처분청이 토지조성비로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 처분이 맞는지 여부

이건 심사청구는 청구주장을 받아들일 수 없어 이를 기각합니다.

청구법인은 전기공급사업 등을 영위하고 있는 사업자로서, 임야를 토지조성하여 ○○변전소를 신축하면서, 토건업체인 청구외 ○○건설(주)로부터 토건공사비로 공급가액 1,807,943,000원, 세액 180,794,300원의 매입세금계산서(3매)를 교부받아 매입세액 180,794,300원을 전액 공제되는 것으로 하고, 기타 ○○ㆍ○○ㆍ○○변전소 신축과 관련한 토건공사비 매입세금계산서에 대해서도 전액 매입세액이 공제되는 것으로 하여 1998년 제2기부터 2001년 제1기까지의 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구법인에 대한 부가가치세환급 현지확인조사결과, ○○변전소의 토건공사비 1,807,943,000원에는 토지조성비 331,827,944원(1998년 제2기분 166,117,546원, 1999년 제1기분 165,710,398원)이 포함되어 있고, 기타 위 3개 변전소의 토건공사비에도 토지조성비 870,122,338원이 포함되어 있다고 보고 토지조성비 총 1,201,950,282원에 대한 매입세액을 불공제하여 2002.06.11. 청구법인에게 1998년 제2기분~2001년 제1기분 부가가치세 132,214,450원(1998년 제2기분 29,721,920원, 1999년 제1기분 23,720,540원, 1999년 제2기분 5,809,860원, 2000년 제1기분 21,097,540원, 2000년 제2기분 21,097,540원, 2001년 제1기분 51,864,590원)을 경정ㆍ고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.09.06. 심사청구하였다.

처분청이 매입세액 불공제대상으로 본 ○○변전소 토지조성비 331,827,944원에는 변전소 건축공사와 관련된 토사터파기 및 운반 등 8개 공종의 공사비 36,478,761원(1998년 제2기분 16,744,265원, 1999년 제1기분 19,734,496원이고, 이하 “쟁점금액”이라 한다)이 포함되어 있으므로 건축공사와 관련된 36,478,761원에 대한 매입세액 3,647,876원을 매출세액에서 공제하여 재경정하여야 한다.

기성고검사보고서에는 토지조성공사와 변전소 신축공사의 구분이 없고, 청구인이 주장하는 건축공사와 관련된 터파기공사 등의 8개 공종은 토지의 가치를 현실적으로 증가시키는 공사이므로 쟁점금액을 토지에 대한 자본적 지출로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 처분청이 쟁점금액을 토지조성비로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 처분이 맞는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련매입세액 (2) 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련매입세액”이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인이 1998년 제2기부터 2001년 제2기까지 4개 변전소(○○ㆍ○○ㆍ○○ㆍ○○변전소)를 신축하면서 토건공사비 중 임야의 부지조성비등 토지조성과 관련된 매입금액 1,201,950,282원에 대해 부당하게 매입세액 공제받았다고 하여 청구법인에게 이건 부가가치세를 경정고지하였고, 위 토지조성비 1,201,950,282원은 청구법인의 기성고검사보고서를 근거로 벌개제근, 표토제거 및 운반, 토사ㆍ풍화암ㆍ연암ㆍ경암터파기 및 운반, 토사ㆍ풍화암ㆍ연암천공, 암면고르기 공종의 공사비임을 처분청의 결정결의서, 부가가치세환급 현지확인조사보고서, 기성고검사보고서 등에 의해 확인되며, 토지조성비 1,201,950,282원 중 쟁점금액을 제외한 1,165,471,521원이 매입세액 불공제 대상 토지조성비임에는 청구인과 처분청 사이에 다툼은 없다.

(2) 쟁점금액이 포함되어 있는 ○○변전소 토건공사비 및 처분청과 청구인이 주장하는 매입세액 불공제대상 토지조성비를 정리보면 아래 <표>와 같다. (단위:공급가액,천원) 구분 일자 기성금액 매입세액 불공제 토지조성비 차액(쟁점금액)에 대한 청구주장 처분청 청구주장 차액 1차 기성고 1998.12.04 535,240 166,117 149,373 16,744 건축관련 공사임 2차 기성고 1999.06.02 885,966 165,710 145,976 19,734 상동 3차 기성고 1999.10.18 386,737

• 합계 1,807,943 331,827 295,349 36,478

(3) 처분청이 쟁점금액을 토지조성비로 보고 매입세액 불공제하여 과세한 처분이 맞는지 여부를 살펴보면, 전시한 부가가치세법 제17조 제2항 및 같은법시행령 제60조 제6항에서 본 바과 같이, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없고, 청구법인은 토공집계표, 가시설공 수량집계표, 기성고검사보고서 및 산출조서 등을 제시하면서 토사터파기 등 8개 공종의 쟁점금액은 변전소 건축과 관련된 터파기 공사비라고 주장하나, 제시한 증빙은 토건공사 당시의 증빙이 아니라 이건 과세이후 청구법인이 작성한 서류들인 바, 제시증빙만으로 쟁점금액이 건축관련 터파기 등의 공사비라고 단정하기 어려우며, 처분청은 쟁점금액을 포함한 매입세액 불공제대상 토지조성비를 청구법인의 토건공사비 기성고검사보고서를 기준으로 산정하였고, 동 기성고검사보고서에는 쟁점금액이 변전소 건축관련 터파기공사라고 기재된 것도 아닌 바, 처분청이 토건공사비에 포함된 쟁점금액을 토지조성비로 보고 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단되므로 국세기본법 제65조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.