공유수면매립먼허권의 양도인지 토지의 양도인지

[주문] 서♤♤세무서장이 2002.12.4. 청구법인에게 결정고지한 2001년 제1기 부가가치세 6,884,772,960원은 이를 취소합니다. [이유]

청구법인은 ♤♤광역시 서구 ㅇㅇ동 100-1번지 지선 공유수면 168,664㎡(이하 "쟁점매립지"라 한다)에 대하여 ㅇㅇㅇ 원양어업전용부두 축조 및 관련부지 조성목정으로 1991.6.10. 공유수면매립법에 의거 ♤♤지방해운항만청장으로부터 공유수면매립면허를 취득하여 공유수면매립공사를 착공하였고 2001.4.2. 쟁점매립지에 대한 준공인가를 받았다. 처분청은 청구법인이 쟁점매립지의 준공인가전인 2001.2.21. 청구법인이 취득한 쟁점매립지의 매립면허권을 청구법인의 주주들에게 양도하였으므로 이를 부가가치세 과세대상인 공유수면매립면허권의 양도로 보아 감정평가법인이 평가한 쟁점매립지의 감정평가액을 평균하여 안분계산한 43,191,800,058원을 쟁점매립지의 양도가액으로 하여 2002.12.4. 청구법인에게 2001년 제1기분 부가가치세 6,884,772,960원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.12.28. 이 건 심사청구하였다.

청구법인은 쟁점매립지의 준공인가 이전인 2001.2.21. 쟁점매립지를 주주들에게 현물지급할 당시 총공사비의 99%가 투입되었고 원양어업전용부두가 개장된상태에 있었으며, 쟁점매립지중 50,835.63㎡는 수협 등 7개 주주회사들이 1995.5월부터 토지사용허가를 받아 냉장창고 등 건축물을 신축하여 사용하면서 토지취득세 및 종합토지세를 납부하고 있었는 바, 쟁점매립지의 경우 형식상 준공인가를 받지 ㅣ못하였으나 실질적으로는 매립이 완료된 사실상의 토지로 부가가치세 면세 공급에 해당되므로 처분청의 부가가치세 과세는 부당하다. 공유수면매립이 사실상 완료된 단계에서는 공유수면을 배타적으로 매립할 수 있는 권리는 소멸하고 매립으로 조성된 토지를 취득할 수 있는 권리만이 존재한다고 하겠으며, 사실상 토지의 공급에 필수적으로 부수되는 매립면허권을 토지의 공급에 포함시켜 무상으로 공급하였는 바, 객관적 가치가 불분명하여 무상으로 공급한 매립 면허권의 공급을 주된공급으로 인정함과 동시에 쟁점매립지의 가액이 곧 매립면허권은 공급가액이라고 하는 것은 조세법률주의와 실질과세원칙을 위배한 부당한 처분이다.

공유수면매립면허권은 국가에 공유수면을 매립해 주고 그 대가로 일부 매립지를 취득할 수 있는 독점적·배타적 권리를 부여받은 것으로 재산적 가치가 있는 무체물에 해당된다고 하겠으며, 청구법인은 쟁점매립지의 준공인가 이전에 매립면허권을 주주들에게 보유주식 지분율대로 양도하여 주주들이(피면허권자) 쟁점매립지에 대한 준공인가를 받은 사실이 있고, 이는 부가가치세 과세대상인 매립면허권을 공급하였다고 볼 수 있으므로 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다. 쟁점매립지의 면허권가액은 2개 감정평가법인이 2001.2.21.부터 2.28.까지의 기간에 걸쳐 감정평가한 가액의 평균가액을 계산하여 안분계산한 것으로 매립면허권은 양도 당시 시가라 할 수 있고, 이 시가는 본건 매립면허권이 양도되기 직전인 2000.8.9. 종전 주주인 ○○산업(주)가 보유한 청구법인의 주식을 액면가액의 2배에 처분하였고, 감정평가법인이 평가한 가액 또한 쟁점 매립지 관련 건설가계정 금액의 약 2배에 상당하는 점으로 보아 매립면허권은 재산적 가치가 큰 권리로 존재한다고 판단되므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 공유수면매립먼허를 받아 매립공사를 시행하던중 매립준공인가일 이전에 주주들에게 자본감자의 대가로 공유수면매립면허권을 양도한 것이 공유수면매립면허권의 양도인지, 토지의 양도인지를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제1조 [과세대상]

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

③ 제1항에서 용역이라 함은 재화 이외의 재산적 가치가 있는 모든 역무 및 기타 행위를 말한다.

