아파트 부지조성공사비 매입세액을 불공제한 처분이 정당한지 여부

[주문] 수영세무서장이 청구인에게 2002.03.08. 경정ㆍ고지한 1998년 제1기 부가가치세 112,610,620원, 2002.08.05. 경정ㆍ고지한 1997년 제1기 부가가치세 8,903,520원, 1997년 제2기 부가가치세 18,905,340원은, 부가가치세 매입세액으로 불공제되는 토지에 대한 자본적지출에 해당하는 부지조성공사비는, 청구인이 교부받은 세금계산서 및 계산서의 교부시기에 작성된 기성고내역 등을 재조사하여 그 실지 귀속에 따라 부가가치세 매입세액 불공제액을 계산하여 그 결과에 따라 경정합니다. [이유]

(1) 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 주택신축판매업을 주사업으로 하는 ○○주택을 1990.04.01. 개업하였다가 2002.04.16. 폐업한 개인사업자로, 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○ 번지에 △△○○아파트 및 상가의 신축공사(이하 “쟁점사업”이라 한다)를 청구외 ○○건설(주)에 25,549,805,925원에 시공케 하고, 1996년 제2기∼1998년 제1기 과세기간에 대한 부가가치세 신고시 동 공사비 중 부가가치세 과세면적비율인 35.5％에 해당하는 공급가액 9,070,181,068원, 부가가치세 907,018,110원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)의 세금계산서를 교부받아 쟁점매입세액 전액을 매출세액에서 공제받은 사실이 있다.

(2) 처분청은 청구인에 대한 세무조사 결과, 쟁점매입세액에는 부지조성공사와 관련한 매입세액 130,007,162원(이하 “쟁점토지매입세액”이라 한다)이 포함되었으므로 쟁점토지매입세액을 불공제하여 청구인에게 2002.03.08. 청구인에게 1998년 제1기 부가가치세 143,007,870원을 경정ㆍ고지하였다가, 2002.08.05. 30,397,256원을 감액 경정하고, 1997년 제1기 부가가치세 8,903,520원과 1997년 제2기 부가가치세 18,905,340원을 추가로 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.06.05. 이의신청을 거쳐 2002.10.23. 이 건 심사청구하였다.

(1) 청구인은 쟁점사업과 관련한 부지를 1992.12월에 법원으로부터 경락받았으나, 전 사업시행사인 청구외 (주)△△건설이 사업시행권 양도를 거부하면서 사업시행권 양도조건으로 토목공사와 관련하여 20억원을 요구하여 1993.11.04.에 7억원에 합의한 후 쟁점사업의 부지조성공사로 청구외 (주)○○건설과 4,851,900,000원에 계약한 사실이 있으며, 쟁점사업의 부지조성공사는 아파트공사를 시행함에 있어서 토목공사와 병행하여 짓는 건축과 관련된 구축물 공사이므로 쟁점매입세액은 전액 공제되어야 하며, 설령, 부지조성공사비는 토지에 대한 자본적지출에 해당되어 이에 해당하는 매입세액은 불공제하는 것이 타당하다고 하더라도 ○○시 ○○구청에 제출 보고된 공사원가 명세서는 전 사업시행자인 청구외 (주)△△건설이 착공하여 지출된 금액이 포함된 금액이며, 이 중 토지의 자본적지출에 해당하는 절토공사는 전 사업시행자인 (주)△△건설이 시행한 것이므로 청구인의 쟁점매입세액은 전액 공제되어야 하며, 처분청이 과세근거로 삼은 공사원가 명세서는 형식에 불과한 자료이므로, 이를 근거로 하여 부지조성공사비를 안분한 것은 잘못이며, 쟁점사업의 사업계획서, 공사허가서, 설계서, 설계도면, 도급계약서, 공사현장일지, 기성고신청서 등에 의한 실질에 의하여 매입세액불공제액을 계산하여야 하며,

(2) 청구인은 1998년 제1기 부가가치세에 대하여 부가가치세 환급조사를 받았는데도 또다시 통합조사를 하는 것은 중복조사 금지규정에 어긋나므로 이 건 과세처분은 부당하다

