거래상대방의 거래처원장만을 근거로 한 과세처분이 근거과세에 위배되는지 여부

○○세무서장이 2002.04.01. 청구인에게 결정고지한 1999.1기 과세기간등 부가가치세 15,247,780원(1999.1기분 2,424,440원, 1999.2기분 3,218,900원, 2000.1기분 3,653,580원, 2000.2기분 2,625,910원, 2001.1기분 3,324,950원)의 부과처분은 청구외 ○○판매(주)로부터 교부받은 매입세금계산서 102,053,000원(1999.1기 15,167,000원, 1999.2기 20,137,000원, 2000.1기 24,236,000원, 2000.2기 17,419,000원, 2001.1기 25,094,000원)에 대한 실지거래 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 ○○백화점 지하(상호 ○○커피숖)에서 1997.11.20. 개업하여 현재까지 커피 및 즉석음식업을 영위하는 사업자이다. 처분청은 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 청구외 ○○판매(주)(이하 “○○판매”라 한다)와 거래하고 수취한 매입세금계산서 102,053,000원(1999.1기 15,167,000원, 1999.2기 20,137,000원, 2000.1기 24,236,000원, 2000.2기 17,419,000원, 2001.1기 25,094,000원, 이하 “쟁점세금계산서”이라 한다)을 실물거래 없이 세금계산서만 교부받아 1999.1기분등 부가가치세 과세표준신고시 매입세액을 공제 받은 것으로 보아, 이를 매입세액에서 제외하여 2002. 04. 01. 청구인에게 2001.1기 과세기간 등 부가가치세 15,247,780원(1999.1기분 2,424,440원, 1999.2기분 3,218,900원, 2000.1기분 3,653,580원, 2000.2기분 2,625,910원, 2001.1기분 3,324,950원)을 결정 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.06.05. 심사청구를 하였다.

청구인은 1999.1기부터 2001.1기 과세기간까지 ○○판매로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 정상적인 상거래에 의하여 교부받은 세금계산서에 해당하므로, 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

○○국세청이 처분청에 통보한 과세자료에 의하면, ○○판매는 실지매출처를 거래처원장에 관리하고 있는데, 그 원장에 청구인의 명단이 없는 것으로 보아 실물거래 없이 세금계산서만 교부받은 것으로 되어 있으며, 또한, 청구인이 정상거래라고 주장하면서 거래원장, 입금표, 거래명세서를 제출하고 있으나 거래원장의 금액과 입금표, 거래명세서 등의 금액이 일치하지 않고 있고, 대금결제도 수시로 현금으로 지급하였다고 주장하면서 증빙을 제출하지 못하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법제17조 【납부세액】 제2항에서 『다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.』라고 규정하고 제1호에 『제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.』라고 규정하고, 제1의 2호에 『제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.』라고 규정하고 있다.

(2) 같은법제21조 【경정】 제1항에 『사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다』라고 규정하면서, 그 1호 및 2호에는 『1호. 확정신고를 하지 아니한 때, 2호. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』로 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단 청구인은 쟁점세금계산서는 골뱅이, 파인애플 캔을 공급받고 수취한 정당한 매입세금계산서임에도 처분청이 이를 실물거래 없이 수취한 것으로 보아 매입세액을 불공제한 것으 부당하다는 주장이므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 청구인은 ○○판매로부터 골뱅이, 파인애플캔 등을 매입하여 야채 및 과일 등의 함계 샐러드를 만들어 판매해 왔으며, 쟁점사업장의 월매출액은 즉석식품 등 판매액이 1,000만원에서 1,200만원이고, 이에 대응하는 원재료의 사용은 캔제품 등이 월 420만원, 과일 및 야채가 280만원, 기타 잡자재가 50만원으로 총원재료비가 750만원 정도 사용되고, 캔종류의 원재료는 주로 ○○판매로부터 공급받아 사용해 왔으며, 영세업체라 영수증이나 거래명세표 등의 전체를 보관하고 있지는 아니하나, 실지거래임을 알 수 있는 거래처에서 작성한 거래처원장, 입금표 9매(일부), 거래명세표 17매(일부)를 보관하고 있음에도, 처분청이 실지거래여부를 조사하지 아니하고 ○○국세청장이 ○○판매에 대한 세무조사시 거래처원장에 청구인의 명단이 없다는 이유로 실지거래를 부인하여 처분청에 통보한 과세자료만으로 과세한 것은 부당하고 주장한다.

(2) 처분청이 ○○국세청으로부터 수보 받은 과세자료에 의하면 ○○판매는 실거래처를 별도로 거래처원장에 관리하고 있었으나, 청구인은 거래처원장에 명단이 없어 위장 및 가공거래로 보아 과세자료로 통보한 것이며, 또한, 청구인이 정상거래라고 주장하면서 거래원장, 입금표, 거래명세서를 제출하고 있으나, 거래원장의 금액과 입금표, 거래명세서상의 금액이 일치하지 않고 수시로 현금결재 하였다하나 자금흐름에 관한 입증자료는 제출하지 못하고 있으므로 당초 처분은 정당하다는 의견이고, 처분청이 과세근거로 삼은 ○○국세청에서 2002.01.15.자로 통보한 과세자료전에 첨부된 확인서(허위계산서 발행내역 명세를 첨부되어 있음.)를 보면, ○○국세청의 조사자가 작성한 확인서의 내용에 『1) 상기법인은 실거래처를 거래처원장에 의하여 관리하고 있으며, 2) 붙임명세서의 세금계산서 발행분은 당 법인의 거래처 원장에 없는 가공거래처로서 실물거래 없이 허위로 세금계산서를 발행하였음을 확인합니다.』라고 2001.12.(일자 미상)에 작성한 것으로 되어 있으나, 피조사자인 ○○판매는 확인자란에 날인을 거부한 것으로 확인된다. 청구인의 심사청구서에 매월 매출액이 1,000만원 내지 1,200만원이고, 원재료비는 야채를 제외하면, 470만원이므로 부가율이 53%이여야 하나, 청구인이 신고한 1999.1기 과세기간 등의 부가율은 18.8%~19.3%인 것으로 국세청전산시스템에 조회결과 아래와 같이 나타난다. 구분 매출 매입 부가율 비고 1999.1기 113,817 93,342 18.0% 2000.1기 130,438 105,269 19.3% 2001.1기 142,061 118,208 16.8%

(3) 청구인의 의견과 처분청의 과세근거를 종합하여 살펴보면, ○○국세청에서 ○○판매에 대한 유통조사를 하면서 거래처원장에 청구인의 명단이 없다하여 실물거래 없이 세금계산서를 교부받은 것으로 보아 처분청에 과세자료를 통보하였으며, 월별로 원재료의 사용은 캔제품 등이 420만원이고, 과일과 야책가 280만원, 기타 잡자재가 50만원이 소요된다는 청구인의 주장은 제시된 자료만으로는 그 사실여부를 알 수 없으나 거래증빙의 일부를 보관하고 있음에도, ○○국세청 조사시 ○○판매는 실물거래 없이 세금계산서를 교부한 것이라는 ○○국세청의 주장을 받아들일 수 없다하여 날인 거부한 것으로 나타나고 있는 확인서만을 근거로 과세한 것은 근거과세에 어긋나므로, 청구인이 제시한 거래처원장, 입금영수증, 거래명세서 등의 증빙을 근거로 실지로 거래한 것인지 여부를 재조사한 후 그 결과에 따라 실지거래여부를 결정하여야 할 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심사청구는 청구주장 이유 있으므로 기본법 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 결정한다.