④ 주된 거래인 재화의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화의 공급에 포함되고, 주된 거래인 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. 부가가치세법 시행령 제1조 [재화의 범위]

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력·열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다. 부가가치세법 제2조 [납세의무자]

① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 "사업자"라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다. 부가가치세법 제6조 [재화의 공급]

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. 부가가치세법 통칙 6-14-2 [출자지분의 과세] 출자자가 자기의 출자지분을 타인에게 양도하거나 법인 또는 공동사업자가 출자지분을 현금으로 반환하는 것은 재화의 공급에 해당하지 아니하는 것이나, 법인 또는 공동사업자가 출자지분을 현물로 반환하는 것은 재화의 공급에 해당한다. 부가가치세법 제9조 [거래시기]

② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. 부가가치세법 제22조 [용역의 공급시기] 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.

1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때

2. 완성도기준지급·중간지급·장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때

3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때

4. 제49조의 2 제1항·제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 부가가치세법 제12조 [면세]

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

부가가치세법 제17조 [납부세액]

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. (1993.12.31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것)

4. 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다.) (1993.12.31. 법률 제4633호로 개정된 후의 것)

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 부가가치세법 시행령 제60조 [매입세액의 범위] (1993.12.31. 대통령령 제14081호로 개정되기 전의 것)

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 포함한다. (1993.12.31. 대통령령 제14081호로 개정된 후의 것)

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다. 공유수면매립법 제9조 [면허]

① 공유수면을 매립하고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 매립목적을 명시하여 해양수산부장관의 면허를 받아야 한다. 공유수면매립법 제13조 [매립지의 사용] 매립의 면허를 받은 자는 제12조의 규정에 의한 인가전에 그 매립지를 사용할 수 있다. 다만, 매립에 관한 공사용이 아닌 공작물을 설치하고자 하거나 농업 또는 수산양식을 주된 목적으로 하여 매립한 매립지를 사용하고자 할 때에는 해양수산부장관의 허가를 받아야 한다.(1986. 12.31. 개정후) 공유수면매립법 제25조 [준공인간] 매립면허를 받은 자가 매립공사를 준공한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 그가 소유권을 취득하고자 하는 매립지의 위치와 지적법 제5조 의 규정에 의한 지목을 정하여 해양수산부장관에게 준공인가를 신청하여야 한다. 공유수면매립법 제26조 [매립지의 소유권취득 등]

① 국가·지방자치단체 또는 매립면허를 받은 자는 제25조의 규정에 의한 준공인가를 받은 날에 다음 각호의 구분에 따라 매립지의 소유권을 각각 취득한다.

1. 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공의 용에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 국가 또는 지방자치단체

2. 매립된 바닷가에 상당하는 면적(매립된 바닷가 중 매립공사의 시행으로 인하여 새로이 설치된 공용시설 또는 공공시설의 용지에 포함된 바닷가를 제외한다)을 집합구획한 매립지는 국가. 이 경우 국가가 소유권을 취득하는 매립지의 위치는 제25조의 규정에 의하여 매립면허를 받은 자가 정한 매립지가 아닌 곳으로 한다.