(1) 청구인이 시행한 쟁점사업의 부지는 당초 임야로서 부지조성공사에 대한 세부내역을 알 수 없어, 사업자가 건축허가시 부산시 남구청에 제출한 공사원가계산서를 근거로 하여 토지관련 매입세액을 산출하여 쟁점토지 매입세액을 불공제한 처분은 정당하며,

(2) 국세환급금 결정을 위한 확인조사는 중복조사 금지규정의 적용을 받지 아니하므로 청구인에 대한 통합조사는 중복조사금지에 해당되지 않는다.

• 가. 쟁 점

(1) 쟁점사업과 관련하여 발생한 부지조성공사비에 해당하는 쟁점토지매입세액을 불공제한 처분이 정당한지와

(2) 청구인에 대한 조사가 중복조사금지 규정을 위반하였는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 ■ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 ■ 2001.12.31. 개정 전 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다. ■ 부가가치세법시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세공급가액 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × ─────── 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 ■ 2002.12.18 개정전 국세기본법 제81조의3 【중복조사의 금지】 세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정ㆍ재조사를 할 수 없다. ■ 국세기본법시행령 제63조의2 【중복조사의 금지】 법 제81조의 3에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 부동산투기ㆍ매점매석ㆍ무자료거래 등 경제질서교란 등을 통한 탈세혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우

2. 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재에서 주택신축판매업을 주사업으로 하는 ○○주택을 1990.04.1 부가가치세 면세사업자로 사업을 개시하였다가, 1996.08.19. 과세사업자(과세ㆍ면세 겸업)로 사업자등록을 정정하여 사업을 영위하다가, 2002.04.16. 폐업한 개인사업자로, 청구인은 쟁점사업을 청구외 ○○건설(주), △△지역주택조합, ○○그룹지역주택조합, □□상선(주)직원직장주택조합과 공동으로 시행한 사실이 청구인이 제출한 ○○시 ○○구청장이 1993.12.11. 발행한 사업계획변경승인서에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점사업의 총부지면적 23,461.21㎡ 중 청구인의 지분은 13,127.638㎡이며, 청구인은 쟁점사업에 대한 공사를 청구외 ○○건설(주)에 25,549백만원에 하도급 준 사실과 쟁점사업의 부가가치세 과세비율은 35.5％임에 대하여는 처분청과 청구인간의 다툼은 없다.

(3) 청구인은 쟁점사업의 시공자인 청구외 ○○건설(주)로부터 건설용역을 제공받고 1996년 제2기부터 1998년 제1기 과세기간 중 부가가치세가 면제되는 부분에 대하여는 16,479,624,857원의 계산서를 교부받았고, 부가가치세가 과세되는 부분에 대하여는 공급가액 9,070,181,068원의 매입세금계산서를 교부받아 쟁점매입세액 전액을 매출세액에서 공제하여 1996년 제2기부터 1998년 제1기까지 부가가치세를 각각 신고ㆍ납부한 사실이 있다.

(4) 청구인이 제출한 쟁점사업의 건축물착공신고서에 의하면 착공예정일이 1994.3월이며, 사용검사예정일은 1998.6월도 기재되어 있음이 확인되며, 이중 토목공사의 공정표에는 부지정지공사의 공사공정기간이 1994.1월부터 1995.3월까지로 되어 있으며, 청구인은 쟁점사업과 관련하여 시공사인 청구외 ○○건설(주)로부터 아래 〈표 1〉과 같이 매입세금계산서 및 계산서를 교부받은 사실이 처분청의 조사복명서 등에 의하여 확인된다. 〈표 1〉 (금액단위: 원) ┌─────┬──────────────┬───────┬───────┐ │ 과세기간 │ 세금계산서 │ 계 산 서 │ │ │ ├───────┬──────┤ (공급가액) │ 합 계 │ │ │ 공급가액 │ 세 액 │ │ │ ├─────┼───────┼──────┼───────┼───────┤ │ 1996.2기 │ 164,166,616 │ 16,416,661│1,521,809,161 │ 1,702,392,438│ ├─────┼───────┼──────┼───────┼───────┤ │ 1997.1기 │ 564,700,699 │ 56,470,069│2,294,543,374 │ 2,915,714,142│ ├─────┼───────┼──────┼───────┼───────┤ │ 1997.2기 │1,199,059,366 │119,905,940 │4,872,127,303 │ 6,191,092,609│ ├─────┼───────┼──────┼───────┼───────┤ │ 1998.1기 │7,142,254,387 │714,225,440 │7,791,145,019 │15,647,624,846│ ├─────┼───────┼──────┼───────┼───────┤ │ 계 │9,070,181,068 │907,018,110 │16,479,624,857│26,456,824,035│ └─────┴───────┴──────┴───────┴───────┘

