1항 제4호 의 규정에 의한 특수관계자이며 이에 대하여는 처분청과 청구인간 다툼은 없다.

③ 청구인은 1996.01.01~2000.03.30 사이 A개발(주)과 보증금 36,400,000원, 월세 3,640,000원의 임대계약을 체결한 사실이 처분청의 조사서 및 관련 증거자료에 의하여 확인된다.

④ 한편, 쟁점토지의 공시지가 변동사항 및 그에 따른 쟁점토지의 평가액은 다음과 같이 확인된다. ┌──┬──────┬───────┬───────────┐ │년도│공시지가(원)│ 평가가액(원) │ 비고 │ ├──┼──────┼───────┼───────────┤ │1996│ 5,760,000 │ 4,723,200,000│ 1996.07.01~1997.06.29│ ├──┼──────┼───────┼───────────┤ │1997│ 5,830,000 │ 4,780,600,000│ 1997.06.30~1998.06.29│ ├──┼──────┼───────┼───────────┤ │1998│ 5,730,000 │ 5,330,000,000│ 1998.06.30~1999.06.29│ ├──┼──────┼───────┼───────────┤ │1999│ 5,330,000 │ 4,370,600,000│ 1999.06.30~2000.03.30│ ├──┼──────┼───────┼───────────┤ │2000│ 5,540,000 │ 4,542,800,000│ │ └──┴──────┴───────┴───────────┘

⑤ 처분청은 쟁점토지의 연간 적정임대료를 1996.07.01부터 1998.12.31까지는 당해재산의 가액에 국유재산법상의 사용요율인 5%를 적용한 가액으로, 1999.01.01부터 2000.03.30까지는 법인세법 제89조 제4항 제1호 의 규정에 의하여 산정한 가액으로 계산하였음이 처분청의 조사서에 의하여 확인된다.

⑥ 위 사실에 의하여 이 건 부가가치세 부과가 정당한 지 여부를 살펴보면 ㉮ 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 의2 규정 및 같은법시행령 제50조 및 제52조의 규정을 종합하여 볼 때 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 부당하게 낮은 가액으로 용역을 공급하는 경우에는 그 용역의 시가로 과세표준을 계산하는 것이어서 용역의 무상 또는 저율공급은 부가가치세법 제7조 제3항 의 규정에 의하여 용역의 공급으로 보지 아니하므로 과세대상이 되지 아니한다는 청구인의 주장은 관련 규정을 잘못 해석한 것으로 보여지고 ㉯ 부가가치세법시행령 제50조 제1항 의 규정에 의한 시가를 산정할 때는 특수관계 있는 자외의 자외의 정상적인 거래시 형성되는 가격을 기준으로 산정하여야 하며, 이 때 그에 관한 실례가 있는 경우에는 그 가격을 기준으로 하면 될 것이고, 그와 같은 실례가 없는 경우에는 당해 토지의 지목, 위치, 주위환경, 이용방법, 사용범위 등 제반여건을 고려하고 부동산의 가격을 형성하는 지역과 개별요인, 인접 또는 유사지역 내의 유사물건에 대한 적정 거래가능가격을 합리적으로 조사하여 산정한 가격을 기준으로 삼아야 할 것인 바, 청구인이 인근 임대실례가액을 제시하지 못하고 있어 쟁점토지를 개별공시지가로 평가한 가액에 국가가 국유재산을 임대할 때 일반적으로 적용하고 있는 국유재산법(1999.12.31 법률 6072호로 개정되기 이전의 것) 시행령 제26조 제1항 제3호에서 규정한 최저 국유토지 임대요율 5%를 적용하여 적정임대료를 산정한 이 건은 당시 시중은행의 금리수준, 국공채이율 등을 고려하여 볼 때 합리성과 타당성을 갖춘 적정거래가능가격이라 할 수 있을 것(심사소득 2000-427 같은 뜻임) 이어서 1998년 이전분에 대하여 위 가격으로 적정임대료를 산정한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. ㉹ 또한, 1998.12.31 세법개정(대통령령 제15970호)으로 인하여 법인세법 제89조 제4항 에 용역의 제공에 대한 시가의 범위에 대하여 명문의 규정을 둔 1999년 이후분에 대하여는 동 규정을 준용하여 계산한 금액을 적정임대료로 산정함이 정당하다 할 것이다.

⑦ 따라서 처분청의 이 건 부가가치세 과세는 관련규정에 비추어 볼 때 적법한 것으로 판단된다. 다만, 쟁점토지의 시가를 평가함에 있어 각 연도 중 공시지가공표 이전분에 대하여 당해연도의 공시지가를 적용한 것과 1999년 이후의 적정임대료를 계산함에 있어 당해토지 시가의 50%에 상당하는 금액에서 당해토지의 임대보증금을 공제하지 아니한 채 정기예금이자율을 곱하여 산정하였음은 관련법령의 적용을 잘못한 것이나 그에 따라 경정할 세액이 청구세액을 초과하므로 국세기본법 제79조 의 불이익변경금지 규정에 의하여 이 건 심사청구는 청구인의 주장을 기각함이 타당하다 하겠다.

앞에서 살펴본 바와 같이 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제13조 / 부가가치세법시행령 제50조 / 부가가치세법시행령 제52조 / 소득세법시행령 제98조 / 법인세법시행령 제89조 /