3. 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 국가또는 지방자치단체가 소유권을 취득한 매립지를 제외한 매립지 중 대통령령이 정하는 당해 매립공사에 소요된 총사업비(조사비·설계비·순공사비·보상비 기타 비용을 합산한 금액으로 한다)에 상당하는 매립지는 매립면허를 받은 자 공유수면매립법 제38조 [국가 등이 시행하는 매립]

③ 제1항의 규정에 의하여 매립공사를 시행한 기관은 당해 매립공사를 준공한 때에는 지체없이 지적법 제5조 의 규정에 의한 지목을 정하여 해양수산부장관에게 준공인가를 신청하여야 한다. 공유수면매립법 시행규칙 제6조 [매립면허의 권리양수자 등에 대한 공유수면매립면허증의 교부] 면허관청은 법 제23조의 규정에 의하여 매립면허로 인한 권리를 양수하거나 매립면허에 따른 권리·의무를 승계한 자가 있는 경우에는 관계 서류를 확인한 후 별지 제3호 서식에 의한 공유수면매립면허증을 교부하여야 한다. 국세기본법 제15조 [신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 국세기본법 제18조 [세법해석의 기준, 소급과세의 금지]

① 세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

1. 사실관계

• 가) 공유수면매립공사와 관련된 청구법인의 일련의 행위는 다음과 같다.

① 청구법인은 1990.6.5. ♤♤광역시 서구 ㅇㅇ동 100-1번지 지선ㅇㅇㅇ 원양어업전용부두 및 관련부지 조성목적으로 수산업협동조합 및 19개 ♤♤지방해운항만청장으로부터 쟁점매립지에 대한 공유수면매립면허권을 취득하여 1991.11.26. 매립공사를 착공하였고, 2001.4.2. ♤♤지방해양수산청장으로부터 공유수면매립공사 준공인가필증이 교부되었음이 관련 공문에 의거 확인된다.

② 1995.10.21. 부터 1999.9.21.사이에 청구법인이 ♤♤지방해운항만청장으로부터 아래[표1] 과 같이 공유수면매립지 50,835.63㎡에 대하여 사전 사용허가를 받았음이 ♤♤지방해운항만청 및 관계구청의 관련 공문에 의거 확인된다. [표1] ┌───────┬─────────┬─────┬───┐ │ │ 사용자 │사용면적 │ 비 고│ │사용허가 일자 │ (주주) │ (㎡) │ │ │ │ │ │ │ ├───────┼─────────┼─────┼───┤ │1995. 10. 21 │ㅁㅁ어업(주) │ 3,944.00 │ │ ├───────┼─────────┼─────┤ │ │1995. 10. 21 │ㅇㅇ냉장(주) │ 5,364.00 │ │ ├───────┼─────────┼─────┤ │ │1995. 10. 21 │ㅁㅁ중앙회 │14,671.00 │ │ ├───────┼─────────┼─────┤ │ │1996. 6. 3. │(주)ㅇㅇ콜드프라자│16,166.68 │ │ ├───────┼─────────┼─────┤ │ │1999. 4. 30. │ㅁㅁ냉장(주) │ 4,549.12 │ │ ├───────┼─────────┼─────┤ │ │1999. 9. 21 │ㅇㅇㅇ냉장(주) │ 6,140.83 │ │ ├───────┼─────────┼─────┤ │ │ 계 │ │50,835.63 │ │ └───────┴─────────┴─────┴───┘

③ 1997.5.1.부터 청구법인이 쟁점매립지를 매립하여 만든 부두를 원양어업부두로 개장하였음이 관련공문(제목: ㅇㅇㅇ 원양어업부두 개장통보, 항무58163-696, 1997.4.24.)에 의거 확인된다.

④ 1999.11.29. 청구법인은 쟁점매립지의 매립이 사실상 완료되었다 하여 준공식을 거행하였음이 청구법인의 업무보고자료에 의거 확인된다.

⑤ 청구법인은 2001.1.30. 쟁점매립지의 공유수면매립면허를 청구인을 포함하여 청구법인의 주주인 ㅁㅁ냉장(주)외 13개업체로 변경하여 공유수면매립공사 피면허인 변경신청을 하였고 이 신청에 의하여 ♤♤지방해양수산청장은 공유수면매립면허증을 청구법인의 신청내용과 같이 변경하여 2001.2.21. 공유수면매립면허증을 교부하였다.