(5) 처분청은, 청구인이 쟁점사업의 공사와 관련하여 공사 시공자인 청구외 ○○건설(주)로부터 교부받은 매입세금계산서 9,070,181,068원에 대한 매입세액 907,018,110원 중 쟁점매입세액인 130,007,162원은 쟁점사업의 부지조성공사비에 대한 매입세액으로, 이는 토지에 대한 자본적지출에 해당하여 매입세액 공제대상이 아니라 하여 쟁점토지매입세액을 매입세액 불공제하여, 2002.03.08. 청구인에게 1998년 제1기 부가가치세 143,007,870원을 경정ㆍ고지하였다가, 2002.08.05. 30,397,256원을 감액 경정하고, 1997년 제1기 부가가치세 8,903,520원과 1997년 제2기 부가가치세 18,905,340원을 추가로 경정ㆍ고지하였음이 처분청이 제출한 부가가치세 경정결의서 사본 등에 의하여 확인된다.

(6) 처분청이 청구인에게 당초 쟁점토지매입세액을 1998년 제1기에 전액 매입세액 불공제 처분하였다가, 2002.08.05. 과세기간별 청구인이 수취한 매입세금계산서의 매입세액에서 총공사비 25,549,805,925원 중 부지조성공사비 3,662,172,584원이 차지하는 비율(약 14.33％)을 매 과세기간에 동일하게 적용하여 계산한 바, 과세기간별로 매입세액 불공제하여 고지한 세액은 아래 〈표 2〉와 같다. 〈표 2〉 (금액단위: 원) ┌────┬──────┬──────┬─────┬──────┬────────┐ │과세기간│ 매입세액 │ 불공제 │ 가 산 세 │ 추가고지 │ 비 고 │ │ │ │ 매입세액 │ │ 세액 │ │ ├────┼──────┼──────┼─────┼──────┼────────┤ │1996.2기│ 16,416,661│ 2,353,076│ 235,307│ 2,588,383│부과제척기간 경 │ │ │ │ │ │ │과로 고지 못함 │ ├────┼──────┼──────┼─────┼──────┼────────┤ │1997.1기│ 56,470,069│ 8,094,117│ 809,411│ 8,903,528│추가고지 │ ├────┼──────┼──────┼─────┼──────┼────────┤ │1997.2기│ 119,905,940│ 17,186,676│ 1,718,667│ 18,905,343│추가고지 │ ├────┼──────┼──────┼─────┼──────┼────────┤ │1998.1기│ 714,225,440│ 102,373,293│10,237,329│ 112,610,622│ │ ├────┼──────┼──────┼─────┼──────┼────────┤ │ 계 │ 907,018,110│ 130,007,162│13,000,714│ 143,007,876│ │ └────┴──────┴──────┴─────┴──────┴────────┘

(7) 처분청이 쟁점사업의 총공사비 중 부지조성공사비 3,662,172,584원의 산출근거를 보면, 청구인 등이 ○○시 ○○구청장에게 쟁점사업과 관련하여 제출한 공사원가 계산서상의 부지조성공사비 11,065,500,000원 중에서 터파기공사 및 되메우기 등 건축물공사에 해당하는 금액을 제외한 절토 및 성토공사비 6,553,264,855원을 산출한 후, 쟁점사업 총 부지면적(23,491.21㎡)중 청구인 소유면적(13,127.638㎡)의 비율을 곱하여 계산하였음이 처분청이 제출한 경정결의서 등에 의하여 확인된다.