⑥ 청구법인은 2001.2.21. ♤♤지방해양수산청장이 교부한 공유수면매립면허증에 따라 같은 날 주주들에게 주식 보유비율대로 쟁점 매립지를 감자의 대가로 현물지급하면서 아래 [표2] 와 같이 건설가계정금액을 근거로 하여 총 26,648백만원 계산서를 교부하였으며, 부가가치세 신고시 매출과표로 신고하지 않았음이 조사복명서 및 국세통합시스템에 의거 확인된다. [표2] (단위: 백만원) ┌─────────┬───┬────┬────┬───┐ │ 공급받는 자 │ 계 │01.2.21 │01.3.31 │ 비 고│ │ (주주) │ │교부금액│교부금액│ │ ├─────────┼───┼────┼────┼───┤ │ㅇㅇ냉장(주) │ 1,450│ 1,445 │ 5 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │ㅁㅁ어업(주) │ 2,475│ 2,467 │ 7 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │(주)ㅇㅇ콜드프라자│ 4,440│ 4,426 │ 14 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │ㅁㅁ냉장(주) │ 1,237│ 1,233 │ 4 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │ㅇㅇㅇ냉장(주) │ 1,758│ 1,753 │ 5 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │@@@@실업(주) │ 1,111│ 1,108 │ 3 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │○○수산(주) │ 3,059│ 3,049 │ 10 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │★★교역 │ 2,575│ 2,567 │ 7 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │＃＃수협중앙회 │ 3,966│ 3,954 │ 12 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │■■수산(주) │ 869│ 867 │ 2 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │◆◆기업(주) │ 1,237│ 1,234 │ 3 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │(주)ㅇㅇ │ 2,465│ 2,458 │ 7 │ │ ├─────────┼───┼────┼────┤ │ │ 계 │26,648│26,566 │ 82 │ │ └─────────┴───┴────┴────┴───┘

⑦ 청구법인은 공유수면 매립과 관련하여 수취한 매입세금계산서는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 부가가치세 신고시 매입세액 불공제하였음이 조사종결복명서에 의거 확인된다.

⑧ 2001.3.30. 청구법인의 정기주주총회 결의내용을 보면 아래 [표3] 과 같이 보유주식비율에 따라 자본감소하고 그 대가로 쟁점매립지를 현물지급하기로 결의하였음이 정기주주총회 의사록에 의하여 확인된다. [표3 생략]

⑨ 2001.2.21. 변경교부된 공유수면매립면허증에 따라 2001.2.26. 청구법인을 포함한 각 주주들이 ♤♤지방해양수산청에 공유수면 매립공사 준공인가를 신청하였고, 2001.4.2.자로 청구법인을 포함한 13개업체로 하는 준공인가필증이 교부되어 아래 [표4] 와 같이 매립지 소유권을 각각 취득하였음이 ♤♤지방해양수산청의 관련공문(환경58163-307, 2001.4.2.)에 의거 확인된다. [표4 생략]

• 나) 공유수면매립공사와 관련된 매입세액의 공제 및 매립준공인가 전의 매립지양도·매립준공인가로 인한 매립지 취득에 대한 부가가치세 과세 등에 관한 청구법인, 과세관청 등이 한 일련의 행위에 대하여 살펴본다.

① 북♤♤세무서장이 1993.4 청구법인에 대한 세무조사를 하면서 ♤♤광역시 서구 ㅇㅇ동 100-1변지 지선 공유수면매립지 조성사업에 관련된 매입세금계산서는 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 1992년 제1기 및 1992년 제2기 매입세액 497,138,760원을 불공제하여 추징한 사실이 조사복명서에 의거 확인되고 있다.

② 청구법인이 공유수면매립 준공인가 전인 1994.6.24. 국세청 질의·회신문을 보면 『제조업을 영위하는 사업자가 공장부지로 사용할 목적으로 공유수면매립법에 의하여 공유수면매립면허를 득하여 토지조성 중인 공유수면매립지의 준공인가전에 공유수면매립면허를 양도하는 것은 재산적 가치가 있는 권리의 양도에 해당되는 것이나, 준공인가 전 이라도 동 매립지가 사실상 매립완공되어 토지로서 특별부가세 과세대상이 되는 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니한다』(부가46015-1274, 1994.6.24.)고 하였으나, 재정경제부예규(소비 46015-71, 1998.5.9.)에서는 『공유수면매립법에 의하여 공유수면매립면허를 받은 자가 공유수면을 매립·준공한 후 그 대가로 공사비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하는 경우 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당한다』고 하였다.

③ 2001.6.28. 국세청장이 공유수면매립공사 관련 업무처리지침을 마련하여 시행하였고 동 업무처리지침에서는 『공유수면매립면허권은 재산적가치가 있는 독립된 권리로서 매립면허권의 양도는 재화의 공급에 해당하므로 양도시기, 매입세액공제 여부에 관계없이 부가가치세를 과세하도록 하고, 매립면허권의 양도자가 매립공사 관련 매입세액을 공제받지 아니한 경우 부과제척기간 내에서 직권으로 공제하도록 한다』 고 한데 근거하여, 처분청은 공유수면매립면허권의 시가를 2001.2.21.~2001.2.28 기간동안 2개 감정평가법인이 평가한 공유수면매립지 평가금액의 평균가액을 안분 계산한 43,191,800,058원으로 보아 2002.12.4. 청구법인에게 2001년 제1기 부가가치세 6,884,772,960원을 경정하면서, 부과제척기간이 경과되지 아니한 1997년 제1기부터 2001년 제1기까지의 쟁점매립지의 매립공사관련 매입세액 364,022,159원을 직권 공제하였음이 조사복명서에 의거 확인된다.

2. 판 단 공유수면매립면허를 받아 조성중인 매립지의 양도가 공유수면매립면허권의 양도인지, 토지의 양도인지에 대하여 살펴본다.

• 가) 공유수면매립면허를 받은 자가 매립공사 중 매립면허권과 매립공사로 형성된 경제적가치가 있는 재화·용역 등을 함계 양도하는 경우 이 중 매립면허권의 양도는 부가가치세법 제1조 제2항 및 동법시행령 제1조 제2항의 규정에 의해 과세대상이 되며 이전에 대하여 청구법인과 처분청간 다툼이 없다.
• 나) 그러나, 매립공사로 형성된 경제적가치가 있는 재화·용역을 양도하는 경우 공급되는 재화·용역이 부가가치세 과세대상인지 여부는 실지 내용에 따라 판단하여야 할 사항인바 이에 대하여 살펴보면,

① 이 건 공유수면매립공사 중인 1995.10월부터 1999.9월까지의 기간동안 [표1]과 같이 청구법인이 공유수면매립공사 관리감독기관인 ♤♤지방해양수산청장으로부터 공유수면매립지 50,835.63㎡에 대하여 사전 사용허가를 받아 청구외 동남어업(주)와 5개업체는 그 이후 공장 및 창고용으로 건물신축공사를 하였고, 이는 공유수면매립 준공인가후 피면허인 취득토지인 107,232㎡의 47.4%에 해당되는 면적임이 확인된다.

② 1999.11.29. 청구법인은 쟁점매립지의 준공인가전이지만 사실상 준공된 것으로 보아 준공식을 거행하였음이 청구법인의 업무보고자료에 의거 확인된다.

③ 1997.5.1.부터 쟁점매립지의 매립부두 전부를 원양어업부두로 개장하여 사용하였음이 ♤♤지방해운항만청 공문(항무58163-696, 1997.4.24.)에 의거 확인된다.