(8) 청구인은, 쟁점사업의 부지조성공사비는 전 사업시행자인 청구외 (주)△△건설이 착공하여 지출된 금액이 포함된 금액이며, 이 중 토지의 자본적지출에 해당하는 절토공사 등은 전 사업시행자인 청구외 (주)△△건설이 시행한 것이므로 청구인의 매입세액은 전액 공제되어야 하며, 처분청이 과세근거로 삼은 공사원가 명세서는 형식에 불과한 자료이므로 이를 근거로 하여 부지조성공사비를 안분한 것은 잘못이며, 쟁점사업의 사업계획서, 공사허가서, 설계서, 설계도면, 도급계약서, 공사현장일지, 기성고신청서 등에 의한 실질에 의하여 매입세액불공제액을 계산하여야 하여야 한다고 주장한다.

(9) 판단컨대, 아파트 건설과 관련하여 도급계약서에 건물건축공사비와 토지조성 등을 위한 자본적지출에 해당하는 택지조성공사비가 구분되어 있으나, 도급계약서에 정한 거래시기에 교부받은 세금계산서 및 계산서에 총 공사금액만 기재되고, 공사내역별로 금액이 구분 기재되지 않은 경우에도, 세금계산서 등 교부시기에 작성된 기성고 검사내역 등 제반공사 관련 자료에 의하여 당해 건설공사 내역별 완성도 및 기성금액을 확인할 수 있는 경우에는 실지 귀속에 따라 택지조성공사비를 계산하는 것(같은 뜻, 국세청 부가 46015-774, 2003.12.10.)으로, 일반적으로, 택지조성공사를 수반하는 건축물신축공사의 경우 택지조성공사가 먼저 시행되고, 건축물 신축공사는 나중에 시행됨에도 처분청이 이 건 쟁점사업의 부지조성공사비에 대한 부가가치세 매입세액 불공제 금액을 계산하면서, 청구인 및 시공사가 확인한 부지조성공사에 대한 기성고 내역 등 실지 귀속 확인 없이, 쟁점사업의 총 공사비 중 부지조성공사비가 차지하는 비율을 매 과세기간별로 일률적으로 적용하여 부지조성공사비 명목으로 부가가치세 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이라고 판단되므로, 청구인이 교부받은 세금계산서 등의 교부시기에 작성된 기성고 검사 내역 등 제반 공사관련 자료에 의하여 쟁점사업의 건설공사 내역별 완성도 및 기성금액을 재조사하여, 청구인의 쟁점사업과 관련하여 제공받은 부지 조성공사비의 실지 귀속에 따라 부가가치세 매입세액 불공제액을 재계산하여 그 결과에 따라 경정하여야 한다고 판단된다.

(10) 또한, 청구인은 1998년 제1기 부가가치세에 대하여 부가가치세 환급조사를 받았는데도 또다시 통합조사를 하는 것은 중복조사 금지규정에 어긋나므로 이 건 과세처분은 부당하다고 주장하나, 청구인은 이 건 경정 전에 1998.08.17.부터 1998.08.29.까지 1998년 제1기분에 대한 부가가치세 환급 확인조사를 받았음이 확인되는 바, 국세기본법 제81조 의 3 및 같은법시행령 제63조의 2 규정에 의하여 국세환급금 결정을 위한 확인조사는 중복조사 금지규정의 적용을 받지 아니하므로, 청구인에 대한 통합조사는 중복조사금지에 해당되지 않는다 할 것이므로, 중복조사금지를 위반한 이 건 경정처분은 부당하다는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

따라서 이 건 심사청구는 청구주장 일부 이유 있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. [관련법령] 부가가치세법 제17조 / 부가가치세법시행령 제60조 / 부가가치세법시행령 제61조 / 국세기본법 제81조 의 3/ 국세기본법시행령 제63조의2 /