④ 청구법인이 쟁점매립지에 대한 시가를 평가하기 위하여 청구외 정일감정평가법인외 1개의 감정평가법인에 의뢰하여 2001.2.21.부터 2001.2.28.까지 기간동안 쟁점매립지를 평가한 평가감정서에 의하면 쟁점매립지를 인근토지의 공시지가를 기준으로 평가하였고 처분청 또한 이 가액을 기준으로 매립면허권의 시가를 산정하였으며,

⑤ 1993.4월 북♤♤세무서에서 청구법인에 대한 세무조사를 하면서 쟁점매립지의 조성사업에 관련된 매입세액을 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로 보아 1992년 제1기 및 1992년 제2기 매입세액 497,138,760원을 불공제하여 추징하였고, 이에 따라 청구법인은 부가가치세 신고시 쟁점매립지의 조성사업에 관련된 매입세액을 불공제 신고하였음이 확인된다. 따라서, 매립공사관련 매입세액을 토지를 위한 자본적 지출로서 불공제한 것임에도 동 지출로 형성된 것을 부가가치세 과세한다면 구세기본법 제15조가 정한 신의성실의 원칙 및 동법 제18조 제1항이 정한 세법해석의 기준의 원칙에 위배된다 할 것이다.(같은뜻, 국심2001중2907, 2003.2.5.)

⑥ 청구법인이 2001.1.30. 신청한 공유수면매립공사 피면허인 변경신청 에 의하여 ♤♤지방해양수산청장이 2001.2.21. 공유수면매립면허증을 청구법인외 12개 주주들에게 변경교부할때까지 쟁점매립지 공사와 관련하여 지급된 공사비 26,566,333,954원이 총공사비 26,648,902,444원의 99.69%에 해당되는 것으로 확인된다. 따라서, 공유수면매립법에 의하면 매립준공인가에 의하여 "토지"를 취득할 수 있지만 매립준공인가 전의 거래인 이 건 거래의 대상은 위 사실관계를 종합하여 확인한바, 사실상 토지에 해당된다고 볼 수 있다고 하겠다.

• 다) 이 건의 공유수면매립면허권의 가액에 대하여 살펴본다.

① 공유수면매립이 사실상 완료된 단계에서는 공유수면을 배타적으로 매립할 수 있는 권리는 소멸하고 매립으로 조성된 토지를 취득할 수 있는 권리만이 존재하는 것이므로 준공인가전의 거래로 면허권의 양도라 하더라도 매립면허권의 가치는 없는 것이라는 청구인의 주장 또한 타당하다고 할 수 있겠다.

② 이 건의 경우 처분청이 매립면허권의 가액으로 본 43,191,800,058원은 청구외 정일감정평가법인외 1개의 감정평가법인이 감정평가한 가액을 근거로 하여 평가하였으나, 감정평가서 내용을 살펴보면 쟁점매립지의 평가는 "대상토지와 가장 비교성이 있는 상기 표준지를 비교표준지로 선정함"으로 하고 있어 공유수면매립면허권을 평가한 것이 아니고 쟁점매립지의 가액을 인근 비교대상토지인 ♤♤ 광역시 서구 암남동 655번지의 토지에 대한 공시지가를 참작하여 평가한 것으로서 쟁점매립지의 토지에 대한 평가액임이 확인되는 바, 감정평가법인의 감정평가액을 평균하여 쟁점매립지의 매립면허권의 가액으로 보아 부가가치세를 과세한 것은 이건 부가가치세 과세표준을 계산함에 있어 매립면허권에 대한 가액을 정정하게 평가하였다고 보기는 어렵다고 하겠다.

• 라. 결 론 따라서, 이 건 심사청구는 청구주장 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제1조 / 부가가치세법 시행령 제1조 / 부가가치세법 제2조 / 부가가치세법 제6조 / 부가가치세법 통칙 6-14-2/ 부가가치세법 제9조 / 부가가치세법 제22조 / 부가가치세법 제12조 / 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법 시행령 제60조 / 공유수면매립법 제9조 / 공유수면매립법 제13조 / 공유수면매립법 제25조 / 공유수면매립법 제26조 / 공유수면매립법 제38조 / 공유수면매립법 시행규칙 제6조 / 국세기본법 제15조 / 국세기본법 제18조 /